Protein–RNA interactions for Protein: Q9UMD9

COL17A1, Collagen alpha-1(XVII) chain, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 1,497 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL17A1Q9UMD9 AC234582.1-201ENST00000447623 923 ntTSL 5 BASIC42.85■■■■■ 4.45
COL17A1Q9UMD9 TSEN34-203ENST00000396388 1349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC42.84■■■■■ 4.45
COL17A1Q9UMD9 INPP5A-202ENST00000368593 1432 ntTSL 1 (best) BASIC42.82■■■■■ 4.44
COL17A1Q9UMD9 GSC-201ENST00000238558 1264 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC42.8■■■■■ 4.44
COL17A1Q9UMD9 AC116407.1-201ENST00000398832 1599 ntTSL 2 BASIC42.76■■■■■ 4.44
COL17A1Q9UMD9 CALM3-209ENST00000597743 577 ntTSL 4 BASIC42.75■■■■■ 4.43
COL17A1Q9UMD9 VEGFA-231ENST00000640499 1188 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC42.75■■■■■ 4.43
COL17A1Q9UMD9 R3HDM4-208ENST00000626716 138 ntTSL 5 BASIC42.74■■■■■ 4.43
COL17A1Q9UMD9 NAA50-207ENST00000493900 962 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC42.73■■■■■ 4.43
COL17A1Q9UMD9 TCEA2-202ENST00000343484 1235 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC42.71■■■■■ 4.43
COL17A1Q9UMD9 CLDND1-226ENST00000513287 999 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC42.7■■■■■ 4.43
COL17A1Q9UMD9 LANCL3-203ENST00000614025 1469 ntTSL 2 BASIC42.7■■■■■ 4.43
COL17A1Q9UMD9 DUX4L29-201ENST00000425409 679 ntBASIC42.69■■■■■ 4.42
COL17A1Q9UMD9 VAX2-201ENST00000234392 1147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC42.68■■■■■ 4.42
COL17A1Q9UMD9 AC016575.1-201ENST00000607026 382 ntBASIC42.68■■■■■ 4.42
COL17A1Q9UMD9 KRT18-201ENST00000388835 1562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC42.67■■■■■ 4.42
COL17A1Q9UMD9 MIR3648-2-201ENST00000581792 180 ntBASIC42.66■■■■■ 4.42
COL17A1Q9UMD9 MIR3648-1-201ENST00000615959 180 ntBASIC42.66■■■■■ 4.42
COL17A1Q9UMD9 ZNF358-202ENST00000597229 1954 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC42.63■■■■■ 4.42
COL17A1Q9UMD9 DDN-AS1-203ENST00000552284 934 ntTSL 3 BASIC42.62■■■■■ 4.41
COL17A1Q9UMD9 PPP1R14B-201ENST00000309318 982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC42.62■■■■■ 4.41
COL17A1Q9UMD9 AC021231.2-201ENST00000594613 730 ntBASIC42.6■■■■■ 4.41
COL17A1Q9UMD9 GDI1-215ENST00000630693 786 ntTSL 4 BASIC42.6■■■■■ 4.41
COL17A1Q9UMD9 RNF166-209ENST00000567844 633 ntTSL 5 BASIC42.58■■■■■ 4.41
COL17A1Q9UMD9 AC116565.1-201ENST00000610212 2421 ntAPPRIS P1 BASIC42.57■■■■■ 4.4
COL17A1Q9UMD9 CCDC149-203ENST00000502801 1079 ntTSL 1 (best) BASIC42.54■■■■■ 4.4
COL17A1Q9UMD9 CR559946.2-201ENST00000623684 991 ntBASIC42.49■■■■■ 4.39
COL17A1Q9UMD9 ABHD17AP3-201ENST00000503096 1137 ntBASIC42.48■■■■■ 4.39
COL17A1Q9UMD9 U2AF1-201ENST00000291552 962 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC42.46■■■■■ 4.39
COL17A1Q9UMD9 MFAP2-202ENST00000375535 1260 ntTSL 1 (best) BASIC42.46■■■■■ 4.39
COL17A1Q9UMD9 U2AF1L5-202ENST00000619610 813 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC42.46■■■■■ 4.39
COL17A1Q9UMD9 KCTD17-209ENST00000610767 1502 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC42.46■■■■■ 4.39
