Protein–RNA interactions for Protein: Q8N4P3

HDDC3, Guanosine-3',5'-bis(diphosphate) 3'-pyrophosphohydrolase MESH1, humanhuman

Predictions only

Length 179 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HDDC3Q8N4P3 C16orf95-201ENST00000253461 953 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
HDDC3Q8N4P3 OSCAR-206ENST00000391760 629 ntTSL 2 BASIC24.12■■□□□ 1.45
HDDC3Q8N4P3 PLEKHJ1-213ENST00000591099 1092 ntTSL 2 BASIC24.12■■□□□ 1.45
HDDC3Q8N4P3 NR6A1-203ENST00000416460 1898 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
HDDC3Q8N4P3 NAXE-202ENST00000368234 901 ntTSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
HDDC3Q8N4P3 SDHAF1-201ENST00000378887 1117 ntAPPRIS P1 BASIC24.11■■□□□ 1.45
HDDC3Q8N4P3 FAM136A-202ENST00000430566 885 ntTSL 3 BASIC24.11■■□□□ 1.45
HDDC3Q8N4P3 Z92544.1-202ENST00000571933 1220 ntBASIC24.11■■□□□ 1.45
HDDC3Q8N4P3 PPP4C-214ENST00000627746 1301 ntTSL 5 BASIC24.1■■□□□ 1.45
HDDC3Q8N4P3 MED22-201ENST00000343730 1437 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
HDDC3Q8N4P3 TK2-216ENST00000564917 1156 ntTSL 3 BASIC24.1■■□□□ 1.45
HDDC3Q8N4P3 RHOF-203ENST00000537171 1485 ntTSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
HDDC3Q8N4P3 C15orf59-201ENST00000379822 1342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
HDDC3Q8N4P3 PIK3R2-207ENST00000617130 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
HDDC3Q8N4P3 AL022341.2-201ENST00000573609 1417 ntTSL 3 BASIC24.09■■□□□ 1.45
HDDC3Q8N4P3 PYCR1-203ENST00000402252 1346 ntTSL 2 BASIC24.09■■□□□ 1.45
HDDC3Q8N4P3 CHKA-202ENST00000356135 1755 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
HDDC3Q8N4P3 CTU1-201ENST00000421832 2087 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.08■■□□□ 1.45
HDDC3Q8N4P3 CDH24-206ENST00000610348 2037 ntTSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
HDDC3Q8N4P3 MOSPD3-204ENST00000424091 1115 ntTSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
HDDC3Q8N4P3 TRAPPC5-202ENST00000426877 765 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.07■■□□□ 1.44
HDDC3Q8N4P3 GRAMD4P7-201ENST00000578182 1232 ntBASIC24.07■■□□□ 1.44
HDDC3Q8N4P3 GATA4-207ENST00000532059 1459 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
HDDC3Q8N4P3 CASP9-202ENST00000348549 1621 ntTSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
HDDC3Q8N4P3 CLK2-203ENST00000368361 2166 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
HDDC3Q8N4P3 NDEL1-202ENST00000380025 2181 ntTSL 5 BASIC24.06■■□□□ 1.44
HDDC3Q8N4P3 CST6-201ENST00000312134 759 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
HDDC3Q8N4P3 AC073934.1-201ENST00000490314 495 ntTSL 4 BASIC24.06■■□□□ 1.44
HDDC3Q8N4P3 AC022616.5-201ENST00000518796 181 ntBASIC24.06■■□□□ 1.44
HDDC3Q8N4P3 FP236240.1-201ENST00000619537 1116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
HDDC3Q8N4P3 CCDC194-202ENST00000636079 705 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.06■■□□□ 1.44
HDDC3Q8N4P3 ZNF775-201ENST00000329630 2257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
HDDC3Q8N4P3 JMJD8-201ENST00000412368 2038 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
HDDC3Q8N4P3 MAGI2-211ENST00000535697 6146 ntTSL 5 BASIC24.06■■□□□ 1.44
HDDC3Q8N4P3 SLC25A6-201ENST00000381401 2062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
HDDC3Q8N4P3 C19orf47-202ENST00000392035 2126 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
HDDC3Q8N4P3 EGFL8-219ENST00000333845 1310 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
HDDC3Q8N4P3 CITED4-201ENST00000372638 1316 ntAPPRIS P1 BASIC24.05■■□□□ 1.44
HDDC3Q8N4P3 HMG20B-202ENST00000333651 1596 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
HDDC3Q8N4P3 RAB40C-201ENST00000248139 2699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
HDDC3Q8N4P3 CARNMT1-201ENST00000376830 1012 ntTSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
HDDC3Q8N4P3 AC078883.1-201ENST00000442417 950 ntTSL 3 BASIC24.04■■□□□ 1.44
HDDC3Q8N4P3 DUSP22-201ENST00000344450 1485 ntTSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
HDDC3Q8N4P3 FAAH-201ENST00000243167 2094 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
HDDC3Q8N4P3 CCDC71L-201ENST00000315965 1575 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.03■■□□□ 1.44
HDDC3Q8N4P3 LMTK3-202ENST00000600059 5113 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.03■■□□□ 1.44
HDDC3Q8N4P3 ATPAF1-213ENST00000574428 1760 ntTSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
HDDC3Q8N4P3 DACT2-202ENST00000366796 2028 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
