Protein–RNA interactions for Protein: E9PIF3

NPIPA2, Nuclear pore complex-interacting protein family member A2, humanhuman

Predictions only

Length 369 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
NPIPA2E9PIF3 MTNR1A-201ENST00000307161 1289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
NPIPA2E9PIF3 ECI1-203ENST00000562238 948 ntTSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
NPIPA2E9PIF3 ZFP90-204ENST00000564323 560 ntTSL 4 BASIC24.72■■□□□ 1.55
NPIPA2E9PIF3 ZFP90-219ENST00000611381 695 ntTSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
NPIPA2E9PIF3 PPP1R35-201ENST00000292330 1031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.54
NPIPA2E9PIF3 BMP7-202ENST00000395864 1746 ntTSL 5 BASIC24.69■■□□□ 1.54
NPIPA2E9PIF3 DBP-205ENST00000601104 1489 ntTSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
NPIPA2E9PIF3 PDXP-201ENST00000215904 2010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
NPIPA2E9PIF3 AC234582.1-201ENST00000447623 923 ntTSL 5 BASIC24.67■■□□□ 1.54
NPIPA2E9PIF3 CMC4-202ENST00000369484 1107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
NPIPA2E9PIF3 TPGS1-201ENST00000359315 1114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
NPIPA2E9PIF3 MIR3665-201ENST00000578708 105 ntBASIC24.65■■□□□ 1.54
NPIPA2E9PIF3 MSANTD2-203ENST00000524950 1109 ntTSL 2 BASIC24.64■■□□□ 1.54
NPIPA2E9PIF3 INPP5A-202ENST00000368593 1432 ntTSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
NPIPA2E9PIF3 FAM185A-202ENST00000413034 1179 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC24.63■■□□□ 1.53
NPIPA2E9PIF3 BHLHE23-201ENST00000370346 1057 ntAPPRIS P1 BASIC24.62■■□□□ 1.53
NPIPA2E9PIF3 MIR762-201ENST00000390236 83 ntBASIC24.62■■□□□ 1.53
NPIPA2E9PIF3 CHML-205ENST00000638160 705 ntTSL 3 BASIC24.62■■□□□ 1.53
NPIPA2E9PIF3 SMARCD3-201ENST00000262188 1993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
NPIPA2E9PIF3 FAM89B-201ENST00000316409 1409 ntTSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
NPIPA2E9PIF3 ANGPTL6-204ENST00000592641 1781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
NPIPA2E9PIF3 PGAM5-201ENST00000317555 1182 ntTSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
NPIPA2E9PIF3 COX4I1-203ENST00000562336 873 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.59■■□□□ 1.53
NPIPA2E9PIF3 WASH5P-204ENST00000632292 975 ntBASIC24.59■■□□□ 1.53
NPIPA2E9PIF3 CACNG6-201ENST00000252729 1853 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
NPIPA2E9PIF3 CCM2-201ENST00000258781 1894 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
NPIPA2E9PIF3 DUX4L28-201ENST00000623687 678 ntBASIC24.56■■□□□ 1.52
NPIPA2E9PIF3 EMID1-201ENST00000334018 2173 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
NPIPA2E9PIF3 AC005559.1-201ENST00000589661 871 ntBASIC24.55■■□□□ 1.52
NPIPA2E9PIF3 CHMP4B-201ENST00000217402 1646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
NPIPA2E9PIF3 AC012629.2-201ENST00000606513 377 ntTSL 5 BASIC24.54■■□□□ 1.52
NPIPA2E9PIF3 CTDNEP1-201ENST00000318988 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
NPIPA2E9PIF3 TMEM80-202ENST00000397512 1572 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
NPIPA2E9PIF3 WSB2-211ENST00000544233 2503 ntTSL 2 BASIC24.53■■□□□ 1.52
NPIPA2E9PIF3 IFNGR2-201ENST00000290219 2221 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
NPIPA2E9PIF3 DENR-202ENST00000455982 1052 ntTSL 5 BASIC24.52■■□□□ 1.52
NPIPA2E9PIF3 AC009097.4-201ENST00000566738 777 ntTSL 2 BASIC24.52■■□□□ 1.52
NPIPA2E9PIF3 UBP1-201ENST00000283628 2074 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.52■■□□□ 1.52
NPIPA2E9PIF3 ZFAND2B-206ENST00000409336 944 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.51■■□□□ 1.51
NPIPA2E9PIF3 ZFAND2B-221ENST00000621130 1070 ntTSL 5 BASIC24.51■■□□□ 1.51
NPIPA2E9PIF3 AC087741.3-201ENST00000624270 1347 ntBASIC24.51■■□□□ 1.51
NPIPA2E9PIF3 AC008105.3-203ENST00000591365 2238 ntTSL 2 BASIC24.5■■□□□ 1.51
NPIPA2E9PIF3 AP000911.1-206ENST00000531938 711 ntTSL 3 BASIC24.5■■□□□ 1.51
NPIPA2E9PIF3 GFRA4-202ENST00000319242 900 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
NPIPA2E9PIF3 CGREF1-202ENST00000312734 1610 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC24.49■■□□□ 1.51
NPIPA2E9PIF3 NKIRAS2-202ENST00000316082 833 ntTSL 5 BASIC24.48■■□□□ 1.51
NPIPA2E9PIF3 DEXI-201ENST00000331808 1561 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
NPIPA2E9PIF3 NPHP3-202ENST00000383282 782 ntTSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
NPIPA2E9PIF3 HOXB3-207ENST00000472863 1909 ntTSL 2 BASIC24.47■■□□□ 1.51
NPIPA2E9PIF3 NIT1-201ENST00000368007 1749 ntTSL 2 BASIC24.47■■□□□ 1.51
NPIPA2E9PIF3 CPNE1-203ENST00000397442 1695 ntTSL 5 BASIC24.46■■□□□ 1.51
