Protein–RNA interactions for Protein: P02549

SPTA1, Spectrin alpha chain, erythrocytic 1, humanhuman

Predictions only

Length 2,419 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SPTA1P02549 MACF1-219ENST00000484793 834 ntTSL 2 BASIC25.27■■□□□ 1.64
SPTA1P02549 AC187653.1-201ENST00000506382 702 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.27■■□□□ 1.64
SPTA1P02549 AC013394.1-201ENST00000629685 808 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.27■■□□□ 1.64
SPTA1P02549 CDKN2A-201ENST00000304494 1218 ntTSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
SPTA1P02549 PPP1R14B-201ENST00000309318 982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
SPTA1P02549 COMMD3-201ENST00000376836 1342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
SPTA1P02549 SLC22A23-201ENST00000380298 1574 ntTSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
SPTA1P02549 LAPTM4B-203ENST00000521545 915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
SPTA1P02549 DDN-AS1-203ENST00000552284 934 ntTSL 3 BASIC25.2■■□□□ 1.62
SPTA1P02549 CMAS-201ENST00000229329 1787 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
SPTA1P02549 HDAC11-206ENST00000405025 576 ntTSL 4 BASIC25.19■■□□□ 1.62
SPTA1P02549 R3HDM4-208ENST00000626716 138 ntTSL 5 BASIC25.19■■□□□ 1.62
SPTA1P02549 INPP5A-202ENST00000368593 1432 ntTSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
SPTA1P02549 TPRG1L-201ENST00000344579 2189 ntTSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
SPTA1P02549 SLC35D2-202ENST00000375257 889 ntTSL 2 BASIC25.17■■□□□ 1.62
SPTA1P02549 TSEN34-203ENST00000396388 1349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
SPTA1P02549 PPP2CB-201ENST00000221138 2006 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.62
SPTA1P02549 VAX2-201ENST00000234392 1147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.62
SPTA1P02549 ACOT7-209ENST00000545482 1804 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
SPTA1P02549 CRIP2-201ENST00000329146 1857 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
SPTA1P02549 CCDC149-203ENST00000502801 1079 ntTSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
SPTA1P02549 CHCHD4-201ENST00000295767 1603 ntTSL 2 BASIC25.11■■□□□ 1.61
SPTA1P02549 RP9P-201ENST00000381639 1303 ntTSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
SPTA1P02549 DUX4L29-201ENST00000425409 679 ntBASIC25.11■■□□□ 1.61
SPTA1P02549 MIR3648-2-201ENST00000581792 180 ntBASIC25.11■■□□□ 1.61
SPTA1P02549 MIR3648-1-201ENST00000615959 180 ntBASIC25.11■■□□□ 1.61
SPTA1P02549 AC116407.1-201ENST00000398832 1599 ntTSL 2 BASIC25.1■■□□□ 1.61
SPTA1P02549 VEGFA-207ENST00000413642 1197 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
SPTA1P02549 GIPC1-201ENST00000345425 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
SPTA1P02549 MISP3-201ENST00000269720 1424 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.09■■□□□ 1.61
SPTA1P02549 AGPS-202ENST00000409888 815 ntTSL 4 BASIC25.08■■□□□ 1.61
SPTA1P02549 CIB1-201ENST00000328649 1247 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.61
SPTA1P02549 PSMG4-202ENST00000380305 489 ntTSL 5 BASIC25.08■■□□□ 1.61
SPTA1P02549 CIB1-202ENST00000612800 1096 ntTSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.61
SPTA1P02549 MAD2L2-205ENST00000376669 864 ntTSL 3 BASIC25.07■■□□□ 1.6
SPTA1P02549 DNLZ-201ENST00000371738 724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
SPTA1P02549 RPS2-209ENST00000529806 993 ntTSL 3 BASIC25.06■■□□□ 1.6
SPTA1P02549 AL118558.1-203ENST00000553701 447 ntTSL 3 BASIC25.06■■□□□ 1.6
SPTA1P02549 C16orf95-205ENST00000567970 1031 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.05■■□□□ 1.6
SPTA1P02549 MFAP2-202ENST00000375535 1260 ntTSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
SPTA1P02549 VEGFA-231ENST00000640499 1188 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
SPTA1P02549 KRT18-201ENST00000388835 1562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
SPTA1P02549 CLDND1-226ENST00000513287 999 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.03■■□□□ 1.6
SPTA1P02549 AC021231.2-201ENST00000594613 730 ntBASIC25.03■■□□□ 1.6
SPTA1P02549 AC018755.3-201ENST00000598755 664 ntTSL 2 BASIC25.02■■□□□ 1.6
SPTA1P02549 HINT2-201ENST00000259667 628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
SPTA1P02549 CR559946.2-201ENST00000623684 991 ntBASIC25■■□□□ 1.59
SPTA1P02549 SSU72-201ENST00000291386 1290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
