Protein–RNA interactions for Protein: P34897

SHMT2, Serine hydroxymethyltransferase, mitochondrial, humanhuman

Predictions only

Length 504 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SHMT2P34897 FSD1L-204ENST00000469022 1836 ntTSL 1 (best) BASIC25.69■■□□□ 1.7
SHMT2P34897 GTF3C4-202ENST00000483873 1417 ntTSL 3 BASIC25.69■■□□□ 1.7
SHMT2P34897 CMC4-202ENST00000369484 1107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.68■■□□□ 1.7
SHMT2P34897 CDKN2A-201ENST00000304494 1218 ntTSL 1 (best) BASIC25.67■■□□□ 1.7
SHMT2P34897 MAD2L2-205ENST00000376669 864 ntTSL 3 BASIC25.67■■□□□ 1.7
SHMT2P34897 TPRA1-201ENST00000296210 1725 ntTSL 1 (best) BASIC25.66■■□□□ 1.7
SHMT2P34897 TXNL4A-210ENST00000591711 669 ntTSL 2 BASIC25.66■■□□□ 1.7
SHMT2P34897 NOP53-201ENST00000246802 1528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.66■■□□□ 1.7
SHMT2P34897 NOG-201ENST00000332822 1892 ntAPPRIS P1 BASIC25.65■■□□□ 1.7
SHMT2P34897 CCZ1B-215ENST00000626257 2211 ntTSL 2 BASIC25.65■■□□□ 1.7
SHMT2P34897 HOXD8-201ENST00000313173 1917 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC25.65■■□□□ 1.7
SHMT2P34897 PGM5-201ENST00000396392 1782 ntTSL 1 (best) BASIC25.64■■□□□ 1.7
SHMT2P34897 ABCB10P3-201ENST00000561950 2166 ntBASIC25.63■■□□□ 1.69
SHMT2P34897 ANKRD13D-211ENST00000511455 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.63■■□□□ 1.69
SHMT2P34897 SMIM12-205ENST00000456842 918 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.63■■□□□ 1.69
SHMT2P34897 TPI1-201ENST00000229270 1763 ntTSL 1 (best) BASIC25.63■■□□□ 1.69
SHMT2P34897 BHLHE23-201ENST00000370346 1057 ntAPPRIS P1 BASIC25.62■■□□□ 1.69
SHMT2P34897 AGAP3-216ENST00000479901 1881 ntTSL 5 BASIC25.62■■□□□ 1.69
SHMT2P34897 RAB26-201ENST00000210187 1675 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.61■■□□□ 1.69
SHMT2P34897 CUEDC1-201ENST00000360238 2193 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.61■■□□□ 1.69
SHMT2P34897 GKAP1-203ENST00000376371 1778 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.61■■□□□ 1.69
SHMT2P34897 ATRNL1-207ENST00000527407 1583 ntTSL 5 BASIC25.6■■□□□ 1.69
SHMT2P34897 SHF-206ENST00000560471 2499 ntTSL 5 BASIC25.59■■□□□ 1.69
SHMT2P34897 MYLIP-202ENST00000356840 1666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.59■■□□□ 1.69
SHMT2P34897 PLEKHG6-206ENST00000536531 1683 ntTSL 1 (best) BASIC25.59■■□□□ 1.69
SHMT2P34897 SRSF9-201ENST00000229390 1201 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.59■■□□□ 1.69
SHMT2P34897 MFAP2-202ENST00000375535 1260 ntTSL 1 (best) BASIC25.59■■□□□ 1.69
SHMT2P34897 AC108673.1-201ENST00000510422 1159 ntBASIC25.59■■□□□ 1.69
SHMT2P34897 EXOC3L4-201ENST00000380069 2293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.59■■□□□ 1.69
SHMT2P34897 BATF3-201ENST00000243440 980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.58■■□□□ 1.69
SHMT2P34897 COPRS-202ENST00000378634 1041 ntTSL 2 BASIC25.58■■□□□ 1.69
SHMT2P34897 TESK1-206ENST00000620767 2438 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.58■■□□□ 1.69
SHMT2P34897 RNF130-205ENST00000521389 2263 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.58■■□□□ 1.69
SHMT2P34897 NOXA1-201ENST00000341349 1678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.58■■□□□ 1.68
SHMT2P34897 RTN2-201ENST00000245923 2293 ntTSL 1 (best) BASIC25.57■■□□□ 1.68
SHMT2P34897 ATP6V1E2-204ENST00000522587 1559 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.57■■□□□ 1.68
SHMT2P34897 AC104109.3-201ENST00000519718 483 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.57■■□□□ 1.68
SHMT2P34897 CHPT1-205ENST00000549872 2001 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.57■■□□□ 1.68
SHMT2P34897 BIN1-204ENST00000348750 2074 ntTSL 1 (best) BASIC25.56■■□□□ 1.68
SHMT2P34897 BOD1-201ENST00000285908 1286 ntTSL 1 (best) BASIC25.56■■□□□ 1.68
SHMT2P34897 NPHP3-202ENST00000383282 782 ntTSL 1 (best) BASIC25.56■■□□□ 1.68
SHMT2P34897 BOD1-206ENST00000480951 814 ntTSL 2 BASIC25.56■■□□□ 1.68
SHMT2P34897 UBE2S-203ENST00000589978 496 ntTSL 5 BASIC25.56■■□□□ 1.68
SHMT2P34897 CCND3-203ENST00000372991 2085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.56■■□□□ 1.68
SHMT2P34897 ANGPTL6-201ENST00000253109 1900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.55■■□□□ 1.68
SHMT2P34897 PPP3CC-204ENST00000518852 1598 ntTSL 2 BASIC25.55■■□□□ 1.68
SHMT2P34897 FGFRL1-205ENST00000510644 2304 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.54■■□□□ 1.68
SHMT2P34897 CHPT1-201ENST00000229266 1585 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
SHMT2P34897 VAX2-201ENST00000234392 1147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
