Protein–RNA interactions for Protein: A6NMZ7

COL6A6, Collagen alpha-6(VI) chain, humanhuman

Predictions only

Length 2,263 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL6A6A6NMZ7 MAPK1-202ENST00000398822 1487 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
COL6A6A6NMZ7 HDAC11-206ENST00000405025 576 ntTSL 4 BASIC25.35■■□□□ 1.65
COL6A6A6NMZ7 AC018755.3-201ENST00000598755 664 ntTSL 2 BASIC25.33■■□□□ 1.65
COL6A6A6NMZ7 BRD4-212ENST00000630599 726 ntTSL 2 BASIC25.33■■□□□ 1.65
COL6A6A6NMZ7 TCEA2-202ENST00000343484 1235 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.64
COL6A6A6NMZ7 MIR3648-2-201ENST00000581792 180 ntBASIC25.32■■□□□ 1.64
COL6A6A6NMZ7 MIR3648-1-201ENST00000615959 180 ntBASIC25.32■■□□□ 1.64
COL6A6A6NMZ7 GRK2-204ENST00000526285 1458 ntTSL 5 BASIC25.32■■□□□ 1.64
COL6A6A6NMZ7 COMMD3-201ENST00000376836 1342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
COL6A6A6NMZ7 PPP1R14B-201ENST00000309318 982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
COL6A6A6NMZ7 CIB1-201ENST00000328649 1247 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
COL6A6A6NMZ7 CIB1-202ENST00000612800 1096 ntTSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
COL6A6A6NMZ7 DDN-AS1-203ENST00000552284 934 ntTSL 3 BASIC25.29■■□□□ 1.64
COL6A6A6NMZ7 AL118558.1-203ENST00000553701 447 ntTSL 3 BASIC25.28■■□□□ 1.64
COL6A6A6NMZ7 KRT18-201ENST00000388835 1562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
COL6A6A6NMZ7 HAPLN2-201ENST00000255039 1771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
COL6A6A6NMZ7 TSEN34-203ENST00000396388 1349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
COL6A6A6NMZ7 DUX4L29-201ENST00000425409 679 ntBASIC25.26■■□□□ 1.63
COL6A6A6NMZ7 CCDC149-203ENST00000502801 1079 ntTSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
COL6A6A6NMZ7 AGPS-202ENST00000409888 815 ntTSL 4 BASIC25.25■■□□□ 1.63
COL6A6A6NMZ7 VEGFA-207ENST00000413642 1197 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
COL6A6A6NMZ7 RP9P-201ENST00000381639 1303 ntTSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
COL6A6A6NMZ7 VAX2-201ENST00000234392 1147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
COL6A6A6NMZ7 RPS2-209ENST00000529806 993 ntTSL 3 BASIC25.23■■□□□ 1.63
COL6A6A6NMZ7 AC016575.1-201ENST00000607026 382 ntBASIC25.23■■□□□ 1.63
COL6A6A6NMZ7 INPP5A-202ENST00000368593 1432 ntTSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
COL6A6A6NMZ7 EIF5A-208ENST00000573542 1089 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.21■■□□□ 1.63
COL6A6A6NMZ7 AC116407.1-201ENST00000398832 1599 ntTSL 2 BASIC25.21■■□□□ 1.63
COL6A6A6NMZ7 MISP3-201ENST00000269720 1424 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.2■■□□□ 1.62
COL6A6A6NMZ7 U2AF1-201ENST00000291552 962 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
COL6A6A6NMZ7 U2AF1L5-202ENST00000619610 813 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
COL6A6A6NMZ7 PTPRF-216ENST00000617451 1129 ntTSL 5 BASIC25.19■■□□□ 1.62
COL6A6A6NMZ7 C16orf95-205ENST00000567970 1031 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.18■■□□□ 1.62
COL6A6A6NMZ7 GDI1-215ENST00000630693 786 ntTSL 4 BASIC25.18■■□□□ 1.62
COL6A6A6NMZ7 PPP1R1A-201ENST00000257905 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
COL6A6A6NMZ7 MAD2L2-205ENST00000376669 864 ntTSL 3 BASIC25.17■■□□□ 1.62
COL6A6A6NMZ7 TRIM52-AS1-203ENST00000509252 529 ntTSL 3 BASIC25.17■■□□□ 1.62
COL6A6A6NMZ7 CR559946.2-201ENST00000623684 991 ntBASIC25.16■■□□□ 1.62
COL6A6A6NMZ7 PPP4R4-202ENST00000328839 876 ntTSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.62
COL6A6A6NMZ7 MFAP2-202ENST00000375535 1260 ntTSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.62
COL6A6A6NMZ7 HSD17B1-201ENST00000225929 1265 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.14■■□□□ 1.61
COL6A6A6NMZ7 VEGFA-231ENST00000640499 1188 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.61
COL6A6A6NMZ7 CLEC3B-202ENST00000428034 752 ntTSL 2 BASIC25.12■■□□□ 1.61
COL6A6A6NMZ7 TRIP10-202ENST00000313285 2035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
COL6A6A6NMZ7 AC007383.2-202ENST00000435627 482 ntTSL 2 BASIC25.12■■□□□ 1.61
COL6A6A6NMZ7 HINT2-201ENST00000259667 628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
COL6A6A6NMZ7 AP000911.3-201ENST00000526377 1130 ntTSL 3 BASIC25.1■■□□□ 1.61
COL6A6A6NMZ7 RNF166-209ENST00000567844 633 ntTSL 5 BASIC25.1■■□□□ 1.61
COL6A6A6NMZ7 PSMG4-202ENST00000380305 489 ntTSL 5 BASIC25.1■■□□□ 1.61
COL6A6A6NMZ7 AC021231.2-201ENST00000594613 730 ntBASIC25.1■■□□□ 1.61
