Protein–RNA interactions for Protein: O75400

PRPF40A, Pre-mRNA-processing factor 40 homolog A, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 957 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PRPF40AO75400 LYL1-201ENST00000264824 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.81■■□□□ 1.88
PRPF40AO75400 NME2-205ENST00000512737 826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.81■■□□□ 1.88
PRPF40AO75400 MIR3960-201ENST00000583311 91 ntBASIC26.81■■□□□ 1.88
PRPF40AO75400 BLOC1S3-202ENST00000587722 732 ntAPPRIS P1 BASIC26.81■■□□□ 1.88
PRPF40AO75400 TSR3-201ENST00000007390 1243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.81■■□□□ 1.88
PRPF40AO75400 CMPK2-202ENST00000404168 2042 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.81■■□□□ 1.88
PRPF40AO75400 CKB-201ENST00000348956 1709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.81■■□□□ 1.88
PRPF40AO75400 DTNB-206ENST00000404103 2384 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.8■■□□□ 1.88
PRPF40AO75400 B3GALNT2-202ENST00000366600 2015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.8■■□□□ 1.88
PRPF40AO75400 OPN3-201ENST00000366554 2620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.8■■□□□ 1.88
PRPF40AO75400 LTC4S-205ENST00000486713 496 ntTSL 2 BASIC26.8■■□□□ 1.88
PRPF40AO75400 AC022413.1-201ENST00000624602 984 ntBASIC26.8■■□□□ 1.88
PRPF40AO75400 NFIX-203ENST00000397661 3143 ntTSL 5 BASIC26.8■■□□□ 1.88
PRPF40AO75400 SH3GLB2-203ENST00000372564 2982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.79■■□□□ 1.88
PRPF40AO75400 U2AF2-202ENST00000450554 3022 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.79■■□□□ 1.88
PRPF40AO75400 POU2F3-206ENST00000543440 1953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.79■■□□□ 1.88
PRPF40AO75400 ASF1B-201ENST00000263382 2059 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.79■■□□□ 1.88
PRPF40AO75400 C1orf122-201ENST00000373042 973 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.79■■□□□ 1.88
PRPF40AO75400 PTRH1-205ENST00000423807 1570 ntTSL 2 BASIC26.79■■□□□ 1.88
PRPF40AO75400 ITM2C-202ENST00000326427 2078 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.78■■□□□ 1.88
PRPF40AO75400 TTC39C-209ENST00000584250 1048 ntTSL 1 (best) BASIC26.78■■□□□ 1.88
PRPF40AO75400 UPF3A-201ENST00000351487 2235 ntTSL 1 (best) BASIC26.78■■□□□ 1.88
PRPF40AO75400 FNDC11-204ENST00000615526 2954 ntAPPRIS P1 BASIC26.78■■□□□ 1.88
PRPF40AO75400 AL117328.2-201ENST00000624617 1940 ntBASIC26.77■■□□□ 1.88
PRPF40AO75400 LINC02043-201ENST00000419745 1832 ntTSL 2 BASIC26.77■■□□□ 1.88
PRPF40AO75400 KCNC3-201ENST00000376959 5447 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.77■■□□□ 1.88
PRPF40AO75400 RAD21L1-202ENST00000402452 1707 ntTSL 5 BASIC26.77■■□□□ 1.88
PRPF40AO75400 MBLAC1-201ENST00000398075 1502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.77■■□□□ 1.88
PRPF40AO75400 AC068134.2-201ENST00000437095 576 ntTSL 3 BASIC26.77■■□□□ 1.88
PRPF40AO75400 ARRDC1-AS1-203ENST00000623970 2210 ntTSL 5 BASIC26.77■■□□□ 1.88
PRPF40AO75400 ACTL10-201ENST00000330271 2028 ntAPPRIS P1 BASIC26.77■■□□□ 1.88
PRPF40AO75400 KCNQ5-213ENST00000629977 2830 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.76■■□□□ 1.87
