Protein–RNA interactions for Protein: P0DPA3

SNHG28, Putative uncharacterized protein SNHG28, humanhuman

Predictions only

Length 235 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SNHG28P0DPA3 DCDC2C-201ENST00000399143 1476 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.67■■■□□ 2.34
SNHG28P0DPA3 SSBP3-202ENST00000357475 1533 ntTSL 1 (best) BASIC29.66■■■□□ 2.34
SNHG28P0DPA3 IGFBPL1-201ENST00000377694 1093 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.66■■■□□ 2.34
SNHG28P0DPA3 RPS20-211ENST00000524349 752 ntTSL 1 (best) BASIC29.66■■■□□ 2.34
SNHG28P0DPA3 R3HDM4-208ENST00000626716 138 ntTSL 5 BASIC29.66■■■□□ 2.34
SNHG28P0DPA3 ABCB10P3-201ENST00000561950 2166 ntBASIC29.66■■■□□ 2.34
SNHG28P0DPA3 KCNF1-201ENST00000295082 2289 ntAPPRIS P1 BASIC29.65■■■□□ 2.34
SNHG28P0DPA3 TSPAN4-207ENST00000397411 1025 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.65■■■□□ 2.34
SNHG28P0DPA3 U2AF1-203ENST00000398137 1019 ntTSL 1 (best) BASIC29.65■■■□□ 2.34
SNHG28P0DPA3 RPS2-210ENST00000530225 765 ntTSL 2 BASIC29.65■■■□□ 2.34
SNHG28P0DPA3 AC016595.1-201ENST00000559410 383 ntTSL 3 BASIC29.65■■■□□ 2.34
SNHG28P0DPA3 LINC01896-206ENST00000575722 1256 ntTSL 2 BASIC29.65■■■□□ 2.34
SNHG28P0DPA3 U2AF1L5-212ENST00000639996 1019 ntTSL 1 (best) BASIC29.65■■■□□ 2.34
SNHG28P0DPA3 F8A3-201ENST00000622749 1759 ntAPPRIS P1 BASIC29.64■■■□□ 2.34
SNHG28P0DPA3 TAZ-201ENST00000369776 1596 ntTSL 1 (best) BASIC29.64■■■□□ 2.33
SNHG28P0DPA3 TXNL4A-208ENST00000588162 752 ntTSL 2 BASIC29.63■■■□□ 2.33
SNHG28P0DPA3 AC073111.5-206ENST00000642087 859 ntAPPRIS P1 BASIC29.63■■■□□ 2.33
SNHG28P0DPA3 CUEDC1-201ENST00000360238 2193 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.62■■■□□ 2.33
SNHG28P0DPA3 CHST14-202ENST00000559991 1968 ntTSL 5 BASIC29.61■■■□□ 2.33
SNHG28P0DPA3 KIAA2013-202ENST00000376576 2539 ntTSL 2 BASIC29.61■■■□□ 2.33
SNHG28P0DPA3 TNFRSF25-205ENST00000377782 1632 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC29.6■■■□□ 2.33
SNHG28P0DPA3 FAM149A-201ENST00000227065 2708 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.6■■■□□ 2.33
SNHG28P0DPA3 NGB-201ENST00000298352 1884 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.6■■■□□ 2.33
SNHG28P0DPA3 VEGFA-202ENST00000324450 954 ntTSL 1 (best) BASIC29.6■■■□□ 2.33
SNHG28P0DPA3 VEGFA-203ENST00000372055 1286 ntTSL 1 (best) BASIC29.6■■■□□ 2.33
SNHG28P0DPA3 VEGFA-213ENST00000482630 1146 ntTSL 1 (best) BASIC29.6■■■□□ 2.33
SNHG28P0DPA3 VEGFA-227ENST00000615393 984 ntTSL 1 (best) BASIC29.6■■■□□ 2.33
SNHG28P0DPA3 VEGFA-228ENST00000617771 1116 ntTSL 1 (best) BASIC29.6■■■□□ 2.33
SNHG28P0DPA3 VEGFA-229ENST00000621747 1116 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.6■■■□□ 2.33
SNHG28P0DPA3 SRP68-213ENST00000629930 165 ntTSL 5 BASIC29.6■■■□□ 2.33
SNHG28P0DPA3 VEGFA-230ENST00000640482 1065 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.6■■■□□ 2.33
SNHG28P0DPA3 VEGFA-232ENST00000640653 1170 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.6■■■□□ 2.33
SNHG28P0DPA3 WDSUB1-205ENST00000409990 1920 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.6■■■□□ 2.33
SNHG28P0DPA3 BCL3-201ENST00000164227 2038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.6■■■□□ 2.33