SPTA1P02549 ARTN-202ENST00000372359 1921 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.99■■□□□ 1.59
SPTA1P02549 KCTD17-201ENST00000402077 1691 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
SPTA1P02549 CCM2-218ENST00000541586 1719 ntTSL 3 BASIC24.98■■□□□ 1.59
SPTA1P02549 GSTP1-202ENST00000398606 965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
SPTA1P02549 BRD4-212ENST00000630599 726 ntTSL 2 BASIC24.97■■□□□ 1.59
SPTA1P02549 U2AF1-201ENST00000291552 962 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
SPTA1P02549 TERF2-207ENST00000567296 1129 ntTSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
SPTA1P02549 U2AF1L5-202ENST00000619610 813 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
SPTA1P02549 EIF5A-208ENST00000573542 1089 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.96■■□□□ 1.59
SPTA1P02549 MNX1-207ENST00000543409 1620 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
SPTA1P02549 GNB5-202ENST00000358784 1735 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.59
SPTA1P02549 CLEC3B-202ENST00000428034 752 ntTSL 2 BASIC24.95■■□□□ 1.58
SPTA1P02549 PTPRF-216ENST00000617451 1129 ntTSL 5 BASIC24.95■■□□□ 1.58
SPTA1P02549 AC016575.1-201ENST00000607026 382 ntBASIC24.94■■□□□ 1.58
SPTA1P02549 VEGFA-208ENST00000417285 1081 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
SPTA1P02549 TRIM52-AS1-203ENST00000509252 529 ntTSL 3 BASIC24.93■■□□□ 1.58
SPTA1P02549 MAPK4-202ENST00000540640 1576 ntTSL 2 BASIC24.92■■□□□ 1.58
SPTA1P02549 P2RX2-203ENST00000350048 1344 ntTSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
SPTA1P02549 ATRAID-201ENST00000380171 1240 ntTSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
SPTA1P02549 RNF166-209ENST00000567844 633 ntTSL 5 BASIC24.9■■□□□ 1.58
SPTA1P02549 UBE2A-207ENST00000628549 934 ntTSL 2 BASIC24.9■■□□□ 1.58
SPTA1P02549 HSD11B1L-209ENST00000577917 1553 ntTSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.58
SPTA1P02549 CYP26C1-201ENST00000285949 1569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
SPTA1P02549 GTF3C4-202ENST00000483873 1417 ntTSL 3 BASIC24.88■■□□□ 1.57
SPTA1P02549 AURKAIP1-203ENST00000338370 1072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
SPTA1P02549 ECI1-207ENST00000570258 1512 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.87■■□□□ 1.57
SPTA1P02549 LINC01971-201ENST00000617888 1048 ntBASIC24.87■■□□□ 1.57
SPTA1P02549 CACNG6-201ENST00000252729 1853 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
SPTA1P02549 VEGFA-226ENST00000611736 1239 ntTSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
SPTA1P02549 HSD17B1-201ENST00000225929 1265 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.85■■□□□ 1.57
SPTA1P02549 AC007383.2-202ENST00000435627 482 ntTSL 2 BASIC24.85■■□□□ 1.57
SPTA1P02549 MAPK3-202ENST00000322266 1743 ntTSL 5 BASIC24.84■■□□□ 1.57
SPTA1P02549 MRPL9-201ENST00000368829 882 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.84■■□□□ 1.57
SPTA1P02549 AL589765.4-201ENST00000512280 382 ntTSL 3 BASIC24.84■■□□□ 1.57
SPTA1P02549 CIB2-204ENST00000557846 934 ntTSL 3 BASIC24.84■■□□□ 1.57
SPTA1P02549 NFKBIA-209ENST00000557389 1537 ntTSL 2 BASIC24.84■■□□□ 1.57
SPTA1P02549 KCTD5-202ENST00000564195 774 ntTSL 5 BASIC24.83■■□□□ 1.56
SPTA1P02549 AP000911.3-201ENST00000526377 1130 ntTSL 3 BASIC24.82■■□□□ 1.56
SPTA1P02549 SFRP5-201ENST00000266066 1836 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
SPTA1P02549 DTNBP1-212ENST00000622898 1305 ntTSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
SPTA1P02549 PARD6A-201ENST00000219255 1248 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
SPTA1P02549 ABHD17AP3-201ENST00000503096 1137 ntBASIC24.81■■□□□ 1.56
SPTA1P02549 NEURL1B-203ENST00000522853 1263 ntTSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
SPTA1P02549 UBALD1-203ENST00000587649 707 ntTSL 3 BASIC24.81■■□□□ 1.56
SPTA1P02549 GDI1-215ENST00000630693 786 ntTSL 4 BASIC24.81■■□□□ 1.56
SPTA1P02549 BCL7B-202ENST00000411832 1458 ntTSL 2 BASIC24.8■■□□□ 1.56
SPTA1P02549 STARD10-220ENST00000545082 1085 ntTSL 3 BASIC24.8■■□□□ 1.56
SPTA1P02549 CRIP1-201ENST00000330233 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
SPTA1P02549 NMB-202ENST00000394588 1017 ntTSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
SPTA1P02549 PPP4R4-202ENST00000328839 876 ntTSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
SPTA1P02549 FBRSL1-201ENST00000434748 5568 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
SPTA1P02549 AKR1E2-201ENST00000298375 1566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 53.4 ms