Protein–RNA interactions for Protein: P49916

LIG3, DNA ligase 3, humanhuman

Predictions only

Length 1,009 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIG3P49916 GATA3-AS1-201ENST00000355358 2214 ntTSL 2 BASIC26.56■■□□□ 1.84
LIG3P49916 GUSB-202ENST00000421103 1742 ntTSL 2 BASIC26.56■■□□□ 1.84
LIG3P49916 NOG-201ENST00000332822 1892 ntAPPRIS P1 BASIC26.55■■□□□ 1.84
LIG3P49916 AP000547.3-202ENST00000592107 1019 ntTSL 1 (best) BASIC26.55■■□□□ 1.84
LIG3P49916 FAM107B-205ENST00000378467 2374 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.55■■□□□ 1.84
LIG3P49916 PIK3R2-208ENST00000617642 1446 ntTSL 5 BASIC26.55■■□□□ 1.84
LIG3P49916 GLRB-203ENST00000509282 1757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.54■■□□□ 1.84
LIG3P49916 ST7-AS1-201ENST00000456775 1889 ntBASIC26.54■■□□□ 1.84
LIG3P49916 BOD1-201ENST00000285908 1286 ntTSL 1 (best) BASIC26.54■■□□□ 1.84
LIG3P49916 BOD1-206ENST00000480951 814 ntTSL 2 BASIC26.54■■□□□ 1.84
LIG3P49916 SCX-201ENST00000567180 999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.54■■□□□ 1.84
LIG3P49916 SPIRE1-202ENST00000409402 5665 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.54■■□□□ 1.84
LIG3P49916 TAZ-205ENST00000475699 1862 ntTSL 1 (best) BASIC26.53■■□□□ 1.84
LIG3P49916 VAX2-201ENST00000234392 1147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.53■■□□□ 1.84
LIG3P49916 XKR6-201ENST00000297303 1550 ntTSL 1 (best) BASIC26.53■■□□□ 1.84
LIG3P49916 MBOAT7-203ENST00000391754 1797 ntTSL 1 (best) BASIC26.53■■□□□ 1.84
LIG3P49916 SLC30A10-202ENST00000366926 1915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.53■■□□□ 1.84
LIG3P49916 LDB1-202ENST00000425280 2089 ntTSL 5 BASIC26.53■■□□□ 1.84
LIG3P49916 MORF4L1-202ENST00000379535 2274 ntTSL 2 BASIC26.53■■□□□ 1.84
LIG3P49916 FOXQ1-201ENST00000296839 2309 ntAPPRIS P1 BASIC26.52■■□□□ 1.84
LIG3P49916 FRAT2-201ENST00000371019 2213 ntAPPRIS P1 BASIC26.52■■□□□ 1.84
LIG3P49916 LRRC61-202ENST00000359623 1877 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.51■■□□□ 1.83
LIG3P49916 VEGFA-207ENST00000413642 1197 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.51■■□□□ 1.83
LIG3P49916 ARL8A-201ENST00000272217 1793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.51■■□□□ 1.83
LIG3P49916 DEDD-212ENST00000545495 2329 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC26.5■■□□□ 1.83
LIG3P49916 FOXE3-201ENST00000335071 1981 ntAPPRIS P1 BASIC26.5■■□□□ 1.83
LIG3P49916 RAB40C-204ENST00000538492 2569 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.5■■□□□ 1.83
LIG3P49916 FANCE-201ENST00000229769 2554 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.5■■□□□ 1.83
LIG3P49916 RCE1-201ENST00000309657 1485 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.49■■□□□ 1.83
LIG3P49916 TM6SF1-202ENST00000322019 2074 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.49■■□□□ 1.83
LIG3P49916 CHSY1-201ENST00000254190 4550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.49■■□□□ 1.83
LIG3P49916 HDGF-210ENST00000537739 2073 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.48■■□□□ 1.83
LIG3P49916 AC108673.1-201ENST00000510422 1159 ntBASIC26.48■■□□□ 1.83