SNHG28P0DPA3 BOK-AS1-201ENST00000434306 643 ntTSL 1 (best) BASIC29.59■■■□□ 2.33
SNHG28P0DPA3 MTCH1-202ENST00000373627 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.59■■■□□ 2.33
SNHG28P0DPA3 RUNX2-211ENST00000625924 1458 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.58■■■□□ 2.33
SNHG28P0DPA3 SPATA5L1-208ENST00000638607 1863 ntTSL 2 BASIC29.58■■■□□ 2.33
SNHG28P0DPA3 ANKS1B-203ENST00000341752 2115 ntTSL 2 BASIC29.57■■■□□ 2.32
SNHG28P0DPA3 SNX15-202ENST00000377244 1939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.56■■■□□ 2.32
SNHG28P0DPA3 AC148477.6-201ENST00000623746 465 ntBASIC29.56■■■□□ 2.32
SNHG28P0DPA3 NRBF2-202ENST00000435510 1816 ntTSL 2 BASIC29.56■■■□□ 2.32
SNHG28P0DPA3 RTN2-201ENST00000245923 2293 ntTSL 1 (best) BASIC29.55■■■□□ 2.32
SNHG28P0DPA3 PLEKHF2-202ENST00000519516 1144 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC29.55■■■□□ 2.32
SNHG28P0DPA3 CHST11-203ENST00000547956 936 ntTSL 2 BASIC29.55■■■□□ 2.32
SNHG28P0DPA3 CRNDE-206ENST00000559432 587 ntTSL 3 BASIC29.55■■■□□ 2.32
SNHG28P0DPA3 C16orf74-204ENST00000602719 1002 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC29.55■■■□□ 2.32
SNHG28P0DPA3 HDGF-210ENST00000537739 2073 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.55■■■□□ 2.32
SNHG28P0DPA3 CCNYL1-203ENST00000392209 1952 ntTSL 2 BASIC29.55■■■□□ 2.32
SNHG28P0DPA3 RALY-201ENST00000246194 1789 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC29.54■■■□□ 2.32
SNHG28P0DPA3 RTN4R-201ENST00000043402 2157 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.53■■■□□ 2.32
SNHG28P0DPA3 C9orf50-201ENST00000372478 1620 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC29.53■■■□□ 2.32
SNHG28P0DPA3 HMCES-202ENST00000389735 1763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.53■■■□□ 2.32
SNHG28P0DPA3 MATK-201ENST00000310132 2133 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.53■■■□□ 2.32
SNHG28P0DPA3 CCZ1B-215ENST00000626257 2211 ntTSL 2 BASIC29.52■■■□□ 2.32
SNHG28P0DPA3 SLC30A10-202ENST00000366926 1915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.52■■■□□ 2.32
SNHG28P0DPA3 MRPL51-201ENST00000229238 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.52■■■□□ 2.32
SNHG28P0DPA3 LAGE3-201ENST00000357360 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.52■■■□□ 2.32
SNHG28P0DPA3 BCL7B-202ENST00000411832 1458 ntTSL 2 BASIC29.52■■■□□ 2.32
SNHG28P0DPA3 COL13A1-214ENST00000522165 2061 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.52■■■□□ 2.32
SNHG28P0DPA3 DERA-201ENST00000428559 1705 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.51■■■□□ 2.31
SNHG28P0DPA3 LACTBL1-202ENST00000618559 1500 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.5■■■□□ 2.31
SNHG28P0DPA3 SLC35A1-203ENST00000369557 1653 ntTSL 2 BASIC29.5■■■□□ 2.31
SNHG28P0DPA3 GSR-206ENST00000546342 1482 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.5■■■□□ 2.31
SNHG28P0DPA3 LINC01918-201ENST00000436841 797 ntTSL 2 BASIC29.5■■■□□ 2.31
SNHG28P0DPA3 LSM6-202ENST00000502781 1352 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.5■■■□□ 2.31
SNHG28P0DPA3 G6PC3-201ENST00000269097 1533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.5■■■□□ 2.31
