Protein–RNA interactions for Protein: Q7Z6J8

UBE3D, E3 ubiquitin-protein ligase E3D, humanhuman

Predictions only

Length 389 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
UBE3DQ7Z6J8 TPRA1-202ENST00000355552 1933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
UBE3DQ7Z6J8 SMIM12-205ENST00000456842 918 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.77■■□□□ 1.56
UBE3DQ7Z6J8 VAX2-201ENST00000234392 1147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
UBE3DQ7Z6J8 RPS2P35-201ENST00000443417 897 ntBASIC24.76■■□□□ 1.55
UBE3DQ7Z6J8 PDPK1-203ENST00000389224 2416 ntTSL 2 BASIC24.76■■□□□ 1.55
UBE3DQ7Z6J8 SECTM1-201ENST00000269389 2235 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
UBE3DQ7Z6J8 COQ2-202ENST00000311469 1641 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
UBE3DQ7Z6J8 SP8-201ENST00000361443 1714 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
UBE3DQ7Z6J8 HDGF-210ENST00000537739 2073 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
UBE3DQ7Z6J8 CDKN2A-201ENST00000304494 1218 ntTSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
UBE3DQ7Z6J8 AC104109.3-201ENST00000519718 483 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.74■■□□□ 1.55
UBE3DQ7Z6J8 SIGMAR1-203ENST00000378892 1743 ntTSL 2 BASIC24.74■■□□□ 1.55
UBE3DQ7Z6J8 ARHGAP22-202ENST00000374170 2107 ntTSL 5 BASIC24.74■■□□□ 1.55
UBE3DQ7Z6J8 ST6GALNAC6-203ENST00000373142 2448 ntTSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
UBE3DQ7Z6J8 GGA1-204ENST00000381756 2107 ntTSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
UBE3DQ7Z6J8 AP000911.1-206ENST00000531938 711 ntTSL 3 BASIC24.73■■□□□ 1.55
UBE3DQ7Z6J8 CCDC160-202ENST00000517294 1790 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.72■■□□□ 1.55
UBE3DQ7Z6J8 TPI1-201ENST00000229270 1763 ntTSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
UBE3DQ7Z6J8 TNK2-201ENST00000333602 5270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
UBE3DQ7Z6J8 C14orf80-202ENST00000334656 1358 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.71■■□□□ 1.55
UBE3DQ7Z6J8 MORF4L1-203ENST00000426013 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
UBE3DQ7Z6J8 ZFAND2B-208ENST00000409594 2021 ntTSL 2 BASIC24.71■■□□□ 1.55
UBE3DQ7Z6J8 AMZ2-201ENST00000359783 1722 ntTSL 5 BASIC24.7■■□□□ 1.54
UBE3DQ7Z6J8 AC044849.2-201ENST00000606596 710 ntBASIC24.7■■□□□ 1.54
UBE3DQ7Z6J8 SLC30A10-202ENST00000366926 1915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.54
UBE3DQ7Z6J8 EXOC3L4-201ENST00000380069 2293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.54
UBE3DQ7Z6J8 SPATA5L1-208ENST00000638607 1863 ntTSL 2 BASIC24.7■■□□□ 1.54
UBE3DQ7Z6J8 BARX1-201ENST00000253968 1533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.54
UBE3DQ7Z6J8 SRSF9-201ENST00000229390 1201 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
UBE3DQ7Z6J8 PPP1R35-201ENST00000292330 1031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
UBE3DQ7Z6J8 DOCK5-202ENST00000410074 786 ntTSL 2 BASIC24.69■■□□□ 1.54
UBE3DQ7Z6J8 VEGFA-207ENST00000413642 1197 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
UBE3DQ7Z6J8 COL13A1-214ENST00000522165 2061 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.69■■□□□ 1.54
UBE3DQ7Z6J8 HDAC11-206ENST00000405025 576 ntTSL 4 BASIC24.68■■□□□ 1.54
UBE3DQ7Z6J8 C1QTNF8-201ENST00000328449 1627 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.68■■□□□ 1.54
UBE3DQ7Z6J8 PARD6A-202ENST00000458121 1260 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
UBE3DQ7Z6J8 SLC16A11-201ENST00000308009 1803 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
UBE3DQ7Z6J8 SHF-206ENST00000560471 2499 ntTSL 5 BASIC24.66■■□□□ 1.54
UBE3DQ7Z6J8 MTCH1-202ENST00000373627 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
UBE3DQ7Z6J8 TNFRSF25-204ENST00000356876 1625 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
UBE3DQ7Z6J8 AC009097.4-201ENST00000566738 777 ntTSL 2 BASIC24.65■■□□□ 1.54
UBE3DQ7Z6J8 UBAC1-201ENST00000371756 1867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.54
UBE3DQ7Z6J8 PXDC1-202ENST00000380283 2190 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.53
UBE3DQ7Z6J8 NPC2-207ENST00000555619 1035 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
UBE3DQ7Z6J8 PRELID2-207ENST00000511435 1894 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC24.63■■□□□ 1.53
UBE3DQ7Z6J8 PQLC1-203ENST00000397778 2555 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
UBE3DQ7Z6J8 CIB2-204ENST00000557846 934 ntTSL 3 BASIC24.61■■□□□ 1.53
UBE3DQ7Z6J8 SMDT1-201ENST00000331479 1567 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
