Protein–RNA interactions for Protein: P12111

COL6A3, Collagen alpha-3(VI) chain, humanhuman

Predictions only

Length 3,177 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL6A3P12111 CR559946.2-201ENST00000623684 991 ntBASIC29.83■■■□□ 2.37
COL6A3P12111 HDAC11-206ENST00000405025 576 ntTSL 4 BASIC29.82■■■□□ 2.36
COL6A3P12111 BCL7B-202ENST00000411832 1458 ntTSL 2 BASIC29.81■■■□□ 2.36
COL6A3P12111 C16orf95-205ENST00000567970 1031 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.8■■■□□ 2.36
COL6A3P12111 GDI1-215ENST00000630693 786 ntTSL 4 BASIC29.8■■■□□ 2.36
COL6A3P12111 HOXD-AS2-202ENST00000440016 999 ntTSL 5 BASIC29.78■■■□□ 2.36
COL6A3P12111 RARRES2P2-201ENST00000394842 485 ntBASIC29.78■■■□□ 2.36
COL6A3P12111 TSEN34-203ENST00000396388 1349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.76■■■□□ 2.35
COL6A3P12111 RNF166-209ENST00000567844 633 ntTSL 5 BASIC29.76■■■□□ 2.35
COL6A3P12111 VEGFA-207ENST00000413642 1197 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.74■■■□□ 2.35
COL6A3P12111 CCNYL1-205ENST00000420822 952 ntTSL 1 (best) BASIC29.74■■■□□ 2.35
COL6A3P12111 C11orf84-201ENST00000294244 2024 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.74■■■□□ 2.35
COL6A3P12111 RASSF7-201ENST00000397582 1731 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC29.74■■■□□ 2.35
COL6A3P12111 SIGMAR1-205ENST00000477726 840 ntTSL 1 (best) BASIC29.73■■■□□ 2.35
COL6A3P12111 TRIM52-AS1-203ENST00000509252 529 ntTSL 3 BASIC29.73■■■□□ 2.35
COL6A3P12111 LTB4R2-204ENST00000533293 1515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.72■■■□□ 2.35
COL6A3P12111 MVK-208ENST00000539696 608 ntTSL 5 BASIC29.72■■■□□ 2.35
COL6A3P12111 UBALD1-203ENST00000587649 707 ntTSL 3 BASIC29.71■■■□□ 2.35
COL6A3P12111 DUX4L29-201ENST00000425409 679 ntBASIC29.7■■■□□ 2.35
COL6A3P12111 HSD17B1-201ENST00000225929 1265 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC29.7■■■□□ 2.34
COL6A3P12111 LANCL3-203ENST00000614025 1469 ntTSL 2 BASIC29.68■■■□□ 2.34
COL6A3P12111 MISP3-201ENST00000269720 1424 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.67■■■□□ 2.34
COL6A3P12111 TCEA2-202ENST00000343484 1235 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.67■■■□□ 2.34
COL6A3P12111 DCUN1D5-201ENST00000260247 1337 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.66■■■□□ 2.34
COL6A3P12111 KMT2E-AS1-201ENST00000453677 736 ntTSL 3 BASIC29.66■■■□□ 2.34
COL6A3P12111 DDN-AS1-203ENST00000552284 934 ntTSL 3 BASIC29.66■■■□□ 2.34
COL6A3P12111 ARRDC1-201ENST00000371421 1586 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.65■■■□□ 2.34
COL6A3P12111 CLEC3B-202ENST00000428034 752 ntTSL 2 BASIC29.65■■■□□ 2.34
COL6A3P12111 AC234582.1-201ENST00000447623 923 ntTSL 5 BASIC29.65■■■□□ 2.34
COL6A3P12111 DENR-202ENST00000455982 1052 ntTSL 5 BASIC29.65■■■□□ 2.34
COL6A3P12111 VAX2-201ENST00000234392 1147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.64■■■□□ 2.34
COL6A3P12111 NAA50-207ENST00000493900 962 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC29.63■■■□□ 2.33
