Protein–RNA interactions for Protein: P38398

BRCA1, Breast cancer type 1 susceptibility protein, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 1,863 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
BRCA1P38398 CBWD5-202ENST00000377384 1347 ntTSL 1 (best) BASIC33.22■■■□□ 2.91
BRCA1P38398 SSTR4-201ENST00000255008 1427 ntAPPRIS P1 BASIC33.22■■■□□ 2.91
BRCA1P38398 VEGFA-202ENST00000324450 954 ntTSL 1 (best) BASIC33.22■■■□□ 2.91
BRCA1P38398 VEGFA-203ENST00000372055 1286 ntTSL 1 (best) BASIC33.22■■■□□ 2.91
BRCA1P38398 VEGFA-213ENST00000482630 1146 ntTSL 1 (best) BASIC33.22■■■□□ 2.91
BRCA1P38398 VEGFA-227ENST00000615393 984 ntTSL 1 (best) BASIC33.22■■■□□ 2.91
BRCA1P38398 VEGFA-228ENST00000617771 1116 ntTSL 1 (best) BASIC33.22■■■□□ 2.91
BRCA1P38398 C16orf95-206ENST00000618367 974 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC33.22■■■□□ 2.91
BRCA1P38398 VEGFA-229ENST00000621747 1116 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC33.22■■■□□ 2.91
BRCA1P38398 VEGFA-230ENST00000640482 1065 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC33.22■■■□□ 2.91
BRCA1P38398 VEGFA-232ENST00000640653 1170 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC33.22■■■□□ 2.91
BRCA1P38398 CPNE1-203ENST00000397442 1695 ntTSL 5 BASIC33.22■■■□□ 2.91
BRCA1P38398 GPX1-201ENST00000419349 1106 ntBASIC33.21■■■□□ 2.91
BRCA1P38398 CTDNEP1-201ENST00000318988 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.19■■■□□ 2.9
BRCA1P38398 MAP3K8-203ENST00000375322 932 ntTSL 2 BASIC33.18■■■□□ 2.9
BRCA1P38398 SLC9A3R2-202ENST00000432365 1564 ntTSL 1 (best) BASIC33.18■■■□□ 2.9
BRCA1P38398 BTBD19-203ENST00000450269 1572 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC33.17■■■□□ 2.9
BRCA1P38398 SSBP4-202ENST00000348495 1721 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC33.17■■■□□ 2.9
BRCA1P38398 CHML-204ENST00000638121 920 ntTSL 2 BASIC33.16■■■□□ 2.9
BRCA1P38398 NOXA1-201ENST00000341349 1678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.16■■■□□ 2.9
BRCA1P38398 CTXN1-201ENST00000318978 1274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.14■■■□□ 2.9
BRCA1P38398 CDKN3-202ENST00000335183 893 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC33.14■■■□□ 2.9
BRCA1P38398 AP000251.1-201ENST00000433071 822 ntTSL 1 (best) BASIC33.14■■■□□ 2.9
BRCA1P38398 CDKN3-211ENST00000611205 874 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC33.14■■■□□ 2.9
BRCA1P38398 PKIG-207ENST00000372894 1191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.13■■■□□ 2.89
BRCA1P38398 TMEM251-202ENST00000415050 1303 ntTSL 2 BASIC33.13■■■□□ 2.89
BRCA1P38398 ATP6V1E2-204ENST00000522587 1559 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC33.13■■■□□ 2.89
BRCA1P38398 AC005540.1-201ENST00000413911 919 ntTSL 3 BASIC33.12■■■□□ 2.89
BRCA1P38398 AC231981.1-201ENST00000450917 974 ntTSL 3 BASIC33.12■■■□□ 2.89
BRCA1P38398 RUNX2-211ENST00000625924 1458 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC33.11■■■□□ 2.89
BRCA1P38398 BLOC1S3-202ENST00000587722 732 ntAPPRIS P1 BASIC33.09■■■□□ 2.89
