Protein–RNA interactions for Protein: Q70EL1

USP54, Inactive ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 54, humanhuman

Predictions only

Length 1,684 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP54Q70EL1 C16orf95-205ENST00000567970 1031 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC35.99■■■■□ 3.35
USP54Q70EL1 RASSF7-202ENST00000397583 1928 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC35.98■■■■□ 3.35
USP54Q70EL1 HES7-202ENST00000541682 1674 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC35.98■■■■□ 3.35
USP54Q70EL1 U2AF1L5-201ENST00000610664 897 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC35.98■■■■□ 3.35
USP54Q70EL1 TMEM251-202ENST00000415050 1303 ntTSL 2 BASIC35.97■■■■□ 3.35
USP54Q70EL1 NREP-216ENST00000508870 540 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC35.97■■■■□ 3.35
USP54Q70EL1 NIT1-201ENST00000368007 1749 ntTSL 2 BASIC35.96■■■■□ 3.35
USP54Q70EL1 MTCP1-202ENST00000369476 2274 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC35.96■■■■□ 3.35
USP54Q70EL1 XKR6-201ENST00000297303 1550 ntTSL 1 (best) BASIC35.96■■■■□ 3.35
USP54Q70EL1 GLRX5-201ENST00000331334 1564 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.95■■■■□ 3.35
USP54Q70EL1 C5orf66-AS1-201ENST00000507035 843 ntTSL 2 BASIC35.94■■■■□ 3.34
USP54Q70EL1 DTNBP1-212ENST00000622898 1305 ntTSL 1 (best) BASIC35.94■■■■□ 3.34
USP54Q70EL1 PLEKHG6-206ENST00000536531 1683 ntTSL 1 (best) BASIC35.94■■■■□ 3.34
USP54Q70EL1 PPP3CC-204ENST00000518852 1598 ntTSL 2 BASIC35.94■■■■□ 3.34
USP54Q70EL1 U2AF1-201ENST00000291552 962 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC35.94■■■■□ 3.34
USP54Q70EL1 FKBP1A-210ENST00000614856 562 ntTSL 2 BASIC35.94■■■■□ 3.34
USP54Q70EL1 U2AF1L5-202ENST00000619610 813 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC35.94■■■■□ 3.34
USP54Q70EL1 EI24-212ENST00000615917 1407 ntTSL 2 BASIC35.91■■■■□ 3.34
USP54Q70EL1 JMJD8-216ENST00000609261 1901 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC35.91■■■■□ 3.34
USP54Q70EL1 CNIH2-203ENST00000528852 1524 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC35.91■■■■□ 3.34
USP54Q70EL1 RRAD-202ENST00000420652 1476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.91■■■■□ 3.34
USP54Q70EL1 TCEA2-204ENST00000395053 1733 ntTSL 1 (best) BASIC35.9■■■■□ 3.34
USP54Q70EL1 OLFM2-201ENST00000264833 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.89■■■■□ 3.34
USP54Q70EL1 ABHD12-201ENST00000339157 2117 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC35.89■■■■□ 3.34
USP54Q70EL1 AVEN-201ENST00000306730 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.89■■■■□ 3.34
USP54Q70EL1 CLDND1-226ENST00000513287 999 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC35.88■■■■□ 3.33
USP54Q70EL1 QDPR-201ENST00000281243 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.87■■■■□ 3.33
USP54Q70EL1 GATA6-202ENST00000581694 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.87■■■■□ 3.33
USP54Q70EL1 C11orf95-204ENST00000546282 390 ntTSL 3 BASIC35.87■■■■□ 3.33
USP54Q70EL1 NOP53-201ENST00000246802 1528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.86■■■■□ 3.33
