Protein–RNA interactions for Protein: Q6P087

RPUSD3, Mitochondrial mRNA pseudouridine synthase RPUSD3, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 351 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
RPUSD3Q6P087 ADRA2C-202ENST00000509482 1600 ntTSL 3 BASIC24.48■■□□□ 1.51
RPUSD3Q6P087 CIB2-204ENST00000557846 934 ntTSL 3 BASIC24.48■■□□□ 1.51
RPUSD3Q6P087 CAPNS1-211ENST00000590874 926 ntTSL 5 BASIC24.48■■□□□ 1.51
RPUSD3Q6P087 CHST12-204ENST00000618655 2131 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
RPUSD3Q6P087 ABHD17A-201ENST00000250974 1630 ntTSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
RPUSD3Q6P087 UBE2L6-201ENST00000287156 1354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
RPUSD3Q6P087 AC021231.2-201ENST00000594613 730 ntBASIC24.47■■□□□ 1.51
RPUSD3Q6P087 AL139393.1-201ENST00000417479 573 ntTSL 5 BASIC24.46■■□□□ 1.51
RPUSD3Q6P087 CCDC149-203ENST00000502801 1079 ntTSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
RPUSD3Q6P087 SLC2A4RG-201ENST00000266077 1731 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
RPUSD3Q6P087 SCX-201ENST00000567180 999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
RPUSD3Q6P087 AP000547.3-202ENST00000592107 1019 ntTSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
RPUSD3Q6P087 AL451007.3-201ENST00000640271 588 ntAPPRIS P1 BASIC24.45■■□□□ 1.5
RPUSD3Q6P087 UBP1-201ENST00000283628 2074 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.45■■□□□ 1.5
RPUSD3Q6P087 HINT2-201ENST00000259667 628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
RPUSD3Q6P087 UBE2A-207ENST00000628549 934 ntTSL 2 BASIC24.44■■□□□ 1.5
RPUSD3Q6P087 POU3F1-201ENST00000373012 2184 ntAPPRIS P1 BASIC24.44■■□□□ 1.5
RPUSD3Q6P087 SSBP4-202ENST00000348495 1721 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC24.44■■□□□ 1.5
RPUSD3Q6P087 UBE2S-203ENST00000589978 496 ntTSL 5 BASIC24.43■■□□□ 1.5
RPUSD3Q6P087 ECI1-207ENST00000570258 1512 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.42■■□□□ 1.5
RPUSD3Q6P087 SDCCAG3-204ENST00000371725 2129 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.42■■□□□ 1.5
RPUSD3Q6P087 ACOT12-204ENST00000513751 612 ntTSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
RPUSD3Q6P087 MACF1-219ENST00000484793 834 ntTSL 2 BASIC24.41■■□□□ 1.5
RPUSD3Q6P087 SLC9A3R2-202ENST00000432365 1564 ntTSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
RPUSD3Q6P087 RNF215-203ENST00000382363 1992 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
RPUSD3Q6P087 C7orf50-202ENST00000397098 2131 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
RPUSD3Q6P087 DDN-AS1-203ENST00000552284 934 ntTSL 3 BASIC24.39■■□□□ 1.49
RPUSD3Q6P087 MIR6090-201ENST00000622481 60 ntBASIC24.39■■□□□ 1.49
RPUSD3Q6P087 AC116407.1-201ENST00000398832 1599 ntTSL 2 BASIC24.38■■□□□ 1.49
RPUSD3Q6P087 CCZ1-201ENST00000325974 1802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
RPUSD3Q6P087 RCE1-201ENST00000309657 1485 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
RPUSD3Q6P087 KCNQ5-204ENST00000370392 1469 ntTSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
RPUSD3Q6P087 PRKAR1B-201ENST00000360274 2007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
RPUSD3Q6P087 ST7-208ENST00000393451 2110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
RPUSD3Q6P087 MISP3-202ENST00000587086 1535 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
RPUSD3Q6P087 DNLZ-201ENST00000371738 724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
RPUSD3Q6P087 DOCK5-202ENST00000410074 786 ntTSL 2 BASIC24.36■■□□□ 1.49
RPUSD3Q6P087 STUB1-201ENST00000219548 1472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
RPUSD3Q6P087 SCARA3-202ENST00000337221 1910 ntTSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
RPUSD3Q6P087 HOXB3-207ENST00000472863 1909 ntTSL 2 BASIC24.33■■□□□ 1.49
RPUSD3Q6P087 CIB1-201ENST00000328649 1247 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
RPUSD3Q6P087 MIR639-201ENST00000384974 98 ntBASIC24.33■■□□□ 1.49
RPUSD3Q6P087 MIR4449-201ENST00000578365 66 ntBASIC24.33■■□□□ 1.49
RPUSD3Q6P087 CIB1-202ENST00000612800 1096 ntTSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
RPUSD3Q6P087 AGPAT2-202ENST00000371696 1512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
RPUSD3Q6P087 MXD3-203ENST00000439742 1483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
RPUSD3Q6P087 RDX-206ENST00000528900 1814 ntTSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
RPUSD3Q6P087 SNTG2-201ENST00000308624 1888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
