Protein–RNA interactions for Protein: P29074

PTPN4, Tyrosine-protein phosphatase non-receptor type 4, humanhuman

Predictions only

Length 926 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PTPN4P29074 AC004987.1-201ENST00000428627 508 ntBASIC23.52■■□□□ 1.36
PTPN4P29074 AC107214.1-201ENST00000457303 559 ntTSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
PTPN4P29074 QDPR-208ENST00000513615 1188 ntTSL 2 BASIC23.52■■□□□ 1.36
PTPN4P29074 C16orf52-207ENST00000569656 1257 ntTSL 5 BASIC23.52■■□□□ 1.36
PTPN4P29074 AC007029.1-201ENST00000604183 313 ntBASIC23.52■■□□□ 1.36
PTPN4P29074 CACTIN-AS1-201ENST00000592274 1913 ntTSL 2 BASIC23.52■■□□□ 1.36
PTPN4P29074 AL137002.2-201ENST00000639766 2238 ntTSL 5 BASIC23.52■■□□□ 1.36
PTPN4P29074 CCDC96-201ENST00000310085 2091 ntAPPRIS P1 BASIC23.52■■□□□ 1.35
PTPN4P29074 ZBTB45-205ENST00000600990 2159 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.51■■□□□ 1.35
PTPN4P29074 TBX1-201ENST00000329705 1465 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
PTPN4P29074 MAPK3-203ENST00000395199 1074 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
PTPN4P29074 VIPR2-204ENST00000421760 717 ntTSL 3 BASIC23.51■■□□□ 1.35
PTPN4P29074 ATP5G2P3-201ENST00000429083 425 ntBASIC23.51■■□□□ 1.35
PTPN4P29074 RPL27A-206ENST00000530022 878 ntTSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
PTPN4P29074 RIOX1-201ENST00000304061 2429 ntAPPRIS P1 BASIC23.51■■□□□ 1.35
PTPN4P29074 LINC01342-201ENST00000416774 1620 ntTSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
PTPN4P29074 CEBPD-201ENST00000408965 2178 ntAPPRIS P1 BASIC23.51■■□□□ 1.35
PTPN4P29074 KDM4C-203ENST00000401787 1406 ntTSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
PTPN4P29074 SLC22A31-206ENST00000614943 1860 ntTSL 5 BASIC23.5■■□□□ 1.35
PTPN4P29074 EMC10-206ENST00000598585 1610 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.5■■□□□ 1.35
PTPN4P29074 CPNE2-202ENST00000535318 2316 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
PTPN4P29074 TRAP1-202ENST00000538171 2052 ntTSL 2 BASIC23.5■■□□□ 1.35
PTPN4P29074 GJC1-209ENST00000592524 1837 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.49■■□□□ 1.35
PTPN4P29074 HDGFL2-210ENST00000621835 2255 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
PTPN4P29074 TSGA13-204ENST00000456951 2046 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC23.49■■□□□ 1.35
PTPN4P29074 FSD1-204ENST00000597590 1634 ntTSL 5 BASIC23.49■■□□□ 1.35
PTPN4P29074 SYNDIG1-201ENST00000376862 2522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
PTPN4P29074 HIRA-202ENST00000340170 3395 ntTSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
PTPN4P29074 FLVCR1-AS1-203ENST00000426161 892 ntTSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
PTPN4P29074 ACOT1-202ENST00000557556 1271 ntTSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
PTPN4P29074 SLC25A10-202ENST00000350690 1885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
PTPN4P29074 PLEKHA8-202ENST00000396257 1907 ntTSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
PTPN4P29074 SMPD5-203ENST00000639008 1464 ntBASIC23.49■■□□□ 1.35
PTPN4P29074 ATP6V0A2-209ENST00000613625 1620 ntTSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
PTPN4P29074 RAP2A-201ENST00000245304 5487 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
PTPN4P29074 C1QTNF1-206ENST00000579760 1672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
PTPN4P29074 KRT72-202ENST00000354310 1764 ntTSL 2 BASIC23.48■■□□□ 1.35
PTPN4P29074 GDI1-204ENST00000447750 2474 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
PTPN4P29074 FAM222B-205ENST00000577682 549 ntTSL 4 BASIC23.48■■□□□ 1.35
PTPN4P29074 RAB4B-203ENST00000594800 1173 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.48■■□□□ 1.35
PTPN4P29074 UXS1-201ENST00000283148 2099 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC23.48■■□□□ 1.35
PTPN4P29074 KRT10-201ENST00000269576 2124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
PTPN4P29074 ZSCAN18-212ENST00000600404 1934 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.47■■□□□ 1.35
PTPN4P29074 LINC01124-201ENST00000409786 2117 ntBASIC23.47■■□□□ 1.35
PTPN4P29074 RPL13-202ENST00000393099 2385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
PTPN4P29074 PPP1R14A-201ENST00000301242 777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
PTPN4P29074 C20orf24-201ENST00000342422 896 ntTSL 2 BASIC23.47■■□□□ 1.35
PTPN4P29074 C20orf24-202ENST00000344795 1114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
PTPN4P29074 LINC01770-201ENST00000417917 634 ntTSL 2 BASIC23.47■■□□□ 1.35
