Protein–RNA interactions for Protein: P23560

BDNF, Brain-derived neurotrophic factor, humanhuman

Predictions only

Length 247 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
BDNFP23560 AC234582.1-201ENST00000447623 923 ntTSL 5 BASIC28.8■■■□□ 2.2
BDNFP23560 AC105285.1-201ENST00000500914 2036 ntTSL 1 (best) BASIC28.8■■■□□ 2.2
BDNFP23560 ADRA1D-201ENST00000379453 2728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.8■■■□□ 2.2
BDNFP23560 TPGS1-201ENST00000359315 1114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.79■■■□□ 2.2
BDNFP23560 SEC61G-204ENST00000450622 512 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.79■■■□□ 2.2
BDNFP23560 HDAC3-201ENST00000305264 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.77■■■□□ 2.2
BDNFP23560 ACTR3B-202ENST00000377776 1566 ntTSL 1 (best) BASIC28.76■■■□□ 2.19
BDNFP23560 SLC2A4RG-201ENST00000266077 1731 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.76■■■□□ 2.19
BDNFP23560 HNRNPLP2-201ENST00000568980 1570 ntBASIC28.75■■■□□ 2.19
BDNFP23560 PDXP-201ENST00000215904 2010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.75■■■□□ 2.19
BDNFP23560 H2AFV-205ENST00000381124 628 ntTSL 3 BASIC28.74■■■□□ 2.19
BDNFP23560 ECI1-203ENST00000562238 948 ntTSL 1 (best) BASIC28.74■■■□□ 2.19
BDNFP23560 GRASP-201ENST00000293662 1933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.74■■■□□ 2.19
BDNFP23560 AC120057.4-201ENST00000624722 1615 ntBASIC28.73■■■□□ 2.19
BDNFP23560 RPS2P35-201ENST00000443417 897 ntBASIC28.72■■■□□ 2.19
BDNFP23560 RNF150-204ENST00000507500 1530 ntTSL 1 (best) BASIC28.72■■■□□ 2.19
BDNFP23560 CCM2-201ENST00000258781 1894 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.72■■■□□ 2.19
BDNFP23560 NIT1-201ENST00000368007 1749 ntTSL 2 BASIC28.7■■■□□ 2.19
BDNFP23560 ARL8A-204ENST00000614750 1727 ntTSL 3 BASIC28.69■■■□□ 2.18
BDNFP23560 AC004080.1-201ENST00000523608 757 ntTSL 2 BASIC28.69■■■□□ 2.18
BDNFP23560 GPI-201ENST00000356487 2210 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.69■■■□□ 2.18
BDNFP23560 AL162393.1-201ENST00000437852 946 ntBASIC28.68■■■□□ 2.18
BDNFP23560 NRG1-221ENST00000614767 762 ntTSL 5 BASIC28.68■■■□□ 2.18
BDNFP23560 MIR762-201ENST00000390236 83 ntBASIC28.67■■■□□ 2.18
BDNFP23560 DENR-202ENST00000455982 1052 ntTSL 5 BASIC28.67■■■□□ 2.18
BDNFP23560 PARD6A-202ENST00000458121 1260 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.67■■■□□ 2.18
BDNFP23560 ZFP90-204ENST00000564323 560 ntTSL 4 BASIC28.67■■■□□ 2.18
BDNFP23560 AP006261.1-201ENST00000584783 668 ntBASIC28.67■■■□□ 2.18
BDNFP23560 ZFP90-219ENST00000611381 695 ntTSL 1 (best) BASIC28.67■■■□□ 2.18
BDNFP23560 TMEM229A-201ENST00000455783 2108 ntAPPRIS P1 BASIC28.67■■■□□ 2.18
BDNFP23560 CISD3-204ENST00000613478 2074 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.66■■■□□ 2.18
BDNFP23560 EMID1-201ENST00000334018 2173 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.65■■■□□ 2.18
BDNFP23560 CHML-205ENST00000638160 705 ntTSL 3 BASIC28.65■■■□□ 2.18
BDNFP23560 TRNP1-201ENST00000522111 1958 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.63■■■□□ 2.17
