Protein–RNA interactions for Protein: Q9H4Z3

PCIF1, Phosphorylated CTD-interacting factor 1, humanhuman

Predictions only

Length 704 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PCIF1Q9H4Z3 WSB2-201ENST00000315436 2646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.15■■■□□ 2.1
PCIF1Q9H4Z3 INPP4A-203ENST00000409463 1565 ntTSL 1 (best) BASIC28.15■■■□□ 2.1
PCIF1Q9H4Z3 WHRN-203ENST00000374057 1718 ntTSL 2 BASIC28.15■■■□□ 2.1
PCIF1Q9H4Z3 CFAP73-201ENST00000335621 1514 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.14■■■□□ 2.1
PCIF1Q9H4Z3 PPP1CC-208ENST00000551676 1581 ntTSL 2 BASIC28.14■■■□□ 2.1
PCIF1Q9H4Z3 TMEM251-202ENST00000415050 1303 ntTSL 2 BASIC28.14■■■□□ 2.09
PCIF1Q9H4Z3 AP004833.2-201ENST00000532228 1454 ntBASIC28.14■■■□□ 2.09
PCIF1Q9H4Z3 KANSL1L-207ENST00000452086 2334 ntTSL 1 (best) BASIC28.13■■■□□ 2.09
PCIF1Q9H4Z3 ABHD17AP4-201ENST00000411545 909 ntBASIC28.13■■■□□ 2.09
PCIF1Q9H4Z3 AL451007.3-201ENST00000640271 588 ntAPPRIS P1 BASIC28.13■■■□□ 2.09
PCIF1Q9H4Z3 F8A3-201ENST00000622749 1759 ntAPPRIS P1 BASIC28.13■■■□□ 2.09
PCIF1Q9H4Z3 LINC02323-201ENST00000559946 1603 ntTSL 3 BASIC28.13■■■□□ 2.09
PCIF1Q9H4Z3 TPI1-201ENST00000229270 1763 ntTSL 1 (best) BASIC28.12■■■□□ 2.09
PCIF1Q9H4Z3 GGA1-204ENST00000381756 2107 ntTSL 1 (best) BASIC28.12■■■□□ 2.09
PCIF1Q9H4Z3 CHST14-202ENST00000559991 1968 ntTSL 5 BASIC28.11■■■□□ 2.09
PCIF1Q9H4Z3 ITPKA-201ENST00000260386 1824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.11■■■□□ 2.09
PCIF1Q9H4Z3 EID2-201ENST00000390658 1629 ntAPPRIS P1 BASIC28.11■■■□□ 2.09
PCIF1Q9H4Z3 H2AFV-204ENST00000350771 687 ntTSL 2 BASIC28.11■■■□□ 2.09
PCIF1Q9H4Z3 MPP6-203ENST00000409761 1703 ntTSL 5 BASIC28.11■■■□□ 2.09
PCIF1Q9H4Z3 THAP11-201ENST00000303596 2114 ntAPPRIS P1 BASIC28.1■■■□□ 2.09
PCIF1Q9H4Z3 REPIN1-204ENST00000466559 1022 ntTSL 1 (best) BASIC28.1■■■□□ 2.09
PCIF1Q9H4Z3 CLK2-201ENST00000355560 2120 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC28.1■■■□□ 2.09
PCIF1Q9H4Z3 AC100797.4-201ENST00000631653 1827 ntBASIC28.09■■■□□ 2.09
PCIF1Q9H4Z3 ARHGDIG-201ENST00000219409 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.09■■■□□ 2.09
PCIF1Q9H4Z3 ZNRF2P2-203ENST00000454624 420 ntBASIC28.09■■■□□ 2.09
PCIF1Q9H4Z3 SLC35D2-201ENST00000253270 1613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.09■■■□□ 2.09
PCIF1Q9H4Z3 SHARPIN-202ENST00000398712 1765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.09■■■□□ 2.09
PCIF1Q9H4Z3 TESK1-201ENST00000336395 2421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.08■■■□□ 2.09
PCIF1Q9H4Z3 ADAT3-201ENST00000329478 1620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.07■■■□□ 2.08
PCIF1Q9H4Z3 MARCKSL1-201ENST00000329421 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.07■■■□□ 2.08
PCIF1Q9H4Z3 SLC16A8-201ENST00000320521 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.07■■■□□ 2.08
PCIF1Q9H4Z3 PXDC1-202ENST00000380283 2190 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.07■■■□□ 2.08
