Protein–RNA interactions for Protein: Q96PV0

SYNGAP1, Ras/Rap GTPase-activating protein SynGAP, humanhuman

Predictions only

Length 1,343 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SYNGAP1Q96PV0 AL117209.1-201ENST00000560931 828 ntTSL 3 BASIC27.16■■□□□ 1.94
SYNGAP1Q96PV0 HDGFL1-201ENST00000510882 2174 ntAPPRIS P1 BASIC27.16■■□□□ 1.94
SYNGAP1Q96PV0 NFU1-203ENST00000410022 1467 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.16■■□□□ 1.94
SYNGAP1Q96PV0 HMX2-201ENST00000339992 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.16■■□□□ 1.94
SYNGAP1Q96PV0 GUCD1-202ENST00000402766 865 ntTSL 2 BASIC27.16■■□□□ 1.94
SYNGAP1Q96PV0 YPEL1-202ENST00000403503 466 ntTSL 3 BASIC27.16■■□□□ 1.94
SYNGAP1Q96PV0 AC092849.1-201ENST00000475250 303 ntTSL 4 BASIC27.16■■□□□ 1.94
SYNGAP1Q96PV0 C17orf74-202ENST00000574034 1287 ntTSL 1 (best) BASIC27.16■■□□□ 1.94
SYNGAP1Q96PV0 TUBBP5-204ENST00000635438 565 ntTSL 4 BASIC27.16■■□□□ 1.94
SYNGAP1Q96PV0 CTF1-201ENST00000279804 1664 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.15■■□□□ 1.94
SYNGAP1Q96PV0 SLC39A3-201ENST00000269740 1502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.15■■□□□ 1.94
SYNGAP1Q96PV0 SLC25A6-201ENST00000381401 2062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.15■■□□□ 1.94
SYNGAP1Q96PV0 PIK3R2-207ENST00000617130 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.14■■□□□ 1.94
SYNGAP1Q96PV0 CTF1-202ENST00000395019 1617 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.14■■□□□ 1.94
SYNGAP1Q96PV0 MTNR1B-201ENST00000257068 1565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.14■■□□□ 1.94
SYNGAP1Q96PV0 FAM66E-202ENST00000533615 2087 ntTSL 2 BASIC27.14■■□□□ 1.94
SYNGAP1Q96PV0 FBXO7-206ENST00000452138 1535 ntTSL 2 BASIC27.14■■□□□ 1.93
SYNGAP1Q96PV0 NR6A1-203ENST00000416460 1898 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.14■■□□□ 1.93
SYNGAP1Q96PV0 NPDC1-201ENST00000371600 2187 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.13■■□□□ 1.93
SYNGAP1Q96PV0 NDEL1-202ENST00000380025 2181 ntTSL 5 BASIC27.13■■□□□ 1.93
SYNGAP1Q96PV0 NPB-202ENST00000573081 2154 ntAPPRIS ALT2 BASIC27.13■■□□□ 1.93
SYNGAP1Q96PV0 MDK-202ENST00000395565 951 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC27.13■■□□□ 1.93
SYNGAP1Q96PV0 FGD5-AS1-204ENST00000430166 1184 ntTSL 2 BASIC27.13■■□□□ 1.93
SYNGAP1Q96PV0 AC073111.5-204ENST00000498682 1167 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.13■■□□□ 1.93
SYNGAP1Q96PV0 NEUROG3-201ENST00000242462 1376 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.13■■□□□ 1.93
SYNGAP1Q96PV0 SH2B1-205ENST00000538342 1532 ntTSL 2 BASIC27.12■■□□□ 1.93
SYNGAP1Q96PV0 PEMT-201ENST00000255389 1013 ntTSL 1 (best) BASIC27.12■■□□□ 1.93
SYNGAP1Q96PV0 PEMT-206ENST00000435340 960 ntTSL 5 BASIC27.12■■□□□ 1.93
SYNGAP1Q96PV0 ZNF180-205ENST00000587047 525 ntTSL 4 BASIC27.12■■□□□ 1.93
SYNGAP1Q96PV0 CRACR2B-201ENST00000450448 1663 ntTSL 1 (best) BASIC27.12■■□□□ 1.93
SYNGAP1Q96PV0 ZNF219-201ENST00000360947 3071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.12■■□□□ 1.93
SYNGAP1Q96PV0 SLC12A2-202ENST00000343225 5509 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.11■■□□□ 1.93
SYNGAP1Q96PV0 CNNM2-201ENST00000369875 2059 ntTSL 1 (best) BASIC27.11■■□□□ 1.93
