Protein–RNA interactions for Protein: Q9NVE5

USP40, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 40, humanhuman

Predictions only

Length 1,235 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP40Q9NVE5 B4GALT7-201ENST00000029410 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.64■■■□□ 2.98
USP40Q9NVE5 CYP26C1-201ENST00000285949 1569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.63■■■□□ 2.97
USP40Q9NVE5 SFRP5-201ENST00000266066 1836 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.63■■■□□ 2.97
USP40Q9NVE5 ADRA2C-201ENST00000330055 2129 ntAPPRIS P1 BASIC33.62■■■□□ 2.97
USP40Q9NVE5 TP53I13-201ENST00000301057 1530 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC33.62■■■□□ 2.97
USP40Q9NVE5 CGGBP1-206ENST00000482016 1147 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC33.61■■■□□ 2.97
USP40Q9NVE5 MAPK3-201ENST00000263025 1861 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC33.59■■■□□ 2.97
USP40Q9NVE5 ANKS1B-202ENST00000333732 1675 ntTSL 2 BASIC33.59■■■□□ 2.97
USP40Q9NVE5 INO80B-WBP1-202ENST00000452361 2040 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC33.58■■■□□ 2.97
USP40Q9NVE5 NFKBIA-209ENST00000557389 1537 ntTSL 2 BASIC33.58■■■□□ 2.97
USP40Q9NVE5 AL133380.1-201ENST00000506013 324 ntBASIC33.57■■■□□ 2.96
USP40Q9NVE5 GRK2-204ENST00000526285 1458 ntTSL 5 BASIC33.56■■■□□ 2.96
USP40Q9NVE5 KHSRP-213ENST00000619396 2226 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC33.56■■■□□ 2.96
USP40Q9NVE5 PARD6A-202ENST00000458121 1260 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC33.55■■■□□ 2.96
USP40Q9NVE5 CMAS-201ENST00000229329 1787 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.55■■■□□ 2.96
USP40Q9NVE5 KCTD17-209ENST00000610767 1502 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC33.54■■■□□ 2.96
USP40Q9NVE5 PCBD2-201ENST00000254908 1223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.53■■■□□ 2.96
USP40Q9NVE5 RPS2P35-201ENST00000443417 897 ntBASIC33.52■■■□□ 2.96
USP40Q9NVE5 KIAA2013-203ENST00000616327 2170 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC33.51■■■□□ 2.96
USP40Q9NVE5 AKR1E2-201ENST00000298375 1566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.51■■■□□ 2.95
USP40Q9NVE5 ANXA5-201ENST00000296511 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.49■■■□□ 2.95
USP40Q9NVE5 AL391121.1-201ENST00000607967 1349 ntBASIC33.48■■■□□ 2.95
USP40Q9NVE5 FGF3-201ENST00000334134 892 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.47■■■□□ 2.95
USP40Q9NVE5 FBRSL1-201ENST00000434748 5568 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC33.46■■■□□ 2.95
USP40Q9NVE5 DUSP15-202ENST00000339738 1454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.44■■■□□ 2.94
USP40Q9NVE5 CSNK1E-205ENST00000405675 2127 ntTSL 5 BASIC33.41■■■□□ 2.94
USP40Q9NVE5 LYNX1-208ENST00000615007 1293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.39■■■□□ 2.94
USP40Q9NVE5 PSMG4-205ENST00000419065 629 ntTSL 2 BASIC33.38■■■□□ 2.93
USP40Q9NVE5 FAAP20-204ENST00000400919 1413 ntTSL 3 BASIC33.35■■■□□ 2.93
USP40Q9NVE5 CHCHD4-201ENST00000295767 1603 ntTSL 2 BASIC33.35■■■□□ 2.93
