Protein–RNA interactions for Protein: Q15427

SF3B4, Splicing factor 3B subunit 4, humanhuman

Known RBP eCLIP

Length 424 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SF3B4Q15427 BAG6-242ENST00000433828 902 ntTSL 210.08□□□□□ -0.82e-27■■■■■ 49
SF3B4Q15427 BUB3-202ENST00000368859 667 ntTSL 3 BASIC16.99■□□□□ 0.315e-11■■■■■ 49
SF3B4Q15427 BUB3-201ENST00000368858 1361 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.155e-11■■■■■ 49
SF3B4Q15427 BUB3-203ENST00000368865 7828 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC7.84□□□□□ -1.165e-11■■■■■ 49
SF3B4Q15427 FASTK-203ENST00000459800 449 ntTSL 216.09■□□□□ 0.171e-11■■■■■ 49
SF3B4Q15427 HDAC3-201ENST00000305264 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.462e-7■■■■■ 49
SF3B4Q15427 HDAC3-203ENST00000467533 663 ntTSL 39.42□□□□□ -0.92e-7■■■■■ 49
SF3B4Q15427 HDAC3-205ENST00000469550 1952 ntTSL 1 (best)9.35□□□□□ -0.912e-7■■■■■ 49
SF3B4Q15427 HDAC3-215ENST00000519474 736 ntTSL 38.47□□□□□ -1.052e-7■■■■■ 49
SF3B4Q15427 HDAC3-216ENST00000523088 699 ntTSL 37.75□□□□□ -1.172e-7■■■■■ 49
SF3B4Q15427 GPCPD1-204ENST00000473797 342 ntTSL 53.83□□□□□ -1.84e-12■■■■■ 49
SF3B4Q15427 EIF4A3-206ENST00000575978 3593 ntTSL 27.77□□□□□ -1.174e-8■■■■■ 49
SF3B4Q15427 EIF4A3-208ENST00000576573 697 ntTSL 27.18□□□□□ -1.264e-8■■■■■ 49
SF3B4Q15427 EIF4A3-202ENST00000570625 562 ntTSL 24.17□□□□□ -1.744e-8■■■■■ 49
SF3B4Q15427 SETDB1-212ENST00000497314 2321 ntTSL 29.44□□□□□ -0.92e-10■■■■■ 48.9
SF3B4Q15427 SETDB1-216ENST00000533529 485 ntTSL 35.07□□□□□ -1.62e-10■■■■■ 48.9
SF3B4Q15427 DROSHA-209ENST00000509608 409 ntTSL 35.03□□□□□ -1.61e-8■■■■■ 48.9
SF3B4Q15427 DROSHA-205ENST00000505601 552 ntTSL 44.24□□□□□ -1.731e-8■■■■■ 48.9
SF3B4Q15427 DROSHA-206ENST00000507174 572 ntTSL 43.71□□□□□ -1.821e-8■■■■■ 48.9
SF3B4Q15427 FAM20A-204ENST00000590873 804 ntTSL 38.46□□□□□ -1.063e-6■■■■■ 48.9
SF3B4Q15427 PSMD6-204ENST00000467853 4583 ntTSL 1 (best)6.13□□□□□ -1.431e-6■■■■■ 48.8
SF3B4Q15427 PSMD6-208ENST00000480205 657 ntTSL 34.49□□□□□ -1.691e-6■■■■■ 48.8
SF3B4Q15427 ROGDI-204ENST00000586153 457 ntTSL 513.64□□□□□ -0.231e-14■■■■■ 48.8
SF3B4Q15427 ROGDI-206ENST00000586504 651 ntTSL 59.41□□□□□ -0.91e-14■■■■■ 48.8
SF3B4Q15427 LRCH1-201ENST00000311191 4710 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.47■□□□□ 0.394e-6■■■■■ 48.8
SF3B4Q15427 LRCH1-202ENST00000389797 3314 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.94□□□□□ -0.024e-6■■■■■ 48.8
SF3B4Q15427 LRCH1-203ENST00000389798 4131 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC12.4□□□□□ -0.424e-6■■■■■ 48.8
SF3B4Q15427 GRB10-213ENST00000461886 624 ntTSL 28.21□□□□□ -1.12e-38■■■■■ 48.8
SF3B4Q15427 NUCB1-204ENST00000424608 884 ntAPPRIS ALT2 TSL 518.18■□□□□ 0.51e-14■■■■■ 48.8
SF3B4Q15427 INSIG2-203ENST00000467223 627 ntTSL 517.56■□□□□ 0.41e-14■■■■■ 48.8
SF3B4Q15427 NUCB1-207ENST00000452087 864 ntTSL 317.26■□□□□ 0.351e-14■■■■■ 48.8
