Protein–RNA interactions for Protein: Q08174

PCDH1, Protocadherin-1, humanhuman

Predictions only

Length 1,060 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PCDH1Q08174 WDSUB1-205ENST00000409990 1920 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.38■■□□□ 1.65
PCDH1Q08174 LMO1-202ENST00000428101 1038 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
PCDH1Q08174 IRX1-201ENST00000302006 1858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
PCDH1Q08174 SIRT3-201ENST00000382743 2543 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
PCDH1Q08174 SEC61G-204ENST00000450622 512 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.37■■□□□ 1.65
PCDH1Q08174 RASSF8-202ENST00000381352 2320 ntTSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
PCDH1Q08174 PGM5P2-201ENST00000613141 1980 ntTSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
PCDH1Q08174 NMB-202ENST00000394588 1017 ntTSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
PCDH1Q08174 VEGFA-231ENST00000640499 1188 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
PCDH1Q08174 MAF-201ENST00000326043 2646 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
PCDH1Q08174 RCC1L-202ENST00000614461 2419 ntTSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
PCDH1Q08174 STUB1-205ENST00000565677 1560 ntTSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
PCDH1Q08174 FGF18-201ENST00000274625 1986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
PCDH1Q08174 BATF3-201ENST00000243440 980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
PCDH1Q08174 MISP3-201ENST00000269720 1424 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.34■■□□□ 1.65
PCDH1Q08174 MKNK2-202ENST00000309340 1744 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
PCDH1Q08174 SP8-201ENST00000361443 1714 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
PCDH1Q08174 TPRA1-202ENST00000355552 1933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.65
PCDH1Q08174 ZNF787-203ENST00000610935 1925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.65
PCDH1Q08174 BIN1-204ENST00000348750 2074 ntTSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.65
PCDH1Q08174 MIR762-201ENST00000390236 83 ntBASIC25.33■■□□□ 1.65
PCDH1Q08174 CHML-205ENST00000638160 705 ntTSL 3 BASIC25.33■■□□□ 1.65
PCDH1Q08174 LANCL3-203ENST00000614025 1469 ntTSL 2 BASIC25.32■■□□□ 1.64
PCDH1Q08174 MYLIP-202ENST00000356840 1666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
PCDH1Q08174 FSD1L-208ENST00000495708 1906 ntTSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
PCDH1Q08174 AC012615.2-201ENST00000586259 447 ntTSL 4 BASIC25.3■■□□□ 1.64
PCDH1Q08174 AC012629.2-201ENST00000606513 377 ntTSL 5 BASIC25.3■■□□□ 1.64
PCDH1Q08174 PDCD2-215ENST00000614056 1287 ntTSL 2 BASIC25.3■■□□□ 1.64
PCDH1Q08174 CIB1-201ENST00000328649 1247 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
PCDH1Q08174 CIB1-202ENST00000612800 1096 ntTSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
PCDH1Q08174 ABHD17A-202ENST00000292577 1757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
PCDH1Q08174 HNRNPAB-205ENST00000506259 1674 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
PCDH1Q08174 VWA1-201ENST00000338660 2147 ntTSL 2 BASIC25.27■■□□□ 1.64
PCDH1Q08174 HOXB3-212ENST00000498678 2196 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.27■■□□□ 1.64
PCDH1Q08174 ATP6V1E2-204ENST00000522587 1559 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.27■■□□□ 1.64
PCDH1Q08174 MNX1-207ENST00000543409 1620 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
PCDH1Q08174 NOXA1-201ENST00000341349 1678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
PCDH1Q08174 PXDC1-202ENST00000380283 2190 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
PCDH1Q08174 PQLC1-202ENST00000357575 2475 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.25■■□□□ 1.63
PCDH1Q08174 RUNX2-205ENST00000465038 1770 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC25.25■■□□□ 1.63
PCDH1Q08174 FEV-201ENST00000295727 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
PCDH1Q08174 HNRNPAB-204ENST00000504898 1785 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
PCDH1Q08174 HNRNPLP2-201ENST00000568980 1570 ntBASIC25.24■■□□□ 1.63
PCDH1Q08174 GFRA4-202ENST00000319242 900 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
PCDH1Q08174 TESK1-206ENST00000620767 2438 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.24■■□□□ 1.63
PCDH1Q08174 RTN4R-201ENST00000043402 2157 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
PCDH1Q08174 ATF4-201ENST00000337304 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
PCDH1Q08174 YAP1-204ENST00000526343 2393 ntTSL 5 BASIC25.23■■□□□ 1.63