USP40Q9NVE5 GIPC1-201ENST00000345425 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.34■■■□□ 2.93
USP40Q9NVE5 C1orf122-204ENST00000468084 1234 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC33.32■■■□□ 2.92
USP40Q9NVE5 GSC2-201ENST00000086933 1033 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC33.32■■■□□ 2.92
USP40Q9NVE5 AC004080.1-201ENST00000523608 757 ntTSL 2 BASIC33.28■■■□□ 2.92
USP40Q9NVE5 MAPK4-202ENST00000540640 1576 ntTSL 2 BASIC33.28■■■□□ 2.92
USP40Q9NVE5 GRASP-206ENST00000552049 1688 ntTSL 1 (best) BASIC33.28■■■□□ 2.92
USP40Q9NVE5 MPST-201ENST00000341116 1504 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC33.27■■■□□ 2.92
USP40Q9NVE5 SLC25A10-203ENST00000545862 1911 ntTSL 1 (best) BASIC33.26■■■□□ 2.92
USP40Q9NVE5 AC243773.2-204ENST00000621428 1462 ntTSL 1 (best) BASIC33.26■■■□□ 2.92
USP40Q9NVE5 EBPL-202ENST00000378268 680 ntTSL 3 BASIC33.26■■■□□ 2.91
USP40Q9NVE5 CCNYL1-205ENST00000420822 952 ntTSL 1 (best) BASIC33.26■■■□□ 2.91
USP40Q9NVE5 SIGMAR1-205ENST00000477726 840 ntTSL 1 (best) BASIC33.25■■■□□ 2.91
USP40Q9NVE5 AL162393.1-201ENST00000437852 946 ntBASIC33.24■■■□□ 2.91
USP40Q9NVE5 NRG1-221ENST00000614767 762 ntTSL 5 BASIC33.24■■■□□ 2.91
USP40Q9NVE5 AP006261.1-201ENST00000584783 668 ntBASIC33.2■■■□□ 2.91
USP40Q9NVE5 SLC22A23-201ENST00000380298 1574 ntTSL 1 (best) BASIC33.18■■■□□ 2.9
USP40Q9NVE5 MTNR1A-201ENST00000307161 1289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.18■■■□□ 2.9
USP40Q9NVE5 GNPTAB-202ENST00000392919 760 ntTSL 1 (best) BASIC33.18■■■□□ 2.9
USP40Q9NVE5 ZFP90-204ENST00000564323 560 ntTSL 4 BASIC33.17■■■□□ 2.9
USP40Q9NVE5 ZFP90-219ENST00000611381 695 ntTSL 1 (best) BASIC33.17■■■□□ 2.9
USP40Q9NVE5 HNRNPLP2-201ENST00000568980 1570 ntBASIC33.16■■■□□ 2.9
USP40Q9NVE5 SEC61G-204ENST00000450622 512 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC33.15■■■□□ 2.9
USP40Q9NVE5 ECI1-203ENST00000562238 948 ntTSL 1 (best) BASIC33.15■■■□□ 2.9
USP40Q9NVE5 H2AFV-205ENST00000381124 628 ntTSL 3 BASIC33.13■■■□□ 2.89
USP40Q9NVE5 HOXD-AS2-202ENST00000440016 999 ntTSL 5 BASIC33.1■■■□□ 2.89
USP40Q9NVE5 RHOC-208ENST00000369642 1355 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.09■■■□□ 2.89
USP40Q9NVE5 PPP1R35-201ENST00000292330 1031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.09■■■□□ 2.89
USP40Q9NVE5 CMC4-202ENST00000369484 1107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.09■■■□□ 2.89
USP40Q9NVE5 COMMD3-201ENST00000376836 1342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.08■■■□□ 2.89
USP40Q9NVE5 CCM2-218ENST00000541586 1719 ntTSL 3 BASIC33.07■■■□□ 2.88
USP40Q9NVE5 FOXD1-202ENST00000615637 2272 ntAPPRIS P1 BASIC33.04■■■□□ 2.88
USP40Q9NVE5 TPGS1-201ENST00000359315 1114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.02■■■□□ 2.88
USP40Q9NVE5 MSANTD2-203ENST00000524950 1109 ntTSL 2 BASIC33.02■■■□□ 2.88
USP40Q9NVE5 TRAPPC10-202ENST00000380221 1763 ntTSL 1 (best) BASIC33.01■■■□□ 2.88
USP40Q9NVE5 BHLHE23-201ENST00000370346 1057 ntAPPRIS P1 BASIC33■■■□□ 2.87
USP40Q9NVE5 DBP-205ENST00000601104 1489 ntTSL 1 (best) BASIC32.99■■■□□ 2.87