BDNFP23560 MTNR1A-201ENST00000307161 1289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.63■■■□□ 2.17
BDNFP23560 MSRB2-201ENST00000376510 1803 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.63■■■□□ 2.17
BDNFP23560 WSB2-211ENST00000544233 2503 ntTSL 2 BASIC28.62■■■□□ 2.17
BDNFP23560 AC012629.2-201ENST00000606513 377 ntTSL 5 BASIC28.61■■■□□ 2.17
BDNFP23560 BCL7B-201ENST00000223368 1975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.61■■■□□ 2.17
BDNFP23560 SSBP4-202ENST00000348495 1721 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC28.6■■■□□ 2.17
BDNFP23560 SSU72-201ENST00000291386 1290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.6■■■□□ 2.17
BDNFP23560 MSANTD2-203ENST00000524950 1109 ntTSL 2 BASIC28.6■■■□□ 2.17
BDNFP23560 GATA6-202ENST00000581694 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.58■■■□□ 2.17
BDNFP23560 ABHD17A-201ENST00000250974 1630 ntTSL 1 (best) BASIC28.58■■■□□ 2.17
BDNFP23560 FAM185A-202ENST00000413034 1179 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC28.57■■■□□ 2.16
BDNFP23560 PGAM5-201ENST00000317555 1182 ntTSL 1 (best) BASIC28.56■■■□□ 2.16
BDNFP23560 MIR3665-201ENST00000578708 105 ntBASIC28.56■■■□□ 2.16
BDNFP23560 GFRA4-202ENST00000319242 900 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC28.55■■■□□ 2.16
BDNFP23560 AC005559.1-201ENST00000589661 871 ntBASIC28.55■■■□□ 2.16
BDNFP23560 DUX4L28-201ENST00000623687 678 ntBASIC28.55■■■□□ 2.16
BDNFP23560 GSTP1-202ENST00000398606 965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.54■■■□□ 2.16
BDNFP23560 MISP3-201ENST00000269720 1424 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.53■■■□□ 2.16
BDNFP23560 ZBTB12-201ENST00000375527 1875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.53■■■□□ 2.16
BDNFP23560 RCC1L-205ENST00000618035 1409 ntTSL 1 (best) BASIC28.52■■■□□ 2.16
BDNFP23560 ATRAID-201ENST00000380171 1240 ntTSL 1 (best) BASIC28.5■■■□□ 2.15
BDNFP23560 KHDRBS3-201ENST00000355849 1977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.5■■■□□ 2.15
BDNFP23560 DUSP14-206ENST00000617516 1537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.49■■■□□ 2.15
BDNFP23560 PPP1R35-201ENST00000292330 1031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.49■■■□□ 2.15
BDNFP23560 FTCD-202ENST00000397743 1834 ntTSL 1 (best) BASIC28.48■■■□□ 2.15
BDNFP23560 COX4I1-203ENST00000562336 873 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.47■■■□□ 2.15
BDNFP23560 HSD11B1L-209ENST00000577917 1553 ntTSL 1 (best) BASIC28.46■■■□□ 2.15
BDNFP23560 ATRNL1-209ENST00000609571 1818 ntTSL 1 (best) BASIC28.46■■■□□ 2.15
BDNFP23560 KCNQ5-204ENST00000370392 1469 ntTSL 1 (best) BASIC28.46■■■□□ 2.15
BDNFP23560 LANCL3-203ENST00000614025 1469 ntTSL 2 BASIC28.46■■■□□ 2.15
BDNFP23560 CRIP1-201ENST00000330233 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.45■■■□□ 2.15
BDNFP23560 VEGFA-231ENST00000640499 1188 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.45■■■□□ 2.14
BDNFP23560 SLC9A3R2-202ENST00000432365 1564 ntTSL 1 (best) BASIC28.45■■■□□ 2.14
BDNFP23560 FAM78B-202ENST00000354422 1475 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.44■■■□□ 2.14
