Protein–RNA interactions for Protein: Q99250

SCN2A, Sodium channel protein type 2 subunit alpha, humanhuman

Predictions only

Length 2,005 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SCN2AQ99250 BIN1-211ENST00000409400 2143 ntTSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
SCN2AQ99250 TNFRSF12A-201ENST00000326577 1033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
SCN2AQ99250 AL121899.1-202ENST00000411839 536 ntTSL 5 BASIC22.75■■□□□ 1.23
SCN2AQ99250 DLX2-202ENST00000466293 1852 ntTSL 2 BASIC22.75■■□□□ 1.23
SCN2AQ99250 ABL2-203ENST00000392043 2140 ntTSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
SCN2AQ99250 PYY2-202ENST00000441253 1076 ntTSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
SCN2AQ99250 RBM42-205ENST00000589871 1487 ntTSL 5 BASIC22.74■■□□□ 1.23
SCN2AQ99250 ATP5G2P3-201ENST00000429083 425 ntBASIC22.74■■□□□ 1.23
SCN2AQ99250 RNASET2-210ENST00000508775 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
SCN2AQ99250 DRAM2-211ENST00000539140 1883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
SCN2AQ99250 CFAP99-207ENST00000635017 2298 ntTSL 5 BASIC22.73■■□□□ 1.23
SCN2AQ99250 WTAP-207ENST00000631126 1430 ntTSL 3 BASIC22.73■■□□□ 1.23
SCN2AQ99250 TMEM125-202ENST00000439858 1786 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.73■■□□□ 1.23
SCN2AQ99250 RBFA-201ENST00000262197 1219 ntTSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
SCN2AQ99250 TMEM185A-207ENST00000600449 2840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
SCN2AQ99250 FSD1-201ENST00000221856 1831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
SCN2AQ99250 PORCN-202ENST00000355961 1848 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
SCN2AQ99250 HNRNPL-201ENST00000221419 2471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
SCN2AQ99250 TSPY4-202ENST00000426950 1179 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC22.72■■□□□ 1.23
SCN2AQ99250 DSG2-202ENST00000585206 1081 ntTSL 2 BASIC22.72■■□□□ 1.23
SCN2AQ99250 YRDC-201ENST00000373044 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
SCN2AQ99250 DDX42-201ENST00000359353 2783 ntTSL 5 BASIC22.72■■□□□ 1.23
SCN2AQ99250 HSPB6-202ENST00000587965 711 ntTSL 2 BASIC22.71■■□□□ 1.23
SCN2AQ99250 OTUD5-202ENST00000376488 2692 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
SCN2AQ99250 FBXL8-201ENST00000258200 1658 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
SCN2AQ99250 LMO2-201ENST00000257818 2294 ntTSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
SCN2AQ99250 SOCS2-202ENST00000536696 1065 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.7■■□□□ 1.23
SCN2AQ99250 SEC11C-204ENST00000587834 1202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.23
SCN2AQ99250 OXSR1-203ENST00000446845 1908 ntTSL 5 BASIC22.7■■□□□ 1.22
SCN2AQ99250 RCCD1-203ENST00000555155 1871 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.7■■□□□ 1.22
SCN2AQ99250 ABHD17B-202ENST00000377041 1312 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
SCN2AQ99250 ERFE-207ENST00000546354 1065 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
SCN2AQ99250 EIF5A-211ENST00000576930 1439 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.69■■□□□ 1.22
SCN2AQ99250 LTB4R-202ENST00000396782 1627 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
SCN2AQ99250 FSD1-204ENST00000597590 1634 ntTSL 5 BASIC22.69■■□□□ 1.22
SCN2AQ99250 GPS1-204ENST00000392358 2276 ntTSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
SCN2AQ99250 LMAN2-208ENST00000515209 1149 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC22.69■■□□□ 1.22
SCN2AQ99250 OSCAR-202ENST00000351806 1375 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
SCN2AQ99250 KAZALD1-201ENST00000370200 1913 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
SCN2AQ99250 PITX3-202ENST00000539804 1187 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.68■■□□□ 1.22
SCN2AQ99250 NELFB-201ENST00000343053 2698 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
SCN2AQ99250 TSPOAP1-AS1-205ENST00000580022 2337 ntTSL 2 BASIC22.67■■□□□ 1.22
SCN2AQ99250 EPCAM-201ENST00000263735 1724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
SCN2AQ99250 GUK1-208ENST00000366728 842 ntTSL 2 BASIC22.67■■□□□ 1.22
SCN2AQ99250 GUCD1-207ENST00000447813 895 ntTSL 3 BASIC22.67■■□□□ 1.22
SCN2AQ99250 RHOBTB3-206ENST00000506817 1432 ntTSL 2 BASIC22.66■■□□□ 1.22
SCN2AQ99250 ZNF598-202ENST00000562103 2717 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
SCN2AQ99250 CPNE1-202ENST00000352393 2147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
SCN2AQ99250 PKDCC-201ENST00000294964 2502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
