Protein–RNA interactions for Protein: Q01955

COL4A3, Collagen alpha-3(IV) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,670 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL4A3Q01955 AL117332.1-201ENST00000622628 974 ntBASIC24.61■■□□□ 1.53
COL4A3Q01955 CTAG1B-202ENST00000359887 998 ntTSL 2 BASIC24.6■■□□□ 1.53
COL4A3Q01955 AL136116.3-201ENST00000402907 1138 ntBASIC24.6■■□□□ 1.53
COL4A3Q01955 SENP5-202ENST00000419026 973 ntTSL 3 BASIC24.6■■□□□ 1.53
COL4A3Q01955 TTC3-225ENST00000540756 2025 ntTSL 2 BASIC24.6■■□□□ 1.53
COL4A3Q01955 NKIRAS2-209ENST00000479407 992 ntTSL 3 BASIC24.59■■□□□ 1.53
COL4A3Q01955 ERO1A-211ENST00000629528 998 ntTSL 5 BASIC24.59■■□□□ 1.53
COL4A3Q01955 RBM33-201ENST00000287912 1404 ntTSL 2 BASIC24.59■■□□□ 1.53
COL4A3Q01955 ZNF653-201ENST00000293771 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
COL4A3Q01955 LINC01881-206ENST00000614114 957 ntTSL 2 BASIC24.59■■□□□ 1.53
COL4A3Q01955 MTCH1-201ENST00000373616 2006 ntTSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
COL4A3Q01955 TMEM80-201ENST00000397510 1094 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC24.58■■□□□ 1.53
COL4A3Q01955 AC092028.1-203ENST00000608262 953 ntBASIC24.58■■□□□ 1.53
COL4A3Q01955 BCKDHB-202ENST00000356489 1514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
COL4A3Q01955 AC142086.6-201ENST00000621154 1765 ntBASIC24.58■■□□□ 1.53
COL4A3Q01955 NEUROG3-201ENST00000242462 1376 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.52
COL4A3Q01955 HYAL2-202ENST00000395139 2136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.52
COL4A3Q01955 VAX1-202ENST00000369206 1723 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.58■■□□□ 1.52
COL4A3Q01955 YPEL1-202ENST00000403503 466 ntTSL 3 BASIC24.57■■□□□ 1.52
COL4A3Q01955 NDUFA10-204ENST00000407129 699 ntTSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
COL4A3Q01955 TSPAN17-204ENST00000503045 1019 ntTSL 5 BASIC24.57■■□□□ 1.52
COL4A3Q01955 MIR4466-201ENST00000606121 54 ntBASIC24.57■■□□□ 1.52
COL4A3Q01955 Z98883.1-202ENST00000635107 1289 ntTSL 5 BASIC24.57■■□□□ 1.52
COL4A3Q01955 NRG2-203ENST00000340391 1944 ntTSL 5 BASIC24.57■■□□□ 1.52
COL4A3Q01955 AL022341.2-201ENST00000573609 1417 ntTSL 3 BASIC24.57■■□□□ 1.52
COL4A3Q01955 FGD5-AS1-204ENST00000430166 1184 ntTSL 2 BASIC24.56■■□□□ 1.52
COL4A3Q01955 RPP21-222ENST00000433076 577 ntTSL 2 BASIC24.56■■□□□ 1.52
COL4A3Q01955 PPP1R14A-205ENST00000591585 949 ntTSL 2 BASIC24.56■■□□□ 1.52
COL4A3Q01955 HMG20B-202ENST00000333651 1596 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
COL4A3Q01955 PQLC1-203ENST00000397778 2555 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
COL4A3Q01955 ARPC4-208ENST00000498623 942 ntTSL 2 BASIC24.56■■□□□ 1.52
COL4A3Q01955 QDPR-206ENST00000508623 601 ntTSL 3 BASIC24.56■■□□□ 1.52
COL4A3Q01955 RHEB-201ENST00000262187 2075 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
COL4A3Q01955 SH2B1-205ENST00000538342 1532 ntTSL 2 BASIC24.55■■□□□ 1.52
COL4A3Q01955 KRT18P10-201ENST00000388836 1287 ntBASIC24.55■■□□□ 1.52
COL4A3Q01955 CFAP77-202ENST00000393215 901 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.55■■□□□ 1.52
COL4A3Q01955 REEP6-201ENST00000233596 1794 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
COL4A3Q01955 NRM-201ENST00000259953 1755 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC24.54■■□□□ 1.52
COL4A3Q01955 CENPVL1-201ENST00000602548 1620 ntAPPRIS P1 BASIC24.54■■□□□ 1.52
COL4A3Q01955 CENPVL2-201ENST00000634648 1620 ntAPPRIS P1 BASIC24.54■■□□□ 1.52
COL4A3Q01955 FOSL1-202ENST00000448083 1427 ntTSL 2 BASIC24.54■■□□□ 1.52
COL4A3Q01955 CTSA-203ENST00000372459 1972 ntTSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
COL4A3Q01955 CTDSP2-203ENST00000547701 988 ntTSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
COL4A3Q01955 SHF-208ENST00000560734 1731 ntTSL 3 BASIC24.53■■□□□ 1.52
COL4A3Q01955 CDK2AP1-201ENST00000261692 1625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
COL4A3Q01955 ATPAF1-213ENST00000574428 1760 ntTSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
COL4A3Q01955 HOMER3-201ENST00000221222 1384 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.53■■□□□ 1.52
COL4A3Q01955 PRELID1-201ENST00000303204 1261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
COL4A3Q01955 GUCD1-202ENST00000402766 865 ntTSL 2 BASIC24.53■■□□□ 1.52
COL4A3Q01955 EMID1-203ENST00000404820 2118 ntTSL 5 BASIC24.53■■□□□ 1.52
COL4A3Q01955 SRRM2-231ENST00000630499 1207 ntTSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