COL6A3P12111 C16orf95-206ENST00000618367 974 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC29.63■■■□□ 2.33
COL6A3P12111 CCDC149-203ENST00000502801 1079 ntTSL 1 (best) BASIC29.63■■■□□ 2.33
COL6A3P12111 FAAP20-204ENST00000400919 1413 ntTSL 3 BASIC29.62■■■□□ 2.33
COL6A3P12111 ABHD17AP5-201ENST00000580133 923 ntBASIC29.62■■■□□ 2.33
COL6A3P12111 MRPL51-201ENST00000229238 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.61■■■□□ 2.33
COL6A3P12111 AP000911.3-201ENST00000526377 1130 ntTSL 3 BASIC29.61■■■□□ 2.33
COL6A3P12111 PPP1CC-202ENST00000340766 1472 ntTSL 2 BASIC29.61■■■□□ 2.33
COL6A3P12111 PPP1R14B-201ENST00000309318 982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.58■■■□□ 2.33
COL6A3P12111 VEGFA-208ENST00000417285 1081 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.58■■■□□ 2.33
COL6A3P12111 AC021231.2-201ENST00000594613 730 ntBASIC29.58■■■□□ 2.33
COL6A3P12111 DTNBP1-212ENST00000622898 1305 ntTSL 1 (best) BASIC29.57■■■□□ 2.32
COL6A3P12111 C1orf232-201ENST00000634842 643 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC29.57■■■□□ 2.32
COL6A3P12111 CAPNS1-216ENST00000628306 1389 ntTSL 5 BASIC29.57■■■□□ 2.32
COL6A3P12111 CYHR1-209ENST00000530374 1870 ntTSL 3 BASIC29.55■■■□□ 2.32
COL6A3P12111 AGPS-202ENST00000409888 815 ntTSL 4 BASIC29.54■■■□□ 2.32
COL6A3P12111 Z97634.1-201ENST00000412293 1715 ntTSL 1 (best) BASIC29.54■■■□□ 2.32
COL6A3P12111 AC005540.1-201ENST00000413911 919 ntTSL 3 BASIC29.54■■■□□ 2.32
COL6A3P12111 INPP5A-202ENST00000368593 1432 ntTSL 1 (best) BASIC29.52■■■□□ 2.32
COL6A3P12111 PARD6A-201ENST00000219255 1248 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.52■■■□□ 2.32
COL6A3P12111 ING2-201ENST00000302327 1189 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.51■■■□□ 2.31
COL6A3P12111 MAPK1-202ENST00000398822 1487 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.5■■■□□ 2.31
COL6A3P12111 PIGX-201ENST00000296333 953 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC29.5■■■□□ 2.31
COL6A3P12111 SSTR4-201ENST00000255008 1427 ntAPPRIS P1 BASIC29.5■■■□□ 2.31
COL6A3P12111 AC019069.1-201ENST00000610008 1333 ntBASIC29.49■■■□□ 2.31
COL6A3P12111 FEZF2-203ENST00000486811 2001 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.49■■■□□ 2.31
COL6A3P12111 MFAP2-202ENST00000375535 1260 ntTSL 1 (best) BASIC29.48■■■□□ 2.31
COL6A3P12111 VEGFA-231ENST00000640499 1188 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.48■■■□□ 2.31
COL6A3P12111 MXD3-208ENST00000513063 861 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.48■■■□□ 2.31
COL6A3P12111 P2RX2-203ENST00000350048 1344 ntTSL 1 (best) BASIC29.46■■■□□ 2.31
COL6A3P12111 RP9P-201ENST00000381639 1303 ntTSL 1 (best) BASIC29.46■■■□□ 2.31
COL6A3P12111 FAAP20-202ENST00000378546 729 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.45■■■□□ 2.31
COL6A3P12111 RAB43-207ENST00000476465 1627 ntTSL 3 BASIC29.44■■■□□ 2.3
COL6A3P12111 HINT2-201ENST00000259667 628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.41■■■□□ 2.3
COL6A3P12111 MAD2L2-205ENST00000376669 864 ntTSL 3 BASIC29.4■■■□□ 2.3