COL17A1Q9UMD9 PTPRF-216ENST00000617451 1129 ntTSL 5 BASIC42.43■■■■■ 4.38
COL17A1Q9UMD9 RP9P-201ENST00000381639 1303 ntTSL 1 (best) BASIC42.43■■■■■ 4.38
COL17A1Q9UMD9 MAD2L2-205ENST00000376669 864 ntTSL 3 BASIC42.43■■■■■ 4.38
COL17A1Q9UMD9 PPP1R1A-201ENST00000257905 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC42.42■■■■■ 4.38
COL17A1Q9UMD9 CIB1-201ENST00000328649 1247 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC42.42■■■■■ 4.38
COL17A1Q9UMD9 AC018755.3-201ENST00000598755 664 ntTSL 2 BASIC42.42■■■■■ 4.38
COL17A1Q9UMD9 CIB1-202ENST00000612800 1096 ntTSL 1 (best) BASIC42.42■■■■■ 4.38
COL17A1Q9UMD9 CHCHD4-201ENST00000295767 1603 ntTSL 2 BASIC42.42■■■■■ 4.38
COL17A1Q9UMD9 PSMG4-202ENST00000380305 489 ntTSL 5 BASIC42.41■■■■■ 4.38
COL17A1Q9UMD9 TRIM52-AS1-203ENST00000509252 529 ntTSL 3 BASIC42.41■■■■■ 4.38
COL17A1Q9UMD9 RPS2-209ENST00000529806 993 ntTSL 3 BASIC42.41■■■■■ 4.38
COL17A1Q9UMD9 SSU72-201ENST00000291386 1290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC42.39■■■■■ 4.38
COL17A1Q9UMD9 NMB-202ENST00000394588 1017 ntTSL 1 (best) BASIC42.39■■■■■ 4.38
COL17A1Q9UMD9 PPP4R4-202ENST00000328839 876 ntTSL 1 (best) BASIC42.38■■■■■ 4.38
COL17A1Q9UMD9 HAPLN2-201ENST00000255039 1771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC42.38■■■■■ 4.37
COL17A1Q9UMD9 HINT2-201ENST00000259667 628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC42.37■■■■■ 4.37
COL17A1Q9UMD9 CLEC3B-202ENST00000428034 752 ntTSL 2 BASIC42.36■■■■■ 4.37
COL17A1Q9UMD9 C16orf95-205ENST00000567970 1031 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC42.35■■■■■ 4.37
COL17A1Q9UMD9 HSD17B1-201ENST00000225929 1265 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC42.34■■■■■ 4.37
COL17A1Q9UMD9 TERF2-207ENST00000567296 1129 ntTSL 1 (best) BASIC42.34■■■■■ 4.37
COL17A1Q9UMD9 GTF3C4-202ENST00000483873 1417 ntTSL 3 BASIC42.33■■■■■ 4.37
COL17A1Q9UMD9 CMAS-201ENST00000229329 1787 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC42.33■■■■■ 4.37
COL17A1Q9UMD9 EIF5A-208ENST00000573542 1089 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC42.31■■■■■ 4.36
COL17A1Q9UMD9 SLC22A23-201ENST00000380298 1574 ntTSL 1 (best) BASIC42.29■■■■■ 4.36
COL17A1Q9UMD9 DNLZ-201ENST00000371738 724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC42.28■■■■■ 4.36
COL17A1Q9UMD9 AC007383.2-202ENST00000435627 482 ntTSL 2 BASIC42.27■■■■■ 4.36
COL17A1Q9UMD9 DUX4L11-201ENST00000611504 1267 ntBASIC42.23■■■■■ 4.35
COL17A1Q9UMD9 DUX4L12-201ENST00000614593 1267 ntBASIC42.23■■■■■ 4.35
COL17A1Q9UMD9 DUX4L14-201ENST00000621227 1267 ntBASIC42.23■■■■■ 4.35
COL17A1Q9UMD9 ELOC-207ENST00000522337 816 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC42.19■■■■■ 4.34
COL17A1Q9UMD9 ACOT7-209ENST00000545482 1804 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC42.19■■■■■ 4.34
COL17A1Q9UMD9 WASH5P-204ENST00000632292 975 ntBASIC42.18■■■■■ 4.34
COL17A1Q9UMD9 BCL7B-202ENST00000411832 1458 ntTSL 2 BASIC42.17■■■■■ 4.34
COL17A1Q9UMD9 GIPC1-201ENST00000345425 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC42.16■■■■■ 4.34
COL17A1Q9UMD9 AGPS-202ENST00000409888 815 ntTSL 4 BASIC42.16■■■■■ 4.34