COL6A6A6NMZ7 SLC22A23-201ENST00000380298 1574 ntTSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
COL6A6A6NMZ7 ABHD17AP3-201ENST00000503096 1137 ntBASIC25.09■■□□□ 1.61
COL6A6A6NMZ7 KCTD17-209ENST00000610767 1502 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC25.08■■□□□ 1.61
COL6A6A6NMZ7 DNLZ-201ENST00000371738 724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.61
COL6A6A6NMZ7 SSU72-201ENST00000291386 1290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
COL6A6A6NMZ7 KCTD5-202ENST00000564195 774 ntTSL 5 BASIC25.07■■□□□ 1.6
COL6A6A6NMZ7 LMO2-202ENST00000395833 1687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
COL6A6A6NMZ7 CHCHD4-201ENST00000295767 1603 ntTSL 2 BASIC25.05■■□□□ 1.6
COL6A6A6NMZ7 BCL7B-202ENST00000411832 1458 ntTSL 2 BASIC25.05■■□□□ 1.6
COL6A6A6NMZ7 P2RX2-203ENST00000350048 1344 ntTSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
COL6A6A6NMZ7 ING2-201ENST00000302327 1189 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
COL6A6A6NMZ7 NME2-205ENST00000512737 826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
COL6A6A6NMZ7 UBALD1-203ENST00000587649 707 ntTSL 3 BASIC25.02■■□□□ 1.6
COL6A6A6NMZ7 PARD6A-201ENST00000219255 1248 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
COL6A6A6NMZ7 MRPL51-201ENST00000229238 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
COL6A6A6NMZ7 DTNBP1-212ENST00000622898 1305 ntTSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
COL6A6A6NMZ7 VEGFA-208ENST00000417285 1081 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
COL6A6A6NMZ7 NEURL1B-203ENST00000522853 1263 ntTSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
COL6A6A6NMZ7 UBE2A-207ENST00000628549 934 ntTSL 2 BASIC25■■□□□ 1.59
COL6A6A6NMZ7 TERF2-207ENST00000567296 1129 ntTSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
COL6A6A6NMZ7 PPP2CB-201ENST00000221138 2006 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
COL6A6A6NMZ7 CMAS-201ENST00000229329 1787 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
COL6A6A6NMZ7 GTF3C4-202ENST00000483873 1417 ntTSL 3 BASIC24.98■■□□□ 1.59
COL6A6A6NMZ7 AURKAIP1-203ENST00000338370 1072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
COL6A6A6NMZ7 GSTP1-202ENST00000398606 965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
COL6A6A6NMZ7 STARD10-220ENST00000545082 1085 ntTSL 3 BASIC24.97■■□□□ 1.59
COL6A6A6NMZ7 ACOT7-209ENST00000545482 1804 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
COL6A6A6NMZ7 FAAP20-202ENST00000378546 729 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
COL6A6A6NMZ7 ELOC-207ENST00000522337 816 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.96■■□□□ 1.59
COL6A6A6NMZ7 LINC01971-201ENST00000617888 1048 ntBASIC24.96■■□□□ 1.59
COL6A6A6NMZ7 GIPC1-201ENST00000345425 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.58
COL6A6A6NMZ7 NMB-202ENST00000394588 1017 ntTSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
COL6A6A6NMZ7 RARRES2P2-201ENST00000394842 485 ntBASIC24.93■■□□□ 1.58
COL6A6A6NMZ7 ECI1-207ENST00000570258 1512 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.93■■□□□ 1.58
COL6A6A6NMZ7 MRPL9-201ENST00000368829 882 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.92■■□□□ 1.58
COL6A6A6NMZ7 AL589765.4-201ENST00000512280 382 ntTSL 3 BASIC24.92■■□□□ 1.58
COL6A6A6NMZ7 DUX4L11-201ENST00000611504 1267 ntBASIC24.92■■□□□ 1.58
COL6A6A6NMZ7 DUX4L12-201ENST00000614593 1267 ntBASIC24.92■■□□□ 1.58
COL6A6A6NMZ7 DUX4L14-201ENST00000621227 1267 ntBASIC24.92■■□□□ 1.58
COL6A6A6NMZ7 ABHD17AP5-201ENST00000580133 923 ntBASIC24.9■■□□□ 1.58
COL6A6A6NMZ7 MNX1-207ENST00000543409 1620 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.58
COL6A6A6NMZ7 TPRG1L-201ENST00000344579 2189 ntTSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.57
COL6A6A6NMZ7 CIB2-204ENST00000557846 934 ntTSL 3 BASIC24.89■■□□□ 1.57
COL6A6A6NMZ7 DCUN1D5-201ENST00000260247 1337 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
COL6A6A6NMZ7 PIGX-201ENST00000296333 953 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.88■■□□□ 1.57
COL6A6A6NMZ7 KCTD17-201ENST00000402077 1691 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
COL6A6A6NMZ7 CCM2-218ENST00000541586 1719 ntTSL 3 BASIC24.86■■□□□ 1.57
COL6A6A6NMZ7 ATRAID-201ENST00000380171 1240 ntTSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
COL6A6A6NMZ7 H2AFV-204ENST00000350771 687 ntTSL 2 BASIC24.85■■□□□ 1.57
COL6A6A6NMZ7 GADD45A-205ENST00000617962 1142 ntTSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 97.3 ms