USP54Q70EL1 P2RX2-203ENST00000350048 1344 ntTSL 1 (best) BASIC35.85■■■■□ 3.33
USP54Q70EL1 MSRB2-201ENST00000376510 1803 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.85■■■■□ 3.33
USP54Q70EL1 CAAP1-205ENST00000520187 773 ntTSL 5 BASIC35.84■■■■□ 3.33
USP54Q70EL1 CSPG5-205ENST00000610462 2073 ntTSL 5 BASIC35.84■■■■□ 3.33
USP54Q70EL1 AP002884.3-203ENST00000419895 1711 ntTSL 2 BASIC35.82■■■■□ 3.33
USP54Q70EL1 DUX4L13-201ENST00000554103 1267 ntBASIC35.82■■■■□ 3.33
USP54Q70EL1 DUX4L15-201ENST00000611059 1267 ntBASIC35.82■■■■□ 3.33
USP54Q70EL1 DUX4L23-201ENST00000615195 1269 ntBASIC35.82■■■■□ 3.33
USP54Q70EL1 DUX4L24-201ENST00000617576 1269 ntBASIC35.82■■■■□ 3.33
USP54Q70EL1 DUX4L22-201ENST00000618238 1269 ntBASIC35.82■■■■□ 3.33
USP54Q70EL1 DUX4L20-201ENST00000619712 1269 ntBASIC35.82■■■■□ 3.33
USP54Q70EL1 DUX4L21-201ENST00000622058 1269 ntBASIC35.82■■■■□ 3.33
USP54Q70EL1 DUX4L10-201ENST00000622460 1267 ntBASIC35.82■■■■□ 3.33
USP54Q70EL1 DUX4L25-201ENST00000624915 1269 ntBASIC35.82■■■■□ 3.33
USP54Q70EL1 FAAP20-202ENST00000378546 729 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.81■■■■□ 3.32
USP54Q70EL1 AC231981.1-201ENST00000450917 974 ntTSL 3 BASIC35.81■■■■□ 3.32
USP54Q70EL1 GLRB-203ENST00000509282 1757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.8■■■■□ 3.32
USP54Q70EL1 HSD17B1P1-201ENST00000590052 955 ntBASIC35.79■■■■□ 3.32
USP54Q70EL1 SIAH1-203ENST00000394725 2147 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC35.78■■■■□ 3.32
USP54Q70EL1 CALM3-209ENST00000597743 577 ntTSL 4 BASIC35.78■■■■□ 3.32
USP54Q70EL1 LINC00273-201ENST00000539813 1452 ntBASIC35.78■■■■□ 3.32
USP54Q70EL1 AP000251.1-201ENST00000433071 822 ntTSL 1 (best) BASIC35.76■■■■□ 3.32
USP54Q70EL1 AL161658.1-201ENST00000623641 1967 ntBASIC35.75■■■■□ 3.31
USP54Q70EL1 AC016595.1-201ENST00000559410 383 ntTSL 3 BASIC35.75■■■■□ 3.31
USP54Q70EL1 MLST8-203ENST00000397124 1691 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC35.74■■■■□ 3.31
USP54Q70EL1 UCK1-201ENST00000372208 2063 ntTSL 1 (best) BASIC35.74■■■■□ 3.31
USP54Q70EL1 GUSB-202ENST00000421103 1742 ntTSL 2 BASIC35.74■■■■□ 3.31
USP54Q70EL1 PI4KAP1-202ENST00000611748 1906 ntTSL 1 (best) BASIC35.73■■■■□ 3.31
USP54Q70EL1 GKAP1-203ENST00000376371 1778 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.72■■■■□ 3.31
USP54Q70EL1 PARD6A-201ENST00000219255 1248 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC35.72■■■■□ 3.31
USP54Q70EL1 RANBP1-202ENST00000402752 1132 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC35.72■■■■□ 3.31
USP54Q70EL1 R3HDM4-208ENST00000626716 138 ntTSL 5 BASIC35.72■■■■□ 3.31
USP54Q70EL1 C14orf80-202ENST00000334656 1358 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC35.7■■■■□ 3.31
USP54Q70EL1 PDXP-201ENST00000215904 2010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.7■■■■□ 3.31
USP54Q70EL1 EBPL-201ENST00000242827 914 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.7■■■■□ 3.31
USP54Q70EL1 SMDT1-201ENST00000331479 1567 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.7■■■■□ 3.3
