Protein–RNA interactions for Protein: P18858

LIG1, DNA ligase 1, humanhuman

Predictions only

Length 919 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIG1P18858 NHLRC4-201ENST00000424439 2097 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC27.6■■■□□ 2.01
LIG1P18858 AC011511.4-201ENST00000586529 1850 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.59■■■□□ 2.01
LIG1P18858 GPX1-201ENST00000419349 1106 ntBASIC27.59■■■□□ 2.01
LIG1P18858 AC022413.1-201ENST00000624602 984 ntBASIC27.59■■■□□ 2.01
LIG1P18858 ITM2C-203ENST00000335005 1889 ntTSL 1 (best) BASIC27.59■■■□□ 2.01
LIG1P18858 PYCR1-202ENST00000337943 1890 ntTSL 1 (best) BASIC27.59■■■□□ 2.01
LIG1P18858 TBL2-222ENST00000610724 2165 ntTSL 5 BASIC27.58■■■□□ 2.01
LIG1P18858 BLOC1S3-202ENST00000587722 732 ntAPPRIS P1 BASIC27.58■■■□□ 2.01
LIG1P18858 NECAB2-201ENST00000305202 1608 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.58■■■□□ 2.01
LIG1P18858 NR2F1-AS1-214ENST00000607831 1963 ntTSL 2 BASIC27.58■■■□□ 2.01
LIG1P18858 HAS2-AS1-201ENST00000514180 1656 ntTSL 1 (best) BASIC27.58■■■□□ 2.01
LIG1P18858 CTU1-201ENST00000421832 2087 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.58■■■□□ 2.01
LIG1P18858 PIGX-201ENST00000296333 953 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.57■■■□□ 2
LIG1P18858 HOXD-AS2-201ENST00000426965 927 ntTSL 1 (best) BASIC27.57■■■□□ 2
LIG1P18858 KCTD15-206ENST00000588881 1211 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.57■■■□□ 2
LIG1P18858 RING1-201ENST00000374656 1752 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.57■■■□□ 2
LIG1P18858 PORCN-203ENST00000359882 1877 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC27.57■■■□□ 2
LIG1P18858 WDR86-204ENST00000477459 1428 ntTSL 2 BASIC27.57■■■□□ 2
LIG1P18858 ANKRD16-202ENST00000380092 1646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.56■■■□□ 2
LIG1P18858 ZNF365-206ENST00000395255 1674 ntTSL 1 (best) BASIC27.56■■■□□ 2
LIG1P18858 AKT1S1-201ENST00000344175 1760 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC27.56■■■□□ 2
LIG1P18858 ZNRF1-201ENST00000320619 2479 ntTSL 1 (best) BASIC27.56■■■□□ 2
LIG1P18858 CHSY1-201ENST00000254190 4550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.55■■■□□ 2
LIG1P18858 SCTR-201ENST00000019103 1865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.55■■■□□ 2
LIG1P18858 FPGS-221ENST00000630236 2160 ntTSL 5 BASIC27.55■■■□□ 2
LIG1P18858 SLC30A3-201ENST00000233535 2260 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.55■■■□□ 2
LIG1P18858 AP000911.3-201ENST00000526377 1130 ntTSL 3 BASIC27.55■■■□□ 2
LIG1P18858 TBX2-AS1-202ENST00000589814 539 ntTSL 3 BASIC27.55■■■□□ 2
LIG1P18858 COMT-204ENST00000403710 1548 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC27.55■■■□□ 2
LIG1P18858 BTBD2-201ENST00000255608 2649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.54■■■□□ 2
LIG1P18858 KLHL21-203ENST00000463043 667 ntTSL 5 BASIC27.54■■■□□ 2
LIG1P18858 FKBP8-213ENST00000608443 1849 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.54■■■□□ 2
LIG1P18858 PCSK6-218ENST00000619160 3093 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.54■■■□□ 2
LIG1P18858 CADM4-201ENST00000222374 2178 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.53■■■□□ 2
LIG1P18858 PREB-202ENST00000406567 1910 ntTSL 5 BASIC27.53■■■□□ 2
LIG1P18858 BRD4-212ENST00000630599 726 ntTSL 2 BASIC27.53■■■□□ 2
LIG1P18858 TNIP2-206ENST00000510267 2006 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.53■■■□□ 2
LIG1P18858 ARRB2-210ENST00000572457 1660 ntTSL 5 BASIC27.52■■■□□ 2
LIG1P18858 EVA1C-203ENST00000401402 1558 ntTSL 5 BASIC27.52■■■□□ 2
LIG1P18858 TMEM150A-201ENST00000306353 1484 ntTSL 1 (best) BASIC27.52■■■□□ 2
LIG1P18858 IGFBP2-201ENST00000233809 1439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.52■■■□□ 2
LIG1P18858 ZNF837-201ENST00000427624 2038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.52■■■□□ 2
LIG1P18858 AGO3-204ENST00000397828 1035 ntTSL 2 BASIC27.52■■■□□ 2
LIG1P18858 NME2-205ENST00000512737 826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.52■■■□□ 2
LIG1P18858 MEIOB-203ENST00000412554 1884 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.52■■■□□ 2
LIG1P18858 RIMKLB-205ENST00000535829 2236 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.51■■□□□ 1.99
LIG1P18858 NECTIN2-202ENST00000252485 2112 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.51■■□□□ 1.99
LIG1P18858 UBALD1-203ENST00000587649 707 ntTSL 3 BASIC27.51■■□□□ 1.99
LIG1P18858 MED25-210ENST00000612854 801 ntTSL 5 BASIC27.51■■□□□ 1.99
LIG1P18858 MED25-213ENST00000620467 1293 ntTSL 1 (best) BASIC27.51■■□□□ 1.99
