Protein–RNA interactions for Protein: Q9ULD4

BRPF3, Bromodomain and PHD finger-containing protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 1,205 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
BRPF3Q9ULD4 PCOLCE2-201ENST00000295992 2021 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.15■■■□□ 2.26
BRPF3Q9ULD4 SAMD4B-208ENST00000598913 2877 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC29.15■■■□□ 2.26
BRPF3Q9ULD4 ALG2-203ENST00000476832 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.14■■■□□ 2.26
BRPF3Q9ULD4 CBLN2-209ENST00000585159 2406 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.14■■■□□ 2.26
BRPF3Q9ULD4 RNPEP-202ENST00000367286 2282 ntTSL 5 BASIC29.14■■■□□ 2.26
BRPF3Q9ULD4 WRNIP1-205ENST00000618555 2651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.14■■■□□ 2.26
BRPF3Q9ULD4 PDF-201ENST00000288022 1158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.14■■■□□ 2.26
BRPF3Q9ULD4 MED25-210ENST00000612854 801 ntTSL 5 BASIC29.14■■■□□ 2.26
BRPF3Q9ULD4 MED25-213ENST00000620467 1293 ntTSL 1 (best) BASIC29.14■■■□□ 2.26
BRPF3Q9ULD4 MED25-214ENST00000622402 642 ntTSL 5 BASIC29.14■■■□□ 2.26
BRPF3Q9ULD4 DTNB-211ENST00000407661 2420 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC29.14■■■□□ 2.26
BRPF3Q9ULD4 FZD9-201ENST00000344575 2338 ntAPPRIS P1 BASIC29.14■■■□□ 2.25
BRPF3Q9ULD4 PCSK6-215ENST00000611967 3336 ntTSL 1 (best) BASIC29.14■■■□□ 2.25
BRPF3Q9ULD4 CMPK2-203ENST00000458098 1224 ntTSL 1 (best) BASIC29.13■■■□□ 2.25
BRPF3Q9ULD4 ARL6IP4-211ENST00000454885 1318 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.13■■■□□ 2.25
BRPF3Q9ULD4 KIF13A-207ENST00000502704 1330 ntTSL 1 (best) BASIC29.13■■■□□ 2.25
BRPF3Q9ULD4 RYK-209ENST00000623711 2934 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.12■■■□□ 2.25
BRPF3Q9ULD4 TRIM54-201ENST00000296098 2027 ntTSL 1 (best) BASIC29.12■■■□□ 2.25
BRPF3Q9ULD4 CIB2-202ENST00000539011 1511 ntTSL 1 (best) BASIC29.12■■■□□ 2.25
BRPF3Q9ULD4 RAX2-202ENST00000555978 2145 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.12■■■□□ 2.25
BRPF3Q9ULD4 RHBDD2-202ENST00000318622 1878 ntTSL 2 BASIC29.12■■■□□ 2.25
BRPF3Q9ULD4 GALNT12-201ENST00000375011 2735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.12■■■□□ 2.25
BRPF3Q9ULD4 NRARP-201ENST00000356628 1770 ntAPPRIS P1 BASIC29.11■■■□□ 2.25
BRPF3Q9ULD4 MAGI2-211ENST00000535697 6146 ntTSL 5 BASIC29.11■■■□□ 2.25
BRPF3Q9ULD4 CDPF1-201ENST00000314567 1875 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.11■■■□□ 2.25
BRPF3Q9ULD4 GAL3ST3-203ENST00000527878 1599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.11■■■□□ 2.25
BRPF3Q9ULD4 AC078883.1-202ENST00000450443 1397 ntTSL 3 BASIC29.11■■■□□ 2.25
BRPF3Q9ULD4 FEZ2-203ENST00000379245 2097 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.11■■■□□ 2.25
BRPF3Q9ULD4 CRTAP-202ENST00000449224 1811 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC29.1■■■□□ 2.25
BRPF3Q9ULD4 ATOH7-201ENST00000373673 1480 ntAPPRIS P1 BASIC29.1■■■□□ 2.25
BRPF3Q9ULD4 AGBL5-201ENST00000323064 2382 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.1■■■□□ 2.25
BRPF3Q9ULD4 RPL13-202ENST00000393099 2385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.1■■■□□ 2.25
