Protein–RNA interactions for Protein: O75379

VAMP4, Vesicle-associated membrane protein 4, humanhuman

Predictions only

Length 141 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VAMP4O75379 WASH5P-204ENST00000632292 975 ntBASIC35.09■■■■□ 3.21
VAMP4O75379 AL391121.1-201ENST00000607967 1349 ntBASIC35.07■■■■□ 3.21
VAMP4O75379 PDCD2-215ENST00000614056 1287 ntTSL 2 BASIC35.07■■■■□ 3.2
VAMP4O75379 AC092647.5-201ENST00000426595 1732 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC35.06■■■■□ 3.2
VAMP4O75379 SIGMAR1-205ENST00000477726 840 ntTSL 1 (best) BASIC35.06■■■■□ 3.2
VAMP4O75379 TRNP1-201ENST00000522111 1958 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC35.05■■■■□ 3.2
VAMP4O75379 TUSC1-201ENST00000358022 2052 ntAPPRIS P1 BASIC35.05■■■■□ 3.2
VAMP4O75379 ACTR3B-202ENST00000377776 1566 ntTSL 1 (best) BASIC35.04■■■■□ 3.2
VAMP4O75379 SUZ12P1-203ENST00000578195 985 ntBASIC35.04■■■■□ 3.2
VAMP4O75379 HDAC3-201ENST00000305264 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.03■■■■□ 3.2
VAMP4O75379 POU3F1-201ENST00000373012 2184 ntAPPRIS P1 BASIC35.03■■■■□ 3.2
VAMP4O75379 FGF3-201ENST00000334134 892 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.02■■■■□ 3.2
VAMP4O75379 NRG3-203ENST00000404547 2163 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC35.01■■■■□ 3.2
VAMP4O75379 AC006486.1-201ENST00000594664 634 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC35■■■■□ 3.19
VAMP4O75379 RHOC-208ENST00000369642 1355 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.99■■■■□ 3.19
VAMP4O75379 CCNYL1-205ENST00000420822 952 ntTSL 1 (best) BASIC34.98■■■■□ 3.19
VAMP4O75379 SSBP4-202ENST00000348495 1721 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC34.98■■■■□ 3.19
VAMP4O75379 FTCDNL1-201ENST00000416668 944 ntTSL 1 (best) BASIC34.97■■■■□ 3.19
VAMP4O75379 FTCD-203ENST00000397746 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.97■■■■□ 3.19
VAMP4O75379 AC092755.2-201ENST00000560199 402 ntTSL 3 BASIC34.96■■■■□ 3.19
VAMP4O75379 ZBTB12-201ENST00000375527 1875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.96■■■■□ 3.19
VAMP4O75379 DUSP15-202ENST00000339738 1454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.96■■■■□ 3.19
VAMP4O75379 GNPTAB-202ENST00000392919 760 ntTSL 1 (best) BASIC34.95■■■■□ 3.19
VAMP4O75379 HOXD-AS2-202ENST00000440016 999 ntTSL 5 BASIC34.95■■■■□ 3.19
VAMP4O75379 HOPX-206ENST00000503639 1248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.94■■■■□ 3.18
VAMP4O75379 FTCD-202ENST00000397743 1834 ntTSL 1 (best) BASIC34.94■■■■□ 3.18
VAMP4O75379 LMO1-202ENST00000428101 1038 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC34.93■■■■□ 3.18
VAMP4O75379 GLT8D1-201ENST00000266014 1849 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.92■■■■□ 3.18
VAMP4O75379 RNF150-204ENST00000507500 1530 ntTSL 1 (best) BASIC34.92■■■■□ 3.18
VAMP4O75379 GSC2-201ENST00000086933 1033 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC34.92■■■■□ 3.18
VAMP4O75379 INPP5A-202ENST00000368593 1432 ntTSL 1 (best) BASIC34.91■■■■□ 3.18
VAMP4O75379 KCNK3-202ENST00000620977 1956 ntTSL 1 (best) BASIC34.9■■■■□ 3.18
VAMP4O75379 ABHD17A-201ENST00000250974 1630 ntTSL 1 (best) BASIC34.89■■■■□ 3.18
