Protein–RNA interactions for Protein: Q9UMD9

COL17A1, Collagen alpha-1(XVII) chain, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 1,497 aa.

Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL17A1Q9UMD9 AC234582.1-201ENST00000447623 923 ntTSL 5 BASIC42.85■■■■■ 4.45
COL17A1Q9UMD9 TSEN34-203ENST00000396388 1349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC42.84■■■■■ 4.45
COL17A1Q9UMD9 INPP5A-202ENST00000368593 1432 ntTSL 1 (best) BASIC42.82■■■■■ 4.44
COL17A1Q9UMD9 GSC-201ENST00000238558 1264 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC42.8■■■■■ 4.44
COL17A1Q9UMD9 AC116407.1-201ENST00000398832 1599 ntTSL 2 BASIC42.76■■■■■ 4.44
COL17A1Q9UMD9 CALM3-209ENST00000597743 577 ntTSL 4 BASIC42.75■■■■■ 4.43
COL17A1Q9UMD9 VEGFA-231ENST00000640499 1188 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC42.75■■■■■ 4.43
COL17A1Q9UMD9 R3HDM4-208ENST00000626716 138 ntTSL 5 BASIC42.74■■■■■ 4.43
COL17A1Q9UMD9 NAA50-207ENST00000493900 962 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC42.73■■■■■ 4.43
COL17A1Q9UMD9 TCEA2-202ENST00000343484 1235 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC42.71■■■■■ 4.43
COL17A1Q9UMD9 CLDND1-226ENST00000513287 999 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC42.7■■■■■ 4.43
COL17A1Q9UMD9 LANCL3-203ENST00000614025 1469 ntTSL 2 BASIC42.7■■■■■ 4.43
COL17A1Q9UMD9 DUX4L29-201ENST00000425409 679 ntBASIC42.69■■■■■ 4.42
COL17A1Q9UMD9 VAX2-201ENST00000234392 1147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC42.68■■■■■ 4.42
COL17A1Q9UMD9 AC016575.1-201ENST00000607026 382 ntBASIC42.68■■■■■ 4.42
COL17A1Q9UMD9 KRT18-201ENST00000388835 1562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC42.67■■■■■ 4.42
COL17A1Q9UMD9 MIR3648-2-201ENST00000581792 180 ntBASIC42.66■■■■■ 4.42
COL17A1Q9UMD9 MIR3648-1-201ENST00000615959 180 ntBASIC42.66■■■■■ 4.42
COL17A1Q9UMD9 ZNF358-202ENST00000597229 1954 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC42.63■■■■■ 4.42
COL17A1Q9UMD9 DDN-AS1-203ENST00000552284 934 ntTSL 3 BASIC42.62■■■■■ 4.41
COL17A1Q9UMD9 PPP1R14B-201ENST00000309318 982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC42.62■■■■■ 4.41
COL17A1Q9UMD9 AC021231.2-201ENST00000594613 730 ntBASIC42.6■■■■■ 4.41
COL17A1Q9UMD9 GDI1-215ENST00000630693 786 ntTSL 4 BASIC42.6■■■■■ 4.41
COL17A1Q9UMD9 RNF166-209ENST00000567844 633 ntTSL 5 BASIC42.58■■■■■ 4.41
COL17A1Q9UMD9 AC116565.1-201ENST00000610212 2421 ntAPPRIS P1 BASIC42.57■■■■■ 4.4
COL17A1Q9UMD9 CCDC149-203ENST00000502801 1079 ntTSL 1 (best) BASIC42.54■■■■■ 4.4
COL17A1Q9UMD9 CR559946.2-201ENST00000623684 991 ntBASIC42.49■■■■■ 4.39
COL17A1Q9UMD9 ABHD17AP3-201ENST00000503096 1137 ntBASIC42.48■■■■■ 4.39
COL17A1Q9UMD9 U2AF1-201ENST00000291552 962 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC42.46■■■■■ 4.39
COL17A1Q9UMD9 MFAP2-202ENST00000375535 1260 ntTSL 1 (best) BASIC42.46■■■■■ 4.39
COL17A1Q9UMD9 U2AF1L5-202ENST00000619610 813 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC42.46■■■■■ 4.39
COL17A1Q9UMD9 KCTD17-209ENST00000610767 1502 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC42.46■■■■■ 4.39