PCDH1Q08174 CHPT1-201ENST00000229266 1585 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
PCDH1Q08174 ENKD1-201ENST00000243878 1579 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
PCDH1Q08174 AL139393.2-201ENST00000608721 2025 ntBASIC25.21■■□□□ 1.63
PCDH1Q08174 H2AFV-205ENST00000381124 628 ntTSL 3 BASIC25.21■■□□□ 1.63
PCDH1Q08174 MEX3D-201ENST00000402693 2850 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
PCDH1Q08174 SIGMAR1-203ENST00000378892 1743 ntTSL 2 BASIC25.2■■□□□ 1.63
PCDH1Q08174 ECI1-203ENST00000562238 948 ntTSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
PCDH1Q08174 LYNX1-208ENST00000615007 1293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
PCDH1Q08174 SECTM1-201ENST00000269389 2235 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
PCDH1Q08174 RCC1L-205ENST00000618035 1409 ntTSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
PCDH1Q08174 GRK6-206ENST00000507633 1660 ntTSL 5 BASIC25.2■■□□□ 1.62
PCDH1Q08174 TSEN34-203ENST00000396388 1349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
PCDH1Q08174 SCX-201ENST00000567180 999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
PCDH1Q08174 SLC30A10-202ENST00000366926 1915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
PCDH1Q08174 AP000547.3-202ENST00000592107 1019 ntTSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
PCDH1Q08174 ACOT7-201ENST00000361521 2429 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
PCDH1Q08174 AC139426.1-201ENST00000568218 2529 ntBASIC25.17■■□□□ 1.62
PCDH1Q08174 EFNA1-202ENST00000368407 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
PCDH1Q08174 AC005559.1-201ENST00000589661 871 ntBASIC25.16■■□□□ 1.62
PCDH1Q08174 MARCH11-201ENST00000332432 1741 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.15■■□□□ 1.62
PCDH1Q08174 S100A10-202ENST00000368811 1202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.62
PCDH1Q08174 AMZ2-201ENST00000359783 1722 ntTSL 5 BASIC25.14■■□□□ 1.61
PCDH1Q08174 EBAG9-202ENST00000395785 1467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.61
PCDH1Q08174 AP002884.3-203ENST00000419895 1711 ntTSL 2 BASIC25.12■■□□□ 1.61
PCDH1Q08174 COL13A1-214ENST00000522165 2061 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.12■■□□□ 1.61
PCDH1Q08174 ARHGAP22-202ENST00000374170 2107 ntTSL 5 BASIC25.12■■□□□ 1.61
PCDH1Q08174 EXOC3L4-201ENST00000380069 2293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
PCDH1Q08174 AP004833.2-201ENST00000532228 1454 ntBASIC25.11■■□□□ 1.61
PCDH1Q08174 FAM185A-202ENST00000413034 1179 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC25.11■■□□□ 1.61
PCDH1Q08174 TXNL4A-210ENST00000591711 669 ntTSL 2 BASIC25.11■■□□□ 1.61
PCDH1Q08174 MISP3-202ENST00000587086 1535 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
PCDH1Q08174 MTCH1-202ENST00000373627 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
PCDH1Q08174 NAA50-207ENST00000493900 962 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC25.1■■□□□ 1.61
PCDH1Q08174 RPS2-209ENST00000529806 993 ntTSL 3 BASIC25.1■■□□□ 1.61
PCDH1Q08174 CERS2-205ENST00000368954 2505 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
PCDH1Q08174 GTF3C4-202ENST00000483873 1417 ntTSL 3 BASIC25.09■■□□□ 1.61
PCDH1Q08174 SPATA5L1-208ENST00000638607 1863 ntTSL 2 BASIC25.09■■□□□ 1.61
PCDH1Q08174 TERF2-207ENST00000567296 1129 ntTSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.61
PCDH1Q08174 UBE2S-203ENST00000589978 496 ntTSL 5 BASIC25.08■■□□□ 1.61
PCDH1Q08174 TOMM40-201ENST00000252487 1707 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.61
PCDH1Q08174 TOMM40-202ENST00000405636 1709 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.61
PCDH1Q08174 COQ2-202ENST00000311469 1641 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.6
PCDH1Q08174 HDGF-210ENST00000537739 2073 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.6
PCDH1Q08174 PGAM5-201ENST00000317555 1182 ntTSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
PCDH1Q08174 PSMG4-202ENST00000380305 489 ntTSL 5 BASIC25.07■■□□□ 1.6
PCDH1Q08174 MSANTD2-203ENST00000524950 1109 ntTSL 2 BASIC25.07■■□□□ 1.6
PCDH1Q08174 AP006261.1-201ENST00000584783 668 ntBASIC25.07■■□□□ 1.6
PCDH1Q08174 TESK1-201ENST00000336395 2421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
PCDH1Q08174 NMB-201ENST00000360476 1007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
PCDH1Q08174 DUX4L28-201ENST00000623687 678 ntBASIC25.06■■□□□ 1.6
PCDH1Q08174 IL17D-201ENST00000304920 1861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
PCDH1Q08174 AC127502.1-201ENST00000399971 1502 ntBASIC25.06■■□□□ 1.6
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 60.8 ms