RPUSD3Q6P087 SIAH1-203ENST00000394725 2147 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
RPUSD3Q6P087 RPS2-202ENST00000526522 924 ntTSL 2 BASIC24.3■■□□□ 1.48
RPUSD3Q6P087 RPS2-201ENST00000343262 985 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
RPUSD3Q6P087 AGPS-202ENST00000409888 815 ntTSL 4 BASIC24.28■■□□□ 1.48
RPUSD3Q6P087 RNF166-209ENST00000567844 633 ntTSL 5 BASIC24.28■■□□□ 1.48
RPUSD3Q6P087 POLR1D-201ENST00000302979 1166 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
RPUSD3Q6P087 LINC01971-201ENST00000617888 1048 ntBASIC24.27■■□□□ 1.48
RPUSD3Q6P087 PLEKHJ1-201ENST00000326631 1206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
RPUSD3Q6P087 MIR3648-2-201ENST00000581792 180 ntBASIC24.26■■□□□ 1.47
RPUSD3Q6P087 MIR3648-1-201ENST00000615959 180 ntBASIC24.26■■□□□ 1.47
RPUSD3Q6P087 CSPG5-205ENST00000610462 2073 ntTSL 5 BASIC24.26■■□□□ 1.47
RPUSD3Q6P087 BTBD19-203ENST00000450269 1572 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.25■■□□□ 1.47
RPUSD3Q6P087 MRPL9-201ENST00000368829 882 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.25■■□□□ 1.47
RPUSD3Q6P087 CLEC3B-202ENST00000428034 752 ntTSL 2 BASIC24.25■■□□□ 1.47
RPUSD3Q6P087 AL589765.4-201ENST00000512280 382 ntTSL 3 BASIC24.25■■□□□ 1.47
RPUSD3Q6P087 TRIM52-AS1-203ENST00000509252 529 ntTSL 3 BASIC24.24■■□□□ 1.47
RPUSD3Q6P087 GDI1-215ENST00000630693 786 ntTSL 4 BASIC24.24■■□□□ 1.47
RPUSD3Q6P087 ANGPTL6-204ENST00000592641 1781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
RPUSD3Q6P087 TFEB-204ENST00000373033 2331 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
RPUSD3Q6P087 AC004837.3-201ENST00000420748 565 ntTSL 4 BASIC24.23■■□□□ 1.47
RPUSD3Q6P087 AL118558.1-203ENST00000553701 447 ntTSL 3 BASIC24.23■■□□□ 1.47
RPUSD3Q6P087 DUX4L11-201ENST00000611504 1267 ntBASIC24.23■■□□□ 1.47
RPUSD3Q6P087 DUX4L12-201ENST00000614593 1267 ntBASIC24.23■■□□□ 1.47
RPUSD3Q6P087 DUX4L14-201ENST00000621227 1267 ntBASIC24.23■■□□□ 1.47
RPUSD3Q6P087 PRSS41-201ENST00000399677 1127 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.22■■□□□ 1.47
RPUSD3Q6P087 NREP-216ENST00000508870 540 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC24.22■■□□□ 1.47
RPUSD3Q6P087 GALK1-205ENST00000588479 1866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
RPUSD3Q6P087 AC016575.1-201ENST00000607026 382 ntBASIC24.21■■□□□ 1.47
RPUSD3Q6P087 AC008105.3-203ENST00000591365 2238 ntTSL 2 BASIC24.2■■□□□ 1.47
RPUSD3Q6P087 HNRNPAB-206ENST00000506339 1747 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.2■■□□□ 1.46
RPUSD3Q6P087 HSD17B1-201ENST00000225929 1265 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.19■■□□□ 1.46
RPUSD3Q6P087 TCAM1P-201ENST00000463377 452 ntTSL 3 BASIC24.19■■□□□ 1.46
RPUSD3Q6P087 U2AF1L5-201ENST00000610664 897 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
RPUSD3Q6P087 VEGFA-226ENST00000611736 1239 ntTSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
RPUSD3Q6P087 TSPAN11-203ENST00000545802 1649 ntTSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
RPUSD3Q6P087 GRASP-201ENST00000293662 1933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
RPUSD3Q6P087 DTNBP1-202ENST00000344537 1403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
RPUSD3Q6P087 KLC2-205ENST00000394078 1557 ntTSL 5 BASIC24.18■■□□□ 1.46
RPUSD3Q6P087 RASGEF1C-207ENST00000615330 2268 ntTSL 5 BASIC24.18■■□□□ 1.46
RPUSD3Q6P087 AC105285.1-201ENST00000500914 2036 ntTSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
RPUSD3Q6P087 AURKAIP1-203ENST00000338370 1072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
RPUSD3Q6P087 KRT18-201ENST00000388835 1562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
RPUSD3Q6P087 WSB2-211ENST00000544233 2503 ntTSL 2 BASIC24.16■■□□□ 1.46
RPUSD3Q6P087 CALM3-209ENST00000597743 577 ntTSL 4 BASIC24.16■■□□□ 1.46
RPUSD3Q6P087 NRG3-203ENST00000404547 2163 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
RPUSD3Q6P087 TPRG1L-202ENST00000378344 2414 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.15■■□□□ 1.46
RPUSD3Q6P087 P2RX2-203ENST00000350048 1344 ntTSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
RPUSD3Q6P087 GADD45G-201ENST00000252506 1065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
RPUSD3Q6P087 CR559946.2-201ENST00000623684 991 ntBASIC24.15■■□□□ 1.46
RPUSD3Q6P087 PIK3R2-208ENST00000617642 1446 ntTSL 5 BASIC24.15■■□□□ 1.46
RPUSD3Q6P087 ATP6V1E2-204ENST00000522587 1559 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.15■■□□□ 1.46
RPUSD3Q6P087 PCYT2-206ENST00000571105 1628 ntTSL 5 BASIC24.14■■□□□ 1.46
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 9.5 ms