Protein–RNA interactions for Protein: P29074

PTPN4, Tyrosine-protein phosphatase non-receptor type 4, humanhuman

Predictions only

Length 926 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PTPN4P29074 NRBF2-202ENST00000435510 1816 ntTSL 2 BASIC23.94■■□□□ 1.42
PTPN4P29074 RAD51-210ENST00000557850 1397 ntTSL 2 BASIC23.93■■□□□ 1.42
PTPN4P29074 RNF175-201ENST00000347063 1604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
PTPN4P29074 RABGGTA-202ENST00000399409 2265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
PTPN4P29074 HOXD-AS2-201ENST00000426965 927 ntTSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
PTPN4P29074 PEX7-203ENST00000541292 945 ntTSL 5 BASIC23.93■■□□□ 1.42
PTPN4P29074 EMID1-202ENST00000404755 2049 ntTSL 5 BASIC23.93■■□□□ 1.42
PTPN4P29074 THRA-201ENST00000264637 2538 ntTSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
PTPN4P29074 WIPI2-204ENST00000404704 1663 ntTSL 5 BASIC23.92■■□□□ 1.42
PTPN4P29074 AC133561.1-201ENST00000568600 2415 ntBASIC23.92■■□□□ 1.42
PTPN4P29074 NELFB-202ENST00000634710 1887 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
PTPN4P29074 C14orf80-203ENST00000354560 1553 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
PTPN4P29074 ZDHHC16-206ENST00000370854 1798 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
PTPN4P29074 R3HDM4-203ENST00000587975 1765 ntTSL 3 BASIC23.92■■□□□ 1.42
PTPN4P29074 GALNT12-201ENST00000375011 2735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
PTPN4P29074 CCDC154-201ENST00000389176 2212 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC23.92■■□□□ 1.42
PTPN4P29074 BMP6-201ENST00000283147 2780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
PTPN4P29074 EPB41L4A-AS2-201ENST00000623705 1396 ntBASIC23.91■■□□□ 1.42
PTPN4P29074 SNX21-204ENST00000372542 1824 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.91■■□□□ 1.42
PTPN4P29074 TAZ-201ENST00000369776 1596 ntTSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
PTPN4P29074 NOCT-201ENST00000280614 1952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
PTPN4P29074 TARSL2-207ENST00000615656 2356 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.91■■□□□ 1.42
PTPN4P29074 SNX15-202ENST00000377244 1939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
PTPN4P29074 MED17-227ENST00000640521 2047 ntTSL 5 BASIC23.91■■□□□ 1.42
PTPN4P29074 DCUN1D5-201ENST00000260247 1337 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.9■■□□□ 1.42
PTPN4P29074 P3H3-201ENST00000290510 2632 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.9■■□□□ 1.42
PTPN4P29074 BMP2K-204ENST00000502871 3195 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.9■■□□□ 1.42
PTPN4P29074 KCTD15-206ENST00000588881 1211 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.9■■□□□ 1.42
PTPN4P29074 SETBP1-202ENST00000426838 1785 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.9■■□□□ 1.42
PTPN4P29074 SHISA5-201ENST00000296444 2369 ntTSL 1 (best) BASIC23.89■■□□□ 1.42
PTPN4P29074 MIR219A2-201ENST00000608502 1504 ntBASIC23.89■■□□□ 1.42
PTPN4P29074 TTC3-225ENST00000540756 2025 ntTSL 2 BASIC23.89■■□□□ 1.42
PTPN4P29074 PXMP2-201ENST00000317479 957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.89■■□□□ 1.41
PTPN4P29074 CAPN10-207ENST00000391984 2644 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.89■■□□□ 1.41
PTPN4P29074 VSTM2L-202ENST00000373461 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.89■■□□□ 1.41
PTPN4P29074 CTF1-202ENST00000395019 1617 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
PTPN4P29074 CDC34-201ENST00000215574 1471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
PTPN4P29074 PMS1-220ENST00000618056 1468 ntTSL 5 BASIC23.88■■□□□ 1.41
PTPN4P29074 BIN1-207ENST00000357970 2497 ntTSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
PTPN4P29074 TBL2-222ENST00000610724 2165 ntTSL 5 BASIC23.88■■□□□ 1.41
PTPN4P29074 AL139125.2-201ENST00000623134 1869 ntBASIC23.88■■□□□ 1.41
PTPN4P29074 AC060814.1-201ENST00000554326 538 ntBASIC23.88■■□□□ 1.41
PTPN4P29074 NTF6A-201ENST00000591175 560 ntBASIC23.88■■□□□ 1.41
PTPN4P29074 FCRLB-205ENST00000367948 1977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
PTPN4P29074 MAP3K5-201ENST00000359015 5197 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
PTPN4P29074 LSM6-202ENST00000502781 1352 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
PTPN4P29074 C8orf58-201ENST00000289989 2016 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC23.88■■□□□ 1.41
PTPN4P29074 THRA-209ENST00000584985 2421 ntTSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
PTPN4P29074 YRDC-201ENST00000373044 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.87■■□□□ 1.41
PTPN4P29074 KCTD5-202ENST00000564195 774 ntTSL 5 BASIC23.87■■□□□ 1.41
PTPN4P29074 DPF1-206ENST00000420980 2227 ntTSL 1 (best) BASIC23.87■■□□□ 1.41