LIG3P49916 NOP53-201ENST00000246802 1528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.48■■□□□ 1.83
LIG3P49916 MAZ-201ENST00000219782 2698 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC26.48■■□□□ 1.83
LIG3P49916 ATP6V1E2-204ENST00000522587 1559 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC26.47■■□□□ 1.83
LIG3P49916 HDAC11-206ENST00000405025 576 ntTSL 4 BASIC26.47■■□□□ 1.83
LIG3P49916 UBE2S-203ENST00000589978 496 ntTSL 5 BASIC26.47■■□□□ 1.83
LIG3P49916 NOXA1-201ENST00000341349 1678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.47■■□□□ 1.83
LIG3P49916 EFNA3-201ENST00000368408 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.46■■□□□ 1.83
LIG3P49916 FAM57A-202ENST00000308278 2412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.46■■□□□ 1.83
LIG3P49916 MIR6090-201ENST00000622481 60 ntBASIC26.46■■□□□ 1.83
LIG3P49916 TCF24-201ENST00000563496 2450 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.46■■□□□ 1.83
LIG3P49916 HSPB11-201ENST00000194214 915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.45■■□□□ 1.82
LIG3P49916 ZNF768-201ENST00000380412 2315 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.44■■□□□ 1.82
LIG3P49916 MPST-206ENST00000429360 1331 ntTSL 1 (best) BASIC26.44■■□□□ 1.82
LIG3P49916 ARTN-203ENST00000414809 1943 ntAPPRIS P4 TSL 3 BASIC26.44■■□□□ 1.82
LIG3P49916 MYLIP-202ENST00000356840 1666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.44■■□□□ 1.82
LIG3P49916 PLEKHG6-206ENST00000536531 1683 ntTSL 1 (best) BASIC26.44■■□□□ 1.82
LIG3P49916 COL13A1-214ENST00000522165 2061 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.43■■□□□ 1.82
LIG3P49916 MLEC-202ENST00000412616 841 ntTSL 3 BASIC26.43■■□□□ 1.82
LIG3P49916 THRA-204ENST00000546243 1909 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.43■■□□□ 1.82
LIG3P49916 CHPT1-201ENST00000229266 1585 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.42■■□□□ 1.82
LIG3P49916 MISP3-202ENST00000587086 1535 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.42■■□□□ 1.82
LIG3P49916 GKAP1-203ENST00000376371 1778 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.42■■□□□ 1.82
LIG3P49916 ABHD17AP4-201ENST00000411545 909 ntBASIC26.41■■□□□ 1.82
LIG3P49916 ZNF706-207ENST00000519882 959 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC26.41■■□□□ 1.82
LIG3P49916 ZNF706-213ENST00000521272 732 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.41■■□□□ 1.82
LIG3P49916 CIB2-204ENST00000557846 934 ntTSL 3 BASIC26.41■■□□□ 1.82
LIG3P49916 AJAP1-201ENST00000378190 2383 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.4■■□□□ 1.82
LIG3P49916 BATF3-201ENST00000243440 980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.4■■□□□ 1.82
LIG3P49916 NME2-202ENST00000393190 866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.4■■□□□ 1.82
LIG3P49916 TRAM2-AS1-201ENST00000453216 664 ntTSL 3 BASIC26.4■■□□□ 1.82
LIG3P49916 ARMC10-208ENST00000441711 2524 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.4■■□□□ 1.82
LIG3P49916 KIAA2013-201ENST00000376572 2815 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.4■■□□□ 1.82
