Protein–RNA interactions for Protein: P35548

MSX2, Homeobox protein MSX-2, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 267 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
MSX2P35548 AP001107.7-201ENST00000533287 272 ntTSL 2 BASIC24.71■■□□□ 1.55
MSX2P35548 GNAS-207ENST00000354359 1975 ntTSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
MSX2P35548 GNAS-210ENST00000371085 1972 ntTSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
MSX2P35548 GNAS-211ENST00000371095 1931 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
MSX2P35548 HDGFL1-201ENST00000510882 2174 ntAPPRIS P1 BASIC24.7■■□□□ 1.55
MSX2P35548 DEDD-212ENST00000545495 2329 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.7■■□□□ 1.54
MSX2P35548 SLC9A3R2-202ENST00000432365 1564 ntTSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.54
MSX2P35548 NPTXR-202ENST00000640136 1503 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.54
MSX2P35548 NDEL1-202ENST00000380025 2181 ntTSL 5 BASIC24.69■■□□□ 1.54
MSX2P35548 CGREF1-204ENST00000402550 1575 ntTSL 2 BASIC24.68■■□□□ 1.54
MSX2P35548 CCM2L-201ENST00000262659 2523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
MSX2P35548 NOP53-201ENST00000246802 1528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
MSX2P35548 TMEM200C-201ENST00000383490 1920 ntAPPRIS P1 BASIC24.67■■□□□ 1.54
MSX2P35548 MXD3-203ENST00000439742 1483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
MSX2P35548 C17orf97-201ENST00000360127 1839 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
MSX2P35548 RAB3IL1-202ENST00000394836 2284 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
MSX2P35548 MKNK2-202ENST00000309340 1744 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
MSX2P35548 KHSRP-201ENST00000398148 2993 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
MSX2P35548 SLC9A3R2-201ENST00000424542 2194 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
MSX2P35548 HOMER2-202ENST00000450735 1950 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
MSX2P35548 FAM220A-206ENST00000616824 2211 ntTSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
MSX2P35548 FAM89B-201ENST00000316409 1409 ntTSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
MSX2P35548 SLC16A8-201ENST00000320521 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
MSX2P35548 GTF2IP1-204ENST00000616377 2632 ntTSL 2 BASIC24.64■■□□□ 1.53
MSX2P35548 ST6GALNAC6-204ENST00000373144 2406 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
MSX2P35548 MSX2-202ENST00000507785 1188 ntTSL 2 BASIC24.63■■□□□ 1.53
MSX2P35548 SPIRE1-202ENST00000409402 5665 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
MSX2P35548 PQLC1-211ENST00000590381 1247 ntTSL 2 BASIC24.61■■□□□ 1.53
MSX2P35548 RUNX2-205ENST00000465038 1770 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC24.61■■□□□ 1.53
MSX2P35548 AKAP17A-202ENST00000381261 2187 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
MSX2P35548 FOXG1-201ENST00000313071 4890 ntAPPRIS P1 BASIC24.61■■□□□ 1.53
MSX2P35548 NELFB-201ENST00000343053 2698 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
MSX2P35548 AC010864.1-201ENST00000609407 1511 ntBASIC24.6■■□□□ 1.53
MSX2P35548 CDKN2D-202ENST00000393599 1422 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
MSX2P35548 CSNK1E-203ENST00000396832 2791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
MSX2P35548 PLPPR3-201ENST00000359894 2387 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
MSX2P35548 WASH5P-204ENST00000632292 975 ntBASIC24.59■■□□□ 1.53
MSX2P35548 NOG-201ENST00000332822 1892 ntAPPRIS P1 BASIC24.59■■□□□ 1.53
MSX2P35548 F8A3-201ENST00000622749 1759 ntAPPRIS P1 BASIC24.59■■□□□ 1.53
MSX2P35548 RFLNA-205ENST00000546355 2354 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
MSX2P35548 AMZ2-201ENST00000359783 1722 ntTSL 5 BASIC24.58■■□□□ 1.53
MSX2P35548 BX255925.1-201ENST00000566954 1854 ntBASIC24.58■■□□□ 1.53
MSX2P35548 ANKRD65-205ENST00000537107 2190 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.58■■□□□ 1.53
MSX2P35548 HNRNPAB-205ENST00000506259 1674 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
MSX2P35548 PPP3CC-204ENST00000518852 1598 ntTSL 2 BASIC24.57■■□□□ 1.52
MSX2P35548 RNF19B-201ENST00000235150 2334 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
MSX2P35548 PCK2-202ENST00000396973 1830 ntTSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
MSX2P35548 CPTP-201ENST00000343938 2190 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.56■■□□□ 1.52