COL4A3Q01955 EVA1C-203ENST00000401402 1558 ntTSL 5 BASIC24.52■■□□□ 1.52
COL4A3Q01955 EFEMP2-201ENST00000307998 2034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
COL4A3Q01955 HMX2-201ENST00000339992 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
COL4A3Q01955 RINL-208ENST00000598904 1846 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC24.52■■□□□ 1.52
COL4A3Q01955 UNCX-201ENST00000316333 2048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
COL4A3Q01955 CLDN15-201ENST00000308344 1370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
COL4A3Q01955 ADRM1-205ENST00000620230 1361 ntTSL 5 BASIC24.51■■□□□ 1.51
COL4A3Q01955 WBP1-203ENST00000409737 1110 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.51■■□□□ 1.51
COL4A3Q01955 CHTF8-208ENST00000522091 863 ntTSL 2 BASIC24.51■■□□□ 1.51
COL4A3Q01955 PPP1R3F-205ENST00000495799 1537 ntTSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
COL4A3Q01955 CHKA-202ENST00000356135 1755 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
COL4A3Q01955 DUSP22-201ENST00000344450 1485 ntTSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
COL4A3Q01955 NFU1-203ENST00000410022 1467 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
COL4A3Q01955 FZD2-201ENST00000315323 2112 ntAPPRIS P1 BASIC24.5■■□□□ 1.51
COL4A3Q01955 NAA30-203ENST00000555166 1294 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.5■■□□□ 1.51
COL4A3Q01955 KLHL26-202ENST00000595182 522 ntTSL 4 BASIC24.5■■□□□ 1.51
COL4A3Q01955 AL117336.3-202ENST00000605499 489 ntTSL 3 BASIC24.5■■□□□ 1.51
COL4A3Q01955 HNRNPUL1-222ENST00000617774 451 ntTSL 5 BASIC24.5■■□□□ 1.51
COL4A3Q01955 SLC39A3-201ENST00000269740 1502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
COL4A3Q01955 TMUB1-203ENST00000462940 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
COL4A3Q01955 HDHD5-203ENST00000399852 1118 ntTSL 3 BASIC24.5■■□□□ 1.51
COL4A3Q01955 KDELR3-202ENST00000409006 931 ntTSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
COL4A3Q01955 AC096631.2-201ENST00000436136 790 ntBASIC24.5■■□□□ 1.51
COL4A3Q01955 AL512631.2-201ENST00000604634 923 ntBASIC24.5■■□□□ 1.51
COL4A3Q01955 BMP7-204ENST00000450594 1857 ntTSL 2 BASIC24.49■■□□□ 1.51
COL4A3Q01955 SLC52A2-208ENST00000527078 1790 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.49■■□□□ 1.51
COL4A3Q01955 RTN2-202ENST00000344680 2063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
COL4A3Q01955 FBXO7-206ENST00000452138 1535 ntTSL 2 BASIC24.49■■□□□ 1.51
COL4A3Q01955 IL15RA-214ENST00000525219 1850 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
COL4A3Q01955 IL15RA-209ENST00000397255 759 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.49■■□□□ 1.51
COL4A3Q01955 POLR2F-211ENST00000488684 564 ntTSL 2 BASIC24.49■■□□□ 1.51
COL4A3Q01955 IL15RA-216ENST00000530685 660 ntTSL 5 BASIC24.49■■□□□ 1.51
COL4A3Q01955 RASSF1-AS1-201ENST00000629828 790 ntBASIC24.49■■□□□ 1.51
COL4A3Q01955 TMEM9-201ENST00000367330 1959 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
COL4A3Q01955 R3HCC1-201ENST00000265806 1773 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
COL4A3Q01955 FKBP8-213ENST00000608443 1849 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
COL4A3Q01955 LRRC61-205ENST00000493307 1456 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.48■■□□□ 1.51
COL4A3Q01955 LSM4-201ENST00000252816 986 ntTSL 2 BASIC24.48■■□□□ 1.51
COL4A3Q01955 RNF225-201ENST00000601382 990 ntAPPRIS P1 BASIC24.48■■□□□ 1.51
COL4A3Q01955 LY6H-205ENST00000615409 980 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
COL4A3Q01955 CASP9-202ENST00000348549 1621 ntTSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
COL4A3Q01955 DHFR-203ENST00000505337 1719 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.47■■□□□ 1.51
COL4A3Q01955 TMC6-218ENST00000591436 1155 ntTSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
COL4A3Q01955 ZNF428-201ENST00000300811 1412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
COL4A3Q01955 CCDC71L-201ENST00000315965 1575 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.47■■□□□ 1.51
COL4A3Q01955 PFN2-210ENST00000481767 1620 ntTSL 2 BASIC24.47■■□□□ 1.51
COL4A3Q01955 FAM228B-208ENST00000613899 1238 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
COL4A3Q01955 PLEK2-201ENST00000216446 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
COL4A3Q01955 HNRNPAB-208ENST00000515193 1595 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.46■■□□□ 1.51
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 145.8 ms