Protein–RNA interactions for Protein: Q13263

TRIM28, Transcription intermediary factor 1-beta, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 835 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRIM28Q13263 PDIA2-201ENST00000219406 1698 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.96■■■□□ 2.07
TRIM28Q13263 BCL2L12-212ENST00000616144 1854 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.95■■■□□ 2.07
TRIM28Q13263 CT47B1-201ENST00000371311 1328 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.95■■■□□ 2.07
TRIM28Q13263 ZC3H14-219ENST00000556945 2075 ntTSL 5 BASIC27.95■■■□□ 2.07
TRIM28Q13263 CRB3-202ENST00000356762 733 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC27.95■■■□□ 2.06
TRIM28Q13263 NMRAL1-202ENST00000404295 1233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.95■■■□□ 2.06
TRIM28Q13263 NEBL-AS1-202ENST00000439097 661 ntTSL 2 BASIC27.95■■■□□ 2.06
TRIM28Q13263 TMED4-205ENST00000481238 1755 ntTSL 1 (best) BASIC27.95■■■□□ 2.06
TRIM28Q13263 FAM110A-206ENST00000541082 1614 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC27.95■■■□□ 2.06
TRIM28Q13263 LGALS9B-202ENST00000423676 1713 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.95■■■□□ 2.06
TRIM28Q13263 AC096541.1-201ENST00000445070 1807 ntTSL 2 BASIC27.95■■■□□ 2.06
TRIM28Q13263 AL591684.2-201ENST00000605970 1594 ntTSL 5 BASIC27.94■■■□□ 2.06
TRIM28Q13263 NPAS1-208ENST00000602212 2117 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.94■■■□□ 2.06
TRIM28Q13263 IQCJ-SCHIP1-202ENST00000460298 1884 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.94■■■□□ 2.06
TRIM28Q13263 NME4-201ENST00000219479 995 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.94■■■□□ 2.06
TRIM28Q13263 NINJ1-201ENST00000375446 1281 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.94■■■□□ 2.06
TRIM28Q13263 INS-202ENST00000381330 597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.94■■■□□ 2.06
TRIM28Q13263 NME4-202ENST00000382940 766 ntTSL 3 BASIC27.94■■■□□ 2.06
TRIM28Q13263 AC123595.1-201ENST00000440769 1046 ntBASIC27.94■■■□□ 2.06
TRIM28Q13263 STOML2-202ENST00000452248 1296 ntTSL 2 BASIC27.94■■■□□ 2.06
TRIM28Q13263 STOML2-205ENST00000619795 1293 ntTSL 3 BASIC27.94■■■□□ 2.06
TRIM28Q13263 NME4-211ENST00000620944 1193 ntTSL 2 BASIC27.94■■■□□ 2.06
TRIM28Q13263 DHH-201ENST00000266991 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.94■■■□□ 2.06
TRIM28Q13263 PREB-202ENST00000406567 1910 ntTSL 5 BASIC27.93■■■□□ 2.06
TRIM28Q13263 LSM8-203ENST00000422760 1920 ntTSL 1 (best) BASIC27.93■■■□□ 2.06
TRIM28Q13263 RTCA-202ENST00000370126 538 ntTSL 1 (best) BASIC27.93■■■□□ 2.06
TRIM28Q13263 BHLHA9-201ENST00000391429 902 ntAPPRIS P1 BASIC27.93■■■□□ 2.06
TRIM28Q13263 CKLF-205ENST00000417030 628 ntAPPRIS ALT2 TSL 4 BASIC27.93■■■□□ 2.06
TRIM28Q13263 POLR2H-204ENST00000438240 994 ntTSL 3 BASIC27.93■■■□□ 2.06
TRIM28Q13263 C1QTNF5-203ENST00000530681 1046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.93■■■□□ 2.06
TRIM28Q13263 AL354811.1-201ENST00000610286 706 ntBASIC27.93■■■□□ 2.06
