Protein–RNA interactions for Protein: P12111

COL6A3, Collagen alpha-3(VI) chain, humanhuman

Predictions only

Length 3,177 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL6A3P12111 AC011448.1-201ENST00000555938 1100 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.21■■■□□ 2.11
COL6A3P12111 RASGRP2-204ENST00000377487 642 ntTSL 2 BASIC28.21■■■□□ 2.11
COL6A3P12111 AC055876.1-201ENST00000430589 895 ntTSL 2 BASIC28.21■■■□□ 2.11
COL6A3P12111 FGF13-AS1-202ENST00000446383 584 ntTSL 3 BASIC28.2■■■□□ 2.11
COL6A3P12111 THA1P-201ENST00000590384 1145 ntBASIC28.2■■■□□ 2.11
COL6A3P12111 GALK1-205ENST00000588479 1866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.2■■■□□ 2.1
COL6A3P12111 KLF16-204ENST00000617223 1133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.19■■■□□ 2.1
COL6A3P12111 TIE1-210ENST00000538015 1140 ntTSL 1 (best) BASIC28.19■■■□□ 2.1
COL6A3P12111 GNAS-AS1_1.1-201ENST00000621898 103 ntBASIC28.17■■■□□ 2.1
COL6A3P12111 DBP-205ENST00000601104 1489 ntTSL 1 (best) BASIC28.17■■■□□ 2.1
COL6A3P12111 WHRN-203ENST00000374057 1718 ntTSL 2 BASIC28.16■■■□□ 2.1
COL6A3P12111 AC231981.1-201ENST00000450917 974 ntTSL 3 BASIC28.16■■■□□ 2.1
COL6A3P12111 AC012615.2-201ENST00000586259 447 ntTSL 4 BASIC28.15■■■□□ 2.1
COL6A3P12111 SCX-201ENST00000567180 999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.14■■■□□ 2.1
COL6A3P12111 MAPK3-202ENST00000322266 1743 ntTSL 5 BASIC28.14■■■□□ 2.09
COL6A3P12111 FEZF2-201ENST00000283268 2074 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.13■■■□□ 2.09
COL6A3P12111 CHST11-202ENST00000546689 756 ntTSL 2 BASIC28.13■■■□□ 2.09
COL6A3P12111 BAX-202ENST00000345358 793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.13■■■□□ 2.09
COL6A3P12111 AKR1E2-201ENST00000298375 1566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.13■■■□□ 2.09
COL6A3P12111 SLC9A3-AS1-207ENST00000607286 1357 ntTSL 5 BASIC28.13■■■□□ 2.09
COL6A3P12111 TRAPPC10-202ENST00000380221 1763 ntTSL 1 (best) BASIC28.13■■■□□ 2.09
COL6A3P12111 ENDOG-201ENST00000372642 1172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.13■■■□□ 2.09
COL6A3P12111 FAHD1-204ENST00000615972 757 ntTSL 5 BASIC28.13■■■□□ 2.09
COL6A3P12111 FAM168B-201ENST00000389915 944 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC28.12■■■□□ 2.09
COL6A3P12111 CTDNEP1-210ENST00000574322 1708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.12■■■□□ 2.09
COL6A3P12111 PPP1R14A-201ENST00000301242 777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.11■■■□□ 2.09
COL6A3P12111 PROSER2-202ENST00000379200 1232 ntAPPRIS ALT2 BASIC28.11■■■□□ 2.09
COL6A3P12111 LMO2-202ENST00000395833 1687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.11■■■□□ 2.09
COL6A3P12111 CTSZ-201ENST00000217131 1495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.11■■■□□ 2.09
COL6A3P12111 CDKN2B-202ENST00000380142 859 ntTSL 1 (best) BASIC28.11■■■□□ 2.09
COL6A3P12111 HSD17B12-202ENST00000395700 994 ntTSL 1 (best) BASIC28.11■■■□□ 2.09
COL6A3P12111 CCER2-201ENST00000571838 1057 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC28.1■■■□□ 2.09
