Protein–RNA interactions for Protein: P28370

SMARCA1, Probable global transcription activator SNF2L1, humanhuman

Predictions only

Length 1,054 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SMARCA1P28370 ST7-207ENST00000393449 2127 ntTSL 5 BASIC30.52■■■□□ 2.48
SMARCA1P28370 MFAP2-202ENST00000375535 1260 ntTSL 1 (best) BASIC30.52■■■□□ 2.48
SMARCA1P28370 CARS2-201ENST00000257347 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.52■■■□□ 2.48
SMARCA1P28370 MISP3-202ENST00000587086 1535 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC30.52■■■□□ 2.48
SMARCA1P28370 SRSF9-201ENST00000229390 1201 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.51■■■□□ 2.47
SMARCA1P28370 POLR1D-201ENST00000302979 1166 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC30.51■■■□□ 2.47
SMARCA1P28370 COPRS-202ENST00000378634 1041 ntTSL 2 BASIC30.51■■■□□ 2.47
SMARCA1P28370 BOD1-201ENST00000285908 1286 ntTSL 1 (best) BASIC30.5■■■□□ 2.47
SMARCA1P28370 BOD1-206ENST00000480951 814 ntTSL 2 BASIC30.5■■■□□ 2.47
SMARCA1P28370 MIR6090-201ENST00000622481 60 ntBASIC30.5■■■□□ 2.47
SMARCA1P28370 KLC2-205ENST00000394078 1557 ntTSL 5 BASIC30.49■■■□□ 2.47
SMARCA1P28370 FTCD-204ENST00000397748 1955 ntTSL 1 (best) BASIC30.49■■■□□ 2.47
SMARCA1P28370 STUB1-205ENST00000565677 1560 ntTSL 1 (best) BASIC30.48■■■□□ 2.47
SMARCA1P28370 FEZF2-202ENST00000475839 1918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.46■■■□□ 2.47
SMARCA1P28370 NPHP3-202ENST00000383282 782 ntTSL 1 (best) BASIC30.46■■■□□ 2.47
SMARCA1P28370 ABHD17A-202ENST00000292577 1757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.45■■■□□ 2.46
SMARCA1P28370 HNRNPAB-204ENST00000504898 1785 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC30.45■■■□□ 2.46
SMARCA1P28370 LDB1-202ENST00000425280 2089 ntTSL 5 BASIC30.44■■■□□ 2.46
SMARCA1P28370 VEGFA-207ENST00000413642 1197 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.44■■■□□ 2.46
SMARCA1P28370 AP002884.3-203ENST00000419895 1711 ntTSL 2 BASIC30.44■■■□□ 2.46
SMARCA1P28370 HDAC11-206ENST00000405025 576 ntTSL 4 BASIC30.43■■■□□ 2.46
SMARCA1P28370 ARL8A-201ENST00000272217 1793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.43■■■□□ 2.46
SMARCA1P28370 NRXN1-228ENST00000628364 2444 ntTSL 5 BASIC30.43■■■□□ 2.46
SMARCA1P28370 ST7-AS1-201ENST00000456775 1889 ntBASIC30.42■■■□□ 2.46
SMARCA1P28370 DTNBP1-202ENST00000344537 1403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.41■■■□□ 2.46
SMARCA1P28370 DOCK5-202ENST00000410074 786 ntTSL 2 BASIC30.41■■■□□ 2.46
SMARCA1P28370 HNRNPAB-202ENST00000358344 1796 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC30.4■■■□□ 2.46
SMARCA1P28370 ATPAF1-202ENST00000371937 1827 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.4■■■□□ 2.46
SMARCA1P28370 SEPT3-203ENST00000396426 2586 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC30.4■■■□□ 2.46
SMARCA1P28370 TSPAN33-201ENST00000486685 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.39■■■□□ 2.46
SMARCA1P28370 UBE2A-207ENST00000628549 934 ntTSL 2 BASIC30.38■■■□□ 2.45
SMARCA1P28370 GAL3ST1-205ENST00000406361 1819 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC30.38■■■□□ 2.45
SMARCA1P28370 TPM2-203ENST00000378292 2147 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC30.37■■■□□ 2.45
