Protein–RNA interactions for Protein: P02461

COL3A1, Collagen alpha-1(III) chain, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 1,466 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL3A1P02461 STARD10-220ENST00000545082 1085 ntTSL 3 BASIC34.14■■■■□ 3.06
COL3A1P02461 S1PR4-201ENST00000246115 1565 ntAPPRIS P1 BASIC34.13■■■■□ 3.05
COL3A1P02461 RALY-201ENST00000246194 1789 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC34.13■■■■□ 3.05
COL3A1P02461 MATK-201ENST00000310132 2133 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC34.12■■■■□ 3.05
COL3A1P02461 RTN2-201ENST00000245923 2293 ntTSL 1 (best) BASIC34.11■■■■□ 3.05
COL3A1P02461 WDSUB1-205ENST00000409990 1920 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC34.11■■■■□ 3.05
COL3A1P02461 KIAA2013-202ENST00000376576 2539 ntTSL 2 BASIC34.11■■■■□ 3.05
COL3A1P02461 NREP-216ENST00000508870 540 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC34.11■■■■□ 3.05
COL3A1P02461 RPS20-211ENST00000524349 752 ntTSL 1 (best) BASIC34.11■■■■□ 3.05
COL3A1P02461 RPS2-210ENST00000530225 765 ntTSL 2 BASIC34.11■■■■□ 3.05
COL3A1P02461 G6PC3-201ENST00000269097 1533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.1■■■■□ 3.05
COL3A1P02461 SPATA5L1-208ENST00000638607 1863 ntTSL 2 BASIC34.1■■■■□ 3.05
COL3A1P02461 SNX15-202ENST00000377244 1939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.09■■■■□ 3.05
COL3A1P02461 LINC01918-201ENST00000436841 797 ntTSL 2 BASIC34.09■■■■□ 3.05
COL3A1P02461 TNFRSF25-205ENST00000377782 1632 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC34.08■■■■□ 3.05
COL3A1P02461 CCNYL1-203ENST00000392209 1952 ntTSL 2 BASIC34.08■■■■□ 3.05
COL3A1P02461 TSPAN3-203ENST00000424443 1530 ntTSL 2 BASIC34.08■■■■□ 3.05
COL3A1P02461 SURF1-201ENST00000371974 1093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.07■■■■□ 3.05
COL3A1P02461 SURF1-205ENST00000615505 991 ntTSL 1 (best) BASIC34.07■■■■□ 3.05
COL3A1P02461 SRP68-213ENST00000629930 165 ntTSL 5 BASIC34.07■■■■□ 3.05
COL3A1P02461 FAM149A-201ENST00000227065 2708 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC34.07■■■■□ 3.04
COL3A1P02461 RTN4R-201ENST00000043402 2157 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC34.07■■■■□ 3.04
COL3A1P02461 MTCH1-202ENST00000373627 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.06■■■■□ 3.04
COL3A1P02461 HDGF-210ENST00000537739 2073 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.06■■■■□ 3.04
COL3A1P02461 NRBF2-202ENST00000435510 1816 ntTSL 2 BASIC34.06■■■■□ 3.04
COL3A1P02461 ANKS1B-203ENST00000341752 2115 ntTSL 2 BASIC34.06■■■■□ 3.04
COL3A1P02461 IGFBPL1-201ENST00000377694 1093 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC34.06■■■■□ 3.04
COL3A1P02461 BOK-AS1-201ENST00000434306 643 ntTSL 1 (best) BASIC34.06■■■■□ 3.04
COL3A1P02461 CLDND1-226ENST00000513287 999 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC34.06■■■■□ 3.04
COL3A1P02461 PLEKHF2-202ENST00000519516 1144 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC34.06■■■■□ 3.04
COL3A1P02461 F8A3-201ENST00000622749 1759 ntAPPRIS P1 BASIC34.04■■■■□ 3.04
COL3A1P02461 NGB-201ENST00000298352 1884 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.04■■■■□ 3.04
COL3A1P02461 RUNX2-211ENST00000625924 1458 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC34.03■■■■□ 3.04
