Protein–RNA interactions for Protein: Q8N205

SYNE4, Nesprin-4, humanhuman

Predictions only

Length 404 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SYNE4Q8N205 TCFL5-202ENST00000335351 2456 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.44■■■□□ 2.3
SYNE4Q8N205 NXPH4-201ENST00000349394 1804 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.43■■■□□ 2.3
SYNE4Q8N205 AC090877.2-201ENST00000558441 1738 ntBASIC29.43■■■□□ 2.3
SYNE4Q8N205 PHF11-202ENST00000378319 1359 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.43■■■□□ 2.3
SYNE4Q8N205 HMCES-204ENST00000502878 1952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.43■■■□□ 2.3
SYNE4Q8N205 AC010501.1-201ENST00000606270 1962 ntBASIC29.43■■■□□ 2.3
SYNE4Q8N205 MAD2L2-201ENST00000235310 1860 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.43■■■□□ 2.3
SYNE4Q8N205 AC096631.2-201ENST00000436136 790 ntBASIC29.43■■■□□ 2.3
SYNE4Q8N205 FAM228B-208ENST00000613899 1238 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.43■■■□□ 2.3
SYNE4Q8N205 YWHAH-201ENST00000248975 1825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.43■■■□□ 2.3
SYNE4Q8N205 CYB5R3-201ENST00000352397 2124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.42■■■□□ 2.3
SYNE4Q8N205 ERRFI1-204ENST00000474874 479 ntTSL 3 BASIC29.42■■■□□ 2.3
SYNE4Q8N205 POLR2F-211ENST00000488684 564 ntTSL 2 BASIC29.42■■■□□ 2.3
SYNE4Q8N205 CHTF8-208ENST00000522091 863 ntTSL 2 BASIC29.42■■■□□ 2.3
SYNE4Q8N205 EPHA10-211ENST00000540011 720 ntTSL 5 BASIC29.42■■■□□ 2.3
SYNE4Q8N205 KRAS-204ENST00000557334 1052 ntTSL 5 BASIC29.42■■■□□ 2.3
SYNE4Q8N205 PTOV1-220ENST00000601675 1587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.42■■■□□ 2.3
SYNE4Q8N205 FBXL6-202ENST00000455319 1727 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.42■■■□□ 2.3
SYNE4Q8N205 EEF1D-203ENST00000419152 1452 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.42■■■□□ 2.3
SYNE4Q8N205 KAZALD1-201ENST00000370200 1913 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.41■■■□□ 2.3
SYNE4Q8N205 EIF3J-203ENST00000535391 925 ntTSL 2 BASIC29.41■■■□□ 2.3
SYNE4Q8N205 BTBD6-203ENST00000392554 2176 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.4■■■□□ 2.3
SYNE4Q8N205 DRAM2-211ENST00000539140 1883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.4■■■□□ 2.3
SYNE4Q8N205 CLTA-206ENST00000466396 695 ntTSL 2 BASIC29.4■■■□□ 2.3
SYNE4Q8N205 AC092343.1-201ENST00000500224 729 ntTSL 3 BASIC29.4■■■□□ 2.3
SYNE4Q8N205 TOLLIP-208ENST00000527938 549 ntTSL 4 BASIC29.4■■■□□ 2.3
SYNE4Q8N205 AL356740.2-201ENST00000601559 647 ntBASIC29.4■■■□□ 2.3
SYNE4Q8N205 AL512631.2-201ENST00000604634 923 ntBASIC29.4■■■□□ 2.3
SYNE4Q8N205 SEPT2-205ENST00000401990 1734 ntTSL 1 (best) BASIC29.4■■■□□ 2.3
SYNE4Q8N205 CHST13-201ENST00000319340 1789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.39■■■□□ 2.3
SYNE4Q8N205 TCEA1-211ENST00000522635 1432 ntTSL 2 BASIC29.39■■■□□ 2.3
SYNE4Q8N205 CD72-202ENST00000378430 585 ntTSL 3 BASIC29.39■■■□□ 2.3
SYNE4Q8N205 SDS-201ENST00000257549 1606 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.38■■■□□ 2.29
