Protein–RNA interactions for Protein: Q7Z494

NPHP3, Nephrocystin-3, humanhuman

Predictions only

Length 1,330 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
NPHP3Q7Z494 RNF150-204ENST00000507500 1530 ntTSL 1 (best) BASIC37.38■■■■□ 3.57
NPHP3Q7Z494 DOCK5-202ENST00000410074 786 ntTSL 2 BASIC37.36■■■■□ 3.57
NPHP3Q7Z494 HDAC3-201ENST00000305264 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.35■■■■□ 3.57
NPHP3Q7Z494 AC012615.2-201ENST00000586259 447 ntTSL 4 BASIC37.34■■■■□ 3.57
NPHP3Q7Z494 P2RX2-203ENST00000350048 1344 ntTSL 1 (best) BASIC37.33■■■■□ 3.57
NPHP3Q7Z494 UBE2S-203ENST00000589978 496 ntTSL 5 BASIC37.31■■■■□ 3.56
NPHP3Q7Z494 AP000547.3-202ENST00000592107 1019 ntTSL 1 (best) BASIC37.31■■■■□ 3.56
NPHP3Q7Z494 C16orf95-205ENST00000567970 1031 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC37.29■■■■□ 3.56
NPHP3Q7Z494 MISP3-202ENST00000587086 1535 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC37.28■■■■□ 3.56
NPHP3Q7Z494 FEZF2-201ENST00000283268 2074 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.28■■■■□ 3.56
NPHP3Q7Z494 PLEKHJ1-201ENST00000326631 1206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.28■■■■□ 3.56
NPHP3Q7Z494 ABHD17AP3-201ENST00000503096 1137 ntBASIC37.28■■■■□ 3.56
NPHP3Q7Z494 JUND-201ENST00000252818 1863 ntAPPRIS P1 BASIC37.28■■■■□ 3.56
NPHP3Q7Z494 PARD6A-201ENST00000219255 1248 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC37.27■■■■□ 3.56
NPHP3Q7Z494 CGREF1-202ENST00000312734 1610 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC37.26■■■■□ 3.56
NPHP3Q7Z494 GADD45G-201ENST00000252506 1065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.26■■■■□ 3.56
NPHP3Q7Z494 FAAP20-202ENST00000378546 729 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.26■■■■□ 3.56
NPHP3Q7Z494 AURKAIP1-203ENST00000338370 1072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.25■■■■□ 3.55
NPHP3Q7Z494 CGREF1-204ENST00000402550 1575 ntTSL 2 BASIC37.24■■■■□ 3.55
NPHP3Q7Z494 C5orf66-AS1-201ENST00000507035 843 ntTSL 2 BASIC37.23■■■■□ 3.55
NPHP3Q7Z494 SCX-201ENST00000567180 999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.22■■■■□ 3.55
NPHP3Q7Z494 PRSS41-201ENST00000399677 1127 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC37.21■■■■□ 3.55
NPHP3Q7Z494 U2AF1-201ENST00000291552 962 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC37.19■■■■□ 3.54
NPHP3Q7Z494 PPP4R4-202ENST00000328839 876 ntTSL 1 (best) BASIC37.19■■■■□ 3.54
NPHP3Q7Z494 U2AF1L5-202ENST00000619610 813 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC37.19■■■■□ 3.54
NPHP3Q7Z494 CTDNEP1-210ENST00000574322 1708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.19■■■■□ 3.54
NPHP3Q7Z494 EIF5A-208ENST00000573542 1089 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC37.17■■■■□ 3.54
NPHP3Q7Z494 VEGFA-226ENST00000611736 1239 ntTSL 1 (best) BASIC37.17■■■■□ 3.54
NPHP3Q7Z494 SLC35D2-203ENST00000375259 1361 ntTSL 1 (best) BASIC37.16■■■■□ 3.54
NPHP3Q7Z494 VEGFA-208ENST00000417285 1081 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC37.16■■■■□ 3.54