SMARCA1P28370 CIB2-204ENST00000557846 934 ntTSL 3 BASIC30.37■■■□□ 2.45
SMARCA1P28370 SLC52A2-201ENST00000329994 1896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.36■■■□□ 2.45
SMARCA1P28370 COL13A1-210ENST00000517713 2007 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC30.35■■■□□ 2.45
SMARCA1P28370 ARMC10-211ENST00000541300 2266 ntTSL 1 (best) BASIC30.35■■■□□ 2.45
SMARCA1P28370 ENKD1-201ENST00000243878 1579 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.33■■■□□ 2.45
SMARCA1P28370 NME2-202ENST00000393190 866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.33■■■□□ 2.45
SMARCA1P28370 ZFAND2B-206ENST00000409336 944 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC30.33■■■□□ 2.45
SMARCA1P28370 ZFAND2B-221ENST00000621130 1070 ntTSL 5 BASIC30.33■■■□□ 2.45
SMARCA1P28370 EBAG9-202ENST00000395785 1467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.32■■■□□ 2.44
SMARCA1P28370 MPST-206ENST00000429360 1331 ntTSL 1 (best) BASIC30.32■■■□□ 2.44
SMARCA1P28370 DNLZ-201ENST00000371738 724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.32■■■□□ 2.44
SMARCA1P28370 MLEC-202ENST00000412616 841 ntTSL 3 BASIC30.32■■■□□ 2.44
SMARCA1P28370 SHOX2-204ENST00000483851 1866 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC30.31■■■□□ 2.44
SMARCA1P28370 AC004837.3-201ENST00000420748 565 ntTSL 4 BASIC30.31■■■□□ 2.44
SMARCA1P28370 FSD1L-208ENST00000495708 1906 ntTSL 1 (best) BASIC30.3■■■□□ 2.44
SMARCA1P28370 DUX4L29-201ENST00000425409 679 ntBASIC30.29■■■□□ 2.44
SMARCA1P28370 MKNK2-202ENST00000309340 1744 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.29■■■□□ 2.44
SMARCA1P28370 HNRNPAB-205ENST00000506259 1674 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.29■■■□□ 2.44
SMARCA1P28370 C14orf80-202ENST00000334656 1358 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC30.28■■■□□ 2.44
SMARCA1P28370 RP9P-201ENST00000381639 1303 ntTSL 1 (best) BASIC30.28■■■□□ 2.44
SMARCA1P28370 HSPB11-201ENST00000194214 915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.27■■■□□ 2.44
SMARCA1P28370 ZNF706-207ENST00000519882 959 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC30.27■■■□□ 2.44
SMARCA1P28370 ZNF706-213ENST00000521272 732 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC30.27■■■□□ 2.44
SMARCA1P28370 EI24-212ENST00000615917 1407 ntTSL 2 BASIC30.27■■■□□ 2.44
SMARCA1P28370 GRK6-206ENST00000507633 1660 ntTSL 5 BASIC30.27■■■□□ 2.44
SMARCA1P28370 AC021231.2-201ENST00000594613 730 ntBASIC30.26■■■□□ 2.43
SMARCA1P28370 RDX-210ENST00000530301 1549 ntTSL 1 (best) BASIC30.26■■■□□ 2.43
SMARCA1P28370 HINT2-201ENST00000259667 628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.25■■■□□ 2.43
SMARCA1P28370 SLC35D2-202ENST00000375257 889 ntTSL 2 BASIC30.25■■■□□ 2.43
SMARCA1P28370 AC004540.2-201ENST00000451368 611 ntTSL 2 BASIC30.25■■■□□ 2.43
SMARCA1P28370 HGH1-207ENST00000628266 258 ntTSL 5 BASIC30.25■■■□□ 2.43
SMARCA1P28370 SLC15A4-201ENST00000266771 2779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.25■■■□□ 2.43
SMARCA1P28370 CCDC88C-205ENST00000553403 1651 ntTSL 1 (best) BASIC30.24■■■□□ 2.43
SMARCA1P28370 PABPC1L2B-AS1-201ENST00000416989 1167 ntTSL 3 BASIC30.24■■■□□ 2.43