UBE3DQ7Z6J8 DPF1-202ENST00000412732 2303 ntTSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
UBE3DQ7Z6J8 BOD1-201ENST00000285908 1286 ntTSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
UBE3DQ7Z6J8 BOD1-206ENST00000480951 814 ntTSL 2 BASIC24.6■■□□□ 1.53
UBE3DQ7Z6J8 EI24-212ENST00000615917 1407 ntTSL 2 BASIC24.6■■□□□ 1.53
UBE3DQ7Z6J8 FEV-201ENST00000295727 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
UBE3DQ7Z6J8 PPP1CC-208ENST00000551676 1581 ntTSL 2 BASIC24.59■■□□□ 1.53
UBE3DQ7Z6J8 AP004833.2-201ENST00000532228 1454 ntBASIC24.59■■□□□ 1.53
UBE3DQ7Z6J8 DNLZ-201ENST00000371738 724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
UBE3DQ7Z6J8 JMJD8-202ENST00000562111 823 ntTSL 2 BASIC24.59■■□□□ 1.53
UBE3DQ7Z6J8 UBE2A-207ENST00000628549 934 ntTSL 2 BASIC24.59■■□□□ 1.53
UBE3DQ7Z6J8 CMC4-202ENST00000369484 1107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
UBE3DQ7Z6J8 FAM189B-210ENST00000621094 1335 ntTSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.52
UBE3DQ7Z6J8 TESK1-201ENST00000336395 2421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
UBE3DQ7Z6J8 DNPEP-201ENST00000273075 2425 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
UBE3DQ7Z6J8 CHST14-202ENST00000559991 1968 ntTSL 5 BASIC24.56■■□□□ 1.52
UBE3DQ7Z6J8 ADAP1-201ENST00000265846 2363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
UBE3DQ7Z6J8 PHF20L1-207ENST00000395379 1998 ntTSL 5 BASIC24.55■■□□□ 1.52
UBE3DQ7Z6J8 COPRS-202ENST00000378634 1041 ntTSL 2 BASIC24.55■■□□□ 1.52
UBE3DQ7Z6J8 MPP6-203ENST00000409761 1703 ntTSL 5 BASIC24.55■■□□□ 1.52
UBE3DQ7Z6J8 SHARPIN-202ENST00000398712 1765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
UBE3DQ7Z6J8 QDPR-201ENST00000281243 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
UBE3DQ7Z6J8 THAP11-201ENST00000303596 2114 ntAPPRIS P1 BASIC24.54■■□□□ 1.52
UBE3DQ7Z6J8 NME2-202ENST00000393190 866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
UBE3DQ7Z6J8 SDCCAG3-201ENST00000298537 2314 ntTSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
UBE3DQ7Z6J8 WSB2-201ENST00000315436 2646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
UBE3DQ7Z6J8 RP9P-201ENST00000381639 1303 ntTSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
UBE3DQ7Z6J8 HSD11B1L-202ENST00000339423 1660 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
UBE3DQ7Z6J8 ANKS1B-203ENST00000341752 2115 ntTSL 2 BASIC24.52■■□□□ 1.52
UBE3DQ7Z6J8 ITPKA-201ENST00000260386 1824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
UBE3DQ7Z6J8 AC021231.2-201ENST00000594613 730 ntBASIC24.52■■□□□ 1.52
UBE3DQ7Z6J8 F8A3-201ENST00000622749 1759 ntAPPRIS P1 BASIC24.52■■□□□ 1.52
UBE3DQ7Z6J8 LINC00273-201ENST00000539813 1452 ntBASIC24.51■■□□□ 1.51
UBE3DQ7Z6J8 IL17D-201ENST00000304920 1861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
UBE3DQ7Z6J8 COL13A1-213ENST00000520267 2276 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.51■■□□□ 1.51
UBE3DQ7Z6J8 AC135983.2-203ENST00000454486 1613 ntBASIC24.51■■□□□ 1.51
UBE3DQ7Z6J8 CLK2-201ENST00000355560 2120 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.51■■□□□ 1.51
UBE3DQ7Z6J8 ITGA9-203ENST00000422441 2282 ntTSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
UBE3DQ7Z6J8 FHL2-202ENST00000344213 1769 ntTSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
UBE3DQ7Z6J8 FZD2-201ENST00000315323 2112 ntAPPRIS P1 BASIC24.5■■□□□ 1.51
UBE3DQ7Z6J8 AC004837.3-201ENST00000420748 565 ntTSL 4 BASIC24.49■■□□□ 1.51
UBE3DQ7Z6J8 VEGFA-226ENST00000611736 1239 ntTSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
UBE3DQ7Z6J8 CFAP73-201ENST00000335621 1514 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.49■■□□□ 1.51
UBE3DQ7Z6J8 EID2-201ENST00000390658 1629 ntAPPRIS P1 BASIC24.48■■□□□ 1.51
UBE3DQ7Z6J8 INPP4A-203ENST00000409463 1565 ntTSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
UBE3DQ7Z6J8 C16orf59-202ENST00000483320 1709 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.48■■□□□ 1.51
UBE3DQ7Z6J8 CCDC149-203ENST00000502801 1079 ntTSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
UBE3DQ7Z6J8 WHAMMP2-203ENST00000563942 1603 ntBASIC24.48■■□□□ 1.51
UBE3DQ7Z6J8 CALM3-209ENST00000597743 577 ntTSL 4 BASIC24.48■■□□□ 1.51
UBE3DQ7Z6J8 KANSL1L-207ENST00000452086 2334 ntTSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
UBE3DQ7Z6J8 TNFSF12-201ENST00000293825 1553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
UBE3DQ7Z6J8 GKAP1-202ENST00000376365 1511 ntTSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
UBE3DQ7Z6J8 NPHP3-202ENST00000383282 782 ntTSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 15.1 ms