Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y4P1

ATG4B, Cysteine protease ATG4B, humanhuman

Predictions only

Length 393 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
ATG4BQ9Y4P1 AL139393.2-201ENST00000608721 2025 ntBASIC24.64■■□□□ 1.54
ATG4BQ9Y4P1 TPRA1-209ENST00000489960 1903 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.64■■□□□ 1.53
ATG4BQ9Y4P1 ACTG1-210ENST00000575842 2256 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.53
ATG4BQ9Y4P1 PDPK1-203ENST00000389224 2416 ntTSL 2 BASIC24.63■■□□□ 1.53
ATG4BQ9Y4P1 SMIM12-205ENST00000456842 918 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.62■■□□□ 1.53
ATG4BQ9Y4P1 AP000911.1-206ENST00000531938 711 ntTSL 3 BASIC24.62■■□□□ 1.53
ATG4BQ9Y4P1 CDKN2A-201ENST00000304494 1218 ntTSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
ATG4BQ9Y4P1 ST6GALNAC6-203ENST00000373142 2448 ntTSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
ATG4BQ9Y4P1 SECTM1-201ENST00000269389 2235 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
ATG4BQ9Y4P1 VAX2-201ENST00000234392 1147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
ATG4BQ9Y4P1 PPP1R35-201ENST00000292330 1031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
ATG4BQ9Y4P1 AC044849.2-201ENST00000606596 710 ntBASIC24.6■■□□□ 1.53
ATG4BQ9Y4P1 TPRA1-202ENST00000355552 1933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
ATG4BQ9Y4P1 SP8-201ENST00000361443 1714 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
ATG4BQ9Y4P1 SIGMAR1-203ENST00000378892 1743 ntTSL 2 BASIC24.59■■□□□ 1.53
ATG4BQ9Y4P1 COQ2-202ENST00000311469 1641 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
ATG4BQ9Y4P1 CMC4-202ENST00000369484 1107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
ATG4BQ9Y4P1 AC104109.3-201ENST00000519718 483 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.58■■□□□ 1.53
ATG4BQ9Y4P1 AMZ2-201ENST00000359783 1722 ntTSL 5 BASIC24.58■■□□□ 1.52
ATG4BQ9Y4P1 HDGF-210ENST00000537739 2073 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
ATG4BQ9Y4P1 GGA1-204ENST00000381756 2107 ntTSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
ATG4BQ9Y4P1 ZFAND2B-208ENST00000409594 2021 ntTSL 2 BASIC24.56■■□□□ 1.52
ATG4BQ9Y4P1 MORF4L1-203ENST00000426013 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
ATG4BQ9Y4P1 SRSF9-201ENST00000229390 1201 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
ATG4BQ9Y4P1 CCDC160-202ENST00000517294 1790 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.56■■□□□ 1.52
ATG4BQ9Y4P1 ARHGAP22-202ENST00000374170 2107 ntTSL 5 BASIC24.56■■□□□ 1.52
ATG4BQ9Y4P1 C14orf80-202ENST00000334656 1358 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.55■■□□□ 1.52
ATG4BQ9Y4P1 SLC30A10-202ENST00000366926 1915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
ATG4BQ9Y4P1 EXOC3L4-201ENST00000380069 2293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
ATG4BQ9Y4P1 BARX1-201ENST00000253968 1533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
ATG4BQ9Y4P1 SPATA5L1-208ENST00000638607 1863 ntTSL 2 BASIC24.54■■□□□ 1.52
ATG4BQ9Y4P1 DOCK5-202ENST00000410074 786 ntTSL 2 BASIC24.54■■□□□ 1.52
ATG4BQ9Y4P1 AC009097.4-201ENST00000566738 777 ntTSL 2 BASIC24.54■■□□□ 1.52
ATG4BQ9Y4P1 TPI1-201ENST00000229270 1763 ntTSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
ATG4BQ9Y4P1 VEGFA-207ENST00000413642 1197 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
ATG4BQ9Y4P1 COL13A1-214ENST00000522165 2061 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.53■■□□□ 1.52
ATG4BQ9Y4P1 C1QTNF8-201ENST00000328449 1627 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.53■■□□□ 1.52
ATG4BQ9Y4P1 MTCH1-202ENST00000373627 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
ATG4BQ9Y4P1 HDAC11-206ENST00000405025 576 ntTSL 4 BASIC24.52■■□□□ 1.52
ATG4BQ9Y4P1 SHF-206ENST00000560471 2499 ntTSL 5 BASIC24.52■■□□□ 1.52
ATG4BQ9Y4P1 SLC16A11-201ENST00000308009 1803 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
ATG4BQ9Y4P1 BHLHE23-201ENST00000370346 1057 ntAPPRIS P1 BASIC24.5■■□□□ 1.51
ATG4BQ9Y4P1 CIB2-204ENST00000557846 934 ntTSL 3 BASIC24.5■■□□□ 1.51
ATG4BQ9Y4P1 TNFRSF25-204ENST00000356876 1625 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
ATG4BQ9Y4P1 UBAC1-201ENST00000371756 1867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
ATG4BQ9Y4P1 BOD1-201ENST00000285908 1286 ntTSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
ATG4BQ9Y4P1 PQLC1-203ENST00000397778 2555 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
ATG4BQ9Y4P1 BOD1-206ENST00000480951 814 ntTSL 2 BASIC24.48■■□□□ 1.51
ATG4BQ9Y4P1 PRELID2-207ENST00000511435 1894 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC24.48■■□□□ 1.51
