Protein–RNA interactions for Protein: Q13263

TRIM28, Transcription intermediary factor 1-beta, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 835 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRIM28Q13263 CLYBL-202ENST00000376354 1127 ntTSL 5 BASIC28.3■■■□□ 2.12
TRIM28Q13263 FAM66C-205ENST00000456135 1216 ntTSL 5 BASIC28.3■■■□□ 2.12
TRIM28Q13263 PRSS22-203ENST00000571228 1037 ntTSL 2 BASIC28.3■■■□□ 2.12
TRIM28Q13263 CAPNS1-207ENST00000589146 578 ntTSL 3 BASIC28.3■■■□□ 2.12
TRIM28Q13263 OTUD5-201ENST00000156084 2740 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.3■■■□□ 2.12
TRIM28Q13263 PPP1R1B-201ENST00000254079 1845 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.29■■■□□ 2.12
TRIM28Q13263 MSX2-201ENST00000239243 2241 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.29■■■□□ 2.12
TRIM28Q13263 IGHV3-20-201ENST00000390606 415 ntAPPRIS P1 BASIC28.29■■■□□ 2.12
TRIM28Q13263 DUX4L4-201ENST00000566884 1269 ntBASIC28.29■■■□□ 2.12
TRIM28Q13263 AC096887.1-203ENST00000607203 768 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.29■■■□□ 2.12
TRIM28Q13263 ARF1-213ENST00000540651 1972 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.29■■■□□ 2.12
TRIM28Q13263 CCDC151-202ENST00000586836 1867 ntTSL 2 BASIC28.29■■■□□ 2.12
TRIM28Q13263 TTLL1-201ENST00000266254 1645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.29■■■□□ 2.12
TRIM28Q13263 RARA-204ENST00000394089 2024 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.28■■■□□ 2.12
TRIM28Q13263 RCN2-202ENST00000394883 1366 ntTSL 5 BASIC28.28■■■□□ 2.12
TRIM28Q13263 UBE2C-202ENST00000335046 737 ntTSL 2 BASIC28.28■■■□□ 2.12
TRIM28Q13263 CCDC160-201ENST00000370809 1299 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.28■■■□□ 2.12
TRIM28Q13263 CDC37L1-202ENST00000381858 1244 ntTSL 5 BASIC28.28■■■□□ 2.12
TRIM28Q13263 CAPNS1-205ENST00000588780 1035 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.28■■■□□ 2.12
TRIM28Q13263 AMIGO1-201ENST00000369862 2229 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.28■■■□□ 2.12
TRIM28Q13263 IFNGR2-202ENST00000381995 1742 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.28■■■□□ 2.12
TRIM28Q13263 ZNF205-202ENST00000382192 2062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.27■■■□□ 2.12
TRIM28Q13263 IRS3P-201ENST00000223076 1006 ntBASIC28.27■■■□□ 2.12
TRIM28Q13263 PPM1N-207ENST00000451287 1293 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.27■■■□□ 2.12
TRIM28Q13263 AC116614.1-201ENST00000456949 539 ntTSL 2 BASIC28.27■■■□□ 2.12
TRIM28Q13263 ZNF846-212ENST00000592859 1206 ntTSL 2 BASIC28.27■■■□□ 2.12
TRIM28Q13263 MIR6821-201ENST00000617625 74 ntBASIC28.27■■■□□ 2.12
TRIM28Q13263 GP1BB-201ENST00000366425 1553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.27■■■□□ 2.12
TRIM28Q13263 LINC00543-201ENST00000567234 1845 ntBASIC28.27■■■□□ 2.12
TRIM28Q13263 HOXB7-201ENST00000239165 1371 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.26■■■□□ 2.12
TRIM28Q13263 XBP1-201ENST00000216037 1850 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.26■■■□□ 2.11
TRIM28Q13263 UBE2E2-203ENST00000425792 1248 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.26■■■□□ 2.11