COL6A3P12111 PMS1-220ENST00000618056 1468 ntTSL 5 BASIC28.1■■■□□ 2.09
COL6A3P12111 MCCD1-201ENST00000376191 955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.09■■■□□ 2.09
COL6A3P12111 TBX2-AS1-203ENST00000590421 861 ntTSL 2 BASIC28.09■■■□□ 2.09
COL6A3P12111 NOXA1-201ENST00000341349 1678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.09■■■□□ 2.09
COL6A3P12111 MDFIC-203ENST00000423503 474 ntTSL 1 (best) BASIC28.08■■■□□ 2.09
COL6A3P12111 BTBD19-201ENST00000409335 1214 ntTSL 5 BASIC28.07■■■□□ 2.08
COL6A3P12111 FAM78B-202ENST00000354422 1475 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.06■■■□□ 2.08
COL6A3P12111 YIF1A-201ENST00000359461 943 ntTSL 2 BASIC28.05■■■□□ 2.08
COL6A3P12111 YIF1A-203ENST00000376901 1124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.05■■■□□ 2.08
COL6A3P12111 UPF3A-209ENST00000492270 494 ntTSL 2 BASIC28.04■■■□□ 2.08
COL6A3P12111 PSMG4-207ENST00000451246 824 ntTSL 3 BASIC28.03■■■□□ 2.08
COL6A3P12111 CGREF1-202ENST00000312734 1610 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC28.02■■■□□ 2.08
COL6A3P12111 ATP6V1E2-204ENST00000522587 1559 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC28.02■■■□□ 2.08
COL6A3P12111 TNFRSF12A-201ENST00000326577 1033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.02■■■□□ 2.08
COL6A3P12111 ANXA5-201ENST00000296511 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.01■■■□□ 2.07
COL6A3P12111 ANKRD16-201ENST00000191063 1567 ntTSL 3 BASIC28■■■□□ 2.07
COL6A3P12111 AC148477.1-201ENST00000537720 476 ntTSL 3 BASIC28■■■□□ 2.07
COL6A3P12111 AC025884.2-201ENST00000553429 711 ntBASIC27.99■■■□□ 2.07
COL6A3P12111 KRTAP5-5-201ENST00000399676 933 ntAPPRIS P1 BASIC27.99■■■□□ 2.07
COL6A3P12111 SOHLH1-202ENST00000425225 1411 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.99■■■□□ 2.07
COL6A3P12111 AC079305.3-201ENST00000455416 218 ntTSL 5 BASIC27.99■■■□□ 2.07
COL6A3P12111 PLEKHJ1-213ENST00000591099 1092 ntTSL 2 BASIC27.99■■■□□ 2.07
COL6A3P12111 ZDHHC16-201ENST00000345745 1519 ntTSL 1 (best) BASIC27.98■■■□□ 2.07
COL6A3P12111 UBE2L6-201ENST00000287156 1354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.98■■■□□ 2.07
COL6A3P12111 C20orf24-201ENST00000342422 896 ntTSL 2 BASIC27.98■■■□□ 2.07
COL6A3P12111 C20orf24-202ENST00000344795 1114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.98■■■□□ 2.07
COL6A3P12111 FAM120C-203ENST00000477084 1140 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.98■■■□□ 2.07
COL6A3P12111 OR2A1-AS1-204ENST00000470435 602 ntBASIC27.97■■■□□ 2.07
COL6A3P12111 B4GALT7-201ENST00000029410 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.97■■■□□ 2.07
COL6A3P12111 ACTR3B-202ENST00000377776 1566 ntTSL 1 (best) BASIC27.96■■■□□ 2.07
COL6A3P12111 ATXN3-252ENST00000620536 1044 ntTSL 5 BASIC27.96■■■□□ 2.07
COL6A3P12111 ATXN3-253ENST00000621269 936 ntTSL 5 BASIC27.96■■■□□ 2.07
COL6A3P12111 CAPNS1-204ENST00000587718 1558 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.96■■■□□ 2.07
COL6A3P12111 CAPNS1-201ENST00000246533 1918 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.96■■■□□ 2.07
COL6A3P12111 JUND-201ENST00000252818 1863 ntAPPRIS P1 BASIC27.95■■■□□ 2.07
