Protein–RNA interactions for Protein: P62684

HERVK_113, Endogenous retrovirus group K member 113 Gag polyprotein, humanhuman

Predictions only

Length 666 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HERVK_113P62684 PTPRF-216ENST00000617451 1129 ntTSL 5 BASIC30.43■■■□□ 2.46
HERVK_113P62684 DPF1-204ENST00000416611 2341 ntTSL 5 BASIC30.42■■■□□ 2.46
HERVK_113P62684 BCL7B-201ENST00000223368 1975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.41■■■□□ 2.46
HERVK_113P62684 AL161658.1-201ENST00000623641 1967 ntBASIC30.41■■■□□ 2.46
HERVK_113P62684 GLT8D1-201ENST00000266014 1849 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.4■■■□□ 2.46
HERVK_113P62684 AC009041.3-201ENST00000564390 879 ntTSL 5 BASIC30.39■■■□□ 2.46
HERVK_113P62684 SMDT1-201ENST00000331479 1567 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.39■■■□□ 2.46
HERVK_113P62684 FAM149A-201ENST00000227065 2708 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC30.39■■■□□ 2.46
HERVK_113P62684 MSX1-201ENST00000382723 1939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.39■■■□□ 2.46
HERVK_113P62684 HES7-202ENST00000541682 1674 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC30.39■■■□□ 2.45
HERVK_113P62684 AC231981.1-201ENST00000450917 974 ntTSL 3 BASIC30.38■■■□□ 2.45
HERVK_113P62684 CTXN1-201ENST00000318978 1274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.37■■■□□ 2.45
HERVK_113P62684 TMEM251-202ENST00000415050 1303 ntTSL 2 BASIC30.37■■■□□ 2.45
HERVK_113P62684 C14orf80-202ENST00000334656 1358 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC30.37■■■□□ 2.45
HERVK_113P62684 LMNTD2-201ENST00000329451 2084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.37■■■□□ 2.45
HERVK_113P62684 UCK1-201ENST00000372208 2063 ntTSL 1 (best) BASIC30.37■■■□□ 2.45
HERVK_113P62684 GATA6-202ENST00000581694 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.37■■■□□ 2.45
HERVK_113P62684 LINC02323-201ENST00000559946 1603 ntTSL 3 BASIC30.36■■■□□ 2.45
HERVK_113P62684 TAZ-215ENST00000612460 1793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.36■■■□□ 2.45
HERVK_113P62684 UBALD1-203ENST00000587649 707 ntTSL 3 BASIC30.36■■■□□ 2.45
HERVK_113P62684 CRNDE-206ENST00000559432 587 ntTSL 3 BASIC30.35■■■□□ 2.45
HERVK_113P62684 FAM189B-210ENST00000621094 1335 ntTSL 1 (best) BASIC30.35■■■□□ 2.45
HERVK_113P62684 SH3BP2-221ENST00000511747 2351 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC30.35■■■□□ 2.45
HERVK_113P62684 TMEM229A-201ENST00000455783 2108 ntAPPRIS P1 BASIC30.34■■■□□ 2.45
HERVK_113P62684 PIGX-201ENST00000296333 953 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC30.34■■■□□ 2.45
HERVK_113P62684 NME2-205ENST00000512737 826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.34■■■□□ 2.45
HERVK_113P62684 SRP68-213ENST00000629930 165 ntTSL 5 BASIC30.34■■■□□ 2.45
HERVK_113P62684 CBLN1-201ENST00000219197 2435 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.34■■■□□ 2.45
HERVK_113P62684 E2F4-201ENST00000379378 2096 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.34■■■□□ 2.45
HERVK_113P62684 TPRA1-201ENST00000296210 1725 ntTSL 1 (best) BASIC30.33■■■□□ 2.45
HERVK_113P62684 AC016595.1-201ENST00000559410 383 ntTSL 3 BASIC30.33■■■□□ 2.45