TRIM28Q13263 FAM102B-202ENST00000405454 1585 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.93■■■□□ 2.06
TRIM28Q13263 H1FX-201ENST00000333762 1507 ntAPPRIS P1 BASIC27.92■■■□□ 2.06
TRIM28Q13263 BLOC1S4-201ENST00000320776 1617 ntAPPRIS P1 BASIC27.92■■■□□ 2.06
TRIM28Q13263 HSD11B2-201ENST00000326152 1900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.92■■■□□ 2.06
TRIM28Q13263 C1QL2-201ENST00000272520 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.92■■■□□ 2.06
TRIM28Q13263 POU2F3-206ENST00000543440 1953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.92■■■□□ 2.06
TRIM28Q13263 PARL-206ENST00000435888 1098 ntTSL 5 BASIC27.92■■■□□ 2.06
TRIM28Q13263 OTUB1-212ENST00000543988 1259 ntTSL 1 (best) BASIC27.92■■■□□ 2.06
TRIM28Q13263 AC012414.1-201ENST00000556676 535 ntBASIC27.92■■■□□ 2.06
TRIM28Q13263 BTBD17-201ENST00000375366 1805 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.92■■■□□ 2.06
TRIM28Q13263 UBA5-208ENST00000473651 1513 ntTSL 5 BASIC27.92■■■□□ 2.06
TRIM28Q13263 HMGA2-205ENST00000425208 1444 ntTSL 1 (best) BASIC27.92■■■□□ 2.06
TRIM28Q13263 SETD9-211ENST00000628593 1306 ntTSL 1 (best) BASIC27.92■■■□□ 2.06
TRIM28Q13263 NAGS-201ENST00000293404 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.92■■■□□ 2.06
TRIM28Q13263 R3HDM4-203ENST00000587975 1765 ntTSL 3 BASIC27.91■■■□□ 2.06
TRIM28Q13263 AL031602.1-201ENST00000633169 911 ntBASIC27.91■■■□□ 2.06
TRIM28Q13263 SCN1B-206ENST00000638536 1600 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.91■■■□□ 2.06
TRIM28Q13263 CBWD5-207ENST00000382405 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.91■■■□□ 2.06
TRIM28Q13263 UBALD1-208ENST00000591401 1305 ntTSL 5 BASIC27.91■■■□□ 2.06
TRIM28Q13263 ERI3-201ENST00000372257 1684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.91■■■□□ 2.06
TRIM28Q13263 MEIS3-201ENST00000331559 2104 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.9■■■□□ 2.06
TRIM28Q13263 MRPL14-201ENST00000372014 959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.9■■■□□ 2.06
TRIM28Q13263 LINC01678-201ENST00000411694 863 ntTSL 5 BASIC27.9■■■□□ 2.06
TRIM28Q13263 AC034268.1-201ENST00000441047 882 ntBASIC27.9■■■□□ 2.06
TRIM28Q13263 LINC01942-201ENST00000521373 513 ntTSL 4 BASIC27.9■■■□□ 2.06
TRIM28Q13263 PYCARD-AS1-201ENST00000561916 1095 ntTSL 2 BASIC27.9■■■□□ 2.06
TRIM28Q13263 RAB43-208ENST00000615093 783 ntTSL 5 BASIC27.9■■■□□ 2.06
TRIM28Q13263 AC007326.4-201ENST00000638240 1669 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.9■■■□□ 2.06
TRIM28Q13263 BX088645.1-201ENST00000636699 1728 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.89■■■□□ 2.06
TRIM28Q13263 LEF1-AS1-207ENST00000512637 1675 ntTSL 1 (best) BASIC27.89■■■□□ 2.06
TRIM28Q13263 HSD17B14-201ENST00000263278 1238 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.89■■■□□ 2.06
TRIM28Q13263 PYY-201ENST00000360085 1053 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.89■■■□□ 2.06
TRIM28Q13263 LHPP-203ENST00000392757 840 ntTSL 3 BASIC27.89■■■□□ 2.06
TRIM28Q13263 PRKCQ-AS1-204ENST00000455810 920 ntTSL 2 BASIC27.89■■■□□ 2.06