BRCA1P38398 MAPK3-205ENST00000395202 1008 ntTSL 1 (best) BASIC33.08■■■□□ 2.89
BRCA1P38398 AC012354.3-201ENST00000623734 483 ntBASIC33.07■■■□□ 2.88
BRCA1P38398 TGIF1-202ENST00000343820 2076 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.05■■■□□ 2.88
BRCA1P38398 LINC01918-201ENST00000436841 797 ntTSL 2 BASIC33.05■■■□□ 2.88
BRCA1P38398 NTF6A-201ENST00000591175 560 ntBASIC33.04■■■□□ 2.88
BRCA1P38398 GNPTAB-206ENST00000549940 1678 ntTSL 1 (best) BASIC33.04■■■□□ 2.88
BRCA1P38398 EI24-212ENST00000615917 1407 ntTSL 2 BASIC33.04■■■□□ 2.88
BRCA1P38398 PTCH1-210ENST00000468211 1254 ntTSL 1 (best) BASIC33.03■■■□□ 2.88
BRCA1P38398 KCNQ5-204ENST00000370392 1469 ntTSL 1 (best) BASIC33.03■■■□□ 2.88
BRCA1P38398 TWIST1-201ENST00000242261 1666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.03■■■□□ 2.88
BRCA1P38398 C11orf96-203ENST00000617612 1294 ntAPPRIS P1 BASIC33.03■■■□□ 2.88
BRCA1P38398 BMP7-202ENST00000395864 1746 ntTSL 5 BASIC33.03■■■□□ 2.88
BRCA1P38398 RUNX2-203ENST00000371436 1588 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC33.02■■■□□ 2.88
BRCA1P38398 RAB12-201ENST00000329286 2137 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.01■■■□□ 2.87
BRCA1P38398 RPS20-211ENST00000524349 752 ntTSL 1 (best) BASIC33■■■□□ 2.87
BRCA1P38398 HNRNPUL1-221ENST00000617305 1018 ntTSL 1 (best) BASIC33■■■□□ 2.87
BRCA1P38398 RNF126P1-201ENST00000567452 1320 ntBASIC33■■■□□ 2.87
BRCA1P38398 ATP8B2-201ENST00000368487 1523 ntTSL 1 (best) BASIC33■■■□□ 2.87
BRCA1P38398 ENHO-201ENST00000399775 1082 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC32.99■■■□□ 2.87
BRCA1P38398 IL1R1-201ENST00000409288 1735 ntTSL 5 BASIC32.99■■■□□ 2.87
BRCA1P38398 CHPT1-201ENST00000229266 1585 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC32.99■■■□□ 2.87
BRCA1P38398 AGO3-204ENST00000397828 1035 ntTSL 2 BASIC32.98■■■□□ 2.87
BRCA1P38398 TPT1-202ENST00000379055 948 ntTSL 2 BASIC32.97■■■□□ 2.87
BRCA1P38398 ACOT1-202ENST00000557556 1271 ntTSL 1 (best) BASIC32.97■■■□□ 2.87
BRCA1P38398 AGPAT2-202ENST00000371696 1512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.96■■■□□ 2.87
BRCA1P38398 BANF1-208ENST00000533166 1135 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC32.95■■■□□ 2.87
BRCA1P38398 AC073111.5-206ENST00000642087 859 ntAPPRIS P1 BASIC32.95■■■□□ 2.86
BRCA1P38398 B4GALT2-203ENST00000372324 2203 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.94■■■□□ 2.86
BRCA1P38398 CHST11-202ENST00000546689 756 ntTSL 2 BASIC32.93■■■□□ 2.86
BRCA1P38398 MDFIC-208ENST00000614186 1068 ntTSL 1 (best) BASIC32.93■■■□□ 2.86
BRCA1P38398 NPW-202ENST00000566435 991 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC32.92■■■□□ 2.86
BRCA1P38398 AC092902.2-221ENST00000628476 965 ntTSL 5 BASIC32.91■■■□□ 2.86
BRCA1P38398 TMEM80-202ENST00000397512 1572 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC32.9■■■□□ 2.86
BRCA1P38398 WHRN-203ENST00000374057 1718 ntTSL 2 BASIC32.89■■■□□ 2.86
BRCA1P38398 C2orf88-204ENST00000409870 1441 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC32.89■■■□□ 2.85
BRCA1P38398 BATF3-201ENST00000243440 980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.88■■■□□ 2.85