SYNGAP1Q96PV0 TANGO2-214ENST00000447208 2086 ntTSL 3 BASIC27.11■■□□□ 1.93
SYNGAP1Q96PV0 HOMER3-201ENST00000221222 1384 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC27.11■■□□□ 1.93
SYNGAP1Q96PV0 TSPY9P-201ENST00000440215 945 ntBASIC27.11■■□□□ 1.93
SYNGAP1Q96PV0 TSPY11P-201ENST00000442607 1045 ntBASIC27.11■■□□□ 1.93
SYNGAP1Q96PV0 HAND2-201ENST00000359562 2780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.1■■□□□ 1.93
SYNGAP1Q96PV0 VAX1-202ENST00000369206 1723 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.1■■□□□ 1.93
SYNGAP1Q96PV0 FEZ1-202ENST00000366139 1053 ntTSL 2 BASIC27.1■■□□□ 1.93
SYNGAP1Q96PV0 HMGA2-202ENST00000393577 611 ntTSL 3 BASIC27.1■■□□□ 1.93
SYNGAP1Q96PV0 MIR4281-201ENST00000580852 62 ntBASIC27.1■■□□□ 1.93
SYNGAP1Q96PV0 PNCK-204ENST00000370150 1612 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.1■■□□□ 1.93
SYNGAP1Q96PV0 U2AF1-204ENST00000459639 1675 ntTSL 1 (best) BASIC27.09■■□□□ 1.93
SYNGAP1Q96PV0 U2AF1L5-204ENST00000623375 1675 ntTSL 1 (best) BASIC27.09■■□□□ 1.93
SYNGAP1Q96PV0 CLK2-203ENST00000368361 2166 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.09■■□□□ 1.93
SYNGAP1Q96PV0 RMI2-201ENST00000312499 1457 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.09■■□□□ 1.93
SYNGAP1Q96PV0 IRAK1-205ENST00000429936 2127 ntTSL 5 BASIC27.09■■□□□ 1.93
SYNGAP1Q96PV0 AC092028.1-203ENST00000608262 953 ntBASIC27.09■■□□□ 1.93
SYNGAP1Q96PV0 PIP4K2B-204ENST00000619039 5734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.08■■□□□ 1.93
SYNGAP1Q96PV0 NRM-201ENST00000259953 1755 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC27.08■■□□□ 1.93
SYNGAP1Q96PV0 R3HCC1-201ENST00000265806 1773 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.08■■□□□ 1.93
SYNGAP1Q96PV0 C11orf80-204ENST00000525908 2135 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC27.08■■□□□ 1.93
SYNGAP1Q96PV0 PPP1R3F-205ENST00000495799 1537 ntTSL 1 (best) BASIC27.07■■□□□ 1.92
SYNGAP1Q96PV0 ROM1-201ENST00000278833 1878 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.07■■□□□ 1.92
SYNGAP1Q96PV0 AC090587.2-201ENST00000430222 527 ntTSL 2 BASIC27.07■■□□□ 1.92
SYNGAP1Q96PV0 RAB3IL1-202ENST00000394836 2284 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.07■■□□□ 1.92
SYNGAP1Q96PV0 TNIP2-201ENST00000315423 1974 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.07■■□□□ 1.92
SYNGAP1Q96PV0 CHKA-202ENST00000356135 1755 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.06■■□□□ 1.92
SYNGAP1Q96PV0 MRPL4-207ENST00000590669 1423 ntTSL 1 (best) BASIC27.06■■□□□ 1.92
SYNGAP1Q96PV0 NKIRAS2-209ENST00000479407 992 ntTSL 3 BASIC27.06■■□□□ 1.92
SYNGAP1Q96PV0 CCDC71L-201ENST00000315965 1575 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.05■■□□□ 1.92
SYNGAP1Q96PV0 KLHL26-202ENST00000595182 522 ntTSL 4 BASIC27.05■■□□□ 1.92
SYNGAP1Q96PV0 MIR663AHG-233ENST00000609248 830 ntTSL 5 BASIC27.05■■□□□ 1.92
SYNGAP1Q96PV0 CDKN2A-207ENST00000497750 565 ntTSL 4 BASIC27.04■■□□□ 1.92
SYNGAP1Q96PV0 CDKN2A-212ENST00000578845 678 ntTSL 2 BASIC27.04■■□□□ 1.92
SYNGAP1Q96PV0 AC011551.1-201ENST00000614101 683 ntBASIC27.04■■□□□ 1.92
SYNGAP1Q96PV0 AMH-201ENST00000221496 1821 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.04■■□□□ 1.92