PCIF1Q9H4Z3 MKRN1-202ENST00000443720 1601 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.07■■■□□ 2.08
PCIF1Q9H4Z3 RASL10A-202ENST00000401450 1720 ntTSL 2 BASIC28.06■■■□□ 2.08
PCIF1Q9H4Z3 COL13A1-213ENST00000520267 2276 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.06■■■□□ 2.08
PCIF1Q9H4Z3 FHL2-202ENST00000344213 1769 ntTSL 1 (best) BASIC28.06■■■□□ 2.08
PCIF1Q9H4Z3 ABL1-201ENST00000318560 5766 ntTSL 1 (best) BASIC28.05■■■□□ 2.08
PCIF1Q9H4Z3 LDLRAD4-218ENST00000592991 1640 ntTSL 1 (best) BASIC28.05■■■□□ 2.08
PCIF1Q9H4Z3 FKBP1A-205ENST00000439640 1583 ntTSL 3 BASIC28.04■■■□□ 2.08
PCIF1Q9H4Z3 AC096888.1-201ENST00000487097 565 ntTSL 4 BASIC28.04■■■□□ 2.08
PCIF1Q9H4Z3 CIB2-201ENST00000258930 1598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.03■■■□□ 2.08
PCIF1Q9H4Z3 MAZ-208ENST00000563402 1461 ntTSL 5 BASIC28.03■■■□□ 2.08
PCIF1Q9H4Z3 MAZ-210ENST00000566906 1455 ntTSL 5 BASIC28.03■■■□□ 2.08
PCIF1Q9H4Z3 GNAS-207ENST00000354359 1975 ntTSL 1 (best) BASIC28.03■■■□□ 2.08
PCIF1Q9H4Z3 GNAS-210ENST00000371085 1972 ntTSL 1 (best) BASIC28.03■■■□□ 2.08
PCIF1Q9H4Z3 RPUSD1-208ENST00000567114 1835 ntTSL 2 BASIC28.02■■■□□ 2.08
PCIF1Q9H4Z3 ACTR3B-201ENST00000256001 2216 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.02■■■□□ 2.08
PCIF1Q9H4Z3 TCAM1P-201ENST00000463377 452 ntTSL 3 BASIC28.02■■■□□ 2.08
PCIF1Q9H4Z3 UBALD1-202ENST00000587615 799 ntTSL 2 BASIC28.02■■■□□ 2.08
PCIF1Q9H4Z3 MAZ-205ENST00000562337 1574 ntTSL 3 BASIC28.02■■■□□ 2.08
PCIF1Q9H4Z3 NKX2-1-204ENST00000522719 1417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.01■■■□□ 2.08
PCIF1Q9H4Z3 AP000251.1-201ENST00000433071 822 ntTSL 1 (best) BASIC28.01■■■□□ 2.07
PCIF1Q9H4Z3 AC027237.3-202ENST00000558617 1778 ntTSL 2 BASIC28.01■■■□□ 2.07
PCIF1Q9H4Z3 MAPK8IP1P1-201ENST00000574657 1439 ntBASIC28.01■■■□□ 2.07
PCIF1Q9H4Z3 ITGA9-203ENST00000422441 2282 ntTSL 1 (best) BASIC28.01■■■□□ 2.07
PCIF1Q9H4Z3 EFNA1-202ENST00000368407 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28■■■□□ 2.07
PCIF1Q9H4Z3 FEV-201ENST00000295727 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28■■■□□ 2.07
PCIF1Q9H4Z3 RALY-201ENST00000246194 1789 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC28■■■□□ 2.07
PCIF1Q9H4Z3 FZD2-201ENST00000315323 2112 ntAPPRIS P1 BASIC28■■■□□ 2.07
PCIF1Q9H4Z3 LAPTM4B-203ENST00000521545 915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.99■■■□□ 2.07
PCIF1Q9H4Z3 MYCL-202ENST00000372816 1688 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC27.99■■■□□ 2.07
PCIF1Q9H4Z3 CCNYL1-203ENST00000392209 1952 ntTSL 2 BASIC27.99■■■□□ 2.07
PCIF1Q9H4Z3 MEST-211ENST00000437945 1455 ntTSL 5 BASIC27.98■■■□□ 2.07
PCIF1Q9H4Z3 DRD5P2-201ENST00000421395 2012 ntBASIC27.98■■■□□ 2.07
PCIF1Q9H4Z3 TNFRSF25-205ENST00000377782 1632 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC27.98■■■□□ 2.07
PCIF1Q9H4Z3 GNAS-211ENST00000371095 1931 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.97■■■□□ 2.07
PCIF1Q9H4Z3 ZDHHC23-206ENST00000498275 2055 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.96■■■□□ 2.07