SF3B4Q15427 CCNL1-207ENST00000465947 793 ntTSL 516.13■□□□□ 0.171e-14■■■■■ 48.8
SF3B4Q15427 NUCB1-202ENST00000407032 2158 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.53■□□□□ 0.081e-14■■■■■ 48.8
SF3B4Q15427 NUCB1-209ENST00000465524 839 ntTSL 514.4□□□□□ -0.11e-14■■■■■ 48.8
SF3B4Q15427 INSIG2-202ENST00000411929 574 ntTSL 214.28□□□□□ -0.121e-14■■■■■ 48.8
SF3B4Q15427 NUCB1-201ENST00000405315 2668 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.87□□□□□ -0.191e-14■■■■■ 48.8
SF3B4Q15427 NUCB1-211ENST00000485798 938 ntTSL 313.76□□□□□ -0.211e-14■■■■■ 48.8
SF3B4Q15427 NSUN2-208ENST00000513888 1290 ntTSL 213.68□□□□□ -0.221e-14■■■■■ 48.8
SF3B4Q15427 CCNL1-222ENST00000479596 883 ntTSL 313.62□□□□□ -0.231e-14■■■■■ 48.8
SF3B4Q15427 SNHG17-201ENST00000413755 648 ntTSL 3 BASIC13.07□□□□□ -0.321e-14■■■■■ 48.8
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SF3B4Q15427 NSUN2-202ENST00000502932 512 ntTSL 310.45□□□□□ -0.741e-14■■■■■ 48.8
SF3B4Q15427 NUCB1-208ENST00000460125 528 ntTSL 29.99□□□□□ -0.811e-14■■■■■ 48.8
SF3B4Q15427 INSIG2-204ENST00000471186 2100 ntTSL 58.89□□□□□ -0.991e-14■■■■■ 48.8
SF3B4Q15427 INSIG2-201ENST00000245787 2590 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC7.44□□□□□ -1.221e-14■■■■■ 48.8
SF3B4Q15427 INSIG2-208ENST00000614681 1347 ntTSL 5 BASIC5.26□□□□□ -1.571e-14■■■■■ 48.8
SF3B4Q15427 CCNL1-220ENST00000478454 580 ntTSL 43.94□□□□□ -1.781e-14■■■■■ 48.8
SF3B4Q15427 NSUN2-209ENST00000514127 614 ntTSL 33.92□□□□□ -1.781e-14■■■■■ 48.8
SF3B4Q15427 CCNL1-224ENST00000483789 667 ntTSL 23.41□□□□□ -1.861e-14■■■■■ 48.8
SF3B4Q15427 INSIG2-207ENST00000488995 518 ntTSL 33.37□□□□□ -1.871e-14■■■■■ 48.8
SF3B4Q15427 INSIG2-205ENST00000479999 532 ntTSL 22.93□□□□□ -1.941e-14■■■■■ 48.8
SF3B4Q15427 NDRG2-226ENST00000554104 2146 ntTSL 1 (best) BASIC13.56□□□□□ -0.242e-9■■■■■ 48.8
SF3B4Q15427 NDRG2-213ENST00000449431 545 ntTSL 47.8□□□□□ -1.162e-9■■■■■ 48.8
SF3B4Q15427 HCFC1-204ENST00000461098 379 ntTSL 510.81□□□□□ -0.683e-47■■■■■ 48.7
SF3B4Q15427 C21orf2-206ENST00000478674 485 ntTSL 316.09■□□□□ 0.171e-8■■■■■ 48.7
SF3B4Q15427 TRIM25-209ENST00000574997 440 ntTSL 36.04□□□□□ -1.441e-9■■■■■ 48.7
SF3B4Q15427 TRIM25-206ENST00000572550 519 ntTSL 55.51□□□□□ -1.531e-9■■■■■ 48.7
SF3B4Q15427 TAPT1-203ENST00000503858 526 ntTSL 24.96□□□□□ -1.624e-8■■■■■ 48.7
SF3B4Q15427 TAPT1-210ENST00000508886 676 ntTSL 32.84□□□□□ -1.954e-8■■■■■ 48.7
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SF3B4Q15427 METTL22-216ENST00000568967 1672 ntTSL 214.88□□□□□ -0.032e-19■■■■■ 48.5
SF3B4Q15427 METTL22-215ENST00000567295 714 ntTSL 313.71□□□□□ -0.212e-19■■■■■ 48.5
SF3B4Q15427 METTL22-203ENST00000561758 1312 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC10.84□□□□□ -0.672e-19■■■■■ 48.5
SF3B4Q15427 METTL22-202ENST00000381920 4984 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC10.38□□□□□ -0.752e-19■■■■■ 48.5
SF3B4Q15427 FUS-209ENST00000566605 1787 ntTSL 1 (best)22.35■■□□□ 1.172e-7■■■■■ 48.5