PTPN4P29074 CCDC37-AS1-202ENST00000506660 986 ntTSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
PTPN4P29074 GFER-205ENST00000569451 517 ntTSL 5 BASIC23.47■■□□□ 1.35
PTPN4P29074 NFKBIB-204ENST00000572515 1929 ntTSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
PTPN4P29074 TTC36-201ENST00000302783 874 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
PTPN4P29074 ECEL1-202ENST00000409941 2322 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
PTPN4P29074 IQCJ-SCHIP1-201ENST00000412423 2067 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
PTPN4P29074 TOMM40-203ENST00000426677 1725 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
PTPN4P29074 PSMG4-207ENST00000451246 824 ntTSL 3 BASIC23.46■■□□□ 1.35
PTPN4P29074 GNPTG-204ENST00000527137 386 ntTSL 2 BASIC23.46■■□□□ 1.35
PTPN4P29074 ZNF76-203ENST00000373953 2716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
PTPN4P29074 LYPD6B-204ENST00000409876 1248 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
PTPN4P29074 CCSER2-202ENST00000359979 2066 ntTSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
PTPN4P29074 AC097639.1-201ENST00000565519 1891 ntBASIC23.45■■□□□ 1.34
PTPN4P29074 RINL-208ENST00000598904 1846 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC23.45■■□□□ 1.34
PTPN4P29074 FAM181A-204ENST00000557000 1652 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
PTPN4P29074 CIB2-202ENST00000539011 1511 ntTSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
PTPN4P29074 PHF23-212ENST00000576955 1944 ntTSL 2 BASIC23.44■■□□□ 1.34
PTPN4P29074 HOMER3-207ENST00000594794 903 ntTSL 5 BASIC23.44■■□□□ 1.34
PTPN4P29074 MROH6-211ENST00000534459 1789 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.44■■□□□ 1.34
PTPN4P29074 C5orf58-204ENST00000521850 2113 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
PTPN4P29074 MYCL-201ENST00000372815 1944 ntTSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
PTPN4P29074 PTGER1-201ENST00000292513 1421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
PTPN4P29074 EED-207ENST00000528180 1745 ntTSL 5 BASIC23.43■■□□□ 1.34
PTPN4P29074 GUK1-208ENST00000366728 842 ntTSL 2 BASIC23.43■■□□□ 1.34
PTPN4P29074 OXLD1-201ENST00000374741 620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
PTPN4P29074 IFI30-201ENST00000407280 1134 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
PTPN4P29074 UBE2D2-205ENST00000505548 1113 ntTSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
PTPN4P29074 KLF16-204ENST00000617223 1133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
PTPN4P29074 AC133552.2-201ENST00000619106 1032 ntBASIC23.43■■□□□ 1.34
PTPN4P29074 PEX5-205ENST00000420616 2477 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
PTPN4P29074 GATA2-AS1-202ENST00000468377 1578 ntTSL 2 BASIC23.43■■□□□ 1.34
PTPN4P29074 ABHD8-201ENST00000247706 2090 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
PTPN4P29074 BTBD7-205ENST00000554565 2697 ntTSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
PTPN4P29074 CLPTM1-201ENST00000337392 2604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
PTPN4P29074 CLEC14A-201ENST00000342213 2267 ntAPPRIS P1 BASIC23.42■■□□□ 1.34
PTPN4P29074 DSG2-202ENST00000585206 1081 ntTSL 2 BASIC23.42■■□□□ 1.34
PTPN4P29074 GSK3A-201ENST00000222330 2188 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
PTPN4P29074 RAD51-208ENST00000532743 1515 ntTSL 2 BASIC23.42■■□□□ 1.34
PTPN4P29074 TMSB15B-202ENST00000436583 2186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
PTPN4P29074 AC009831.1-201ENST00000580420 1582 ntBASIC23.41■■□□□ 1.34
PTPN4P29074 SUGCT-209ENST00000628514 1591 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
PTPN4P29074 MZT2B-201ENST00000281871 933 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
PTPN4P29074 MZT2A-201ENST00000309451 624 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
PTPN4P29074 UBE2I-213ENST00000566587 1098 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.41■■□□□ 1.34
PTPN4P29074 POLE2-201ENST00000216367 1776 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
PTPN4P29074 PROCA1-201ENST00000301039 1566 ntTSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
PTPN4P29074 PRRX2-201ENST00000372469 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
PTPN4P29074 RANBP10-206ENST00000602677 2374 ntTSL 5 BASIC23.4■■□□□ 1.34
PTPN4P29074 NKIRAS2-208ENST00000462043 585 ntTSL 4 BASIC23.4■■□□□ 1.34
PTPN4P29074 AC129492.7-201ENST00000622992 756 ntBASIC23.4■■□□□ 1.34
PTPN4P29074 CCND3-205ENST00000415497 1843 ntTSL 2 BASIC23.4■■□□□ 1.34
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 47.8 ms