Protein–RNA interactions for Protein: Q2UY09

COL28A1, Collagen alpha-1(XXVIII) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,125 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL28A1Q2UY09 RANBP1-202ENST00000402752 1132 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
COL28A1Q2UY09 BMP7-202ENST00000395864 1746 ntTSL 5 BASIC25.29■■□□□ 1.64
COL28A1Q2UY09 CRNDE-206ENST00000559432 587 ntTSL 3 BASIC25.29■■□□□ 1.64
COL28A1Q2UY09 GRASP-201ENST00000293662 1933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
COL28A1Q2UY09 EBPL-201ENST00000242827 914 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
COL28A1Q2UY09 GNPTAB-206ENST00000549940 1678 ntTSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
COL28A1Q2UY09 TRAPPC10-202ENST00000380221 1763 ntTSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
COL28A1Q2UY09 KMT2E-AS1-201ENST00000453677 736 ntTSL 3 BASIC25.27■■□□□ 1.64
COL28A1Q2UY09 VEGFA-226ENST00000611736 1239 ntTSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
COL28A1Q2UY09 U2AF1L5-201ENST00000610664 897 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
COL28A1Q2UY09 ARL6IP4-211ENST00000454885 1318 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
COL28A1Q2UY09 CRIP1-201ENST00000330233 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
COL28A1Q2UY09 PDXP-201ENST00000215904 2010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
COL28A1Q2UY09 KCNF1-201ENST00000295082 2289 ntAPPRIS P1 BASIC25.24■■□□□ 1.63
COL28A1Q2UY09 MISP3-202ENST00000587086 1535 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
COL28A1Q2UY09 CDKN3-202ENST00000335183 893 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
COL28A1Q2UY09 CDKN3-211ENST00000611205 874 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.24■■□□□ 1.63
COL28A1Q2UY09 SLC15A4-201ENST00000266771 2779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
COL28A1Q2UY09 H2AFV-204ENST00000350771 687 ntTSL 2 BASIC25.23■■□□□ 1.63
COL28A1Q2UY09 AC005540.1-201ENST00000413911 919 ntTSL 3 BASIC25.23■■□□□ 1.63
COL28A1Q2UY09 SRP68-213ENST00000629930 165 ntTSL 5 BASIC25.23■■□□□ 1.63
COL28A1Q2UY09 PTPMT1-203ENST00000426530 1014 ntTSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
COL28A1Q2UY09 TCAM1P-201ENST00000463377 452 ntTSL 3 BASIC25.22■■□□□ 1.63
COL28A1Q2UY09 AC009041.3-201ENST00000564390 879 ntTSL 5 BASIC25.22■■□□□ 1.63
COL28A1Q2UY09 GPX1-201ENST00000419349 1106 ntBASIC25.2■■□□□ 1.62
COL28A1Q2UY09 AC012615.2-201ENST00000586259 447 ntTSL 4 BASIC25.2■■□□□ 1.62
COL28A1Q2UY09 UBE2S-203ENST00000589978 496 ntTSL 5 BASIC25.2■■□□□ 1.62
COL28A1Q2UY09 MAFA-201ENST00000333480 2347 ntAPPRIS P1 BASIC25.2■■□□□ 1.62
COL28A1Q2UY09 TFEB-204ENST00000373033 2331 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
COL28A1Q2UY09 ANGPTL6-204ENST00000592641 1781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
COL28A1Q2UY09 MXD3-208ENST00000513063 861 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.19■■□□□ 1.62
COL28A1Q2UY09 AC012354.3-201ENST00000623734 483 ntBASIC25.19■■□□□ 1.62
COL28A1Q2UY09 RRAD-202ENST00000420652 1476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
COL28A1Q2UY09 VEGFA-202ENST00000324450 954 ntTSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
COL28A1Q2UY09 VEGFA-203ENST00000372055 1286 ntTSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
COL28A1Q2UY09 VEGFA-213ENST00000482630 1146 ntTSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
COL28A1Q2UY09 VEGFA-227ENST00000615393 984 ntTSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
COL28A1Q2UY09 VEGFA-228ENST00000617771 1116 ntTSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
COL28A1Q2UY09 VEGFA-229ENST00000621747 1116 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
COL28A1Q2UY09 VEGFA-230ENST00000640482 1065 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
COL28A1Q2UY09 VEGFA-232ENST00000640653 1170 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
COL28A1Q2UY09 HES6-205ENST00000409356 528 ntTSL 2 BASIC25.16■■□□□ 1.62
COL28A1Q2UY09 DUX4L13-201ENST00000554103 1267 ntBASIC25.16■■□□□ 1.62
COL28A1Q2UY09 AC016595.1-201ENST00000559410 383 ntTSL 3 BASIC25.16■■□□□ 1.62
COL28A1Q2UY09 DUX4L15-201ENST00000611059 1267 ntBASIC25.16■■□□□ 1.62
COL28A1Q2UY09 FKBP1A-210ENST00000614856 562 ntTSL 2 BASIC25.16■■□□□ 1.62
COL28A1Q2UY09 DUX4L23-201ENST00000615195 1269 ntBASIC25.16■■□□□ 1.62
COL28A1Q2UY09 HNRNPUL1-221ENST00000617305 1018 ntTSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
COL28A1Q2UY09 DUX4L24-201ENST00000617576 1269 ntBASIC25.16■■□□□ 1.62
COL28A1Q2UY09 DUX4L22-201ENST00000618238 1269 ntBASIC25.16■■□□□ 1.62