SYNE4Q8N205 GGA1-204ENST00000381756 2107 ntTSL 1 (best) BASIC29.38■■■□□ 2.29
SYNE4Q8N205 NPDC1-201ENST00000371600 2187 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.38■■■□□ 2.29
SYNE4Q8N205 EPCAM-201ENST00000263735 1724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.38■■■□□ 2.29
SYNE4Q8N205 LY6H-205ENST00000615409 980 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.38■■■□□ 2.29
SYNE4Q8N205 RINL-202ENST00000591812 1910 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC29.37■■■□□ 2.29
SYNE4Q8N205 NPHS2-202ENST00000367616 1670 ntTSL 1 (best) BASIC29.37■■■□□ 2.29
SYNE4Q8N205 RFLNA-205ENST00000546355 2354 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC29.37■■■□□ 2.29
SYNE4Q8N205 SURF2-201ENST00000371964 842 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.36■■■□□ 2.29
SYNE4Q8N205 SNX5-217ENST00000606557 1087 ntBASIC29.36■■■□□ 2.29
SYNE4Q8N205 TMEM125-202ENST00000439858 1786 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.36■■■□□ 2.29
SYNE4Q8N205 AC092803.2-201ENST00000564287 1899 ntBASIC29.36■■■□□ 2.29
SYNE4Q8N205 AC004540.2-202ENST00000451264 508 ntTSL 2 BASIC29.35■■■□□ 2.29
SYNE4Q8N205 SENCR-201ENST00000526269 1298 ntTSL 1 (best) BASIC29.35■■■□□ 2.29
SYNE4Q8N205 SRRM2-231ENST00000630499 1207 ntTSL 1 (best) BASIC29.35■■■□□ 2.29
SYNE4Q8N205 LINC00588-201ENST00000521663 1875 ntTSL 2 BASIC29.35■■■□□ 2.29
SYNE4Q8N205 SCARA5-204ENST00000524352 1945 ntTSL 1 (best) BASIC29.35■■■□□ 2.29
SYNE4Q8N205 ARPC5L-202ENST00000353214 2507 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.35■■■□□ 2.29
SYNE4Q8N205 NXPH3-201ENST00000328741 2179 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.35■■■□□ 2.29
SYNE4Q8N205 SNHG7-204ENST00000447221 2157 ntTSL 2 BASIC29.35■■■□□ 2.29
SYNE4Q8N205 C7orf25-205ENST00000438029 1743 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.34■■■□□ 2.29
SYNE4Q8N205 GYG2-205ENST00000398806 1956 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.34■■■□□ 2.29
SYNE4Q8N205 TRIM7-202ENST00000334421 1228 ntTSL 1 (best) BASIC29.33■■■□□ 2.29
SYNE4Q8N205 HIST1H2AL-201ENST00000613174 393 ntAPPRIS P1 BASIC29.33■■■□□ 2.29
SYNE4Q8N205 FSD1-201ENST00000221856 1831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.33■■■□□ 2.29
SYNE4Q8N205 TNK2-201ENST00000333602 5270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.33■■■□□ 2.29
SYNE4Q8N205 PLPPR3-201ENST00000359894 2387 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.32■■■□□ 2.28
SYNE4Q8N205 CA9-204ENST00000617161 1374 ntTSL 1 (best) BASIC29.32■■■□□ 2.28
SYNE4Q8N205 AK3-203ENST00000447596 705 ntTSL 2 BASIC29.32■■■□□ 2.28
SYNE4Q8N205 BAMBI-201ENST00000375533 1877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.31■■■□□ 2.28
SYNE4Q8N205 TMEM104-205ENST00000582773 1740 ntTSL 2 BASIC29.31■■■□□ 2.28
SYNE4Q8N205 AC133561.4-201ENST00000566112 224 ntBASIC29.31■■■□□ 2.28
SYNE4Q8N205 CAPNS1-205ENST00000588780 1035 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.31■■■□□ 2.28
SYNE4Q8N205 ZDHHC16-206ENST00000370854 1798 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC29.31■■■□□ 2.28
