RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000295927.3

PTX3-201, Transcript of pentraxin 3, humanhuman

APPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC

Gene PTX3, Length 1,940 nt, Biotype protein coding.

Download Table  
RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PTX3-201ENST00000295927 NISCHQ9Y2I1 1504 aa51.81■■■■■ 5.88
PTX3-201ENST00000295927 CCDC180Q9P1Z9 1646 aa45.18■■■■■ 4.82
PTX3-201ENST00000295927 ZCCHC6Q5VYS8 1495 aaKnown RBP43.52■■■■■ 4.56
PTX3-201ENST00000295927 DCAF8L2P0C7V8 631 aa42.81■■■■■ 4.44
PTX3-201ENST00000295927 DCAF1Q9Y4B6 1507 aa42.81■■■■■ 4.44
PTX3-201ENST00000295927 ABCC9O60706 1549 aa42.73■■■■■ 4.43
PTX3-201ENST00000295927 SHROOM4Q9ULL8 1493 aa42.3■■■■■ 4.36
PTX3-201ENST00000295927 MYO15BQ96JP2 1530 aa42.28■■■■■ 4.36
PTX3-201ENST00000295927 NACADO15069 1562 aa42.05■■■■■ 4.32
PTX3-201ENST00000295927 RB1CC1Q8TDY2 1594 aa41.7■■■■■ 4.27
PTX3-201ENST00000295927 SCRIBQ14160 1630 aa41.58■■■■■ 4.25
PTX3-201ENST00000295927 UNC13AQ9UPW8 1703 aa40.95■■■■■ 4.15
PTX3-201ENST00000295927 SUPT5HO00267 1087 aaKnown RBP40.71■■■■■ 4.11
PTX3-201ENST00000295927 BICRAQ9NZM4 1560 aa40.48■■■■■ 4.07
PTX3-201ENST00000295927 PABPN1Q86U42 306 aaKnown RBP eCLIP40.3■■■■■ 4.04
PTX3-201ENST00000295927 CECR2Q9BXF3 1484 aa40.28■■■■■ 4.04
PTX3-201ENST00000295927 RSF1Q96T23 1441 aaPredicted RBP40.2■■■■■ 4.03
PTX3-201ENST00000295927 MROH2BQ7Z745 1585 aa40.05■■■■■ 4
PTX3-201ENST00000295927 BAZ1AQ9NRL2 1556 aaPredicted RBP39.99■■■■□ 3.99
PTX3-201ENST00000295927 SMARCA4P51532 1647 aa39.84■■■■□ 3.97
PTX3-201ENST00000295927 WIZO95785 1651 aa39.75■■■■□ 3.95
PTX3-201ENST00000295927 PEG3Q9GZU2 1588 aa39.33■■■■□ 3.89
PTX3-201ENST00000295927 TOP2AP11388 1531 aaKnown RBP39.29■■■■□ 3.88
PTX3-201ENST00000295927 EIF4G1Q04637 1599 aaKnown RBP39.24■■■■□ 3.87
PTX3-201ENST00000295927 ATAD2BQ9ULI0 1458 aa39.16■■■■□ 3.86
PTX3-201ENST00000295927 SMARCA2P51531 1590 aa39.13■■■■□ 3.85
PTX3-201ENST00000295927 CHIC1Q5VXU3 224 aa38.96■■■■□ 3.83
PTX3-201ENST00000295927 BAZ1BQ9UIG0 1483 aaKnown RBP38.94■■■■□ 3.82
PTX3-201ENST00000295927 CCDC88BA6NC98 1476 aa38.9■■■■□ 3.82
PTX3-201ENST00000295927 NCAPD3P42695 1498 aa38.81■■■■□ 3.8