BRCA1P38398 CLTA-207ENST00000470744 1102 ntTSL 2 BASIC32.88■■■□□ 2.85
BRCA1P38398 PIK3R2-208ENST00000617642 1446 ntTSL 5 BASIC32.87■■■□□ 2.85
BRCA1P38398 PCYT2-206ENST00000571105 1628 ntTSL 5 BASIC32.84■■■□□ 2.85
BRCA1P38398 MYLIP-202ENST00000356840 1666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.84■■■□□ 2.85
BRCA1P38398 MANF-204ENST00000528157 1153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.84■■■□□ 2.85
BRCA1P38398 KCNK1-202ENST00000366621 2161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.83■■■□□ 2.85
BRCA1P38398 SLC2A4RG-201ENST00000266077 1731 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.83■■■□□ 2.85
BRCA1P38398 MXD3-208ENST00000513063 861 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC32.83■■■□□ 2.85
BRCA1P38398 KIAA2013-203ENST00000616327 2170 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC32.83■■■□□ 2.85
BRCA1P38398 KIF13A-207ENST00000502704 1330 ntTSL 1 (best) BASIC32.83■■■□□ 2.85
BRCA1P38398 CAPNS1-216ENST00000628306 1389 ntTSL 5 BASIC32.83■■■□□ 2.85
BRCA1P38398 CEP120-209ENST00000515110 606 ntTSL 3 BASIC32.82■■■□□ 2.85
BRCA1P38398 RAD51-210ENST00000557850 1397 ntTSL 2 BASIC32.82■■■□□ 2.84
BRCA1P38398 LINC00273-201ENST00000539813 1452 ntBASIC32.8■■■□□ 2.84
BRCA1P38398 TRIM52-AS1-202ENST00000507434 672 ntTSL 1 (best) BASIC32.8■■■□□ 2.84
BRCA1P38398 S1PR4-201ENST00000246115 1565 ntAPPRIS P1 BASIC32.8■■■□□ 2.84
BRCA1P38398 RPRML-201ENST00000322329 1093 ntAPPRIS P1 BASIC32.79■■■□□ 2.84
BRCA1P38398 C1orf122-201ENST00000373042 973 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC32.78■■■□□ 2.84
BRCA1P38398 ZSCAN1-202ENST00000391700 952 ntTSL 1 (best) BASIC32.78■■■□□ 2.84
BRCA1P38398 C1orf232-201ENST00000634842 643 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC32.78■■■□□ 2.84
BRCA1P38398 ANKRD16-201ENST00000191063 1567 ntTSL 3 BASIC32.78■■■□□ 2.84
BRCA1P38398 NOG-201ENST00000332822 1892 ntAPPRIS P1 BASIC32.78■■■□□ 2.84
BRCA1P38398 AC116565.1-201ENST00000610212 2421 ntAPPRIS P1 BASIC32.75■■■□□ 2.83
BRCA1P38398 GRASP-206ENST00000552049 1688 ntTSL 1 (best) BASIC32.75■■■□□ 2.83
BRCA1P38398 TSR3-201ENST00000007390 1243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.75■■■□□ 2.83
BRCA1P38398 AP002884.3-203ENST00000419895 1711 ntTSL 2 BASIC32.75■■■□□ 2.83
BRCA1P38398 AC008813.1-201ENST00000536597 885 ntBASIC32.74■■■□□ 2.83
BRCA1P38398 VPS37D-201ENST00000324941 1624 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.74■■■□□ 2.83
BRCA1P38398 SMDT1-201ENST00000331479 1567 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.74■■■□□ 2.83
BRCA1P38398 LIME1-206ENST00000487026 805 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC32.74■■■□□ 2.83
BRCA1P38398 PXMP2-201ENST00000317479 957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.72■■■□□ 2.83
BRCA1P38398 FAM168B-201ENST00000389915 944 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC32.72■■■□□ 2.83
BRCA1P38398 GFER-205ENST00000569451 517 ntTSL 5 BASIC32.72■■■□□ 2.83
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 16.4 ms