MSX2P35548 BCL7C-202ENST00000380317 2409 ntTSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
MSX2P35548 ANKRD53-201ENST00000272421 2185 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
MSX2P35548 TANGO2-214ENST00000447208 2086 ntTSL 3 BASIC24.55■■□□□ 1.52
MSX2P35548 CLK2-203ENST00000368361 2166 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
MSX2P35548 DNPEP-201ENST00000273075 2425 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
MSX2P35548 FGF19-201ENST00000294312 2447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
MSX2P35548 GPS1-204ENST00000392358 2276 ntTSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
MSX2P35548 MSANTD2-201ENST00000239614 2495 ntTSL 2 BASIC24.55■■□□□ 1.52
MSX2P35548 MAGI2-211ENST00000535697 6146 ntTSL 5 BASIC24.54■■□□□ 1.52
MSX2P35548 PIK3R2-207ENST00000617130 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
MSX2P35548 REXO4-201ENST00000371935 1899 ntTSL 3 BASIC24.54■■□□□ 1.52
MSX2P35548 PPP1CC-208ENST00000551676 1581 ntTSL 2 BASIC24.54■■□□□ 1.52
MSX2P35548 MXRA7-203ENST00000449428 1881 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
MSX2P35548 RPUSD1-207ENST00000565809 1918 ntTSL 2 BASIC24.53■■□□□ 1.52
MSX2P35548 AGPAT2-202ENST00000371696 1512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
MSX2P35548 SHOX2-201ENST00000389589 2072 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
MSX2P35548 CLPTM1L-201ENST00000320895 2500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
MSX2P35548 HDHD5-202ENST00000336737 1799 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
MSX2P35548 PKM-203ENST00000389093 2279 ntTSL 5 BASIC24.51■■□□□ 1.51
MSX2P35548 STUB1-205ENST00000565677 1560 ntTSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
MSX2P35548 DACT2-202ENST00000366796 2028 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
MSX2P35548 ABL2-203ENST00000392043 2140 ntTSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
MSX2P35548 CAPN10-208ENST00000404753 2570 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.51■■□□□ 1.51
MSX2P35548 ADGRB2-204ENST00000398542 5176 ntTSL 5 BASIC24.51■■□□□ 1.51
MSX2P35548 ACSS1-203ENST00000432802 2438 ntTSL 2 BASIC24.51■■□□□ 1.51
MSX2P35548 TAZ-213ENST00000601016 1889 ntTSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
MSX2P35548 KLC1-225ENST00000557575 2188 ntTSL 5 BASIC24.5■■□□□ 1.51
MSX2P35548 BMP8A-201ENST00000331593 1692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
MSX2P35548 NKPD1-202ENST00000589776 1950 ntAPPRIS P1 BASIC24.49■■□□□ 1.51
MSX2P35548 HNRNPAB-204ENST00000504898 1785 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
MSX2P35548 FAM58A-202ENST00000440428 1164 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC24.48■■□□□ 1.51
MSX2P35548 C11orf80-218ENST00000540737 1786 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.48■■□□□ 1.51
MSX2P35548 RASSF5-204ENST00000580449 1932 ntTSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
MSX2P35548 CFAP99-207ENST00000635017 2298 ntTSL 5 BASIC24.47■■□□□ 1.51
MSX2P35548 AL449106.1-201ENST00000608517 1980 ntBASIC24.47■■□□□ 1.51
MSX2P35548 PWWP2B-201ENST00000305233 2651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
MSX2P35548 CLEC3B-201ENST00000296130 936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
MSX2P35548 AC068152.1-207ENST00000573341 647 ntTSL 2 BASIC24.45■■□□□ 1.5
MSX2P35548 RTN2-202ENST00000344680 2063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
MSX2P35548 AKAP8L-208ENST00000595465 1933 ntTSL 2 BASIC24.45■■□□□ 1.5
MSX2P35548 CHSY1-201ENST00000254190 4550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
MSX2P35548 CCND3-202ENST00000372988 2133 ntTSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
MSX2P35548 FAAP20-204ENST00000400919 1413 ntTSL 3 BASIC24.44■■□□□ 1.5
MSX2P35548 ACAA1-220ENST00000627515 1862 ntTSL 5 BASIC24.43■■□□□ 1.5
MSX2P35548 BCAP31-207ENST00000458587 1810 ntTSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
MSX2P35548 H2AFV-202ENST00000308153 752 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
MSX2P35548 SLC35A1-203ENST00000369557 1653 ntTSL 2 BASIC24.43■■□□□ 1.5
MSX2P35548 RTN2-208ENST00000590526 2357 ntTSL 5 BASIC24.43■■□□□ 1.5
MSX2P35548 KANSL2-215ENST00000553086 1830 ntTSL 5 BASIC24.42■■□□□ 1.5
MSX2P35548 PHF20L1-207ENST00000395379 1998 ntTSL 5 BASIC24.42■■□□□ 1.5
MSX2P35548 TNFRSF25-204ENST00000356876 1625 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
MSX2P35548 RALY-201ENST00000246194 1789 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 8.6 ms