Protein–RNA interactions for Protein: P52948

NUP98, Nuclear pore complex protein Nup98-Nup96, humanhuman

Predictions only

Length 1,817 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
NUP98P52948 TP53I13-201ENST00000301057 1530 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC35.57■■■■□ 3.28
NUP98P52948 NFKBIA-209ENST00000557389 1537 ntTSL 2 BASIC35.57■■■■□ 3.28
NUP98P52948 CRIP2-201ENST00000329146 1857 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.56■■■■□ 3.28
NUP98P52948 CGGBP1-206ENST00000482016 1147 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC35.56■■■■□ 3.28
NUP98P52948 PCBD2-201ENST00000254908 1223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.55■■■■□ 3.28
NUP98P52948 CAHM-201ENST00000604200 896 ntBASIC35.55■■■■□ 3.28
NUP98P52948 FTCDNL1-201ENST00000416668 944 ntTSL 1 (best) BASIC35.54■■■■□ 3.28
NUP98P52948 AL391121.1-201ENST00000607967 1349 ntBASIC35.54■■■■□ 3.28
NUP98P52948 LGALS3-201ENST00000254301 1146 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.53■■■■□ 3.28
NUP98P52948 ARTN-202ENST00000372359 1921 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC35.52■■■■□ 3.28
NUP98P52948 AL109917.1-201ENST00000412228 906 ntTSL 2 BASIC35.51■■■■□ 3.28
NUP98P52948 LYNX1-208ENST00000615007 1293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.51■■■■□ 3.28
NUP98P52948 DUSP15-202ENST00000339738 1454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.49■■■■□ 3.27
NUP98P52948 AL162393.1-201ENST00000437852 946 ntBASIC35.48■■■■□ 3.27
NUP98P52948 B4GALT7-201ENST00000029410 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.48■■■■□ 3.27
NUP98P52948 GNB5-202ENST00000358784 1735 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC35.44■■■■□ 3.26
NUP98P52948 GSC2-201ENST00000086933 1033 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC35.43■■■■□ 3.26
NUP98P52948 CHCHD4-201ENST00000295767 1603 ntTSL 2 BASIC35.43■■■■□ 3.26
NUP98P52948 HNRNPLP2-201ENST00000568980 1570 ntBASIC35.43■■■■□ 3.26
NUP98P52948 CYP26C1-201ENST00000285949 1569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.42■■■■□ 3.26
NUP98P52948 ADRA2C-201ENST00000330055 2129 ntAPPRIS P1 BASIC35.41■■■■□ 3.26
NUP98P52948 ANXA5-201ENST00000296511 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.4■■■■□ 3.26
NUP98P52948 CMC4-202ENST00000369484 1107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.39■■■■□ 3.26
NUP98P52948 ECI1-203ENST00000562238 948 ntTSL 1 (best) BASIC35.35■■■■□ 3.25
NUP98P52948 CMAS-201ENST00000229329 1787 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.34■■■■□ 3.25
NUP98P52948 ACOT7-209ENST00000545482 1804 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC35.32■■■■□ 3.25
NUP98P52948 MAPK3-201ENST00000263025 1861 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC35.3■■■■□ 3.24
NUP98P52948 AC004080.1-201ENST00000523608 757 ntTSL 2 BASIC35.29■■■■□ 3.24
NUP98P52948 NRG1-221ENST00000614767 762 ntTSL 5 BASIC35.29■■■■□ 3.24
NUP98P52948 AKR1E2-201ENST00000298375 1566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.26■■■■□ 3.24