LIG1P18858 MED25-214ENST00000622402 642 ntTSL 5 BASIC27.51■■□□□ 1.99
LIG1P18858 APBA3-201ENST00000316757 2075 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.51■■□□□ 1.99
LIG1P18858 THRA-202ENST00000394121 2260 ntTSL 2 BASIC27.51■■□□□ 1.99
LIG1P18858 LAT-201ENST00000354453 1713 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.5■■□□□ 1.99
LIG1P18858 C1orf122-201ENST00000373042 973 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.5■■□□□ 1.99
LIG1P18858 TMEM114-202ENST00000568335 899 ntTSL 3 BASIC27.5■■□□□ 1.99
LIG1P18858 AL139125.2-201ENST00000623134 1869 ntBASIC27.5■■□□□ 1.99
LIG1P18858 CBLN2-209ENST00000585159 2406 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.5■■□□□ 1.99
LIG1P18858 SMOX-202ENST00000305958 2233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.49■■□□□ 1.99
LIG1P18858 ANKS3-204ENST00000585773 1946 ntTSL 2 BASIC27.49■■□□□ 1.99
LIG1P18858 NKX2-3-201ENST00000344586 2097 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.49■■□□□ 1.99
LIG1P18858 IZUMO4-202ENST00000395301 1021 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.49■■□□□ 1.99
LIG1P18858 TTC39C-209ENST00000584250 1048 ntTSL 1 (best) BASIC27.49■■□□□ 1.99
LIG1P18858 KRT72-202ENST00000354310 1764 ntTSL 2 BASIC27.49■■□□□ 1.99
LIG1P18858 PCOLCE2-201ENST00000295992 2021 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.49■■□□□ 1.99
LIG1P18858 KCNG2-201ENST00000316249 1401 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.49■■□□□ 1.99
LIG1P18858 BIN1-201ENST00000259238 2338 ntTSL 1 (best) BASIC27.49■■□□□ 1.99
LIG1P18858 TTBK2-205ENST00000567274 1777 ntTSL 5 BASIC27.48■■□□□ 1.99
LIG1P18858 PTPRF-216ENST00000617451 1129 ntTSL 5 BASIC27.48■■□□□ 1.99
LIG1P18858 ECEL1-202ENST00000409941 2322 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.48■■□□□ 1.99
LIG1P18858 GALNT12-201ENST00000375011 2735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.48■■□□□ 1.99
LIG1P18858 YBX2-201ENST00000007699 1590 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.48■■□□□ 1.99
LIG1P18858 YWHAH-202ENST00000397492 1879 ntTSL 3 BASIC27.47■■□□□ 1.99
LIG1P18858 PRDM13-202ENST00000369215 2429 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.47■■□□□ 1.99
LIG1P18858 FOXA2-201ENST00000377115 2401 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.47■■□□□ 1.99
LIG1P18858 MAP3K8-203ENST00000375322 932 ntTSL 2 BASIC27.47■■□□□ 1.99
LIG1P18858 AC068134.2-201ENST00000437095 576 ntTSL 3 BASIC27.47■■□□□ 1.99
LIG1P18858 AC060814.1-201ENST00000554326 538 ntBASIC27.47■■□□□ 1.99
LIG1P18858 AL359504.2-201ENST00000605506 1601 ntBASIC27.47■■□□□ 1.99
LIG1P18858 ID4-201ENST00000378700 2344 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.47■■□□□ 1.99
LIG1P18858 SOD3-201ENST00000382120 1526 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.46■■□□□ 1.99
LIG1P18858 NPAS3-206ENST00000548645 2926 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.46■■□□□ 1.99
LIG1P18858 MAP4K3-211ENST00000484274 407 ntTSL 2 BASIC27.46■■□□□ 1.99
LIG1P18858 LRFN4-202ENST00000393952 1550 ntTSL 5 BASIC27.46■■□□□ 1.99
LIG1P18858 ARMC10-202ENST00000323716 2635 ntTSL 1 (best) BASIC27.46■■□□□ 1.99
LIG1P18858 FCRLB-205ENST00000367948 1977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.46■■□□□ 1.99
LIG1P18858 GATA3-AS1-201ENST00000355358 2214 ntTSL 2 BASIC27.45■■□□□ 1.99
LIG1P18858 TOMM40-203ENST00000426677 1725 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.45■■□□□ 1.99
LIG1P18858 RPRML-201ENST00000322329 1093 ntAPPRIS P1 BASIC27.45■■□□□ 1.98
LIG1P18858 TSR3-201ENST00000007390 1243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.45■■□□□ 1.98
LIG1P18858 AL357033.1-201ENST00000370520 1933 ntTSL 2 BASIC27.45■■□□□ 1.98
LIG1P18858 PAIP1-208ENST00000514514 1603 ntTSL 5 BASIC27.45■■□□□ 1.98
LIG1P18858 FAM124A-201ENST00000280057 2104 ntTSL 2 BASIC27.44■■□□□ 1.98
LIG1P18858 AL359258.2-201ENST00000564063 1566 ntBASIC27.44■■□□□ 1.98
LIG1P18858 KCTD5-201ENST00000301738 2482 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.44■■□□□ 1.98
LIG1P18858 PTH1R-201ENST00000313049 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.43■■□□□ 1.98
LIG1P18858 DYRK2-203ENST00000393555 2209 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.43■■□□□ 1.98
LIG1P18858 AC126177.7-201ENST00000547904 679 ntBASIC27.43■■□□□ 1.98
LIG1P18858 ATAD3B-201ENST00000308647 2448 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.43■■□□□ 1.98
LIG1P18858 RDH14-201ENST00000381249 1587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.43■■□□□ 1.98
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 20.6 ms