SNHG28P0DPA3 EIF5A-208ENST00000573542 1089 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.48■■■□□ 2.31
SNHG28P0DPA3 SPATA33-209ENST00000579310 1490 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC29.48■■■□□ 2.31
SNHG28P0DPA3 BCAP31-201ENST00000345046 1589 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.47■■■□□ 2.31
SNHG28P0DPA3 LSM7-201ENST00000252622 529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.47■■■□□ 2.31
SNHG28P0DPA3 BANF1-208ENST00000533166 1135 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.47■■■□□ 2.31
SNHG28P0DPA3 ESRRA-201ENST00000000442 2215 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.47■■■□□ 2.31
SNHG28P0DPA3 PIGX-201ENST00000296333 953 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC29.46■■■□□ 2.31
SNHG28P0DPA3 BAX-202ENST00000345358 793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.46■■■□□ 2.31
SNHG28P0DPA3 ABHD17AP3-201ENST00000503096 1137 ntBASIC29.46■■■□□ 2.31
SNHG28P0DPA3 HSD17B1P1-201ENST00000590052 955 ntBASIC29.46■■■□□ 2.31
SNHG28P0DPA3 AP002414.2-202ENST00000590929 1450 ntBASIC29.46■■■□□ 2.31
SNHG28P0DPA3 MIR219A2-201ENST00000608502 1504 ntBASIC29.45■■■□□ 2.31
SNHG28P0DPA3 PQLC1-202ENST00000357575 2475 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC29.45■■■□□ 2.31
SNHG28P0DPA3 AC078883.1-202ENST00000450443 1397 ntTSL 3 BASIC29.45■■■□□ 2.31
SNHG28P0DPA3 PDF-201ENST00000288022 1158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.45■■■□□ 2.31
SNHG28P0DPA3 PKIG-207ENST00000372894 1191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.45■■■□□ 2.31
SNHG28P0DPA3 TNFSF12-201ENST00000293825 1553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.44■■■□□ 2.3
SNHG28P0DPA3 COPZ2-210ENST00000621465 895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.44■■■□□ 2.3
SNHG28P0DPA3 CERS2-205ENST00000368954 2505 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.44■■■□□ 2.3
SNHG28P0DPA3 CLK2-201ENST00000355560 2120 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC29.44■■■□□ 2.3
SNHG28P0DPA3 CDC34-201ENST00000215574 1471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.43■■■□□ 2.3
SNHG28P0DPA3 GNAS-207ENST00000354359 1975 ntTSL 1 (best) BASIC29.43■■■□□ 2.3
SNHG28P0DPA3 GNAS-210ENST00000371085 1972 ntTSL 1 (best) BASIC29.43■■■□□ 2.3
SNHG28P0DPA3 GPR25-201ENST00000304244 1224 ntAPPRIS P1 BASIC29.43■■■□□ 2.3
SNHG28P0DPA3 AC139426.1-201ENST00000568218 2529 ntBASIC29.43■■■□□ 2.3
SNHG28P0DPA3 ZBTB25-202ENST00000555220 1440 ntTSL 1 (best) BASIC29.43■■■□□ 2.3
SNHG28P0DPA3 TPRA1-209ENST00000489960 1903 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.43■■■□□ 2.3
SNHG28P0DPA3 IL17D-201ENST00000304920 1861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.42■■■□□ 2.3
SNHG28P0DPA3 FAM168B-201ENST00000389915 944 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC29.41■■■□□ 2.3
SNHG28P0DPA3 VWA1-201ENST00000338660 2147 ntTSL 2 BASIC29.41■■■□□ 2.3
SNHG28P0DPA3 CRELD2-203ENST00000404488 1577 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.4■■■□□ 2.3
SNHG28P0DPA3 ARHGAP22-202ENST00000374170 2107 ntTSL 5 BASIC29.4■■■□□ 2.3
SNHG28P0DPA3 KIF13A-207ENST00000502704 1330 ntTSL 1 (best) BASIC29.4■■■□□ 2.3
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 26.8 ms