COL6A3P12111 SLC35D2-203ENST00000375259 1361 ntTSL 1 (best) BASIC29.38■■■□□ 2.29
COL6A3P12111 GADD45G-201ENST00000252506 1065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.36■■■□□ 2.29
COL6A3P12111 GTF3C4-202ENST00000483873 1417 ntTSL 3 BASIC29.36■■■□□ 2.29
COL6A3P12111 PSMG4-202ENST00000380305 489 ntTSL 5 BASIC29.35■■■□□ 2.29
COL6A3P12111 MMP28-203ENST00000612672 1092 ntTSL 1 (best) BASIC29.35■■■□□ 2.29
COL6A3P12111 ACOT7-209ENST00000545482 1804 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.35■■■□□ 2.29
COL6A3P12111 MAPK3-205ENST00000395202 1008 ntTSL 1 (best) BASIC29.34■■■□□ 2.29
COL6A3P12111 AC016595.1-201ENST00000559410 383 ntTSL 3 BASIC29.34■■■□□ 2.29
COL6A3P12111 AURKAIP1-203ENST00000338370 1072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.34■■■□□ 2.29
COL6A3P12111 DNLZ-201ENST00000371738 724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.34■■■□□ 2.29
COL6A3P12111 HNRNPUL1-221ENST00000617305 1018 ntTSL 1 (best) BASIC29.34■■■□□ 2.29
COL6A3P12111 LINC01971-201ENST00000617888 1048 ntBASIC29.32■■■□□ 2.28
COL6A3P12111 BRF1-213ENST00000548421 1452 ntTSL 1 (best) BASIC29.31■■■□□ 2.28
COL6A3P12111 METTL24-201ENST00000338882 1119 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.29■■■□□ 2.28
COL6A3P12111 MRPL9-201ENST00000368829 882 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC29.28■■■□□ 2.28
COL6A3P12111 AL589765.4-201ENST00000512280 382 ntTSL 3 BASIC29.28■■■□□ 2.28
COL6A3P12111 ENHO-201ENST00000399775 1082 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.27■■■□□ 2.28
COL6A3P12111 DUX4L11-201ENST00000611504 1267 ntBASIC29.26■■■□□ 2.28
COL6A3P12111 DUX4L12-201ENST00000614593 1267 ntBASIC29.26■■■□□ 2.28
COL6A3P12111 DUX4L14-201ENST00000621227 1267 ntBASIC29.26■■■□□ 2.28
COL6A3P12111 GIPC1-202ENST00000393028 1483 ntTSL 3 BASIC29.26■■■□□ 2.27
COL6A3P12111 MNX1-207ENST00000543409 1620 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.26■■■□□ 2.27
COL6A3P12111 AC018358.1-201ENST00000631079 1402 ntBASIC29.25■■■□□ 2.27
COL6A3P12111 STARD10-220ENST00000545082 1085 ntTSL 3 BASIC29.25■■■□□ 2.27
COL6A3P12111 MPND-207ENST00000599840 1611 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.24■■■□□ 2.27
COL6A3P12111 SRP68-213ENST00000629930 165 ntTSL 5 BASIC29.23■■■□□ 2.27
COL6A3P12111 RCE1-201ENST00000309657 1485 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.23■■■□□ 2.27
COL6A3P12111 U2AF1-203ENST00000398137 1019 ntTSL 1 (best) BASIC29.22■■■□□ 2.27
COL6A3P12111 AL592295.1-201ENST00000400984 884 ntBASIC29.22■■■□□ 2.27
COL6A3P12111 U2AF1L5-212ENST00000639996 1019 ntTSL 1 (best) BASIC29.22■■■□□ 2.27
COL6A3P12111 RNF126P1-201ENST00000567452 1320 ntBASIC29.22■■■□□ 2.27
COL6A3P12111 ACOT1-202ENST00000557556 1271 ntTSL 1 (best) BASIC29.21■■■□□ 2.27
COL6A3P12111 MTURN-203ENST00000409688 843 ntTSL 2 BASIC29.21■■■□□ 2.27
COL6A3P12111 IGFBP2-201ENST00000233809 1439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.18■■■□□ 2.26
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 16.6 ms