VAMP4O75379 CERS2-201ENST00000271688 2544 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC34.89■■■■□ 3.18
VAMP4O75379 EBPL-202ENST00000378268 680 ntTSL 3 BASIC34.87■■■■□ 3.17
VAMP4O75379 FOXD3-201ENST00000371116 2086 ntAPPRIS P1 BASIC34.86■■■■□ 3.17
VAMP4O75379 COMMD3-201ENST00000376836 1342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.84■■■■□ 3.17
VAMP4O75379 ELK4-201ENST00000289703 2118 ntTSL 1 (best) BASIC34.82■■■■□ 3.17
VAMP4O75379 PANK2-207ENST00000610179 1807 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC34.82■■■■□ 3.16
VAMP4O75379 ST7-208ENST00000393451 2110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.81■■■■□ 3.16
VAMP4O75379 PSMG4-205ENST00000419065 629 ntTSL 2 BASIC34.79■■■■□ 3.16
VAMP4O75379 HNRNPAB-206ENST00000506339 1747 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC34.78■■■■□ 3.16
VAMP4O75379 CACNG6-202ENST00000346968 645 ntTSL 5 BASIC34.77■■■■□ 3.16
VAMP4O75379 TPGS1-201ENST00000359315 1114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.77■■■■□ 3.16
VAMP4O75379 DPF1-204ENST00000416611 2341 ntTSL 5 BASIC34.77■■■■□ 3.16
VAMP4O75379 TPRG1L-202ENST00000378344 2414 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC34.75■■■■□ 3.15
VAMP4O75379 AC234582.1-201ENST00000447623 923 ntTSL 5 BASIC34.75■■■■□ 3.15
VAMP4O75379 KCNQ5-204ENST00000370392 1469 ntTSL 1 (best) BASIC34.74■■■■□ 3.15
VAMP4O75379 NMB-201ENST00000360476 1007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.74■■■■□ 3.15
VAMP4O75379 S100A10-202ENST00000368811 1202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.73■■■■□ 3.15
VAMP4O75379 KLHL35-204ENST00000539798 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.71■■■■□ 3.15
VAMP4O75379 SSU72-201ENST00000291386 1290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.69■■■■□ 3.14
VAMP4O75379 SHC2-201ENST00000264554 2494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.69■■■■□ 3.14
VAMP4O75379 DENR-202ENST00000455982 1052 ntTSL 5 BASIC34.68■■■■□ 3.14
VAMP4O75379 CAPNS1-217ENST00000629983 799 ntTSL 5 BASIC34.68■■■■□ 3.14
VAMP4O75379 TAZ-215ENST00000612460 1793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.67■■■■□ 3.14
VAMP4O75379 SLC9A3R2-202ENST00000432365 1564 ntTSL 1 (best) BASIC34.66■■■■□ 3.14
VAMP4O75379 AL161658.1-201ENST00000623641 1967 ntBASIC34.65■■■■□ 3.14
VAMP4O75379 TSPAN11-203ENST00000545802 1649 ntTSL 1 (best) BASIC34.65■■■■□ 3.14
VAMP4O75379 LFNG-201ENST00000222725 2377 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC34.65■■■■□ 3.14
VAMP4O75379 MAFA-201ENST00000333480 2347 ntAPPRIS P1 BASIC34.63■■■■□ 3.13
VAMP4O75379 MLST8-203ENST00000397124 1691 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC34.63■■■■□ 3.13
VAMP4O75379 CNIH2-203ENST00000528852 1524 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC34.61■■■■□ 3.13
VAMP4O75379 FADS3-201ENST00000278829 1779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.61■■■■□ 3.13
VAMP4O75379 UCK1-201ENST00000372208 2063 ntTSL 1 (best) BASIC34.61■■■■□ 3.13
VAMP4O75379 MAPK12-201ENST00000215659 1918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.59■■■■□ 3.13