HERVK_113P62684 AC092647.5-201ENST00000426595 1732 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC30.33■■■□□ 2.45
HERVK_113P62684 ARMC10-211ENST00000541300 2266 ntTSL 1 (best) BASIC30.33■■■□□ 2.45
HERVK_113P62684 ATP8B2-201ENST00000368487 1523 ntTSL 1 (best) BASIC30.32■■■□□ 2.44
HERVK_113P62684 VEGFA-202ENST00000324450 954 ntTSL 1 (best) BASIC30.32■■■□□ 2.44
HERVK_113P62684 VEGFA-203ENST00000372055 1286 ntTSL 1 (best) BASIC30.32■■■□□ 2.44
HERVK_113P62684 VEGFA-213ENST00000482630 1146 ntTSL 1 (best) BASIC30.32■■■□□ 2.44
HERVK_113P62684 VEGFA-227ENST00000615393 984 ntTSL 1 (best) BASIC30.32■■■□□ 2.44
HERVK_113P62684 VEGFA-228ENST00000617771 1116 ntTSL 1 (best) BASIC30.32■■■□□ 2.44
HERVK_113P62684 VEGFA-229ENST00000621747 1116 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.32■■■□□ 2.44
HERVK_113P62684 VEGFA-230ENST00000640482 1065 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.32■■■□□ 2.44
HERVK_113P62684 VEGFA-232ENST00000640653 1170 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.32■■■□□ 2.44
HERVK_113P62684 PPP3CC-204ENST00000518852 1598 ntTSL 2 BASIC30.32■■■□□ 2.44
HERVK_113P62684 MLST8-203ENST00000397124 1691 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC30.31■■■□□ 2.44
HERVK_113P62684 CHST11-202ENST00000546689 756 ntTSL 2 BASIC30.31■■■□□ 2.44
HERVK_113P62684 AC092902.2-221ENST00000628476 965 ntTSL 5 BASIC30.31■■■□□ 2.44
HERVK_113P62684 LINC00273-201ENST00000539813 1452 ntBASIC30.31■■■□□ 2.44
HERVK_113P62684 HNRNPAB-204ENST00000504898 1785 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC30.31■■■□□ 2.44
HERVK_113P62684 RPS20-211ENST00000524349 752 ntTSL 1 (best) BASIC30.3■■■□□ 2.44
HERVK_113P62684 ZDHHC16-201ENST00000345745 1519 ntTSL 1 (best) BASIC30.3■■■□□ 2.44
HERVK_113P62684 MAZ-208ENST00000563402 1461 ntTSL 5 BASIC30.3■■■□□ 2.44
HERVK_113P62684 MAZ-210ENST00000566906 1455 ntTSL 5 BASIC30.3■■■□□ 2.44
HERVK_113P62684 UBA52-204ENST00000595158 743 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC30.29■■■□□ 2.44
HERVK_113P62684 PI4KAP1-202ENST00000611748 1906 ntTSL 1 (best) BASIC30.29■■■□□ 2.44
HERVK_113P62684 POLR3H-201ENST00000337566 1330 ntTSL 1 (best) BASIC30.28■■■□□ 2.44
HERVK_113P62684 GNAI2-202ENST00000313601 2464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.27■■■□□ 2.44
HERVK_113P62684 JMJD8-202ENST00000562111 823 ntTSL 2 BASIC30.26■■■□□ 2.43
HERVK_113P62684 GKAP1-203ENST00000376371 1778 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.26■■■□□ 2.43
HERVK_113P62684 RAMP2-AS1-202ENST00000589716 1985 ntTSL 5 BASIC30.25■■■□□ 2.43
HERVK_113P62684 AC010864.1-201ENST00000609407 1511 ntBASIC30.25■■■□□ 2.43
HERVK_113P62684 GKAP1-202ENST00000376365 1511 ntTSL 1 (best) BASIC30.24■■■□□ 2.43
HERVK_113P62684 AC007383.2-202ENST00000435627 482 ntTSL 2 BASIC30.24■■■□□ 2.43
HERVK_113P62684 GAL3ST1-204ENST00000402369 1712 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC30.24■■■□□ 2.43
HERVK_113P62684 BARX1-201ENST00000253968 1533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.23■■■□□ 2.43
HERVK_113P62684 AC018755.3-201ENST00000598755 664 ntTSL 2 BASIC30.23■■■□□ 2.43
HERVK_113P62684 TRIOBP-205ENST00000407319 2125 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC30.23■■■□□ 2.43