ATG4BQ9Y4P1 UBE2A-207ENST00000628549 934 ntTSL 2 BASIC24.48■■□□□ 1.51
ATG4BQ9Y4P1 PXDC1-202ENST00000380283 2190 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
ATG4BQ9Y4P1 EI24-212ENST00000615917 1407 ntTSL 2 BASIC24.47■■□□□ 1.51
ATG4BQ9Y4P1 NPC2-207ENST00000555619 1035 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
ATG4BQ9Y4P1 SMDT1-201ENST00000331479 1567 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
ATG4BQ9Y4P1 DPF1-202ENST00000412732 2303 ntTSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.51
ATG4BQ9Y4P1 AP004833.2-201ENST00000532228 1454 ntBASIC24.44■■□□□ 1.5
ATG4BQ9Y4P1 ADAP1-201ENST00000265846 2363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
ATG4BQ9Y4P1 FAM189B-210ENST00000621094 1335 ntTSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
ATG4BQ9Y4P1 COPRS-202ENST00000378634 1041 ntTSL 2 BASIC24.42■■□□□ 1.5
ATG4BQ9Y4P1 FEV-201ENST00000295727 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
ATG4BQ9Y4P1 DNPEP-201ENST00000273075 2425 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
ATG4BQ9Y4P1 PPP1CC-208ENST00000551676 1581 ntTSL 2 BASIC24.42■■□□□ 1.5
ATG4BQ9Y4P1 TESK1-201ENST00000336395 2421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
ATG4BQ9Y4P1 NPHP3-202ENST00000383282 782 ntTSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
ATG4BQ9Y4P1 JMJD8-202ENST00000562111 823 ntTSL 2 BASIC24.41■■□□□ 1.5
ATG4BQ9Y4P1 DNLZ-201ENST00000371738 724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
ATG4BQ9Y4P1 SHARPIN-202ENST00000398712 1765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.5
ATG4BQ9Y4P1 THAP11-201ENST00000303596 2114 ntAPPRIS P1 BASIC24.39■■□□□ 1.49
ATG4BQ9Y4P1 PHF20L1-207ENST00000395379 1998 ntTSL 5 BASIC24.39■■□□□ 1.49
ATG4BQ9Y4P1 CHST14-202ENST00000559991 1968 ntTSL 5 BASIC24.39■■□□□ 1.49
ATG4BQ9Y4P1 QDPR-201ENST00000281243 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.49
ATG4BQ9Y4P1 WSB2-201ENST00000315436 2646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
ATG4BQ9Y4P1 HSD11B1L-202ENST00000339423 1660 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
ATG4BQ9Y4P1 F8A3-201ENST00000622749 1759 ntAPPRIS P1 BASIC24.38■■□□□ 1.49
ATG4BQ9Y4P1 RP9P-201ENST00000381639 1303 ntTSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
ATG4BQ9Y4P1 ANKS1B-203ENST00000341752 2115 ntTSL 2 BASIC24.37■■□□□ 1.49
ATG4BQ9Y4P1 CLK2-201ENST00000355560 2120 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.37■■□□□ 1.49
ATG4BQ9Y4P1 SDCCAG3-201ENST00000298537 2314 ntTSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
ATG4BQ9Y4P1 NME2-202ENST00000393190 866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
ATG4BQ9Y4P1 ZFAND2B-206ENST00000409336 944 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.37■■□□□ 1.49
ATG4BQ9Y4P1 AC021231.2-201ENST00000594613 730 ntBASIC24.37■■□□□ 1.49
ATG4BQ9Y4P1 ZFAND2B-221ENST00000621130 1070 ntTSL 5 BASIC24.37■■□□□ 1.49
ATG4BQ9Y4P1 MPP6-203ENST00000409761 1703 ntTSL 5 BASIC24.37■■□□□ 1.49
ATG4BQ9Y4P1 ITPKA-201ENST00000260386 1824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
ATG4BQ9Y4P1 LINC00273-201ENST00000539813 1452 ntBASIC24.36■■□□□ 1.49
ATG4BQ9Y4P1 COL13A1-213ENST00000520267 2276 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.36■■□□□ 1.49
ATG4BQ9Y4P1 AC135983.2-203ENST00000454486 1613 ntBASIC24.35■■□□□ 1.49
ATG4BQ9Y4P1 DUX4L29-201ENST00000425409 679 ntBASIC24.35■■□□□ 1.49
ATG4BQ9Y4P1 VEGFA-226ENST00000611736 1239 ntTSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
ATG4BQ9Y4P1 FZD2-201ENST00000315323 2112 ntAPPRIS P1 BASIC24.35■■□□□ 1.49
ATG4BQ9Y4P1 GKAP1-202ENST00000376365 1511 ntTSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
ATG4BQ9Y4P1 FHL2-202ENST00000344213 1769 ntTSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
ATG4BQ9Y4P1 AC004837.3-201ENST00000420748 565 ntTSL 4 BASIC24.34■■□□□ 1.49
ATG4BQ9Y4P1 ITGA9-203ENST00000422441 2282 ntTSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
ATG4BQ9Y4P1 IL17D-201ENST00000304920 1861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
ATG4BQ9Y4P1 INPP4A-203ENST00000409463 1565 ntTSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
ATG4BQ9Y4P1 C16orf59-202ENST00000483320 1709 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.33■■□□□ 1.49
ATG4BQ9Y4P1 KANSL1L-207ENST00000452086 2334 ntTSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
ATG4BQ9Y4P1 CCDC149-203ENST00000502801 1079 ntTSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
ATG4BQ9Y4P1 ACTR3B-201ENST00000256001 2216 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.48
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 921.5 ms