COL3A1P02461 CCZ1B-215ENST00000626257 2211 ntTSL 2 BASIC34.03■■■■□ 3.04
COL3A1P02461 LINC01896-206ENST00000575722 1256 ntTSL 2 BASIC34.03■■■■□ 3.04
COL3A1P02461 AC148477.6-201ENST00000623746 465 ntBASIC34.03■■■■□ 3.04
COL3A1P02461 AC073111.5-206ENST00000642087 859 ntAPPRIS P1 BASIC34.03■■■■□ 3.04
COL3A1P02461 COL13A1-214ENST00000522165 2061 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC34.03■■■■□ 3.04
COL3A1P02461 ARL6IP4-211ENST00000454885 1318 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC34.03■■■■□ 3.04
COL3A1P02461 CERS2-205ENST00000368954 2505 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.02■■■■□ 3.04
COL3A1P02461 PQLC1-202ENST00000357575 2475 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC34.02■■■■□ 3.04
COL3A1P02461 AC008813.1-201ENST00000536597 885 ntBASIC34.01■■■■□ 3.04
COL3A1P02461 C9orf50-201ENST00000372478 1620 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC34.01■■■■□ 3.04
COL3A1P02461 SLC30A10-202ENST00000366926 1915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.01■■■■□ 3.03
COL3A1P02461 VEGFA-208ENST00000417285 1081 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC34.01■■■■□ 3.03
COL3A1P02461 TXNL4A-208ENST00000588162 752 ntTSL 2 BASIC34.01■■■■□ 3.03
COL3A1P02461 SPATA33-209ENST00000579310 1490 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC34■■■■□ 3.03
COL3A1P02461 R3HDM4-208ENST00000626716 138 ntTSL 5 BASIC34■■■■□ 3.03
COL3A1P02461 TPRA1-209ENST00000489960 1903 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC33.99■■■■□ 3.03
COL3A1P02461 ESRRA-201ENST00000000442 2215 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC33.98■■■■□ 3.03
COL3A1P02461 HMCES-202ENST00000389735 1763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.98■■■■□ 3.03
COL3A1P02461 VEGFA-202ENST00000324450 954 ntTSL 1 (best) BASIC33.98■■■■□ 3.03
COL3A1P02461 VEGFA-203ENST00000372055 1286 ntTSL 1 (best) BASIC33.98■■■■□ 3.03
COL3A1P02461 VEGFA-213ENST00000482630 1146 ntTSL 1 (best) BASIC33.98■■■■□ 3.03
COL3A1P02461 VEGFA-227ENST00000615393 984 ntTSL 1 (best) BASIC33.98■■■■□ 3.03
COL3A1P02461 VEGFA-228ENST00000617771 1116 ntTSL 1 (best) BASIC33.98■■■■□ 3.03
COL3A1P02461 VEGFA-229ENST00000621747 1116 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC33.98■■■■□ 3.03
COL3A1P02461 VEGFA-230ENST00000640482 1065 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC33.98■■■■□ 3.03
COL3A1P02461 VEGFA-232ENST00000640653 1170 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC33.98■■■■□ 3.03
COL3A1P02461 DERA-201ENST00000428559 1705 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.97■■■■□ 3.03
COL3A1P02461 TSPAN4-207ENST00000397411 1025 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC33.96■■■■□ 3.03
COL3A1P02461 ARHGAP22-202ENST00000374170 2107 ntTSL 5 BASIC33.96■■■■□ 3.03
COL3A1P02461 LACTBL1-202ENST00000618559 1500 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC33.95■■■■□ 3.03
COL3A1P02461 CHST11-203ENST00000547956 936 ntTSL 2 BASIC33.95■■■■□ 3.02
COL3A1P02461 CLK2-201ENST00000355560 2120 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC33.94■■■■□ 3.02
COL3A1P02461 BCAP31-201ENST00000345046 1589 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.93■■■■□ 3.02
