Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y5E6

PCDHB3, Protocadherin beta-3, humanhuman

Predictions only

Length 796 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PCDHB3Q9Y5E6 AC025884.2-201ENST00000553429 711 ntBASIC23.59■■□□□ 1.37
PCDHB3Q9Y5E6 HOMER3-207ENST00000594794 903 ntTSL 5 BASIC23.59■■□□□ 1.37
PCDHB3Q9Y5E6 RAB4B-203ENST00000594800 1173 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.59■■□□□ 1.37
PCDHB3Q9Y5E6 VSIG8-201ENST00000368100 1818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
PCDHB3Q9Y5E6 F8A1-201ENST00000610495 1713 ntAPPRIS P1 BASIC23.59■■□□□ 1.37
PCDHB3Q9Y5E6 CDC16-211ENST00000628084 2058 ntTSL 5 BASIC23.58■■□□□ 1.37
PCDHB3Q9Y5E6 MYPOP-201ENST00000322217 1890 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
PCDHB3Q9Y5E6 CCDC37-AS1-202ENST00000506660 986 ntTSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
PCDHB3Q9Y5E6 ACOT1-202ENST00000557556 1271 ntTSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
PCDHB3Q9Y5E6 FAM222B-205ENST00000577682 549 ntTSL 4 BASIC23.58■■□□□ 1.37
PCDHB3Q9Y5E6 FEZ2-204ENST00000405912 1931 ntTSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
PCDHB3Q9Y5E6 BTBD6-204ENST00000463376 2195 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.58■■□□□ 1.36
PCDHB3Q9Y5E6 SPIRE1-203ENST00000410092 5533 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
PCDHB3Q9Y5E6 SNX5-201ENST00000377759 2270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
PCDHB3Q9Y5E6 PICALM-224ENST00000630913 2261 ntTSL 5 BASIC23.57■■□□□ 1.36
PCDHB3Q9Y5E6 C12orf75-201ENST00000443585 1366 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.57■■□□□ 1.36
PCDHB3Q9Y5E6 NKIRAS2-208ENST00000462043 585 ntTSL 4 BASIC23.57■■□□□ 1.36
PCDHB3Q9Y5E6 GFER-205ENST00000569451 517 ntTSL 5 BASIC23.57■■□□□ 1.36
PCDHB3Q9Y5E6 DSG2-202ENST00000585206 1081 ntTSL 2 BASIC23.57■■□□□ 1.36
PCDHB3Q9Y5E6 KLF16-204ENST00000617223 1133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
PCDHB3Q9Y5E6 C19orf47-202ENST00000392035 2126 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
PCDHB3Q9Y5E6 CEBPB-201ENST00000303004 1956 ntAPPRIS P1 BASIC23.56■■□□□ 1.36
PCDHB3Q9Y5E6 NPAS3-203ENST00000357798 2763 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
PCDHB3Q9Y5E6 GUK1-208ENST00000366728 842 ntTSL 2 BASIC23.56■■□□□ 1.36
PCDHB3Q9Y5E6 TIMM29-201ENST00000270502 1425 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
PCDHB3Q9Y5E6 CNNM2-201ENST00000369875 2059 ntTSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
PCDHB3Q9Y5E6 MAD2L2-201ENST00000235310 1860 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.56■■□□□ 1.36
PCDHB3Q9Y5E6 SHD-201ENST00000543264 2577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
PCDHB3Q9Y5E6 FANCE-201ENST00000229769 2554 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
PCDHB3Q9Y5E6 NELFB-202ENST00000634710 1887 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
PCDHB3Q9Y5E6 PCYT2-202ENST00000538721 1765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
PCDHB3Q9Y5E6 MEN1-204ENST00000377313 1871 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.54■■□□□ 1.36
PCDHB3Q9Y5E6 MZT2B-201ENST00000281871 933 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
PCDHB3Q9Y5E6 MZT2A-201ENST00000309451 624 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
PCDHB3Q9Y5E6 IFI30-201ENST00000407280 1134 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
PCDHB3Q9Y5E6 KLC1-203ENST00000347839 2271 ntTSL 5 BASIC23.54■■□□□ 1.36
PCDHB3Q9Y5E6 FKBP1A-204ENST00000400137 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
PCDHB3Q9Y5E6 DEXI-202ENST00000469379 1393 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.53■■□□□ 1.36
PCDHB3Q9Y5E6 DUSP8P4-201ENST00000399538 1761 ntBASIC23.53■■□□□ 1.36
PCDHB3Q9Y5E6 CLEC11A-201ENST00000250340 1419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
PCDHB3Q9Y5E6 PPP1R14A-201ENST00000301242 777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
PCDHB3Q9Y5E6 LYPD6B-204ENST00000409876 1248 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
PCDHB3Q9Y5E6 MDFIC-206ENST00000448022 484 ntTSL 2 BASIC23.53■■□□□ 1.36
PCDHB3Q9Y5E6 ANKS3-203ENST00000450067 2272 ntTSL 5 BASIC23.53■■□□□ 1.36
PCDHB3Q9Y5E6 OTUD5-203ENST00000396743 2682 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
PCDHB3Q9Y5E6 BIN1-210ENST00000393041 2272 ntTSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
PCDHB3Q9Y5E6 C20orf24-201ENST00000342422 896 ntTSL 2 BASIC23.52■■□□□ 1.36
PCDHB3Q9Y5E6 C20orf24-202ENST00000344795 1114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
PCDHB3Q9Y5E6 UBE2D2-205ENST00000505548 1113 ntTSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