PRPF40AO75400 NEK6-214ENST00000545174 2573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.76■■□□□ 1.87
PRPF40AO75400 HSPB6-202ENST00000587965 711 ntTSL 2 BASIC26.76■■□□□ 1.87
PRPF40AO75400 TMEM102-202ENST00000396568 1962 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.76■■□□□ 1.87
PRPF40AO75400 NKAIN3-202ENST00000523211 1988 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.76■■□□□ 1.87
PRPF40AO75400 SLC19A1-202ENST00000380010 1884 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.76■■□□□ 1.87
PRPF40AO75400 OSCAR-207ENST00000391761 1826 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.76■■□□□ 1.87
PRPF40AO75400 C8orf82-202ENST00000524821 2476 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.76■■□□□ 1.87
PRPF40AO75400 CTSZ-201ENST00000217131 1495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.75■■□□□ 1.87
PRPF40AO75400 SMPD5-203ENST00000639008 1464 ntBASIC26.75■■□□□ 1.87
PRPF40AO75400 DONSON-202ENST00000303113 2028 ntTSL 5 BASIC26.75■■□□□ 1.87
PRPF40AO75400 LYPLA1-201ENST00000316963 2585 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.75■■□□□ 1.87
PRPF40AO75400 ALKAL1-201ENST00000358543 1217 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.75■■□□□ 1.87
PRPF40AO75400 MAP3K8-203ENST00000375322 932 ntTSL 2 BASIC26.75■■□□□ 1.87
PRPF40AO75400 MCCD1-201ENST00000376191 955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.75■■□□□ 1.87
PRPF40AO75400 HES4-202ENST00000428771 1040 ntTSL 2 BASIC26.75■■□□□ 1.87
PRPF40AO75400 NIPSNAP1-201ENST00000216121 2237 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.75■■□□□ 1.87
PRPF40AO75400 KISS1R-201ENST00000234371 1625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.75■■□□□ 1.87
PRPF40AO75400 KCTD15-207ENST00000589786 1625 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.75■■□□□ 1.87
PRPF40AO75400 APBB3-204ENST00000358580 2020 ntTSL 5 BASIC26.75■■□□□ 1.87
PRPF40AO75400 NIPSNAP2-201ENST00000322090 1999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.75■■□□□ 1.87
PRPF40AO75400 ELL3-201ENST00000319359 2352 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.75■■□□□ 1.87
PRPF40AO75400 TMEM259-201ENST00000333175 2581 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.74■■□□□ 1.87
PRPF40AO75400 TMEM114-202ENST00000568335 899 ntTSL 3 BASIC26.74■■□□□ 1.87
PRPF40AO75400 NKX2-4-201ENST00000351817 2238 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.74■■□□□ 1.87
PRPF40AO75400 CDC16-206ENST00000375310 2156 ntTSL 1 (best) BASIC26.74■■□□□ 1.87
PRPF40AO75400 POLR2H-208ENST00000456318 1802 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.74■■□□□ 1.87
PRPF40AO75400 SLC39A2-201ENST00000298681 1379 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.73■■□□□ 1.87
PRPF40AO75400 C19orf68-201ENST00000328759 2277 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.73■■□□□ 1.87
PRPF40AO75400 WDR38-202ENST00000613760 1323 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.73■■□□□ 1.87
PRPF40AO75400 PTPRM-201ENST00000332175 6095 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.72■■□□□ 1.87
PRPF40AO75400 FKBP8-209ENST00000597960 1781 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC26.72■■□□□ 1.87
PRPF40AO75400 SLC39A3-201ENST00000269740 1502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.72■■□□□ 1.87