NUP98P52948 EBPL-202ENST00000378268 680 ntTSL 3 BASIC35.25■■■■□ 3.23
NUP98P52948 GIPC1-201ENST00000345425 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.24■■■■□ 3.23
NUP98P52948 KHSRP-213ENST00000619396 2226 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC35.24■■■■□ 3.23
NUP98P52948 KIAA2013-203ENST00000616327 2170 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC35.23■■■■□ 3.23
NUP98P52948 MAPK4-202ENST00000540640 1576 ntTSL 2 BASIC35.23■■■■□ 3.23
NUP98P52948 GNPTAB-202ENST00000392919 760 ntTSL 1 (best) BASIC35.22■■■■□ 3.23
NUP98P52948 C1orf122-204ENST00000468084 1234 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC35.22■■■■□ 3.23
NUP98P52948 INO80B-WBP1-202ENST00000452361 2040 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC35.17■■■■□ 3.22
NUP98P52948 PSMG4-205ENST00000419065 629 ntTSL 2 BASIC35.17■■■■□ 3.22
NUP98P52948 AC243773.2-204ENST00000621428 1462 ntTSL 1 (best) BASIC35.17■■■■□ 3.22
NUP98P52948 HOXD-AS2-202ENST00000440016 999 ntTSL 5 BASIC35.16■■■■□ 3.22
NUP98P52948 CSNK1E-205ENST00000405675 2127 ntTSL 5 BASIC35.16■■■■□ 3.22
NUP98P52948 SLC25A10-203ENST00000545862 1911 ntTSL 1 (best) BASIC35.13■■■■□ 3.21
NUP98P52948 SIGMAR1-205ENST00000477726 840 ntTSL 1 (best) BASIC35.13■■■■□ 3.21
NUP98P52948 AP006261.1-201ENST00000584783 668 ntBASIC35.12■■■■□ 3.21
NUP98P52948 MTNR1A-201ENST00000307161 1289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.11■■■■□ 3.21
NUP98P52948 RHOC-208ENST00000369642 1355 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.07■■■■□ 3.21
NUP98P52948 FAAP20-204ENST00000400919 1413 ntTSL 3 BASIC35.07■■■■□ 3.2
NUP98P52948 CCNYL1-205ENST00000420822 952 ntTSL 1 (best) BASIC35.04■■■■□ 3.2
NUP98P52948 DUX4L28-201ENST00000623687 678 ntBASIC35.04■■■■□ 3.2
NUP98P52948 SLC22A23-201ENST00000380298 1574 ntTSL 1 (best) BASIC35.04■■■■□ 3.2
NUP98P52948 PPP1R35-201ENST00000292330 1031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.03■■■■□ 3.2
NUP98P52948 SEC61G-204ENST00000450622 512 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC35■■■■□ 3.19
NUP98P52948 ZFP90-204ENST00000564323 560 ntTSL 4 BASIC34.99■■■■□ 3.19
NUP98P52948 ZFP90-219ENST00000611381 695 ntTSL 1 (best) BASIC34.99■■■■□ 3.19
NUP98P52948 PGAM5-201ENST00000317555 1182 ntTSL 1 (best) BASIC34.98■■■■□ 3.19
NUP98P52948 MSANTD2-203ENST00000524950 1109 ntTSL 2 BASIC34.98■■■■□ 3.19
NUP98P52948 INPP5A-202ENST00000368593 1432 ntTSL 1 (best) BASIC34.97■■■■□ 3.19
NUP98P52948 BHLHE23-201ENST00000370346 1057 ntAPPRIS P1 BASIC34.97■■■■□ 3.19
NUP98P52948 H2AFV-205ENST00000381124 628 ntTSL 3 BASIC34.97■■■■□ 3.19
NUP98P52948 KCTD17-201ENST00000402077 1691 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC34.95■■■■□ 3.19
NUP98P52948 FAM185A-202ENST00000413034 1179 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC34.95■■■■□ 3.19
NUP98P52948 COX4I1-203ENST00000562336 873 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC34.93■■■■□ 3.18
NUP98P52948 GRASP-206ENST00000552049 1688 ntTSL 1 (best) BASIC34.93■■■■□ 3.18
NUP98P52948 MPST-201ENST00000341116 1504 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC34.92■■■■□ 3.18