TRIM28Q13263 RHOF-204ENST00000537265 699 ntTSL 2 BASIC28.26■■■□□ 2.11
TRIM28Q13263 APBA3-201ENST00000316757 2075 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.26■■■□□ 2.11
TRIM28Q13263 ARPC5L-201ENST00000259477 1325 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.25■■■□□ 2.11
TRIM28Q13263 CYC1-201ENST00000318911 1240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.25■■■□□ 2.11
TRIM28Q13263 NGEF-203ENST00000409079 1022 ntTSL 1 (best) BASIC28.25■■■□□ 2.11
TRIM28Q13263 FAM222B-208ENST00000581381 556 ntTSL 4 BASIC28.25■■■□□ 2.11
TRIM28Q13263 PYCR1-202ENST00000337943 1890 ntTSL 1 (best) BASIC28.25■■■□□ 2.11
TRIM28Q13263 PURG-201ENST00000339382 2693 ntTSL 1 (best) BASIC28.25■■■□□ 2.11
TRIM28Q13263 PXK-202ENST00000356151 2037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.25■■■□□ 2.11
TRIM28Q13263 AF117829.1-201ENST00000519655 1398 ntTSL 5 BASIC28.24■■■□□ 2.11
TRIM28Q13263 PON2-202ENST00000433091 1726 ntTSL 1 (best) BASIC28.24■■■□□ 2.11
TRIM28Q13263 ZNF205-201ENST00000219091 1947 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.24■■■□□ 2.11
TRIM28Q13263 AC097381.1-201ENST00000429019 1296 ntBASIC28.24■■■□□ 2.11
TRIM28Q13263 SIRT3-215ENST00000532956 1235 ntTSL 2 BASIC28.24■■■□□ 2.11
TRIM28Q13263 IRF3-228ENST00000601291 1556 ntTSL 1 (best) BASIC28.24■■■□□ 2.11
TRIM28Q13263 HSF1-204ENST00000528838 2142 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.24■■■□□ 2.11
TRIM28Q13263 PTX3-201ENST00000295927 1940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.24■■■□□ 2.11
TRIM28Q13263 SIMC1-204ENST00000430704 1925 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC28.24■■■□□ 2.11
TRIM28Q13263 GJC1-209ENST00000592524 1837 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.23■■■□□ 2.11
TRIM28Q13263 FAIM-202ENST00000360570 1157 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC28.23■■■□□ 2.11
TRIM28Q13263 TSPY4-201ENST00000383008 1143 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.23■■■□□ 2.11
TRIM28Q13263 RIMKLB-205ENST00000535829 2236 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.23■■■□□ 2.11
TRIM28Q13263 SNUPN-201ENST00000308588 1513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.23■■■□□ 2.11
TRIM28Q13263 TMED2-201ENST00000262225 2560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.22■■■□□ 2.11
TRIM28Q13263 AP000802.1-201ENST00000500537 1934 ntTSL 1 (best) BASIC28.22■■■□□ 2.11
TRIM28Q13263 HES3-201ENST00000377898 697 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.22■■■□□ 2.11
TRIM28Q13263 IL17RE-203ENST00000421412 2158 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.22■■■□□ 2.11
TRIM28Q13263 SLC47A1P1-202ENST00000449666 945 ntBASIC28.22■■■□□ 2.11
TRIM28Q13263 SCUBE1-208ENST00000615096 1119 ntTSL 2 BASIC28.22■■■□□ 2.11
TRIM28Q13263 ZC3H14-223ENST00000557607 1983 ntTSL 5 BASIC28.22■■■□□ 2.11
TRIM28Q13263 SAMD8-202ENST00000372690 1654 ntTSL 1 (best) BASIC28.22■■■□□ 2.11
TRIM28Q13263 AC133637.1-201ENST00000624115 1537 ntBASIC28.22■■■□□ 2.11
TRIM28Q13263 HAUS7-202ENST00000370211 1363 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.22■■■□□ 2.11