BDNFP23560 AC087741.3-201ENST00000624270 1347 ntBASIC28.43■■■□□ 2.14
BDNFP23560 FAM89B-201ENST00000316409 1409 ntTSL 1 (best) BASIC28.43■■■□□ 2.14
BDNFP23560 NKIRAS2-202ENST00000316082 833 ntTSL 5 BASIC28.43■■■□□ 2.14
BDNFP23560 LMNTD2-201ENST00000329451 2084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.42■■■□□ 2.14
BDNFP23560 CMC4-202ENST00000369484 1107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.42■■■□□ 2.14
BDNFP23560 NMB-202ENST00000394588 1017 ntTSL 1 (best) BASIC28.4■■■□□ 2.14
BDNFP23560 E2F4-201ENST00000379378 2096 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.39■■■□□ 2.14
BDNFP23560 HNRNPAB-206ENST00000506339 1747 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.39■■■□□ 2.14
BDNFP23560 UBE2L6-201ENST00000287156 1354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.38■■■□□ 2.13
BDNFP23560 CGREF1-204ENST00000402550 1575 ntTSL 2 BASIC28.38■■■□□ 2.13
BDNFP23560 GALK1-205ENST00000588479 1866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.36■■■□□ 2.13
BDNFP23560 TSPAN11-203ENST00000545802 1649 ntTSL 1 (best) BASIC28.36■■■□□ 2.13
BDNFP23560 AP000911.1-206ENST00000531938 711 ntTSL 3 BASIC28.35■■■□□ 2.13
BDNFP23560 EMX1-201ENST00000258106 2188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.35■■■□□ 2.13
BDNFP23560 TSEN34-203ENST00000396388 1349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.35■■■□□ 2.13
BDNFP23560 MXD3-203ENST00000439742 1483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.34■■■□□ 2.13
BDNFP23560 MNX1-207ENST00000543409 1620 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.34■■■□□ 2.13
BDNFP23560 RPS2-209ENST00000529806 993 ntTSL 3 BASIC28.34■■■□□ 2.13
BDNFP23560 AC008105.3-203ENST00000591365 2238 ntTSL 2 BASIC28.34■■■□□ 2.13
BDNFP23560 PCYT2-206ENST00000571105 1628 ntTSL 5 BASIC28.33■■■□□ 2.13
BDNFP23560 NAA50-207ENST00000493900 962 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC28.33■■■□□ 2.13
BDNFP23560 AC104109.3-201ENST00000519718 483 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.33■■■□□ 2.13
BDNFP23560 AC009097.4-201ENST00000566738 777 ntTSL 2 BASIC28.33■■■□□ 2.13
BDNFP23560 BHLHE23-201ENST00000370346 1057 ntAPPRIS P1 BASIC28.32■■■□□ 2.12
BDNFP23560 SMIM12-205ENST00000456842 918 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.32■■■□□ 2.12
BDNFP23560 IFNGR2-201ENST00000290219 2221 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.32■■■□□ 2.12
BDNFP23560 STUB1-201ENST00000219548 1472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.31■■■□□ 2.12
BDNFP23560 CERS1-201ENST00000429504 2094 ntTSL 1 (best) BASIC28.31■■■□□ 2.12
BDNFP23560 ZBTB7A-202ENST00000601588 2083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.31■■■□□ 2.12
BDNFP23560 FTCD-203ENST00000397746 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.3■■■□□ 2.12
BDNFP23560 AGPAT2-202ENST00000371696 1512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.3■■■□□ 2.12
BDNFP23560 AC044849.2-201ENST00000606596 710 ntBASIC28.3■■■□□ 2.12
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 159.6 ms