SYNGAP1Q96PV0 LRRC14B-201ENST00000328278 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.04■■□□□ 1.92
SYNGAP1Q96PV0 TMEM203-201ENST00000343666 1557 ntAPPRIS P1 BASIC27.04■■□□□ 1.92
SYNGAP1Q96PV0 SLC35B2-204ENST00000537814 1715 ntTSL 2 BASIC27.03■■□□□ 1.92
SYNGAP1Q96PV0 IHH-201ENST00000295731 2023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.03■■□□□ 1.92
SYNGAP1Q96PV0 DACT2-202ENST00000366796 2028 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.03■■□□□ 1.92
SYNGAP1Q96PV0 AC009531.1-201ENST00000442323 580 ntTSL 4 BASIC27.03■■□□□ 1.92
SYNGAP1Q96PV0 CDKN3-207ENST00000543789 610 ntTSL 5 BASIC27.03■■□□□ 1.92
SYNGAP1Q96PV0 PAPD7-201ENST00000230859 5459 ntTSL 1 (best) BASIC27.03■■□□□ 1.92
SYNGAP1Q96PV0 C19orf47-202ENST00000392035 2126 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.03■■□□□ 1.92
SYNGAP1Q96PV0 BCKDHB-202ENST00000356489 1514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.02■■□□□ 1.92
SYNGAP1Q96PV0 FLT1-202ENST00000539099 1911 ntTSL 1 (best) BASIC27.02■■□□□ 1.92
SYNGAP1Q96PV0 RNF19B-201ENST00000235150 2334 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.02■■□□□ 1.92
SYNGAP1Q96PV0 CASP9-202ENST00000348549 1621 ntTSL 1 (best) BASIC27.02■■□□□ 1.92
SYNGAP1Q96PV0 ATPAF1-213ENST00000574428 1760 ntTSL 1 (best) BASIC27.02■■□□□ 1.92
SYNGAP1Q96PV0 THRA-204ENST00000546243 1909 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.02■■□□□ 1.92
SYNGAP1Q96PV0 CIRBP-216ENST00000588090 1459 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC27.02■■□□□ 1.92
SYNGAP1Q96PV0 CTU1-201ENST00000421832 2087 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.02■■□□□ 1.92
SYNGAP1Q96PV0 SYT7-202ENST00000535826 1621 ntTSL 5 BASIC27.01■■□□□ 1.92
SYNGAP1Q96PV0 HM13-AS1-201ENST00000412178 489 ntTSL 3 BASIC27.01■■□□□ 1.91
SYNGAP1Q96PV0 NAA30-203ENST00000555166 1294 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.01■■□□□ 1.91
SYNGAP1Q96PV0 AL121749.1-202ENST00000609313 2153 ntBASIC27.01■■□□□ 1.91
SYNGAP1Q96PV0 TMUB1-203ENST00000462940 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.01■■□□□ 1.91
SYNGAP1Q96PV0 IL15RA-214ENST00000525219 1850 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27■■□□□ 1.91
SYNGAP1Q96PV0 ZDHHC16-207ENST00000393760 2014 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC27■■□□□ 1.91
SYNGAP1Q96PV0 LRMDA-215ENST00000611255 1040 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27■■□□□ 1.91
SYNGAP1Q96PV0 RAB20-201ENST00000267328 1518 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.99■■□□□ 1.91
SYNGAP1Q96PV0 ZNF428-201ENST00000300811 1412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.99■■□□□ 1.91
SYNGAP1Q96PV0 CLDN15-201ENST00000308344 1370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.99■■□□□ 1.91
SYNGAP1Q96PV0 ARHGEF7-206ENST00000375741 5525 ntTSL 1 (best) BASIC26.99■■□□□ 1.91
SYNGAP1Q96PV0 BSCL2-205ENST00000403550 1693 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC26.99■■□□□ 1.91
SYNGAP1Q96PV0 AKAP8L-208ENST00000595465 1933 ntTSL 2 BASIC26.99■■□□□ 1.91
SYNGAP1Q96PV0 TOMM40-203ENST00000426677 1725 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.98■■□□□ 1.91
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 16.8 ms