COL3A1P02461 SECTM1-201ENST00000269389 2235 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC33.93■■■■□ 3.02
COL3A1P02461 MRPL51-201ENST00000229238 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.93■■■■□ 3.02
COL3A1P02461 BANF1-208ENST00000533166 1135 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC33.93■■■■□ 3.02
COL3A1P02461 BCL7B-202ENST00000411832 1458 ntTSL 2 BASIC33.92■■■■□ 3.02
COL3A1P02461 LSM6-202ENST00000502781 1352 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.92■■■■□ 3.02
COL3A1P02461 LSM7-201ENST00000252622 529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.92■■■■□ 3.02
COL3A1P02461 CRNDE-206ENST00000559432 587 ntTSL 3 BASIC33.92■■■■□ 3.02
COL3A1P02461 C16orf74-204ENST00000602719 1002 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC33.92■■■■□ 3.02
COL3A1P02461 AP002414.2-202ENST00000590929 1450 ntBASIC33.92■■■■□ 3.02
COL3A1P02461 SDCCAG3-201ENST00000298537 2314 ntTSL 1 (best) BASIC33.91■■■■□ 3.02
COL3A1P02461 LAGE3-201ENST00000357360 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.91■■■■□ 3.02
COL3A1P02461 TNFSF12-201ENST00000293825 1553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.91■■■■□ 3.02
COL3A1P02461 HOXD13-201ENST00000392539 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.91■■■■□ 3.02
COL3A1P02461 SLC35A1-203ENST00000369557 1653 ntTSL 2 BASIC33.9■■■■□ 3.02
COL3A1P02461 PIGX-201ENST00000296333 953 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC33.89■■■■□ 3.02
COL3A1P02461 VWA1-201ENST00000338660 2147 ntTSL 2 BASIC33.89■■■■□ 3.02
COL3A1P02461 EIF5A-208ENST00000573542 1089 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC33.89■■■■□ 3.02
COL3A1P02461 HSD17B1P1-201ENST00000590052 955 ntBASIC33.89■■■■□ 3.02
COL3A1P02461 GNAS-207ENST00000354359 1975 ntTSL 1 (best) BASIC33.89■■■■□ 3.02
COL3A1P02461 GNAS-210ENST00000371085 1972 ntTSL 1 (best) BASIC33.89■■■■□ 3.02
COL3A1P02461 AC139426.1-201ENST00000568218 2529 ntBASIC33.88■■■■□ 3.01
COL3A1P02461 TPRA1-202ENST00000355552 1933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.88■■■■□ 3.01
COL3A1P02461 IL17D-201ENST00000304920 1861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.88■■■■□ 3.01
COL3A1P02461 MIR219A2-201ENST00000608502 1504 ntBASIC33.88■■■■□ 3.01
COL3A1P02461 SYT12-205ENST00000527043 1661 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.87■■■■□ 3.01
COL3A1P02461 CBWD5-202ENST00000377384 1347 ntTSL 1 (best) BASIC33.87■■■■□ 3.01
COL3A1P02461 PDF-201ENST00000288022 1158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.86■■■■□ 3.01
COL3A1P02461 CDC34-201ENST00000215574 1471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.86■■■■□ 3.01
COL3A1P02461 AL121987.2-201ENST00000418602 1578 ntTSL 2 BASIC33.85■■■■□ 3.01
COL3A1P02461 DDAH2-212ENST00000375789 1688 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC33.85■■■■□ 3.01
COL3A1P02461 DDAH2-213ENST00000375792 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.85■■■■□ 3.01
COL3A1P02461 PKIG-207ENST00000372894 1191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.85■■■■□ 3.01
COL3A1P02461 AC078883.1-202ENST00000450443 1397 ntTSL 3 BASIC33.85■■■■□ 3.01
COL3A1P02461 GSR-206ENST00000546342 1482 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC33.85■■■■□ 3.01
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 82 ms