NPIPA2E9PIF3 LZTS2-201ENST00000370220 5741 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
NPIPA2E9PIF3 MISP3-201ENST00000269720 1424 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.44■■□□□ 1.5
NPIPA2E9PIF3 RCC1L-205ENST00000618035 1409 ntTSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
NPIPA2E9PIF3 TMEM229A-201ENST00000455783 2108 ntAPPRIS P1 BASIC24.44■■□□□ 1.5
NPIPA2E9PIF3 AC105285.1-201ENST00000500914 2036 ntTSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
NPIPA2E9PIF3 AC104109.3-201ENST00000519718 483 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.44■■□□□ 1.5
NPIPA2E9PIF3 MSRB2-201ENST00000376510 1803 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
NPIPA2E9PIF3 AC044849.2-201ENST00000606596 710 ntBASIC24.43■■□□□ 1.5
NPIPA2E9PIF3 AC120057.4-201ENST00000624722 1615 ntBASIC24.43■■□□□ 1.5
NPIPA2E9PIF3 SMIM12-205ENST00000456842 918 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.42■■□□□ 1.5
NPIPA2E9PIF3 SSU72-201ENST00000291386 1290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
NPIPA2E9PIF3 EMX1-201ENST00000258106 2188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
NPIPA2E9PIF3 RNF130-201ENST00000261947 1766 ntTSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
NPIPA2E9PIF3 CISD3-204ENST00000613478 2074 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.41■■□□□ 1.5
NPIPA2E9PIF3 HDAC3-201ENST00000305264 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
NPIPA2E9PIF3 RNF150-204ENST00000507500 1530 ntTSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
NPIPA2E9PIF3 LMNTD2-201ENST00000329451 2084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.5
NPIPA2E9PIF3 CERS1-201ENST00000429504 2094 ntTSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.5
NPIPA2E9PIF3 POU3F1-201ENST00000373012 2184 ntAPPRIS P1 BASIC24.39■■□□□ 1.5
NPIPA2E9PIF3 GSTP1-202ENST00000398606 965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.49
NPIPA2E9PIF3 ATRNL1-209ENST00000609571 1818 ntTSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.49
NPIPA2E9PIF3 ARL8A-204ENST00000614750 1727 ntTSL 3 BASIC24.38■■□□□ 1.49
NPIPA2E9PIF3 BCL7B-201ENST00000223368 1975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
NPIPA2E9PIF3 NRG3-203ENST00000404547 2163 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
NPIPA2E9PIF3 SLC2A4RG-201ENST00000266077 1731 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
NPIPA2E9PIF3 ACTR3B-202ENST00000377776 1566 ntTSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
NPIPA2E9PIF3 TUSC1-201ENST00000358022 2052 ntAPPRIS P1 BASIC24.36■■□□□ 1.49
NPIPA2E9PIF3 SRSF9-201ENST00000229390 1201 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
NPIPA2E9PIF3 LANCL3-203ENST00000614025 1469 ntTSL 2 BASIC24.36■■□□□ 1.49
NPIPA2E9PIF3 GATA6-202ENST00000581694 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
NPIPA2E9PIF3 KHDRBS3-201ENST00000355849 1977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
NPIPA2E9PIF3 COPRS-202ENST00000378634 1041 ntTSL 2 BASIC24.34■■□□□ 1.49
NPIPA2E9PIF3 ATRAID-201ENST00000380171 1240 ntTSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
NPIPA2E9PIF3 ABHD17AP4-201ENST00000411545 909 ntBASIC24.34■■□□□ 1.49
NPIPA2E9PIF3 AC092647.5-201ENST00000426595 1732 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.34■■□□□ 1.49
NPIPA2E9PIF3 DUSP14-206ENST00000617516 1537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
NPIPA2E9PIF3 NAA50-207ENST00000493900 962 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC24.33■■□□□ 1.49
NPIPA2E9PIF3 RPS2-209ENST00000529806 993 ntTSL 3 BASIC24.33■■□□□ 1.49
NPIPA2E9PIF3 TFEB-204ENST00000373033 2331 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.48
NPIPA2E9PIF3 PAPD7-201ENST00000230859 5459 ntTSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.48
NPIPA2E9PIF3 HSPB11-201ENST00000194214 915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
NPIPA2E9PIF3 HSD11B1L-209ENST00000577917 1553 ntTSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
NPIPA2E9PIF3 MLEC-202ENST00000412616 841 ntTSL 3 BASIC24.31■■□□□ 1.48
NPIPA2E9PIF3 E2F4-201ENST00000379378 2096 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
NPIPA2E9PIF3 VEGFA-231ENST00000640499 1188 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
NPIPA2E9PIF3 CDKN2A-201ENST00000304494 1218 ntTSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
NPIPA2E9PIF3 TCEA2-202ENST00000343484 1235 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
NPIPA2E9PIF3 CRIP1-201ENST00000330233 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
NPIPA2E9PIF3 ZBTB7A-202ENST00000601588 2083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 12.8 ms