PTX3-201ENST00000295927 HMGXB3Q12766 1538 aa38.76■■■■□ 3.8
PTX3-201ENST00000295927 CC2D2AQ9P2K1 1620 aa38.67■■■■□ 3.78
PTX3-201ENST00000295927 TRIM41Q8WV44 630 aa38.25■■■■□ 3.71
PTX3-201ENST00000295927 ABCC8Q09428 1581 aa38.12■■■■□ 3.69
PTX3-201ENST00000295927 CFTRP13569 1480 aa37.96■■■■□ 3.67
PTX3-201ENST00000295927 PRDM2Q13029 1718 aa37.83■■■■□ 3.65
PTX3-201ENST00000295927 WRNQ14191 1432 aaPredicted RBP eCLIP37.83■■■■□ 3.65
PTX3-201ENST00000295927 CADPSQ9ULU8 1353 aa37.82■■■■□ 3.64
PTX3-201ENST00000295927 DNAJC5BQ9UF47 199 aa37.71■■■■□ 3.63
PTX3-201ENST00000295927 SYNJ1O43426 1573 aa37.71■■■■□ 3.63
PTX3-201ENST00000295927 FAM9AQ8IZU1 332 aaPredicted RBP37.59■■■■□ 3.61
PTX3-201ENST00000295927 TOP2BQ02880 1626 aa37.54■■■■□ 3.6
PTX3-201ENST00000295927 NESP48681 1621 aa37.53■■■■□ 3.6
PTX3-201ENST00000295927 BIVM-ERCC5R4GMW8 1640 aa37.51■■■■□ 3.6
PTX3-201ENST00000295927 LOC105371045A0A1W2PR82 267 aa37.5■■■■□ 3.59
PTX3-201ENST00000295927 LAMC3Q9Y6N6 1575 aa37.5■■■■□ 3.59
PTX3-201ENST00000295927 CUX1P39880 1505 aa37.44■■■■□ 3.58
PTX3-201ENST00000295927 FANCD2Q9BXW9 1451 aa37.41■■■■□ 3.58
PTX3-201ENST00000295927 SOGA1O94964 1423 aa37.39■■■■□ 3.58
PTX3-201ENST00000295927 EEA1Q15075 1411 aa37.26■■■■□ 3.56
PTX3-201ENST00000295927 RUSC2Q8N2Y8 1516 aa37.26■■■■□ 3.56
PTX3-201ENST00000295927 PDS5BQ9NTI5 1447 aa37.19■■■■□ 3.54
PTX3-201ENST00000295927 CEP164Q9UPV0 1460 aa37.18■■■■□ 3.54
PTX3-201ENST00000295927 KIF21AQ7Z4S6 1674 aa37.1■■■■□ 3.53
PTX3-201ENST00000295927 CSRNP3Q8WYN3 585 aa37.09■■■■□ 3.53
PTX3-201ENST00000295927 DNMBPQ6XZF7 1577 aa37.09■■■■□ 3.53
PTX3-201ENST00000295927 EHMT2Q96KQ7 1210 aa37.08■■■■□ 3.53
PTX3-201ENST00000295927 FGD5Q6ZNL6 1462 aa37.03■■■■□ 3.52
PTX3-201ENST00000295927 TOPBP1Q92547 1522 aa37.02■■■■□ 3.52
PTX3-201ENST00000295927 URB2Q14146 1524 aaKnown RBP36.96■■■■□ 3.51
PTX3-201ENST00000295927 KIF27Q86VH2 1401 aa36.86■■■■□ 3.49
PTX3-201ENST00000295927 POLA1P09884 1462 aaPredicted RBP36.84■■■■□ 3.49
PTX3-201ENST00000295927 KIF21BO75037 1637 aa36.82■■■■□ 3.48
PTX3-201ENST00000295927 CUX2O14529 1486 aa36.79■■■■□ 3.48
PTX3-201ENST00000295927 GOLGA3Q08378 1498 aa36.78■■■■□ 3.48
PTX3-201ENST00000295927 RAD54L2Q9Y4B4 1467 aa36.74■■■■□ 3.47