SMARCA1P28370 TRAM2-AS1-201ENST00000453216 664 ntTSL 3 BASIC30.24■■■□□ 2.43
SMARCA1P28370 AL662864.1-201ENST00000454388 1167 ntTSL 3 BASIC30.24■■■□□ 2.43
SMARCA1P28370 CCDC149-203ENST00000502801 1079 ntTSL 1 (best) BASIC30.24■■■□□ 2.43
SMARCA1P28370 AGAP3-216ENST00000479901 1881 ntTSL 5 BASIC30.24■■■□□ 2.43
SMARCA1P28370 ARHGDIG-201ENST00000219409 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.23■■■□□ 2.43
SMARCA1P28370 BCL7C-201ENST00000215115 1740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.22■■■□□ 2.43
SMARCA1P28370 AMN-201ENST00000299155 1907 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC30.22■■■□□ 2.43
SMARCA1P28370 COQ2-202ENST00000311469 1641 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC30.22■■■□□ 2.43
SMARCA1P28370 UBALD1-202ENST00000587615 799 ntTSL 2 BASIC30.21■■■□□ 2.43
SMARCA1P28370 BARX1-201ENST00000253968 1533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.21■■■□□ 2.43
SMARCA1P28370 ZNF787-203ENST00000610935 1925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.2■■■□□ 2.43
SMARCA1P28370 ABHD17AP4-201ENST00000411545 909 ntBASIC30.2■■■□□ 2.43
SMARCA1P28370 ZNF513-201ENST00000323703 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.2■■■□□ 2.42
SMARCA1P28370 RUNX2-205ENST00000465038 1770 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC30.2■■■□□ 2.42
SMARCA1P28370 TM6SF1-202ENST00000322019 2074 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.19■■■□□ 2.42
SMARCA1P28370 GSC-201ENST00000238558 1264 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.19■■■□□ 2.42
SMARCA1P28370 LSM14B-204ENST00000370915 1079 ntTSL 1 (best) BASIC30.19■■■□□ 2.42
SMARCA1P28370 TOMM40-201ENST00000252487 1707 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC30.19■■■□□ 2.42
SMARCA1P28370 TOMM40-202ENST00000405636 1709 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC30.19■■■□□ 2.42
SMARCA1P28370 PHOX2A-201ENST00000298231 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.17■■■□□ 2.42
SMARCA1P28370 AC127502.1-201ENST00000399971 1502 ntBASIC30.17■■■□□ 2.42
SMARCA1P28370 QDPR-201ENST00000281243 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.16■■■□□ 2.42
SMARCA1P28370 RASSF8-202ENST00000381352 2320 ntTSL 1 (best) BASIC30.16■■■□□ 2.42
SMARCA1P28370 IRX1-201ENST00000302006 1858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.15■■■□□ 2.42
SMARCA1P28370 PLEKHJ1-201ENST00000326631 1206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.15■■■□□ 2.42
SMARCA1P28370 JMJD8-202ENST00000562111 823 ntTSL 2 BASIC30.14■■■□□ 2.42
SMARCA1P28370 VEGFA-226ENST00000611736 1239 ntTSL 1 (best) BASIC30.14■■■□□ 2.42
SMARCA1P28370 SMDT1-201ENST00000331479 1567 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.14■■■□□ 2.42
SMARCA1P28370 H2AFV-204ENST00000350771 687 ntTSL 2 BASIC30.13■■■□□ 2.41
SMARCA1P28370 AC096888.1-201ENST00000487097 565 ntTSL 4 BASIC30.12■■■□□ 2.41
SMARCA1P28370 FAM189B-210ENST00000621094 1335 ntTSL 1 (best) BASIC30.12■■■□□ 2.41
SMARCA1P28370 DCBLD1-201ENST00000296955 1979 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC30.12■■■□□ 2.41
SMARCA1P28370 SH3BP2-221ENST00000511747 2351 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC30.11■■■□□ 2.41
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 13.3 ms