TRIM28Q13263 BCAP29-209ENST00000465919 942 ntTSL 2 BASIC27.89■■■□□ 2.06
TRIM28Q13263 SSPN-204ENST00000535504 419 ntTSL 1 (best) BASIC27.89■■■□□ 2.06
TRIM28Q13263 FIZ1-205ENST00000592585 489 ntTSL 5 BASIC27.89■■■□□ 2.06
TRIM28Q13263 KDELR1-203ENST00000597017 1594 ntTSL 2 BASIC27.89■■■□□ 2.05
TRIM28Q13263 H19-210ENST00000439725 1929 ntTSL 2 BASIC27.88■■■□□ 2.05
TRIM28Q13263 PLEKHB1-201ENST00000227214 2016 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.88■■■□□ 2.05
TRIM28Q13263 ABCB10P4-201ENST00000566803 2184 ntBASIC27.88■■■□□ 2.05
TRIM28Q13263 TMEM266-201ENST00000388942 2520 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.87■■■□□ 2.05
TRIM28Q13263 TTC39A-203ENST00000371747 1876 ntTSL 2 BASIC27.87■■■□□ 2.05
TRIM28Q13263 RNF223-201ENST00000453464 1902 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.87■■■□□ 2.05
TRIM28Q13263 CCDC157-202ENST00000399824 1759 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.87■■■□□ 2.05
TRIM28Q13263 YIF1B-202ENST00000337679 1257 ntTSL 1 (best) BASIC27.87■■■□□ 2.05
TRIM28Q13263 AC093817.1-201ENST00000507296 812 ntTSL 3 BASIC27.87■■■□□ 2.05
TRIM28Q13263 AC084116.4-201ENST00000524320 484 ntTSL 2 BASIC27.87■■■□□ 2.05
TRIM28Q13263 KCTD15-207ENST00000589786 1625 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.87■■■□□ 2.05
TRIM28Q13263 ARG2-201ENST00000261783 2045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.87■■■□□ 2.05
TRIM28Q13263 ASCC1-204ENST00000394915 1510 ntTSL 5 BASIC27.87■■■□□ 2.05
TRIM28Q13263 HACD1-201ENST00000326961 773 ntTSL 2 BASIC27.86■■■□□ 2.05
TRIM28Q13263 MPC1-202ENST00000360961 962 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC27.86■■■□□ 2.05
TRIM28Q13263 MFSD14C-201ENST00000375223 619 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.86■■■□□ 2.05
TRIM28Q13263 FAM219A-202ENST00000379078 770 ntTSL 3 BASIC27.86■■■□□ 2.05
TRIM28Q13263 FAM219A-205ENST00000379084 893 ntTSL 5 BASIC27.86■■■□□ 2.05
TRIM28Q13263 TMEM70-203ENST00000517439 617 ntTSL 2 BASIC27.86■■■□□ 2.05
TRIM28Q13263 AL353803.4-201ENST00000565882 1934 ntBASIC27.86■■■□□ 2.05
TRIM28Q13263 CCKBR-206ENST00000532715 1734 ntTSL 3 BASIC27.86■■■□□ 2.05
TRIM28Q13263 BBC3-202ENST00000341983 1538 ntTSL 1 (best) BASIC27.86■■■□□ 2.05
TRIM28Q13263 FAM167A-204ENST00000528897 1620 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.85■■■□□ 2.05
TRIM28Q13263 MAZ-202ENST00000322945 2532 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.85■■■□□ 2.05
TRIM28Q13263 MRPL37-202ENST00000360840 1483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.85■■■□□ 2.05
TRIM28Q13263 POLR3GL-201ENST00000369313 818 ntTSL 2 BASIC27.85■■■□□ 2.05
TRIM28Q13263 ASPDH-202ENST00000389208 1040 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.85■■■□□ 2.05
TRIM28Q13263 DUX4L2-201ENST00000561772 1275 ntBASIC27.85■■■□□ 2.05
TRIM28Q13263 DUX4-206ENST00000616166 1275 ntAPPRIS P2 BASIC27.85■■■□□ 2.05
TRIM28Q13263 DUX4L6-201ENST00000626483 1275 ntBASIC27.85■■■□□ 2.05
TRIM28Q13263 DUX4L1-201ENST00000627662 1275 ntBASIC27.85■■■□□ 2.05
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 132.1 ms