COL6A3P12111 PYY2-202ENST00000441253 1076 ntTSL 1 (best) BASIC27.95■■■□□ 2.06
COL6A3P12111 CHPT1-201ENST00000229266 1585 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.93■■■□□ 2.06
COL6A3P12111 LOR-201ENST00000368742 1230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.93■■■□□ 2.06
COL6A3P12111 HOXD-AS2-201ENST00000426965 927 ntTSL 1 (best) BASIC27.93■■■□□ 2.06
COL6A3P12111 AC009299.2-201ENST00000482477 511 ntBASIC27.93■■■□□ 2.06
COL6A3P12111 TMEM251-202ENST00000415050 1303 ntTSL 2 BASIC27.92■■■□□ 2.06
COL6A3P12111 HES6-204ENST00000409182 863 ntTSL 2 BASIC27.92■■■□□ 2.06
COL6A3P12111 LYPD6B-204ENST00000409876 1248 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.92■■■□□ 2.06
COL6A3P12111 C16orf74-204ENST00000602719 1002 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC27.92■■■□□ 2.06
COL6A3P12111 ZMYND19-201ENST00000298585 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.92■■■□□ 2.06
COL6A3P12111 GUSBP5-201ENST00000418136 578 ntBASIC27.91■■■□□ 2.06
COL6A3P12111 AC060814.1-201ENST00000554326 538 ntBASIC27.91■■■□□ 2.06
COL6A3P12111 CTAG1B-201ENST00000328435 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.89■■■□□ 2.06
COL6A3P12111 CTAG1A-202ENST00000599837 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.89■■■□□ 2.06
COL6A3P12111 SURF1-201ENST00000371974 1093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.89■■■□□ 2.06
COL6A3P12111 SURF1-205ENST00000615505 991 ntTSL 1 (best) BASIC27.89■■■□□ 2.06
COL6A3P12111 SLC9A3R2-202ENST00000432365 1564 ntTSL 1 (best) BASIC27.89■■■□□ 2.06
COL6A3P12111 LSM7-203ENST00000585409 512 ntTSL 2 BASIC27.88■■■□□ 2.05
COL6A3P12111 C11orf91-201ENST00000379011 811 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.88■■■□□ 2.05
COL6A3P12111 AC107214.1-201ENST00000457303 559 ntTSL 1 (best) BASIC27.88■■■□□ 2.05
COL6A3P12111 EI24-212ENST00000615917 1407 ntTSL 2 BASIC27.87■■■□□ 2.05
COL6A3P12111 TAF10-201ENST00000299424 1215 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.87■■■□□ 2.05
COL6A3P12111 MPST-201ENST00000341116 1504 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.87■■■□□ 2.05
COL6A3P12111 SAP25-204ENST00000622764 1031 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.87■■■□□ 2.05
COL6A3P12111 AP002884.3-203ENST00000419895 1711 ntTSL 2 BASIC27.87■■■□□ 2.05
COL6A3P12111 PNMT-201ENST00000269582 1253 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.86■■■□□ 2.05
COL6A3P12111 PLEKHJ1-204ENST00000586608 935 ntTSL 3 BASIC27.86■■■□□ 2.05
COL6A3P12111 AC092296.2-201ENST00000589470 999 ntBASIC27.85■■■□□ 2.05
COL6A3P12111 FOXO6-202ENST00000641094 1476 ntAPPRIS P1 BASIC27.84■■■□□ 2.05
COL6A3P12111 LINC02323-201ENST00000559946 1603 ntTSL 3 BASIC27.84■■■□□ 2.05
COL6A3P12111 LSM7-201ENST00000252622 529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.84■■■□□ 2.05
COL6A3P12111 CSNK1E-205ENST00000405675 2127 ntTSL 5 BASIC27.83■■■□□ 2.05
COL6A3P12111 SMDT1-201ENST00000331479 1567 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.83■■■□□ 2.05
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 40.2 ms