NPHP3Q7Z494 ING2-201ENST00000302327 1189 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.15■■■■□ 3.54
NPHP3Q7Z494 POLR1D-201ENST00000302979 1166 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC37.15■■■■□ 3.54
NPHP3Q7Z494 CTDNEP1-201ENST00000318988 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.15■■■■□ 3.54
NPHP3Q7Z494 FAM78B-202ENST00000354422 1475 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC37.15■■■■□ 3.54
NPHP3Q7Z494 AP000911.3-201ENST00000526377 1130 ntTSL 3 BASIC37.14■■■■□ 3.54
NPHP3Q7Z494 PTPRF-216ENST00000617451 1129 ntTSL 5 BASIC37.14■■■■□ 3.54
NPHP3Q7Z494 ACTR3B-202ENST00000377776 1566 ntTSL 1 (best) BASIC37.14■■■■□ 3.54
NPHP3Q7Z494 AL139393.1-201ENST00000417479 573 ntTSL 5 BASIC37.11■■■■□ 3.53
NPHP3Q7Z494 TCAM1P-201ENST00000463377 452 ntTSL 3 BASIC37.11■■■■□ 3.53
NPHP3Q7Z494 U2AF1L5-201ENST00000610664 897 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC37.1■■■■□ 3.53
NPHP3Q7Z494 UBE2L6-201ENST00000287156 1354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.1■■■■□ 3.53
NPHP3Q7Z494 STUB1-201ENST00000219548 1472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.07■■■■□ 3.53
NPHP3Q7Z494 BCL7B-202ENST00000411832 1458 ntTSL 2 BASIC37.07■■■■□ 3.53
NPHP3Q7Z494 SERINC2-201ENST00000373709 1997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.05■■■■□ 3.52
NPHP3Q7Z494 BRF1-221ENST00000619151 1530 ntTSL 5 BASIC37.05■■■■□ 3.52
NPHP3Q7Z494 CIB1-201ENST00000328649 1247 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.05■■■■□ 3.52
NPHP3Q7Z494 STARD10-220ENST00000545082 1085 ntTSL 3 BASIC37.05■■■■□ 3.52
NPHP3Q7Z494 AC018755.3-201ENST00000598755 664 ntTSL 2 BASIC37.05■■■■□ 3.52
NPHP3Q7Z494 CIB1-202ENST00000612800 1096 ntTSL 1 (best) BASIC37.05■■■■□ 3.52
NPHP3Q7Z494 DTNBP1-212ENST00000622898 1305 ntTSL 1 (best) BASIC37.03■■■■□ 3.52
NPHP3Q7Z494 DTNBP1-202ENST00000344537 1403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.02■■■■□ 3.52
NPHP3Q7Z494 RNF130-201ENST00000261947 1766 ntTSL 1 (best) BASIC37.01■■■■□ 3.52
NPHP3Q7Z494 MRPL51-201ENST00000229238 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.01■■■■□ 3.52
NPHP3Q7Z494 UBALD1-203ENST00000587649 707 ntTSL 3 BASIC37■■■■□ 3.51
NPHP3Q7Z494 FKBP1A-210ENST00000614856 562 ntTSL 2 BASIC37■■■■□ 3.51
NPHP3Q7Z494 GNPTAB-206ENST00000549940 1678 ntTSL 1 (best) BASIC36.98■■■■□ 3.51
NPHP3Q7Z494 EBPL-201ENST00000242827 914 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.98■■■■□ 3.51
NPHP3Q7Z494 METRNL-202ENST00000570778 967 ntTSL 5 BASIC36.98■■■■□ 3.51
NPHP3Q7Z494 BMP7-202ENST00000395864 1746 ntTSL 5 BASIC36.97■■■■□ 3.51
NPHP3Q7Z494 AC004837.3-201ENST00000420748 565 ntTSL 4 BASIC36.97■■■■□ 3.51
NPHP3Q7Z494 NME2-205ENST00000512737 826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.97■■■■□ 3.51
NPHP3Q7Z494 B4GALT2-203ENST00000372324 2203 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.96■■■■□ 3.51
NPHP3Q7Z494 MAD2L2-207ENST00000376692 1118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.96■■■■□ 3.51
NPHP3Q7Z494 RANBP1-202ENST00000402752 1132 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC36.96■■■■□ 3.51