USP54Q70EL1 AC010864.1-201ENST00000609407 1511 ntBASIC35.7■■■■□ 3.3
USP54Q70EL1 ATRNL1-209ENST00000609571 1818 ntTSL 1 (best) BASIC35.68■■■■□ 3.3
USP54Q70EL1 JMJD8-202ENST00000562111 823 ntTSL 2 BASIC35.66■■■■□ 3.3
USP54Q70EL1 PELI3-203ENST00000524466 1671 ntTSL 1 (best) BASIC35.66■■■■□ 3.3
USP54Q70EL1 STARD10-220ENST00000545082 1085 ntTSL 3 BASIC35.65■■■■□ 3.3
USP54Q70EL1 CHML-204ENST00000638121 920 ntTSL 2 BASIC35.65■■■■□ 3.3
USP54Q70EL1 TMEM229A-201ENST00000455783 2108 ntAPPRIS P1 BASIC35.64■■■■□ 3.3
USP54Q70EL1 GRASP-201ENST00000293662 1933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.62■■■■□ 3.29
USP54Q70EL1 MSX1-201ENST00000382723 1939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.62■■■■□ 3.29
USP54Q70EL1 FAM189B-210ENST00000621094 1335 ntTSL 1 (best) BASIC35.61■■■■□ 3.29
USP54Q70EL1 ABHD17A-202ENST00000292577 1757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.61■■■■□ 3.29
USP54Q70EL1 GAL3ST1-204ENST00000402369 1712 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC35.6■■■■□ 3.29
USP54Q70EL1 BARX1-201ENST00000253968 1533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.59■■■■□ 3.29
USP54Q70EL1 CISD3-204ENST00000613478 2074 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC35.59■■■■□ 3.29
USP54Q70EL1 METRNL-202ENST00000570778 967 ntTSL 5 BASIC35.59■■■■□ 3.29
USP54Q70EL1 STUB1-205ENST00000565677 1560 ntTSL 1 (best) BASIC35.59■■■■□ 3.29
USP54Q70EL1 AC009041.3-201ENST00000564390 879 ntTSL 5 BASIC35.59■■■■□ 3.29
USP54Q70EL1 HNRNPAB-204ENST00000504898 1785 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC35.58■■■■□ 3.29
USP54Q70EL1 EIF5A-208ENST00000573542 1089 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC35.58■■■■□ 3.29
USP54Q70EL1 UBA52-204ENST00000595158 743 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC35.57■■■■□ 3.28
USP54Q70EL1 EBAG9-202ENST00000395785 1467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.56■■■■□ 3.28
USP54Q70EL1 WHRN-203ENST00000374057 1718 ntTSL 2 BASIC35.56■■■■□ 3.28
USP54Q70EL1 HES6-205ENST00000409356 528 ntTSL 2 BASIC35.56■■■■□ 3.28
USP54Q70EL1 MRPL51-201ENST00000229238 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.55■■■■□ 3.28
USP54Q70EL1 SRP68-213ENST00000629930 165 ntTSL 5 BASIC35.55■■■■□ 3.28
USP54Q70EL1 ENKD1-201ENST00000243878 1579 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.54■■■■□ 3.28
USP54Q70EL1 HMX1-201ENST00000400677 1895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.53■■■■□ 3.28
USP54Q70EL1 BRD4-212ENST00000630599 726 ntTSL 2 BASIC35.53■■■■□ 3.28
USP54Q70EL1 PIGX-201ENST00000296333 953 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC35.52■■■■□ 3.28
USP54Q70EL1 PPP4R4-202ENST00000328839 876 ntTSL 1 (best) BASIC35.52■■■■□ 3.28
USP54Q70EL1 RUNX2-203ENST00000371436 1588 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC35.52■■■■□ 3.28
USP54Q70EL1 HOXB3-210ENST00000489475 1845 ntTSL 2 BASIC35.52■■■■□ 3.28
USP54Q70EL1 BCL7B-202ENST00000411832 1458 ntTSL 2 BASIC35.5■■■■□ 3.27
USP54Q70EL1 POLR3H-201ENST00000337566 1330 ntTSL 1 (best) BASIC35.5■■■■□ 3.27
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 77.6 ms