NUP98P52948 MIR3665-201ENST00000578708 105 ntBASIC34.91■■■■□ 3.18
NUP98P52948 AC009097.4-201ENST00000566738 777 ntTSL 2 BASIC34.9■■■■□ 3.18
NUP98P52948 FAM89B-201ENST00000316409 1409 ntTSL 1 (best) BASIC34.88■■■■□ 3.17
NUP98P52948 RCC1L-205ENST00000618035 1409 ntTSL 1 (best) BASIC34.87■■■■□ 3.17
NUP98P52948 DENR-202ENST00000455982 1052 ntTSL 5 BASIC34.87■■■■□ 3.17
NUP98P52948 AC005559.1-201ENST00000589661 871 ntBASIC34.87■■■■□ 3.17
NUP98P52948 TRAPPC10-202ENST00000380221 1763 ntTSL 1 (best) BASIC34.87■■■■□ 3.17
NUP98P52948 TPGS1-201ENST00000359315 1114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.85■■■■□ 3.17
NUP98P52948 AC087741.3-201ENST00000624270 1347 ntBASIC34.85■■■■□ 3.17
NUP98P52948 MIR762-201ENST00000390236 83 ntBASIC34.84■■■■□ 3.17
NUP98P52948 IL1R1-201ENST00000409288 1735 ntTSL 5 BASIC34.83■■■■□ 3.17
NUP98P52948 COMMD3-201ENST00000376836 1342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.83■■■■□ 3.17
NUP98P52948 DBP-205ENST00000601104 1489 ntTSL 1 (best) BASIC34.83■■■■□ 3.17
NUP98P52948 JUND-201ENST00000252818 1863 ntAPPRIS P1 BASIC34.82■■■■□ 3.17
NUP98P52948 AC234582.1-201ENST00000447623 923 ntTSL 5 BASIC34.82■■■■□ 3.16
NUP98P52948 AP000911.1-206ENST00000531938 711 ntTSL 3 BASIC34.82■■■■□ 3.16
NUP98P52948 CCM2-218ENST00000541586 1719 ntTSL 3 BASIC34.82■■■■□ 3.16
NUP98P52948 ZFAND2B-206ENST00000409336 944 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC34.81■■■■□ 3.16
NUP98P52948 AC044849.2-201ENST00000606596 710 ntBASIC34.81■■■■□ 3.16
NUP98P52948 ZFAND2B-221ENST00000621130 1070 ntTSL 5 BASIC34.81■■■■□ 3.16
NUP98P52948 CACNG6-201ENST00000252729 1853 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.81■■■■□ 3.16
NUP98P52948 CTDNEP1-210ENST00000574322 1708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.79■■■■□ 3.16
NUP98P52948 AC012629.2-201ENST00000606513 377 ntTSL 5 BASIC34.78■■■■□ 3.16
NUP98P52948 CHML-205ENST00000638160 705 ntTSL 3 BASIC34.78■■■■□ 3.16
NUP98P52948 WASH5P-204ENST00000632292 975 ntBASIC34.74■■■■□ 3.15
NUP98P52948 KCNK1-202ENST00000366621 2161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.74■■■■□ 3.15
NUP98P52948 DPP6-204ENST00000406326 2012 ntTSL 1 (best) BASIC34.74■■■■□ 3.15
NUP98P52948 TWIST1-201ENST00000242261 1666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.73■■■■□ 3.15
NUP98P52948 MPST-206ENST00000429360 1331 ntTSL 1 (best) BASIC34.71■■■■□ 3.15
NUP98P52948 AC104109.3-201ENST00000519718 483 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC34.71■■■■□ 3.15
NUP98P52948 SMARCD3-201ENST00000262188 1993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.67■■■■□ 3.14
NUP98P52948 GFRA4-202ENST00000319242 900 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC34.67■■■■□ 3.14
NUP98P52948 SSU72-201ENST00000291386 1290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.67■■■■□ 3.14
NUP98P52948 NADK2-202ENST00000381937 2243 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC34.66■■■■□ 3.14
NUP98P52948 NPHP3-202ENST00000383282 782 ntTSL 1 (best) BASIC34.65■■■■□ 3.14
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 12.3 ms