SCN2AQ99250 MPC1-201ENST00000341756 976 ntTSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
SCN2AQ99250 FAM222B-205ENST00000577682 549 ntTSL 4 BASIC22.66■■□□□ 1.22
SCN2AQ99250 MPC1-206ENST00000621630 977 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.66■■□□□ 1.22
SCN2AQ99250 MPC1-207ENST00000621685 1192 ntTSL 5 BASIC22.66■■□□□ 1.22
SCN2AQ99250 C1QTNF1-206ENST00000579760 1672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
SCN2AQ99250 MEIS2-204ENST00000397620 2295 ntTSL 2 BASIC22.66■■□□□ 1.22
SCN2AQ99250 SERF1A-202ENST00000354833 1889 ntTSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
SCN2AQ99250 SERF1B-201ENST00000380750 1889 ntTSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
SCN2AQ99250 AC010501.1-201ENST00000606270 1962 ntBASIC22.66■■□□□ 1.22
SCN2AQ99250 GGH-201ENST00000260118 1607 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
SCN2AQ99250 MIR6765-201ENST00000614092 87 ntBASIC22.65■■□□□ 1.22
SCN2AQ99250 CCDC71L-201ENST00000315965 1575 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.65■■□□□ 1.22
SCN2AQ99250 PNCK-204ENST00000370150 1612 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.65■■□□□ 1.22
SCN2AQ99250 H2AFY-204ENST00000423969 924 ntTSL 2 BASIC22.65■■□□□ 1.22
SCN2AQ99250 DUX4L18-201ENST00000553347 1267 ntBASIC22.65■■□□□ 1.22
SCN2AQ99250 ST6GALNAC6-204ENST00000373144 2406 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
SCN2AQ99250 CHKA-202ENST00000356135 1755 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
SCN2AQ99250 RIPPLY2-202ENST00000369689 664 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.22
SCN2AQ99250 USP2-204ENST00000525735 1704 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
SCN2AQ99250 AC091060.1-201ENST00000623524 1766 ntBASIC22.64■■□□□ 1.21
SCN2AQ99250 DEDD-212ENST00000545495 2329 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.64■■□□□ 1.21
SCN2AQ99250 RUNDC3A-201ENST00000225441 1821 ntTSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
SCN2AQ99250 UBALD2-201ENST00000327490 1593 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
SCN2AQ99250 TMEM191C-206ENST00000432134 1129 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.64■■□□□ 1.21
SCN2AQ99250 LINC01233-202ENST00000598832 568 ntTSL 2 BASIC22.64■■□□□ 1.21
SCN2AQ99250 SH2B1-205ENST00000538342 1532 ntTSL 2 BASIC22.63■■□□□ 1.21
SCN2AQ99250 PAPOLA-225ENST00000557471 1421 ntTSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
SCN2AQ99250 SRP68-202ENST00000539137 2386 ntTSL 2 BASIC22.63■■□□□ 1.21
SCN2AQ99250 CREM-210ENST00000374721 2020 ntTSL 5 BASIC22.62■■□□□ 1.21
SCN2AQ99250 PAIP1-208ENST00000514514 1603 ntTSL 5 BASIC22.62■■□□□ 1.21
SCN2AQ99250 ZNF747-203ENST00000568028 1511 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.62■■□□□ 1.21
SCN2AQ99250 ZFAND2B-201ENST00000289528 1314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
SCN2AQ99250 KIAA1456-206ENST00000528753 2392 ntTSL 2 BASIC22.62■■□□□ 1.21
SCN2AQ99250 METTL24-201ENST00000338882 1119 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.62■■□□□ 1.21
SCN2AQ99250 AC139795.1-203ENST00000515045 853 ntTSL 2 BASIC22.62■■□□□ 1.21
SCN2AQ99250 AC148477.1-201ENST00000537720 476 ntTSL 3 BASIC22.62■■□□□ 1.21
SCN2AQ99250 PVT1_1.1-201ENST00000615125 194 ntBASIC22.62■■□□□ 1.21
SCN2AQ99250 PHF23-212ENST00000576955 1944 ntTSL 2 BASIC22.62■■□□□ 1.21
SCN2AQ99250 DGAT1-201ENST00000332324 1473 ntTSL 5 BASIC22.61■■□□□ 1.21
SCN2AQ99250 GDF1-201ENST00000247005 2517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
SCN2AQ99250 CERS1-204ENST00000623882 2517 ntTSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
SCN2AQ99250 LY6H-201ENST00000342752 951 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
SCN2AQ99250 MRPL23-202ENST00000381519 643 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.61■■□□□ 1.21
SCN2AQ99250 MRPL23-205ENST00000397298 736 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
SCN2AQ99250 MDK-206ENST00000407067 1026 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
SCN2AQ99250 LY6H-202ENST00000414417 1056 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
SCN2AQ99250 LY6H-203ENST00000430474 925 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC22.61■■□□□ 1.21
SCN2AQ99250 TBX2-AS1-203ENST00000590421 861 ntTSL 2 BASIC22.61■■□□□ 1.21
SCN2AQ99250 TMIE-201ENST00000326431 1824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
SCN2AQ99250 ATPAF1-213ENST00000574428 1760 ntTSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
SCN2AQ99250 IDNK-203ENST00000405990 629 ntTSL 2 BASIC22.6■■□□□ 1.21
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 40 ms