SF3B4Q15427 FUS-202ENST00000380244 1818 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.042e-7■■■■■ 48.5
SF3B4Q15427 FUS-210ENST00000568685 1785 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.16■□□□□ 0.822e-7■■■■■ 48.5
SF3B4Q15427 FUS-201ENST00000254108 5119 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.6□□□□□ -0.072e-7■■■■■ 48.5
SF3B4Q15427 FUS-206ENST00000487509 4920 ntTSL 212.7□□□□□ -0.382e-7■■■■■ 48.5
SF3B4Q15427 PLEKHH3-208ENST00000591544 617 ntTSL 314□□□□□ -0.173e-8■■■■■ 48.5
SF3B4Q15427 POMT1-206ENST00000415075 847 ntTSL 517.19■□□□□ 0.341e-9■■■■■ 48.4
SF3B4Q15427 POMT1-208ENST00000423007 3320 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.341e-9■■■■■ 48.4
SF3B4Q15427 POMT1-210ENST00000441334 1168 ntTSL 517.01■□□□□ 0.311e-9■■■■■ 48.4
SF3B4Q15427 POMT1-209ENST00000430619 691 ntTSL 316.04■□□□□ 0.161e-9■■■■■ 48.4
SF3B4Q15427 POMT1-205ENST00000404875 2821 ntTSL 2 BASIC15.24■□□□□ 0.031e-9■■■■■ 48.4
SF3B4Q15427 POMT1-204ENST00000402686 3038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.23□□□□□ -0.131e-9■■■■■ 48.4
SF3B4Q15427 POMT1-211ENST00000448212 791 ntTSL 313.97□□□□□ -0.171e-9■■■■■ 48.4
SF3B4Q15427 POMT1-201ENST00000341012 2912 ntTSL 2 BASIC13.68□□□□□ -0.221e-9■■■■■ 48.4
SF3B4Q15427 POMT1-203ENST00000372228 3123 ntTSL 1 (best) BASIC13.06□□□□□ -0.321e-9■■■■■ 48.4
SF3B4Q15427 POMT1-212ENST00000462375 1001 ntTSL 512.05□□□□□ -0.481e-9■■■■■ 48.4
SF3B4Q15427 B3GNTL1-203ENST00000571218 459 ntTSL 211.16□□□□□ -0.624e-7■■■■■ 48.4
SF3B4Q15427 B3GNTL1-210ENST00000573629 423 ntTSL 38.49□□□□□ -1.054e-7■■■■■ 48.4
SF3B4Q15427 SGTA-205ENST00000591984 882 ntTSL 210.61□□□□□ -0.719e-8■■■■■ 48.3
SF3B4Q15427 KANSL3-211ENST00000452268 1448 ntTSL 515.26■□□□□ 0.032e-11■■■■■ 48.3
SF3B4Q15427 KANSL3-219ENST00000488907 763 ntTSL 313.42□□□□□ -0.262e-11■■■■■ 48.3
SF3B4Q15427 KANSL3-205ENST00000425656 1526 ntTSL 511.28□□□□□ -0.62e-11■■■■■ 48.3
SF3B4Q15427 KANSL3-209ENST00000448075 701 ntTSL 510.22□□□□□ -0.772e-11■■■■■ 48.3
SF3B4Q15427 PIKFYVE-206ENST00000443896 3282 ntTSL 1 (best)15.98■□□□□ 0.157e-14■■■■■ 48.3
SF3B4Q15427 CAD-208ENST00000479002 614 ntTSL 514.49□□□□□ -0.097e-14■■■■■ 48.3
SF3B4Q15427 PIKFYVE-207ENST00000452564 4214 ntTSL 26.07□□□□□ -1.447e-14■■■■■ 48.3
SF3B4Q15427 PIKFYVE-201ENST00000264380 9901 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC4.31□□□□□ -1.727e-14■■■■■ 48.3
SF3B4Q15427 GUSB-202ENST00000421103 1742 ntTSL 2 BASIC23.57■■□□□ 1.362e-12■■■■■ 48.3
SF3B4Q15427 GUSB-205ENST00000447929 1983 ntTSL 321.9■■□□□ 1.12e-12■■■■■ 48.3
SF3B4Q15427 GUSB-203ENST00000430730 1859 ntTSL 521.45■■□□□ 1.022e-12■■■■■ 48.3
SF3B4Q15427 GUSB-201ENST00000304895 2300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.842e-12■■■■■ 48.3
SF3B4Q15427 GUSB-209ENST00000466883 2555 ntTSL 215.79■□□□□ 0.122e-12■■■■■ 48.3
SF3B4Q15427 GUSB-213ENST00000479038 452 ntTSL 314.99□□□□□ -0.012e-12■■■■■ 48.3
Retrieved 100 of 47,349 protein–RNA pairs in 4977.4 ms