HERVK_113P62684 HOXB3-210ENST00000489475 1845 ntTSL 2 BASIC30.22■■■□□ 2.43
HERVK_113P62684 ANKRD16-201ENST00000191063 1567 ntTSL 3 BASIC30.21■■■□□ 2.43
HERVK_113P62684 CLTA-207ENST00000470744 1102 ntTSL 2 BASIC30.21■■■□□ 2.43
HERVK_113P62684 RARRES2P2-201ENST00000394842 485 ntBASIC30.2■■■□□ 2.43
HERVK_113P62684 ABHD17A-202ENST00000292577 1757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.2■■■□□ 2.42
HERVK_113P62684 STUB1-205ENST00000565677 1560 ntTSL 1 (best) BASIC30.2■■■□□ 2.42
HERVK_113P62684 KHDRBS3-201ENST00000355849 1977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.19■■■□□ 2.42
HERVK_113P62684 SHC2-201ENST00000264554 2494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.19■■■□□ 2.42
HERVK_113P62684 PKIG-207ENST00000372894 1191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.19■■■□□ 2.42
HERVK_113P62684 AC068134.2-201ENST00000437095 576 ntTSL 3 BASIC30.19■■■□□ 2.42
HERVK_113P62684 ZBTB25-202ENST00000555220 1440 ntTSL 1 (best) BASIC30.19■■■□□ 2.42
HERVK_113P62684 EBAG9-202ENST00000395785 1467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.19■■■□□ 2.42
HERVK_113P62684 U2AF1-203ENST00000398137 1019 ntTSL 1 (best) BASIC30.18■■■□□ 2.42
HERVK_113P62684 PTPMT1-203ENST00000426530 1014 ntTSL 1 (best) BASIC30.18■■■□□ 2.42
HERVK_113P62684 U2AF1L5-212ENST00000639996 1019 ntTSL 1 (best) BASIC30.18■■■□□ 2.42
HERVK_113P62684 RUNX2-211ENST00000625924 1458 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.18■■■□□ 2.42
HERVK_113P62684 FOXD3-201ENST00000371116 2086 ntAPPRIS P1 BASIC30.18■■■□□ 2.42
HERVK_113P62684 AC073111.5-206ENST00000642087 859 ntAPPRIS P1 BASIC30.16■■■□□ 2.42
HERVK_113P62684 PELI3-203ENST00000524466 1671 ntTSL 1 (best) BASIC30.16■■■□□ 2.42
HERVK_113P62684 LRRC61-202ENST00000359623 1877 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC30.16■■■□□ 2.42
HERVK_113P62684 GPX1-201ENST00000419349 1106 ntBASIC30.15■■■□□ 2.42
HERVK_113P62684 TPT1-202ENST00000379055 948 ntTSL 2 BASIC30.14■■■□□ 2.42
HERVK_113P62684 S1PR4-201ENST00000246115 1565 ntAPPRIS P1 BASIC30.14■■■□□ 2.42
HERVK_113P62684 KCNK3-202ENST00000620977 1956 ntTSL 1 (best) BASIC30.14■■■□□ 2.41
HERVK_113P62684 CFAP73-201ENST00000335621 1514 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC30.12■■■□□ 2.41
HERVK_113P62684 CBWD5-202ENST00000377384 1347 ntTSL 1 (best) BASIC30.12■■■□□ 2.41
HERVK_113P62684 ATRNL1-209ENST00000609571 1818 ntTSL 1 (best) BASIC30.1■■■□□ 2.41
HERVK_113P62684 MAP3K8-203ENST00000375322 932 ntTSL 2 BASIC30.09■■■□□ 2.41
HERVK_113P62684 FSD1L-204ENST00000469022 1836 ntTSL 1 (best) BASIC30.09■■■□□ 2.41
HERVK_113P62684 BANF1-208ENST00000533166 1135 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC30.09■■■□□ 2.41
HERVK_113P62684 BLOC1S3-202ENST00000587722 732 ntAPPRIS P1 BASIC30.09■■■□□ 2.41
HERVK_113P62684 C2orf88-204ENST00000409870 1441 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC30.08■■■□□ 2.41
HERVK_113P62684 SURF1-201ENST00000371974 1093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.08■■■□□ 2.41
HERVK_113P62684 ABHD17AP5-201ENST00000580133 923 ntBASIC30.08■■■□□ 2.41
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 16.5 ms