SHMT2P34897 AC010864.1-201ENST00000609407 1511 ntBASIC25.53■■□□□ 1.68
SHMT2P34897 GAL3ST1-204ENST00000402369 1712 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.52■■□□□ 1.68
SHMT2P34897 RCE1-201ENST00000309657 1485 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.52■■□□□ 1.68
SHMT2P34897 NGB-201ENST00000298352 1884 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.67
SHMT2P34897 GXYLT1-201ENST00000280876 1937 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.67
SHMT2P34897 RCC1L-202ENST00000614461 2419 ntTSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.67
SHMT2P34897 ZIC2-201ENST00000376335 2983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.5■■□□□ 1.67
SHMT2P34897 AL135925.1-201ENST00000605920 1701 ntBASIC25.5■■□□□ 1.67
SHMT2P34897 TPM2-203ENST00000378292 2147 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
SHMT2P34897 PELI3-203ENST00000524466 1671 ntTSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
SHMT2P34897 MIR6090-201ENST00000622481 60 ntBASIC25.49■■□□□ 1.67
SHMT2P34897 CARS2-201ENST00000257347 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
SHMT2P34897 SH3GL3-202ENST00000427482 1806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
SHMT2P34897 POLR1D-201ENST00000302979 1166 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
SHMT2P34897 VEGFA-207ENST00000413642 1197 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
SHMT2P34897 TMEM158-201ENST00000503771 1813 ntAPPRIS P1 BASIC25.48■■□□□ 1.67
SHMT2P34897 KLC2-205ENST00000394078 1557 ntTSL 5 BASIC25.48■■□□□ 1.67
SHMT2P34897 ECI1-207ENST00000570258 1512 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.47■■□□□ 1.67
SHMT2P34897 MISP3-202ENST00000587086 1535 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
SHMT2P34897 HDAC11-206ENST00000405025 576 ntTSL 4 BASIC25.47■■□□□ 1.67
SHMT2P34897 ZFAND2B-206ENST00000409336 944 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.47■■□□□ 1.67
SHMT2P34897 ZFAND2B-221ENST00000621130 1070 ntTSL 5 BASIC25.47■■□□□ 1.67
SHMT2P34897 NEUROG2-201ENST00000313341 2287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
SHMT2P34897 CIB2-204ENST00000557846 934 ntTSL 3 BASIC25.46■■□□□ 1.67
SHMT2P34897 UBE2A-207ENST00000628549 934 ntTSL 2 BASIC25.46■■□□□ 1.67
SHMT2P34897 TPRA1-202ENST00000355552 1933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.67
SHMT2P34897 HAUS7-201ENST00000370210 1593 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.45■■□□□ 1.66
SHMT2P34897 STUB1-205ENST00000565677 1560 ntTSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
SHMT2P34897 DOCK5-202ENST00000410074 786 ntTSL 2 BASIC25.43■■□□□ 1.66
SHMT2P34897 FZD2-201ENST00000315323 2112 ntAPPRIS P1 BASIC25.42■■□□□ 1.66
SHMT2P34897 MLEC-202ENST00000412616 841 ntTSL 3 BASIC25.42■■□□□ 1.66
SHMT2P34897 DTNBP1-202ENST00000344537 1403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
SHMT2P34897 ABHD17A-202ENST00000292577 1757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
SHMT2P34897 CAPNS1-201ENST00000246533 1918 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
SHMT2P34897 AC004540.2-201ENST00000451368 611 ntTSL 2 BASIC25.39■■□□□ 1.66
SHMT2P34897 ARPC5L-202ENST00000353214 2507 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.39■■□□□ 1.65
SHMT2P34897 PABPC1L2B-AS1-201ENST00000416989 1167 ntTSL 3 BASIC25.38■■□□□ 1.65
SHMT2P34897 DUX4L29-201ENST00000425409 679 ntBASIC25.38■■□□□ 1.65
SHMT2P34897 AL662864.1-201ENST00000454388 1167 ntTSL 3 BASIC25.38■■□□□ 1.65
SHMT2P34897 HNRNPAB-204ENST00000504898 1785 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
SHMT2P34897 AP002884.3-203ENST00000419895 1711 ntTSL 2 BASIC25.37■■□□□ 1.65
SHMT2P34897 AC139426.1-201ENST00000568218 2529 ntBASIC25.37■■□□□ 1.65
SHMT2P34897 HSPB11-201ENST00000194214 915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
SHMT2P34897 LDB1-202ENST00000425280 2089 ntTSL 5 BASIC25.36■■□□□ 1.65
SHMT2P34897 NME2-202ENST00000393190 866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
SHMT2P34897 FAM117A-201ENST00000240364 2365 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
SHMT2P34897 TRAM2-AS1-201ENST00000453216 664 ntTSL 3 BASIC25.35■■□□□ 1.65
SHMT2P34897 ZNF706-207ENST00000519882 959 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.35■■□□□ 1.65
SHMT2P34897 ZNF706-213ENST00000521272 732 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.35■■□□□ 1.65
SHMT2P34897 ATPAF1-202ENST00000371937 1827 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
SHMT2P34897 CADPS-215ENST00000490353 2669 ntTSL 5 BASIC25.34■■□□□ 1.65
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 56.7 ms