PCDHB3Q9Y5E6 AC133552.2-201ENST00000619106 1032 ntBASIC23.52■■□□□ 1.36
PCDHB3Q9Y5E6 WBP1-202ENST00000393972 1325 ntTSL 2 BASIC23.52■■□□□ 1.36
PCDHB3Q9Y5E6 AC009831.1-201ENST00000580420 1582 ntBASIC23.52■■□□□ 1.36
PCDHB3Q9Y5E6 PKM-204ENST00000449901 2526 ntTSL 2 BASIC23.51■■□□□ 1.35
PCDHB3Q9Y5E6 CTBP2-211ENST00000494626 2014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
PCDHB3Q9Y5E6 TNFRSF12A-201ENST00000326577 1033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
PCDHB3Q9Y5E6 RP9P-202ENST00000450133 1212 ntBASIC23.51■■□□□ 1.35
PCDHB3Q9Y5E6 PFN2-211ENST00000489155 636 ntTSL 4 BASIC23.51■■□□□ 1.35
PCDHB3Q9Y5E6 KHSRP-201ENST00000398148 2993 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
PCDHB3Q9Y5E6 AC092803.2-201ENST00000564287 1899 ntBASIC23.5■■□□□ 1.35
PCDHB3Q9Y5E6 ETS1-201ENST00000319397 2231 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
PCDHB3Q9Y5E6 PSMG4-207ENST00000451246 824 ntTSL 3 BASIC23.5■■□□□ 1.35
PCDHB3Q9Y5E6 PLEKHA8-201ENST00000258679 2293 ntTSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
PCDHB3Q9Y5E6 GTPBP3-202ENST00000358792 1951 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC23.5■■□□□ 1.35
PCDHB3Q9Y5E6 GCLC-209ENST00000514004 2356 ntTSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
PCDHB3Q9Y5E6 PKIG-205ENST00000372891 1443 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.5■■□□□ 1.35
PCDHB3Q9Y5E6 KAT8-206ENST00000543774 1846 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.49■■□□□ 1.35
PCDHB3Q9Y5E6 SAE1-209ENST00000598840 1831 ntTSL 5 BASIC23.49■■□□□ 1.35
PCDHB3Q9Y5E6 HES4-204ENST00000484667 667 ntTSL 3 BASIC23.49■■□□□ 1.35
PCDHB3Q9Y5E6 AC026202.3-201ENST00000600805 1127 ntBASIC23.49■■□□□ 1.35
PCDHB3Q9Y5E6 AMIGO1-201ENST00000369862 2229 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.49■■□□□ 1.35
PCDHB3Q9Y5E6 CAPNS1-215ENST00000628018 1509 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.49■■□□□ 1.35
PCDHB3Q9Y5E6 TYMP-201ENST00000252029 1630 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
PCDHB3Q9Y5E6 FBXL8-201ENST00000258200 1658 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
PCDHB3Q9Y5E6 HABP4-202ENST00000375251 2304 ntTSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
PCDHB3Q9Y5E6 SDF2L1-201ENST00000248958 865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
PCDHB3Q9Y5E6 LYSMD2-202ENST00000454181 1228 ntTSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
PCDHB3Q9Y5E6 MIR3960-201ENST00000583311 91 ntBASIC23.48■■□□□ 1.35
PCDHB3Q9Y5E6 PRRX2-201ENST00000372469 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
PCDHB3Q9Y5E6 EMID1-202ENST00000404755 2049 ntTSL 5 BASIC23.48■■□□□ 1.35
PCDHB3Q9Y5E6 PBX1-202ENST00000367897 1459 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
PCDHB3Q9Y5E6 PQLC3-201ENST00000295083 1830 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
PCDHB3Q9Y5E6 AL592293.1-201ENST00000502889 1188 ntBASIC23.47■■□□□ 1.35
PCDHB3Q9Y5E6 UBE2I-213ENST00000566587 1098 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.47■■□□□ 1.35
PCDHB3Q9Y5E6 WHAMMP3-201ENST00000611636 1609 ntBASIC23.47■■□□□ 1.35
PCDHB3Q9Y5E6 GDF1-201ENST00000247005 2517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
PCDHB3Q9Y5E6 CERS1-204ENST00000623882 2517 ntTSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
PCDHB3Q9Y5E6 PSMG3-202ENST00000288607 1391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
PCDHB3Q9Y5E6 PRR5-202ENST00000336985 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
PCDHB3Q9Y5E6 RABL6-202ENST00000357466 1820 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
PCDHB3Q9Y5E6 POTEF-201ENST00000361163 1586 ntTSL 5 BASIC23.46■■□□□ 1.35
PCDHB3Q9Y5E6 ATXN3-252ENST00000620536 1044 ntTSL 5 BASIC23.46■■□□□ 1.35
PCDHB3Q9Y5E6 ATXN3-253ENST00000621269 936 ntTSL 5 BASIC23.46■■□□□ 1.35
PCDHB3Q9Y5E6 MAP3K3-210ENST00000584573 2480 ntTSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.35
PCDHB3Q9Y5E6 HAS1-205ENST00000601714 2086 ntTSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.35
PCDHB3Q9Y5E6 WBP1-201ENST00000233615 1294 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
PCDHB3Q9Y5E6 KRTAP5-5-201ENST00000399676 933 ntAPPRIS P1 BASIC23.45■■□□□ 1.34
PCDHB3Q9Y5E6 PSMG4-206ENST00000438998 838 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.45■■□□□ 1.34
PCDHB3Q9Y5E6 RARRES2P1-201ENST00000474487 481 ntBASIC23.45■■□□□ 1.34
PCDHB3Q9Y5E6 PITX3-202ENST00000539804 1187 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.45■■□□□ 1.34
PCDHB3Q9Y5E6 AC093536.1-201ENST00000569153 554 ntBASIC23.45■■□□□ 1.34
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 29.5 ms