PCIF1Q9H4Z3 IL17D-201ENST00000304920 1861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.96■■■□□ 2.07
PCIF1Q9H4Z3 DDN-AS1-203ENST00000552284 934 ntTSL 3 BASIC27.96■■■□□ 2.07
PCIF1Q9H4Z3 SLC35A1-203ENST00000369557 1653 ntTSL 2 BASIC27.96■■■□□ 2.07
PCIF1Q9H4Z3 COMMD7-201ENST00000278980 1900 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.96■■■□□ 2.07
PCIF1Q9H4Z3 TNFSF12-201ENST00000293825 1553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.95■■■□□ 2.07
PCIF1Q9H4Z3 LINC01971-201ENST00000617888 1048 ntBASIC27.95■■■□□ 2.06
PCIF1Q9H4Z3 HS3ST6-201ENST00000454677 1273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.94■■■□□ 2.06
PCIF1Q9H4Z3 C2orf88-204ENST00000409870 1441 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.93■■■□□ 2.06
PCIF1Q9H4Z3 RUNX2-203ENST00000371436 1588 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.93■■■□□ 2.06
PCIF1Q9H4Z3 HMCES-202ENST00000389735 1763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.93■■■□□ 2.06
PCIF1Q9H4Z3 SMARCD3-203ENST00000392811 2018 ntTSL 1 (best) BASIC27.92■■■□□ 2.06
PCIF1Q9H4Z3 ZNF470-206ENST00000601902 1640 ntTSL 1 (best) BASIC27.92■■■□□ 2.06
PCIF1Q9H4Z3 ZDHHC16-201ENST00000345745 1519 ntTSL 1 (best) BASIC27.91■■■□□ 2.06
PCIF1Q9H4Z3 DERA-201ENST00000428559 1705 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.9■■■□□ 2.06
PCIF1Q9H4Z3 DUX4L11-201ENST00000611504 1267 ntBASIC27.9■■■□□ 2.06
PCIF1Q9H4Z3 DUX4L12-201ENST00000614593 1267 ntBASIC27.9■■■□□ 2.06
PCIF1Q9H4Z3 DUX4L14-201ENST00000621227 1267 ntBASIC27.9■■■□□ 2.06
PCIF1Q9H4Z3 FTCD-201ENST00000291670 1905 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.89■■■□□ 2.06
PCIF1Q9H4Z3 AGAP1-202ENST00000336665 5427 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.89■■■□□ 2.06
PCIF1Q9H4Z3 C11orf95-204ENST00000546282 390 ntTSL 3 BASIC27.89■■■□□ 2.06
PCIF1Q9H4Z3 AC231981.1-201ENST00000450917 974 ntTSL 3 BASIC27.88■■■□□ 2.05
PCIF1Q9H4Z3 GSX2-202ENST00000503800 1181 ntTSL 5 BASIC27.88■■■□□ 2.05
PCIF1Q9H4Z3 MTMR1-214ENST00000542156 1227 ntTSL 1 (best) BASIC27.88■■■□□ 2.05
PCIF1Q9H4Z3 PDCD2-209ENST00000542896 1082 ntTSL 2 BASIC27.88■■■□□ 2.05
PCIF1Q9H4Z3 MIR7108-201ENST00000614319 87 ntBASIC27.88■■■□□ 2.05
PCIF1Q9H4Z3 FKBP1A-210ENST00000614856 562 ntTSL 2 BASIC27.88■■■□□ 2.05
PCIF1Q9H4Z3 FAM117A-201ENST00000240364 2365 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.88■■■□□ 2.05
PCIF1Q9H4Z3 EIF5A-202ENST00000336458 1511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.87■■■□□ 2.05
PCIF1Q9H4Z3 MNX1-201ENST00000252971 2174 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.87■■■□□ 2.05
PCIF1Q9H4Z3 RHOC-202ENST00000339083 1418 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.87■■■□□ 2.05
PCIF1Q9H4Z3 NXNL1-201ENST00000301944 946 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.87■■■□□ 2.05
PCIF1Q9H4Z3 U2AF2-206ENST00000590551 1104 ntTSL 3 BASIC27.87■■■□□ 2.05
PCIF1Q9H4Z3 MXRA7-203ENST00000449428 1881 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.87■■■□□ 2.05
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 63.5 ms