HDDC3Q8N4P3 CENPVL1-201ENST00000602548 1620 ntAPPRIS P1 BASIC24.03■■□□□ 1.44
HDDC3Q8N4P3 CENPVL2-201ENST00000634648 1620 ntAPPRIS P1 BASIC24.03■■□□□ 1.44
HDDC3Q8N4P3 TANGO2-214ENST00000447208 2086 ntTSL 3 BASIC24.03■■□□□ 1.44
HDDC3Q8N4P3 PRR7-204ENST00000510492 1285 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
HDDC3Q8N4P3 KRT125P-201ENST00000546827 989 ntBASIC24.03■■□□□ 1.44
HDDC3Q8N4P3 EVA1C-203ENST00000401402 1558 ntTSL 5 BASIC24.03■■□□□ 1.44
HDDC3Q8N4P3 REEP6-201ENST00000233596 1794 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
HDDC3Q8N4P3 CREM-229ENST00000474362 1030 ntTSL 2 BASIC24.02■■□□□ 1.44
HDDC3Q8N4P3 LSM7-203ENST00000585409 512 ntTSL 2 BASIC24.02■■□□□ 1.44
HDDC3Q8N4P3 LSM7-204ENST00000587502 575 ntTSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
HDDC3Q8N4P3 FSD1-204ENST00000597590 1634 ntTSL 5 BASIC24.02■■□□□ 1.44
HDDC3Q8N4P3 PPM1J-201ENST00000309276 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
HDDC3Q8N4P3 RABL6-204ENST00000371671 1580 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
HDDC3Q8N4P3 DTWD2-204ENST00000515439 1275 ntTSL 5 BASIC24.01■■□□□ 1.43
HDDC3Q8N4P3 HMX2-201ENST00000339992 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
HDDC3Q8N4P3 RAB3IL1-202ENST00000394836 2284 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
HDDC3Q8N4P3 GTF2E2-201ENST00000355904 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
HDDC3Q8N4P3 PORCN-202ENST00000355961 1848 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
HDDC3Q8N4P3 TMEM203-201ENST00000343666 1557 ntAPPRIS P1 BASIC24■■□□□ 1.43
HDDC3Q8N4P3 ZDHHC16-207ENST00000393760 2014 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
HDDC3Q8N4P3 PNCK-204ENST00000370150 1612 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24■■□□□ 1.43
HDDC3Q8N4P3 MT1E-201ENST00000306061 704 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
HDDC3Q8N4P3 MRPS34-202ENST00000397375 1024 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
HDDC3Q8N4P3 TMEM165-204ENST00000506198 828 ntTSL 2 BASIC24■■□□□ 1.43
HDDC3Q8N4P3 FLT1-202ENST00000539099 1911 ntTSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
HDDC3Q8N4P3 R3HCC1-202ENST00000411463 1467 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC24■■□□□ 1.43
HDDC3Q8N4P3 SLC39A3-201ENST00000269740 1502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
HDDC3Q8N4P3 PLSCR3-202ENST00000535512 2067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
HDDC3Q8N4P3 TSPAN10-203ENST00000574882 1837 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
HDDC3Q8N4P3 NDUFA10-204ENST00000407129 699 ntTSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
HDDC3Q8N4P3 RPL31-208ENST00000409733 825 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
HDDC3Q8N4P3 LINC01925-201ENST00000579492 500 ntTSL 5 BASIC23.98■■□□□ 1.43
HDDC3Q8N4P3 BSCL2-205ENST00000403550 1693 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC23.98■■□□□ 1.43
HDDC3Q8N4P3 KCNJ4-201ENST00000303592 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
HDDC3Q8N4P3 IHH-201ENST00000295731 2023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.97■■□□□ 1.43
HDDC3Q8N4P3 KRT18P24-201ENST00000344739 1156 ntBASIC23.97■■□□□ 1.43
HDDC3Q8N4P3 FGD5-AS1-204ENST00000430166 1184 ntTSL 2 BASIC23.97■■□□□ 1.43
HDDC3Q8N4P3 PEMT-206ENST00000435340 960 ntTSL 5 BASIC23.97■■□□□ 1.43
HDDC3Q8N4P3 SYT7-202ENST00000535826 1621 ntTSL 5 BASIC23.97■■□□□ 1.43
HDDC3Q8N4P3 SNAI3-AS1-203ENST00000565633 829 ntTSL 5 BASIC23.97■■□□□ 1.43
HDDC3Q8N4P3 SNAI3-AS1-204ENST00000567997 2048 ntBASIC23.97■■□□□ 1.43
HDDC3Q8N4P3 PRMT5-228ENST00000627278 129 ntTSL 5 BASIC23.97■■□□□ 1.43
HDDC3Q8N4P3 RNF19B-201ENST00000235150 2334 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
HDDC3Q8N4P3 CDC16-211ENST00000628084 2058 ntTSL 5 BASIC23.96■■□□□ 1.43
HDDC3Q8N4P3 TNIP2-201ENST00000315423 1974 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
HDDC3Q8N4P3 IL15RA-214ENST00000525219 1850 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
HDDC3Q8N4P3 TOMM40-203ENST00000426677 1725 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
HDDC3Q8N4P3 CTF1-201ENST00000279804 1664 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
HDDC3Q8N4P3 BX664725.1-201ENST00000438252 379 ntBASIC23.96■■□□□ 1.43
HDDC3Q8N4P3 SLC25A1-202ENST00000451283 1514 ntTSL 2 BASIC23.95■■□□□ 1.43
HDDC3Q8N4P3 MMP25-AS1-209ENST00000576250 779 ntTSL 5 BASIC23.95■■□□□ 1.42
HDDC3Q8N4P3 TOP1MT-208ENST00000519148 1868 ntTSL 2 BASIC23.95■■□□□ 1.42
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 24.9 ms