VAMP4O75379 MXD3-203ENST00000439742 1483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.58■■■■□ 3.13
VAMP4O75379 CGGBP1-206ENST00000482016 1147 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC34.58■■■■□ 3.13
VAMP4O75379 ECI1-203ENST00000562238 948 ntTSL 1 (best) BASIC34.58■■■■□ 3.13
VAMP4O75379 ABHD12-201ENST00000339157 2117 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC34.57■■■■□ 3.12
VAMP4O75379 TCEA2-204ENST00000395053 1733 ntTSL 1 (best) BASIC34.56■■■■□ 3.12
VAMP4O75379 ST7-205ENST00000393446 2114 ntTSL 5 BASIC34.56■■■■□ 3.12
VAMP4O75379 PCYT2-206ENST00000571105 1628 ntTSL 5 BASIC34.55■■■■□ 3.12
VAMP4O75379 MSX1-201ENST00000382723 1939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.55■■■■□ 3.12
VAMP4O75379 FAM78B-202ENST00000354422 1475 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC34.55■■■■□ 3.12
VAMP4O75379 MIR762-201ENST00000390236 83 ntBASIC34.55■■■■□ 3.12
VAMP4O75379 LYNX1-208ENST00000615007 1293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.55■■■■□ 3.12
VAMP4O75379 COL13A1-212ENST00000520133 1833 ntTSL 5 BASIC34.55■■■■□ 3.12
VAMP4O75379 SLC15A4-201ENST00000266771 2779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.53■■■■□ 3.12
VAMP4O75379 UBE2L6-201ENST00000287156 1354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.53■■■■□ 3.12
VAMP4O75379 SEC61G-204ENST00000450622 512 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC34.53■■■■□ 3.12
VAMP4O75379 FAM89B-201ENST00000316409 1409 ntTSL 1 (best) BASIC34.53■■■■□ 3.12
VAMP4O75379 HNRNPLP2-201ENST00000568980 1570 ntBASIC34.52■■■■□ 3.12
VAMP4O75379 RAMP2-AS1-202ENST00000589716 1985 ntTSL 5 BASIC34.51■■■■□ 3.12
VAMP4O75379 TXNRD2-204ENST00000400521 2115 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC34.51■■■■□ 3.11
VAMP4O75379 HES7-202ENST00000541682 1674 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC34.5■■■■□ 3.11
VAMP4O75379 CGREF1-204ENST00000402550 1575 ntTSL 2 BASIC34.5■■■■□ 3.11
VAMP4O75379 CBLN1-201ENST00000219197 2435 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.5■■■■□ 3.11
VAMP4O75379 PI4KAP1-202ENST00000611748 1906 ntTSL 1 (best) BASIC34.5■■■■□ 3.11
VAMP4O75379 GSTP1-202ENST00000398606 965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.5■■■■□ 3.11
VAMP4O75379 CHML-205ENST00000638160 705 ntTSL 3 BASIC34.5■■■■□ 3.11
VAMP4O75379 HOXB3-210ENST00000489475 1845 ntTSL 2 BASIC34.49■■■■□ 3.11
VAMP4O75379 H2AFV-205ENST00000381124 628 ntTSL 3 BASIC34.49■■■■□ 3.11
VAMP4O75379 VEGFA-231ENST00000640499 1188 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC34.49■■■■□ 3.11
VAMP4O75379 MBOAT7-202ENST00000338624 2076 ntTSL 2 BASIC34.49■■■■□ 3.11
VAMP4O75379 AGAP3-211ENST00000473312 2039 ntTSL 1 (best) BASIC34.48■■■■□ 3.11
VAMP4O75379 CRIP1-201ENST00000330233 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.48■■■■□ 3.11
VAMP4O75379 GALK1-205ENST00000588479 1866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.48■■■■□ 3.11
VAMP4O75379 AC012629.2-201ENST00000606513 377 ntTSL 5 BASIC34.47■■■■□ 3.11
VAMP4O75379 SEPT3-203ENST00000396426 2586 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC34.46■■■■□ 3.11
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 41.1 ms