PTX3-201ENST00000295927 MRC2Q9UBG0 1479 aa36.73■■■■□ 3.47
PTX3-201ENST00000295927 ABCA10Q8WWZ4 1543 aa36.68■■■■□ 3.46
PTX3-201ENST00000295927 TNIKQ9UKE5 1360 aa36.66■■■■□ 3.46
PTX3-201ENST00000295927 UBTFP17480 764 aaKnown RBP36.63■■■■□ 3.45
PTX3-201ENST00000295927 PRXQ9BXM0 1461 aa36.62■■■■□ 3.45
PTX3-201ENST00000295927 RAPGEF2Q9Y4G8 1499 aa36.62■■■■□ 3.45
PTX3-201ENST00000295927 ERCC6Q03468 1493 aa36.61■■■■□ 3.45
PTX3-201ENST00000295927 WDR97A6NE52 1622 aa36.6■■■■□ 3.45
PTX3-201ENST00000295927 ERICH3Q5RHP9 1530 aa36.56■■■■□ 3.44
PTX3-201ENST00000295927 IGF1RP08069 1367 aa36.54■■■■□ 3.44
PTX3-201ENST00000295927 WDR62O43379 1518 aa36.54■■■■□ 3.44
PTX3-201ENST00000295927 TARBP1Q13395 1621 aaKnown RBP36.49■■■■□ 3.43
PTX3-201ENST00000295927 CEP162Q5TB80 1403 aa36.48■■■■□ 3.43
PTX3-201ENST00000295927 THOC2Q8NI27 1593 aaKnown RBP36.45■■■■□ 3.43
PTX3-201ENST00000295927 ABCA5Q8WWZ7 1642 aa36.4■■■■□ 3.42
PTX3-201ENST00000295927 TDRD9Q8NDG6 1382 aaKnown RBP36.37■■■■□ 3.41
PTX3-201ENST00000295927 CARMIL1Q5VZK9 1371 aa36.36■■■■□ 3.41
PTX3-201ENST00000295927 GAPVD1Q14C86 1478 aa36.32■■■■□ 3.4
PTX3-201ENST00000295927 CUL7Q14999 1698 aa36.28■■■■□ 3.4
PTX3-201ENST00000295927 IFT140Q96RY7 1462 aa36.28■■■■□ 3.4
PTX3-201ENST00000295927 CLIP1P30622 1438 aa36.2■■■■□ 3.39
PTX3-201ENST00000295927 PBRM1Q86U86 1689 aa36.15■■■■□ 3.38
PTX3-201ENST00000295927 AQRO60306 1485 aaKnown RBP eCLIP36.14■■■■□ 3.38
PTX3-201ENST00000295927 ZNF608Q9ULD9 1512 aaPredicted RBP36.11■■■■□ 3.37
PTX3-201ENST00000295927 RANGAP1P46060 587 aaPredicted RBP36.06■■■■□ 3.36
PTX3-201ENST00000295927 GRIN2BQ13224 1484 aa36.02■■■■□ 3.36
PTX3-201ENST00000295927 EIF4G3O43432 1585 aaKnown RBP35.99■■■■□ 3.35
PTX3-201ENST00000295927 ADAMTS12P58397 1594 aa35.92■■■■□ 3.34
PTX3-201ENST00000295927 FHAD1B1AJZ9 1412 aa35.91■■■■□ 3.34
PTX3-201ENST00000295927 CTTNBP2Q8WZ74 1663 aa35.91■■■■□ 3.34
PTX3-201ENST00000295927 VPS8Q8N3P4 1428 aa35.87■■■■□ 3.33
PTX3-201ENST00000295927 ARAP1Q96P48 1450 aa35.86■■■■□ 3.33
PTX3-201ENST00000295927 ARHGAP35Q9NRY4 1499 aa35.85■■■■□ 3.33
PTX3-201ENST00000295927 SNAPC4Q5SXM2 1469 aa35.8■■■■□ 3.32
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 12.5 ms