COL17A1Q9UMD9 PTPRF-216ENST00000617451 1129 ntTSL 5 BASIC42.43■■■■■ 4.38
COL17A1Q9UMD9 RP9P-201ENST00000381639 1303 ntTSL 1 (best) BASIC42.43■■■■■ 4.38
COL17A1Q9UMD9 MAD2L2-205ENST00000376669 864 ntTSL 3 BASIC42.43■■■■■ 4.38
COL17A1Q9UMD9 PPP1R1A-201ENST00000257905 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC42.42■■■■■ 4.38
COL17A1Q9UMD9 CIB1-201ENST00000328649 1247 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC42.42■■■■■ 4.38
COL17A1Q9UMD9 AC018755.3-201ENST00000598755 664 ntTSL 2 BASIC42.42■■■■■ 4.38
COL17A1Q9UMD9 CIB1-202ENST00000612800 1096 ntTSL 1 (best) BASIC42.42■■■■■ 4.38
COL17A1Q9UMD9 CHCHD4-201ENST00000295767 1603 ntTSL 2 BASIC42.42■■■■■ 4.38
COL17A1Q9UMD9 PSMG4-202ENST00000380305 489 ntTSL 5 BASIC42.41■■■■■ 4.38
COL17A1Q9UMD9 TRIM52-AS1-203ENST00000509252 529 ntTSL 3 BASIC42.41■■■■■ 4.38
COL17A1Q9UMD9 RPS2-209ENST00000529806 993 ntTSL 3 BASIC42.41■■■■■ 4.38
COL17A1Q9UMD9 SSU72-201ENST00000291386 1290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC42.39■■■■■ 4.38
COL17A1Q9UMD9 NMB-202ENST00000394588 1017 ntTSL 1 (best) BASIC42.39■■■■■ 4.38
COL17A1Q9UMD9 PPP4R4-202ENST00000328839 876 ntTSL 1 (best) BASIC42.38■■■■■ 4.38
COL17A1Q9UMD9 HAPLN2-201ENST00000255039 1771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC42.38■■■■■ 4.37
COL17A1Q9UMD9 HINT2-201ENST00000259667 628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC42.37■■■■■ 4.37
COL17A1Q9UMD9 CLEC3B-202ENST00000428034 752 ntTSL 2 BASIC42.36■■■■■ 4.37
COL17A1Q9UMD9 C16orf95-205ENST00000567970 1031 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC42.35■■■■■ 4.37
COL17A1Q9UMD9 HSD17B1-201ENST00000225929 1265 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC42.34■■■■■ 4.37
COL17A1Q9UMD9 TERF2-207ENST00000567296 1129 ntTSL 1 (best) BASIC42.34■■■■■ 4.37
COL17A1Q9UMD9 GTF3C4-202ENST00000483873 1417 ntTSL 3 BASIC42.33■■■■■ 4.37
COL17A1Q9UMD9 CMAS-201ENST00000229329 1787 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC42.33■■■■■ 4.37
COL17A1Q9UMD9 EIF5A-208ENST00000573542 1089 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC42.31■■■■■ 4.36
COL17A1Q9UMD9 SLC22A23-201ENST00000380298 1574 ntTSL 1 (best) BASIC42.29■■■■■ 4.36
COL17A1Q9UMD9 DNLZ-201ENST00000371738 724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC42.28■■■■■ 4.36
COL17A1Q9UMD9 AC007383.2-202ENST00000435627 482 ntTSL 2 BASIC42.27■■■■■ 4.36
COL17A1Q9UMD9 DUX4L11-201ENST00000611504 1267 ntBASIC42.23■■■■■ 4.35
COL17A1Q9UMD9 DUX4L12-201ENST00000614593 1267 ntBASIC42.23■■■■■ 4.35
COL17A1Q9UMD9 DUX4L14-201ENST00000621227 1267 ntBASIC42.23■■■■■ 4.35
COL17A1Q9UMD9 ELOC-207ENST00000522337 816 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC42.19■■■■■ 4.34
COL17A1Q9UMD9 ACOT7-209ENST00000545482 1804 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC42.19■■■■■ 4.34
COL17A1Q9UMD9 WASH5P-204ENST00000632292 975 ntBASIC42.18■■■■■ 4.34
COL17A1Q9UMD9 BCL7B-202ENST00000411832 1458 ntTSL 2 BASIC42.17■■■■■ 4.34
COL17A1Q9UMD9 GIPC1-201ENST00000345425 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC42.16■■■■■ 4.34
COL17A1Q9UMD9 AGPS-202ENST00000409888 815 ntTSL 4 BASIC42.16■■■■■ 4.34