NPHP3Q7Z494 TWIST1-201ENST00000242261 1666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.96■■■■□ 3.51
NPHP3Q7Z494 DUX4L13-201ENST00000554103 1267 ntBASIC36.94■■■■□ 3.5
NPHP3Q7Z494 DUX4L15-201ENST00000611059 1267 ntBASIC36.94■■■■□ 3.5
NPHP3Q7Z494 DUX4L23-201ENST00000615195 1269 ntBASIC36.94■■■■□ 3.5
NPHP3Q7Z494 DUX4L24-201ENST00000617576 1269 ntBASIC36.94■■■■□ 3.5
NPHP3Q7Z494 DUX4L22-201ENST00000618238 1269 ntBASIC36.94■■■■□ 3.5
NPHP3Q7Z494 DUX4L20-201ENST00000619712 1269 ntBASIC36.94■■■■□ 3.5
NPHP3Q7Z494 DUX4L21-201ENST00000622058 1269 ntBASIC36.94■■■■□ 3.5
NPHP3Q7Z494 DUX4L10-201ENST00000622460 1267 ntBASIC36.94■■■■□ 3.5
NPHP3Q7Z494 DUX4L25-201ENST00000624915 1269 ntBASIC36.94■■■■□ 3.5
NPHP3Q7Z494 KLC2-205ENST00000394078 1557 ntTSL 5 BASIC36.94■■■■□ 3.5
NPHP3Q7Z494 PIGX-201ENST00000296333 953 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC36.93■■■■□ 3.5
NPHP3Q7Z494 RRAD-202ENST00000420652 1476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.92■■■■□ 3.5
NPHP3Q7Z494 QDPR-201ENST00000281243 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.92■■■■□ 3.5
NPHP3Q7Z494 CPNE1-203ENST00000397442 1695 ntTSL 5 BASIC36.92■■■■□ 3.5
NPHP3Q7Z494 SLC9A3R2-202ENST00000432365 1564 ntTSL 1 (best) BASIC36.89■■■■□ 3.5
NPHP3Q7Z494 AC007383.2-202ENST00000435627 482 ntTSL 2 BASIC36.88■■■■□ 3.49
NPHP3Q7Z494 CAAP1-205ENST00000520187 773 ntTSL 5 BASIC36.88■■■■□ 3.49
NPHP3Q7Z494 ABHD17A-201ENST00000250974 1630 ntTSL 1 (best) BASIC36.86■■■■□ 3.49
NPHP3Q7Z494 RHOC-202ENST00000339083 1418 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.86■■■■□ 3.49
NPHP3Q7Z494 ARL6IP4-211ENST00000454885 1318 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC36.85■■■■□ 3.49
NPHP3Q7Z494 GRASP-206ENST00000552049 1688 ntTSL 1 (best) BASIC36.85■■■■□ 3.49
NPHP3Q7Z494 SSBP4-202ENST00000348495 1721 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC36.85■■■■□ 3.49
NPHP3Q7Z494 H2AFV-204ENST00000350771 687 ntTSL 2 BASIC36.84■■■■□ 3.49
NPHP3Q7Z494 HES6-205ENST00000409356 528 ntTSL 2 BASIC36.84■■■■□ 3.49
NPHP3Q7Z494 TMEM80-202ENST00000397512 1572 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC36.82■■■■□ 3.49
NPHP3Q7Z494 RARRES2P2-201ENST00000394842 485 ntBASIC36.82■■■■□ 3.48
NPHP3Q7Z494 KIAA2013-203ENST00000616327 2170 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC36.81■■■■□ 3.48
NPHP3Q7Z494 C11orf95-204ENST00000546282 390 ntTSL 3 BASIC36.81■■■■□ 3.48
NPHP3Q7Z494 AC016595.1-201ENST00000559410 383 ntTSL 3 BASIC36.81■■■■□ 3.48
NPHP3Q7Z494 SRP68-213ENST00000629930 165 ntTSL 5 BASIC36.8■■■■□ 3.48
NPHP3Q7Z494 GALK1-205ENST00000588479 1866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.79■■■■□ 3.48
NPHP3Q7Z494 MAPK3-201ENST00000263025 1861 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC36.79■■■■□ 3.48
NPHP3Q7Z494 CRNDE-206ENST00000559432 587 ntTSL 3 BASIC36.78■■■■□ 3.48
NPHP3Q7Z494 AC009041.3-201ENST00000564390 879 ntTSL 5 BASIC36.77■■■■□ 3.48
NPHP3Q7Z494 MXD3-203ENST00000439742 1483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.76■■■■□ 3.47
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 58.6 ms