COL28A1Q2UY09 DUX4L20-201ENST00000619712 1269 ntBASIC25.16■■□□□ 1.62
COL28A1Q2UY09 DUX4L21-201ENST00000622058 1269 ntBASIC25.16■■□□□ 1.62
COL28A1Q2UY09 DUX4L10-201ENST00000622460 1267 ntBASIC25.16■■□□□ 1.62
COL28A1Q2UY09 DUX4L25-201ENST00000624915 1269 ntBASIC25.16■■□□□ 1.62
COL28A1Q2UY09 RNF126P1-201ENST00000567452 1320 ntBASIC25.15■■□□□ 1.62
COL28A1Q2UY09 SSTR4-201ENST00000255008 1427 ntAPPRIS P1 BASIC25.15■■□□□ 1.62
COL28A1Q2UY09 AP000547.3-202ENST00000592107 1019 ntTSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
COL28A1Q2UY09 EMID1-201ENST00000334018 2173 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
COL28A1Q2UY09 WSB2-211ENST00000544233 2503 ntTSL 2 BASIC25.15■■□□□ 1.62
COL28A1Q2UY09 KIAA2013-202ENST00000376576 2539 ntTSL 2 BASIC25.14■■□□□ 1.62
COL28A1Q2UY09 CAAP1-205ENST00000520187 773 ntTSL 5 BASIC25.14■■□□□ 1.62
COL28A1Q2UY09 U2AF1-203ENST00000398137 1019 ntTSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
COL28A1Q2UY09 U2AF1L5-212ENST00000639996 1019 ntTSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
COL28A1Q2UY09 MAP3K8-203ENST00000375322 932 ntTSL 2 BASIC25.12■■□□□ 1.61
COL28A1Q2UY09 CCM2-201ENST00000258781 1894 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
COL28A1Q2UY09 IGFBP2-201ENST00000233809 1439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
COL28A1Q2UY09 METTL24-201ENST00000338882 1119 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.11■■□□□ 1.61
COL28A1Q2UY09 PKIG-207ENST00000372894 1191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
COL28A1Q2UY09 NTF6A-201ENST00000591175 560 ntBASIC25.11■■□□□ 1.61
COL28A1Q2UY09 ZBTB25-202ENST00000555220 1440 ntTSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
COL28A1Q2UY09 TMEM80-202ENST00000397512 1572 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
COL28A1Q2UY09 FAM149A-201ENST00000227065 2708 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
COL28A1Q2UY09 DBP-205ENST00000601104 1489 ntTSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
COL28A1Q2UY09 SCX-201ENST00000567180 999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.61
COL28A1Q2UY09 CPNE1-203ENST00000397442 1695 ntTSL 5 BASIC25.07■■□□□ 1.6
COL28A1Q2UY09 HOXB3-207ENST00000472863 1909 ntTSL 2 BASIC25.07■■□□□ 1.6
COL28A1Q2UY09 CHMP4B-201ENST00000217402 1646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
COL28A1Q2UY09 NRG3-203ENST00000404547 2163 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
COL28A1Q2UY09 TXNRD2-204ENST00000400521 2115 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
COL28A1Q2UY09 AC018358.1-201ENST00000631079 1402 ntBASIC25.06■■□□□ 1.6
COL28A1Q2UY09 MAD2L2-207ENST00000376692 1118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
COL28A1Q2UY09 RPS20-211ENST00000524349 752 ntTSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
COL28A1Q2UY09 TPT1-202ENST00000379055 948 ntTSL 2 BASIC25.05■■□□□ 1.6
COL28A1Q2UY09 POLR3H-201ENST00000337566 1330 ntTSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
COL28A1Q2UY09 RHOC-202ENST00000339083 1418 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
COL28A1Q2UY09 CTDNEP1-201ENST00000318988 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
COL28A1Q2UY09 RPRML-201ENST00000322329 1093 ntAPPRIS P1 BASIC25.04■■□□□ 1.6
COL28A1Q2UY09 ENHO-201ENST00000399775 1082 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.04■■□□□ 1.6
COL28A1Q2UY09 AC008105.3-203ENST00000591365 2238 ntTSL 2 BASIC25.04■■□□□ 1.6
COL28A1Q2UY09 SMARCD3-201ENST00000262188 1993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
COL28A1Q2UY09 POLR1D-201ENST00000302979 1166 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
COL28A1Q2UY09 CBWD5-202ENST00000377384 1347 ntTSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
COL28A1Q2UY09 TMEM229A-201ENST00000455783 2108 ntAPPRIS P1 BASIC25.03■■□□□ 1.6
COL28A1Q2UY09 AC105285.1-201ENST00000500914 2036 ntTSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
COL28A1Q2UY09 MRPL23-202ENST00000381519 643 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.02■■□□□ 1.6
COL28A1Q2UY09 MRPL23-205ENST00000397298 736 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
COL28A1Q2UY09 ACOT1-202ENST00000557556 1271 ntTSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
COL28A1Q2UY09 QDPR-201ENST00000281243 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
COL28A1Q2UY09 NIT1-201ENST00000368007 1749 ntTSL 2 BASIC25.01■■□□□ 1.59
COL28A1Q2UY09 C11orf95-204ENST00000546282 390 ntTSL 3 BASIC25.01■■□□□ 1.59
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 19.1 ms