LIG3P49916 BIN1-210ENST00000393041 2272 ntTSL 1 (best) BASIC26.4■■□□□ 1.82
LIG3P49916 NPAS3-203ENST00000357798 2763 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.4■■□□□ 1.82
LIG3P49916 ECI1-207ENST00000570258 1512 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.39■■□□□ 1.82
LIG3P49916 LACTB-201ENST00000261893 1972 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.39■■□□□ 1.82
LIG3P49916 PGM5-201ENST00000396392 1782 ntTSL 1 (best) BASIC26.39■■□□□ 1.82
LIG3P49916 KLC2-205ENST00000394078 1557 ntTSL 5 BASIC26.39■■□□□ 1.82
LIG3P49916 AC004540.2-201ENST00000451368 611 ntTSL 2 BASIC26.39■■□□□ 1.82
LIG3P49916 PLEKHF1-201ENST00000436066 2084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.38■■□□□ 1.81
LIG3P49916 KCNQ3-202ENST00000519445 2801 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.38■■□□□ 1.81
LIG3P49916 POLR1D-201ENST00000302979 1166 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.38■■□□□ 1.81
LIG3P49916 PABPC1L2B-AS1-201ENST00000416989 1167 ntTSL 3 BASIC26.38■■□□□ 1.81
LIG3P49916 AL662864.1-201ENST00000454388 1167 ntTSL 3 BASIC26.38■■□□□ 1.81
LIG3P49916 TNIP2-201ENST00000315423 1974 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.38■■□□□ 1.81
LIG3P49916 SHARPIN-202ENST00000398712 1765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.38■■□□□ 1.81
LIG3P49916 RUNDC3A-206ENST00000590941 1675 ntTSL 1 (best) BASIC26.36■■□□□ 1.81
LIG3P49916 DUX4L29-201ENST00000425409 679 ntBASIC26.36■■□□□ 1.81
LIG3P49916 CACNG7-203ENST00000391767 2688 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.36■■□□□ 1.81
LIG3P49916 PHF23-205ENST00000571362 1768 ntTSL 2 BASIC26.35■■□□□ 1.81
LIG3P49916 RASSF5-204ENST00000580449 1932 ntTSL 1 (best) BASIC26.35■■□□□ 1.81
LIG3P49916 DTNBP1-202ENST00000344537 1403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.35■■□□□ 1.81
LIG3P49916 DOCK5-202ENST00000410074 786 ntTSL 2 BASIC26.35■■□□□ 1.81
LIG3P49916 PGM5P2-201ENST00000613141 1980 ntTSL 1 (best) BASIC26.35■■□□□ 1.81
LIG3P49916 CHPT1-205ENST00000549872 2001 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.34■■□□□ 1.81
LIG3P49916 GAL3ST1-204ENST00000402369 1712 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC26.34■■□□□ 1.81
LIG3P49916 PPP3CC-204ENST00000518852 1598 ntTSL 2 BASIC26.34■■□□□ 1.81
LIG3P49916 UBE2A-207ENST00000628549 934 ntTSL 2 BASIC26.34■■□□□ 1.81
LIG3P49916 NELFB-201ENST00000343053 2698 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.34■■□□□ 1.81
LIG3P49916 RAB26-201ENST00000210187 1675 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.34■■□□□ 1.81
LIG3P49916 HGH1-207ENST00000628266 258 ntTSL 5 BASIC26.33■■□□□ 1.81
LIG3P49916 CAMKK1-201ENST00000158166 2459 ntTSL 1 (best) BASIC26.33■■□□□ 1.81
LIG3P49916 RAPGEF1-203ENST00000372195 6256 ntTSL 1 (best) BASIC26.33■■□□□ 1.81
LIG3P49916 PURG-202ENST00000475541 2875 ntAPPRIS P1 BASIC26.32■■□□□ 1.8
LIG3P49916 SLC35D2-202ENST00000375257 889 ntTSL 2 BASIC26.32■■□□□ 1.8
LIG3P49916 AC021231.2-201ENST00000594613 730 ntBASIC26.32■■□□□ 1.8
LIG3P49916 AC010864.1-201ENST00000609407 1511 ntBASIC26.32■■□□□ 1.8
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 35 ms