SYNE4Q8N205 STEAP2-207ENST00000402625 1372 ntTSL 5 BASIC29.3■■■□□ 2.28
SYNE4Q8N205 FGF22-201ENST00000215530 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.3■■■□□ 2.28
SYNE4Q8N205 LIN7B-202ENST00000391864 582 ntTSL 3 BASIC29.3■■■□□ 2.28
SYNE4Q8N205 KDELR3-202ENST00000409006 931 ntTSL 1 (best) BASIC29.3■■■□□ 2.28
SYNE4Q8N205 AC243829.1-202ENST00000618848 486 ntTSL 3 BASIC29.3■■■□□ 2.28
SYNE4Q8N205 SUMF1-202ENST00000383843 1447 ntTSL 2 BASIC29.29■■■□□ 2.28
SYNE4Q8N205 PPP1R14A-204ENST00000591291 433 ntTSL 5 BASIC29.28■■■□□ 2.28
SYNE4Q8N205 COMMD5-201ENST00000305103 1373 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.27■■■□□ 2.28
SYNE4Q8N205 CRACR2B-202ENST00000525077 1578 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.27■■■□□ 2.28
SYNE4Q8N205 MROH6-202ENST00000524906 1794 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC29.27■■■□□ 2.28
SYNE4Q8N205 NKAIN3-202ENST00000523211 1988 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.27■■■□□ 2.28
SYNE4Q8N205 FOXB2-201ENST00000376708 1299 ntAPPRIS P1 BASIC29.27■■■□□ 2.28
SYNE4Q8N205 ZNRF1-205ENST00000566250 1069 ntTSL 1 (best) BASIC29.27■■■□□ 2.28
SYNE4Q8N205 ZNRF1-206ENST00000567962 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.27■■■□□ 2.28
SYNE4Q8N205 ZNF584-205ENST00000596281 575 ntTSL 2 BASIC29.27■■■□□ 2.28
SYNE4Q8N205 CRLF1-201ENST00000392386 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.26■■■□□ 2.28
SYNE4Q8N205 TSPAN4-202ENST00000397396 1332 ntTSL 5 BASIC29.26■■■□□ 2.27
SYNE4Q8N205 RCC1L-201ENST00000610322 2300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.26■■■□□ 2.27
SYNE4Q8N205 CBR3-201ENST00000290354 1169 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.25■■■□□ 2.27
SYNE4Q8N205 YTHDF1-201ENST00000370334 747 ntTSL 3 BASIC29.25■■■□□ 2.27
SYNE4Q8N205 TFPT-201ENST00000391757 774 ntTSL 5 BASIC29.25■■■□□ 2.27
SYNE4Q8N205 TFPT-202ENST00000391758 804 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.25■■■□□ 2.27
SYNE4Q8N205 LBH-205ENST00000407930 756 ntTSL 2 BASIC29.25■■■□□ 2.27
SYNE4Q8N205 AC018413.1-201ENST00000581996 1200 ntTSL 2 BASIC29.25■■■□□ 2.27
SYNE4Q8N205 PNCK-215ENST00000447676 1585 ntTSL 2 BASIC29.25■■■□□ 2.27
SYNE4Q8N205 KAT8-206ENST00000543774 1846 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.24■■■□□ 2.27
SYNE4Q8N205 HSPBP1-201ENST00000255631 1768 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.24■■■□□ 2.27
SYNE4Q8N205 SLC9A3R2-201ENST00000424542 2194 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.23■■■□□ 2.27
SYNE4Q8N205 CCKBR-201ENST00000334619 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.23■■■□□ 2.27
SYNE4Q8N205 SPAG16-201ENST00000272898 1059 ntTSL 5 BASIC29.23■■■□□ 2.27
SYNE4Q8N205 TMEM240-203ENST00000624426 796 ntTSL 3 BASIC29.23■■■□□ 2.27
SYNE4Q8N205 CACNG7-203ENST00000391767 2688 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.22■■■□□ 2.27
SYNE4Q8N205 MIR17HG-201ENST00000400282 931 ntTSL 1 (best) BASIC29.22■■■□□ 2.27
SYNE4Q8N205 MPP5-205ENST00000556345 1163 ntTSL 2 BASIC29.22■■■□□ 2.27
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 79 ms