USP40Q9NVE5 MIR3665-201ENST00000578708 105 ntBASIC32.99■■■□□ 2.87
USP40Q9NVE5 JUND-201ENST00000252818 1863 ntAPPRIS P1 BASIC32.99■■■□□ 2.87
USP40Q9NVE5 KCNK1-202ENST00000366621 2161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.99■■■□□ 2.87
USP40Q9NVE5 TWIST1-201ENST00000242261 1666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.98■■■□□ 2.87
USP40Q9NVE5 FAM89B-201ENST00000316409 1409 ntTSL 1 (best) BASIC32.98■■■□□ 2.87
USP40Q9NVE5 FAM185A-202ENST00000413034 1179 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC32.98■■■□□ 2.87
USP40Q9NVE5 CTDNEP1-210ENST00000574322 1708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.97■■■□□ 2.87
USP40Q9NVE5 COX4I1-203ENST00000562336 873 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC32.97■■■□□ 2.87
USP40Q9NVE5 AC234582.1-201ENST00000447623 923 ntTSL 5 BASIC32.96■■■□□ 2.87
USP40Q9NVE5 INPP5A-202ENST00000368593 1432 ntTSL 1 (best) BASIC32.95■■■□□ 2.87
USP40Q9NVE5 MIR762-201ENST00000390236 83 ntBASIC32.95■■■□□ 2.87
USP40Q9NVE5 CHML-205ENST00000638160 705 ntTSL 3 BASIC32.95■■■□□ 2.87
USP40Q9NVE5 IL1R1-201ENST00000409288 1735 ntTSL 5 BASIC32.93■■■□□ 2.86
USP40Q9NVE5 PGAM5-201ENST00000317555 1182 ntTSL 1 (best) BASIC32.92■■■□□ 2.86
USP40Q9NVE5 DUX4L28-201ENST00000623687 678 ntBASIC32.91■■■□□ 2.86
USP40Q9NVE5 DPP6-204ENST00000406326 2012 ntTSL 1 (best) BASIC32.89■■■□□ 2.86
USP40Q9NVE5 WASH5P-204ENST00000632292 975 ntBASIC32.88■■■□□ 2.85
USP40Q9NVE5 KCTD17-201ENST00000402077 1691 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC32.87■■■□□ 2.85
USP40Q9NVE5 AC087741.3-201ENST00000624270 1347 ntBASIC32.86■■■□□ 2.85
USP40Q9NVE5 SMARCD3-201ENST00000262188 1993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.85■■■□□ 2.85
USP40Q9NVE5 NADK2-202ENST00000381937 2243 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC32.84■■■□□ 2.85
USP40Q9NVE5 ZFAND2B-206ENST00000409336 944 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC32.84■■■□□ 2.85
USP40Q9NVE5 AC005559.1-201ENST00000589661 871 ntBASIC32.84■■■□□ 2.85
USP40Q9NVE5 AC012629.2-201ENST00000606513 377 ntTSL 5 BASIC32.84■■■□□ 2.85
USP40Q9NVE5 ZFAND2B-221ENST00000621130 1070 ntTSL 5 BASIC32.84■■■□□ 2.85
USP40Q9NVE5 AC009097.4-201ENST00000566738 777 ntTSL 2 BASIC32.83■■■□□ 2.85
USP40Q9NVE5 CACNG6-201ENST00000252729 1853 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.82■■■□□ 2.85
USP40Q9NVE5 BMP7-202ENST00000395864 1746 ntTSL 5 BASIC32.81■■■□□ 2.84
USP40Q9NVE5 DENR-202ENST00000455982 1052 ntTSL 5 BASIC32.81■■■□□ 2.84
USP40Q9NVE5 C11orf63-202ENST00000307257 1964 ntTSL 2 BASIC32.8■■■□□ 2.84
USP40Q9NVE5 SDCCAG3-202ENST00000357365 2304 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC32.8■■■□□ 2.84
USP40Q9NVE5 GFRA4-202ENST00000319242 900 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC32.79■■■□□ 2.84
USP40Q9NVE5 NPHP3-202ENST00000383282 782 ntTSL 1 (best) BASIC32.78■■■□□ 2.84
USP40Q9NVE5 AC104109.3-201ENST00000519718 483 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC32.78■■■□□ 2.84
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 85.2 ms