TRIM28Q13263 CBARP-202ENST00000382477 2453 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.21■■■□□ 2.11
TRIM28Q13263 ARFIP2-202ENST00000396777 1868 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.21■■■□□ 2.11
TRIM28Q13263 THAP4-204ENST00000407315 2367 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.21■■■□□ 2.11
TRIM28Q13263 NDUFV2-201ENST00000318388 930 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.21■■■□□ 2.11
TRIM28Q13263 HERC2P4-206ENST00000568097 1062 ntTSL 5 BASIC28.21■■■□□ 2.11
TRIM28Q13263 SCAMP3-202ENST00000355379 1537 ntTSL 1 (best) BASIC28.21■■■□□ 2.11
TRIM28Q13263 COMT-206ENST00000407537 1457 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC28.21■■■□□ 2.11
TRIM28Q13263 PKIB-204ENST00000368448 1561 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.2■■■□□ 2.11
TRIM28Q13263 NIPA2-205ENST00000539711 1412 ntTSL 2 BASIC28.2■■■□□ 2.11
TRIM28Q13263 KRT10-201ENST00000269576 2124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.2■■■□□ 2.1
TRIM28Q13263 RPUSD3-206ENST00000433535 1178 ntTSL 1 (best) BASIC28.2■■■□□ 2.1
TRIM28Q13263 MIR5787-201ENST00000611784 55 ntBASIC28.2■■■□□ 2.1
TRIM28Q13263 AC144652.1-201ENST00000609974 1624 ntBASIC28.2■■■□□ 2.1
TRIM28Q13263 DALRD3-206ENST00000441576 1706 ntTSL 1 (best) BASIC28.2■■■□□ 2.1
TRIM28Q13263 SHD-204ENST00000599689 1729 ntTSL 5 BASIC28.2■■■□□ 2.1
TRIM28Q13263 NUDT18-201ENST00000611621 1497 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.2■■■□□ 2.1
TRIM28Q13263 KIAA1456-206ENST00000528753 2392 ntTSL 2 BASIC28.19■■■□□ 2.1
TRIM28Q13263 SOHLH1-201ENST00000298466 1987 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.19■■■□□ 2.1
TRIM28Q13263 NRG1-210ENST00000520407 1955 ntTSL 1 (best) BASIC28.19■■■□□ 2.1
TRIM28Q13263 POLD2-218ENST00000610533 1619 ntTSL 1 (best) BASIC28.19■■■□□ 2.1
TRIM28Q13263 JTB-203ENST00000368589 1216 ntTSL 2 BASIC28.19■■■□□ 2.1
TRIM28Q13263 C20orf144-201ENST00000375222 571 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.19■■■□□ 2.1
TRIM28Q13263 PMS1-205ENST00000409985 1882 ntTSL 2 BASIC28.19■■■□□ 2.1
TRIM28Q13263 MTMR14-206ENST00000420925 1427 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.18■■■□□ 2.1
TRIM28Q13263 SLC35A2-210ENST00000616181 1614 ntTSL 2 BASIC28.18■■■□□ 2.1
TRIM28Q13263 SPTSSA-201ENST00000298130 2777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.18■■■□□ 2.1
TRIM28Q13263 CEP104-201ENST00000378223 1121 ntTSL 1 (best) BASIC28.18■■■□□ 2.1
TRIM28Q13263 GRAMD4P2-201ENST00000423297 1097 ntBASIC28.18■■■□□ 2.1
TRIM28Q13263 RAB6B-203ENST00000469959 500 ntTSL 3 BASIC28.18■■■□□ 2.1
TRIM28Q13263 PLPP1-201ENST00000264775 1550 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC28.18■■■□□ 2.1
TRIM28Q13263 HAGHL-212ENST00000564537 1667 ntTSL 2 BASIC28.18■■■□□ 2.1
TRIM28Q13263 AL121749.1-201ENST00000635993 1768 ntTSL 5 BASIC28.18■■■□□ 2.1
TRIM28Q13263 PTH1R-202ENST00000418619 2070 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.18■■■□□ 2.1
TRIM28Q13263 RNASEH2B-201ENST00000336617 1629 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.18■■■□□ 2.1
TRIM28Q13263 NUDT16L1-204ENST00000586536 1406 ntTSL 2 BASIC28.18■■■□□ 2.1
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