COL17A1Q9UMD9 GSTP1-202ENST00000398606 965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC42.13■■■■■ 4.34
COL17A1Q9UMD9 NME2-205ENST00000512737 826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC42.12■■■■■ 4.33
COL17A1Q9UMD9 RAB12-201ENST00000329286 2137 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC42.11■■■■■ 4.33
COL17A1Q9UMD9 MRPL51-201ENST00000229238 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC42.11■■■■■ 4.33
COL17A1Q9UMD9 FAAP20-202ENST00000378546 729 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC42.11■■■■■ 4.33
COL17A1Q9UMD9 AP000911.3-201ENST00000526377 1130 ntTSL 3 BASIC42.11■■■■■ 4.33
COL17A1Q9UMD9 KCTD5-202ENST00000564195 774 ntTSL 5 BASIC42.11■■■■■ 4.33
COL17A1Q9UMD9 RCE1-201ENST00000309657 1485 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC42.1■■■■■ 4.33
COL17A1Q9UMD9 P2RX2-203ENST00000350048 1344 ntTSL 1 (best) BASIC42.1■■■■■ 4.33
COL17A1Q9UMD9 GADD45G-201ENST00000252506 1065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC42.1■■■■■ 4.33
COL17A1Q9UMD9 MRPL9-201ENST00000368829 882 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC42.1■■■■■ 4.33
COL17A1Q9UMD9 AL589765.4-201ENST00000512280 382 ntTSL 3 BASIC42.1■■■■■ 4.33
COL17A1Q9UMD9 LINC01971-201ENST00000617888 1048 ntBASIC42.1■■■■■ 4.33
COL17A1Q9UMD9 ING2-201ENST00000302327 1189 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC42.09■■■■■ 4.33
COL17A1Q9UMD9 CIB2-204ENST00000557846 934 ntTSL 3 BASIC42.09■■■■■ 4.33
COL17A1Q9UMD9 MNX1-207ENST00000543409 1620 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC42.08■■■■■ 4.33
COL17A1Q9UMD9 UBALD1-203ENST00000587649 707 ntTSL 3 BASIC42.07■■■■■ 4.33
COL17A1Q9UMD9 LMO2-202ENST00000395833 1687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC42.06■■■■■ 4.32
COL17A1Q9UMD9 PARD6A-201ENST00000219255 1248 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC42.06■■■■■ 4.32
COL17A1Q9UMD9 NFKBIA-209ENST00000557389 1537 ntTSL 2 BASIC42.06■■■■■ 4.32
COL17A1Q9UMD9 AL139393.1-201ENST00000417479 573 ntTSL 5 BASIC42.05■■■■■ 4.32
COL17A1Q9UMD9 GADD45A-205ENST00000617962 1142 ntTSL 1 (best) BASIC42.03■■■■■ 4.32
COL17A1Q9UMD9 MIR6090-201ENST00000622481 60 ntBASIC42.03■■■■■ 4.32
COL17A1Q9UMD9 ATRAID-201ENST00000380171 1240 ntTSL 1 (best) BASIC42.02■■■■■ 4.32
COL17A1Q9UMD9 VEGFA-208ENST00000417285 1081 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC42.01■■■■■ 4.32
COL17A1Q9UMD9 GNB5-202ENST00000358784 1735 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC42■■■■■ 4.31
COL17A1Q9UMD9 TXNL4A-210ENST00000591711 669 ntTSL 2 BASIC42■■■■■ 4.31
COL17A1Q9UMD9 SLC35D2-203ENST00000375259 1361 ntTSL 1 (best) BASIC42■■■■■ 4.31
COL17A1Q9UMD9 CCM2-218ENST00000541586 1719 ntTSL 3 BASIC42■■■■■ 4.31
COL17A1Q9UMD9 TRIP10-202ENST00000313285 2035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC41.99■■■■■ 4.31
COL17A1Q9UMD9 DEXI-201ENST00000331808 1561 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC41.99■■■■■ 4.31
COL17A1Q9UMD9 DTNBP1-212ENST00000622898 1305 ntTSL 1 (best) BASIC41.99■■■■■ 4.31
COL17A1Q9UMD9 MAPK4-202ENST00000540640 1576 ntTSL 2 BASIC41.99■■■■■ 4.31
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 13.6 ms