PTPN4P29074 PDPK1-204ENST00000441549 1729 ntTSL 1 (best) BASIC23.87■■□□□ 1.41
PTPN4P29074 GAL3ST3-203ENST00000527878 1599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
PTPN4P29074 BIN1-211ENST00000409400 2143 ntTSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
PTPN4P29074 GIT1-210ENST00000579937 2798 ntTSL 2 BASIC23.86■■□□□ 1.41
PTPN4P29074 APBA3-201ENST00000316757 2075 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
PTPN4P29074 ST3GAL5-268ENST00000640982 2465 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.86■■□□□ 1.41
PTPN4P29074 SOX10-201ENST00000360880 2861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
PTPN4P29074 SOX10-202ENST00000396884 2879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
PTPN4P29074 PTPN2-202ENST00000327283 1706 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
PTPN4P29074 SRPK3-205ENST00000393786 1900 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
PTPN4P29074 AC012676.1-201ENST00000574705 1949 ntBASIC23.85■■□□□ 1.41
PTPN4P29074 EML2-209ENST00000587152 2763 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.85■■□□□ 1.41
PTPN4P29074 TNFRSF4-201ENST00000379236 1068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
PTPN4P29074 AQP1-203ENST00000409899 1009 ntTSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
PTPN4P29074 CTSZ-201ENST00000217131 1495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
PTPN4P29074 SPOCK3-221ENST00000512648 1456 ntTSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
PTPN4P29074 RING1-201ENST00000374656 1752 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
PTPN4P29074 TMEM150A-202ENST00000334462 1518 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
PTPN4P29074 MMD-201ENST00000262065 2735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
PTPN4P29074 SLC30A3-201ENST00000233535 2260 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
PTPN4P29074 SSBP4-201ENST00000270061 1768 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
PTPN4P29074 DYRK3-203ENST00000367109 2163 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
PTPN4P29074 SLBP-206ENST00000489418 1977 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.41
PTPN4P29074 DDAH2-212ENST00000375789 1688 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.83■■□□□ 1.41
PTPN4P29074 DDAH2-213ENST00000375792 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.41
PTPN4P29074 LIME1-206ENST00000487026 805 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.83■■□□□ 1.41
PTPN4P29074 TBX2-AS1-202ENST00000589814 539 ntTSL 3 BASIC23.83■■□□□ 1.41
PTPN4P29074 ARHGEF35-201ENST00000378115 2431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.41
PTPN4P29074 G6PC3-201ENST00000269097 1533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.41
PTPN4P29074 SRXN1-201ENST00000381962 2698 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.4
PTPN4P29074 DACT1-201ENST00000335867 2571 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.4
PTPN4P29074 MEIS3-201ENST00000331559 2104 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.83■■□□□ 1.4
PTPN4P29074 GFOD1-204ENST00000603223 2388 ntTSL 2 BASIC23.83■■□□□ 1.4
PTPN4P29074 GPR137-202ENST00000377702 1478 ntTSL 1 (best) BASIC23.82■■□□□ 1.4
PTPN4P29074 BSPRY-201ENST00000374183 2339 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.82■■□□□ 1.4
PTPN4P29074 NPW-202ENST00000566435 991 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.82■■□□□ 1.4
PTPN4P29074 IRF2BP1-201ENST00000302165 2564 ntAPPRIS P1 BASIC23.82■■□□□ 1.4
PTPN4P29074 FUS-202ENST00000380244 1818 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.82■■□□□ 1.4
PTPN4P29074 CRELD2-203ENST00000404488 1577 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.82■■□□□ 1.4
PTPN4P29074 FEZ1-201ENST00000278919 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.81■■□□□ 1.4
PTPN4P29074 SH2D3A-202ENST00000437152 2013 ntTSL 2 BASIC23.81■■□□□ 1.4
PTPN4P29074 CDKN3-202ENST00000335183 893 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.81■■□□□ 1.4
PTPN4P29074 CDKN3-211ENST00000611205 874 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.81■■□□□ 1.4
PTPN4P29074 LHX3-201ENST00000371746 2403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.81■■□□□ 1.4
PTPN4P29074 KRT72-201ENST00000293745 2015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.81■■□□□ 1.4
PTPN4P29074 CCZ1B-201ENST00000316731 2885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.81■■□□□ 1.4
PTPN4P29074 RFFL-206ENST00000447669 2030 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.8■■□□□ 1.4
PTPN4P29074 CMPK2-203ENST00000458098 1224 ntTSL 1 (best) BASIC23.8■■□□□ 1.4
PTPN4P29074 PTCH1-210ENST00000468211 1254 ntTSL 1 (best) BASIC23.8■■□□□ 1.4
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 30.7 ms