PRPF40AO75400 SCAMP3-202ENST00000355379 1537 ntTSL 1 (best) BASIC26.72■■□□□ 1.87
PRPF40AO75400 PPP2R2D-201ENST00000455566 5738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.72■■□□□ 1.87
PRPF40AO75400 AGO3-204ENST00000397828 1035 ntTSL 2 BASIC26.72■■□□□ 1.87
PRPF40AO75400 PKIG-205ENST00000372891 1443 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.72■■□□□ 1.87
PRPF40AO75400 CPSF4-207ENST00000451876 1644 ntTSL 5 BASIC26.72■■□□□ 1.87
PRPF40AO75400 ZNF837-202ENST00000597582 1969 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.71■■□□□ 1.87
PRPF40AO75400 AC004980.1-201ENST00000418663 2667 ntTSL 1 (best) BASIC26.71■■□□□ 1.87
PRPF40AO75400 NKIRAS2-208ENST00000462043 585 ntTSL 4 BASIC26.71■■□□□ 1.87
PRPF40AO75400 AC092296.2-201ENST00000589470 999 ntBASIC26.71■■□□□ 1.87
PRPF40AO75400 EP400NL-214ENST00000641289 2402 ntBASIC26.71■■□□□ 1.87
PRPF40AO75400 OSCAR-209ENST00000616215 2016 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.71■■□□□ 1.87
PRPF40AO75400 CADPS-219ENST00000612439 5455 ntTSL 1 (best) BASIC26.71■■□□□ 1.87
PRPF40AO75400 IGFBP2-201ENST00000233809 1439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.71■■□□□ 1.87
PRPF40AO75400 SNHG7-201ENST00000414282 2357 ntTSL 2 BASIC26.71■■□□□ 1.87
PRPF40AO75400 TSPAN4-202ENST00000397396 1332 ntTSL 5 BASIC26.7■■□□□ 1.87
PRPF40AO75400 B3GNT6-202ENST00000622824 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.7■■□□□ 1.87
PRPF40AO75400 DHH-201ENST00000266991 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.7■■□□□ 1.86
PRPF40AO75400 PTX3-201ENST00000295927 1940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.7■■□□□ 1.86
PRPF40AO75400 RUNDC3A-202ENST00000426726 2048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.7■■□□□ 1.86
PRPF40AO75400 AC233723.2-201ENST00000623798 2106 ntBASIC26.69■■□□□ 1.86
PRPF40AO75400 SEPT4-205ENST00000426861 1906 ntTSL 1 (best) BASIC26.69■■□□□ 1.86
PRPF40AO75400 CHST6-202ENST00000390664 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.69■■□□□ 1.86
PRPF40AO75400 STK25-234ENST00000535007 2459 ntTSL 2 BASIC26.69■■□□□ 1.86
PRPF40AO75400 TPRN-202ENST00000409012 2718 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.69■■□□□ 1.86
PRPF40AO75400 GAS1-201ENST00000298743 2827 ntAPPRIS P1 BASIC26.69■■□□□ 1.86
PRPF40AO75400 FOXO3B-201ENST00000395675 1928 ntBASIC26.69■■□□□ 1.86
PRPF40AO75400 LURAP1L-201ENST00000319264 1753 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.69■■□□□ 1.86
PRPF40AO75400 ZDHHC3-203ENST00000342790 1336 ntTSL 5 BASIC26.68■■□□□ 1.86
PRPF40AO75400 ZNF668-205ENST00000426488 2282 ntTSL 5 BASIC26.68■■□□□ 1.86
PRPF40AO75400 PFKFB3-201ENST00000317350 1999 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC26.68■■□□□ 1.86
PRPF40AO75400 SRSF11-203ENST00000370951 2385 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.68■■□□□ 1.86
PRPF40AO75400 ADARB2-202ENST00000381310 1810 ntTSL 1 (best) BASIC26.68■■□□□ 1.86
PRPF40AO75400 RARRES2P2-201ENST00000394842 485 ntBASIC26.68■■□□□ 1.86
PRPF40AO75400 WDR38-203ENST00000618744 1270 ntTSL 1 (best) BASIC26.68■■□□□ 1.86
PRPF40AO75400 PPIL6-203ENST00000440797 1693 ntTSL 1 (best) BASIC26.68■■□□□ 1.86
PRPF40AO75400 CDX1-201ENST00000231656 1758 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.68■■□□□ 1.86
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 94.5 ms