COL17A1Q9UMD9 GSTP1-202ENST00000398606 965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC42.13■■■■■ 4.34
COL17A1Q9UMD9 NME2-205ENST00000512737 826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC42.12■■■■■ 4.33
COL17A1Q9UMD9 RAB12-201ENST00000329286 2137 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC42.11■■■■■ 4.33
COL17A1Q9UMD9 MRPL51-201ENST00000229238 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC42.11■■■■■ 4.33
COL17A1Q9UMD9 FAAP20-202ENST00000378546 729 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC42.11■■■■■ 4.33
COL17A1Q9UMD9 AP000911.3-201ENST00000526377 1130 ntTSL 3 BASIC42.11■■■■■ 4.33
COL17A1Q9UMD9 KCTD5-202ENST00000564195 774 ntTSL 5 BASIC42.11■■■■■ 4.33
COL17A1Q9UMD9 RCE1-201ENST00000309657 1485 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC42.1■■■■■ 4.33
COL17A1Q9UMD9 P2RX2-203ENST00000350048 1344 ntTSL 1 (best) BASIC42.1■■■■■ 4.33
COL17A1Q9UMD9 GADD45G-201ENST00000252506 1065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC42.1■■■■■ 4.33
COL17A1Q9UMD9 MRPL9-201ENST00000368829 882 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC42.1■■■■■ 4.33
COL17A1Q9UMD9 AL589765.4-201ENST00000512280 382 ntTSL 3 BASIC42.1■■■■■ 4.33
COL17A1Q9UMD9 LINC01971-201ENST00000617888 1048 ntBASIC42.1■■■■■ 4.33
COL17A1Q9UMD9 ING2-201ENST00000302327 1189 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC42.09■■■■■ 4.33
COL17A1Q9UMD9 CIB2-204ENST00000557846 934 ntTSL 3 BASIC42.09■■■■■ 4.33
COL17A1Q9UMD9 MNX1-207ENST00000543409 1620 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC42.08■■■■■ 4.33
COL17A1Q9UMD9 UBALD1-203ENST00000587649 707 ntTSL 3 BASIC42.07■■■■■ 4.33
COL17A1Q9UMD9 LMO2-202ENST00000395833 1687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC42.06■■■■■ 4.32
COL17A1Q9UMD9 PARD6A-201ENST00000219255 1248 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC42.06■■■■■ 4.32
COL17A1Q9UMD9 NFKBIA-209ENST00000557389 1537 ntTSL 2 BASIC42.06■■■■■ 4.32
COL17A1Q9UMD9 AL139393.1-201ENST00000417479 573 ntTSL 5 BASIC42.05■■■■■ 4.32
COL17A1Q9UMD9 GADD45A-205ENST00000617962 1142 ntTSL 1 (best) BASIC42.03■■■■■ 4.32
COL17A1Q9UMD9 MIR6090-201ENST00000622481 60 ntBASIC42.03■■■■■ 4.32
COL17A1Q9UMD9 ATRAID-201ENST00000380171 1240 ntTSL 1 (best) BASIC42.02■■■■■ 4.32
COL17A1Q9UMD9 VEGFA-208ENST00000417285 1081 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC42.01■■■■■ 4.32
COL17A1Q9UMD9 GNB5-202ENST00000358784 1735 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC42■■■■■ 4.31
COL17A1Q9UMD9 TXNL4A-210ENST00000591711 669 ntTSL 2 BASIC42■■■■■ 4.31
COL17A1Q9UMD9 SLC35D2-203ENST00000375259 1361 ntTSL 1 (best) BASIC42■■■■■ 4.31
COL17A1Q9UMD9 CCM2-218ENST00000541586 1719 ntTSL 3 BASIC42■■■■■ 4.31
COL17A1Q9UMD9 TRIP10-202ENST00000313285 2035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC41.99■■■■■ 4.31
COL17A1Q9UMD9 DEXI-201ENST00000331808 1561 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC41.99■■■■■ 4.31
COL17A1Q9UMD9 DTNBP1-212ENST00000622898 1305 ntTSL 1 (best) BASIC41.99■■■■■ 4.31
COL17A1Q9UMD9 MAPK4-202ENST00000540640 1576 ntTSL 2 BASIC41.99■■■■■ 4.31
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 13.4 ms