BRPF3Q9ULD4 ABHD12-202ENST00000376542 1725 ntTSL 1 (best) BASIC29.1■■■□□ 2.25
BRPF3Q9ULD4 EMC10-206ENST00000598585 1610 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.09■■■□□ 2.25
BRPF3Q9ULD4 PPM1B-202ENST00000345249 1713 ntTSL 1 (best) BASIC29.09■■■□□ 2.25
BRPF3Q9ULD4 STARD10-220ENST00000545082 1085 ntTSL 3 BASIC29.09■■■□□ 2.25
BRPF3Q9ULD4 PPP1R12C-201ENST00000263433 2924 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.09■■■□□ 2.25
BRPF3Q9ULD4 YBX2-201ENST00000007699 1590 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.09■■■□□ 2.25
BRPF3Q9ULD4 RNF175-201ENST00000347063 1604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.09■■■□□ 2.25
BRPF3Q9ULD4 GNPTAB-201ENST00000299314 5701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.08■■■□□ 2.25
BRPF3Q9ULD4 PDK1-202ENST00000392571 1515 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.08■■■□□ 2.25
BRPF3Q9ULD4 LSM7-201ENST00000252622 529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.07■■■□□ 2.24
BRPF3Q9ULD4 PPAN-202ENST00000393793 1575 ntTSL 5 BASIC29.07■■■□□ 2.24
BRPF3Q9ULD4 KDM4C-203ENST00000401787 1406 ntTSL 1 (best) BASIC29.07■■■□□ 2.24
BRPF3Q9ULD4 DNMT3A-206ENST00000406659 1775 ntTSL 1 (best) BASIC29.07■■■□□ 2.24
BRPF3Q9ULD4 IRAK1-205ENST00000429936 2127 ntTSL 5 BASIC29.07■■■□□ 2.24
BRPF3Q9ULD4 LINC01918-201ENST00000436841 797 ntTSL 2 BASIC29.07■■■□□ 2.24
BRPF3Q9ULD4 C12orf75-201ENST00000443585 1366 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.07■■■□□ 2.24
BRPF3Q9ULD4 AC145676.1-201ENST00000514988 2004 ntBASIC29.07■■■□□ 2.24
BRPF3Q9ULD4 LDLRAD3-203ENST00000528989 1879 ntTSL 1 (best) BASIC29.07■■■□□ 2.24
BRPF3Q9ULD4 KCNG2-201ENST00000316249 1401 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.06■■■□□ 2.24
BRPF3Q9ULD4 IL17RE-203ENST00000421412 2158 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.06■■■□□ 2.24
BRPF3Q9ULD4 FKBP1A-204ENST00000400137 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.05■■■□□ 2.24
BRPF3Q9ULD4 SNF8-202ENST00000502492 2319 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.05■■■□□ 2.24
BRPF3Q9ULD4 VEGFA-208ENST00000417285 1081 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.05■■■□□ 2.24
BRPF3Q9ULD4 HOXD-AS2-201ENST00000426965 927 ntTSL 1 (best) BASIC29.04■■■□□ 2.24
BRPF3Q9ULD4 KAT8-206ENST00000543774 1846 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.04■■■□□ 2.24
BRPF3Q9ULD4 U2AF1-201ENST00000291552 962 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.03■■■□□ 2.24
BRPF3Q9ULD4 U2AF1L5-202ENST00000619610 813 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.03■■■□□ 2.24
BRPF3Q9ULD4 C11orf63-201ENST00000227349 3147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.03■■■□□ 2.24
BRPF3Q9ULD4 CLDN5-201ENST00000403084 2357 ntBASIC29.03■■■□□ 2.24
BRPF3Q9ULD4 PHC2-202ENST00000373418 2550 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.03■■■□□ 2.24
BRPF3Q9ULD4 WDR86-204ENST00000477459 1428 ntTSL 2 BASIC29.03■■■□□ 2.24
BRPF3Q9ULD4 P4HA3-201ENST00000331597 2274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.03■■■□□ 2.24
BRPF3Q9ULD4 GATA2-AS1-202ENST00000468377 1578 ntTSL 2 BASIC29.02■■■□□ 2.24
BRPF3Q9ULD4 BANF1-208ENST00000533166 1135 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.02■■■□□ 2.24
BRPF3Q9ULD4 MIR4449-201ENST00000578365 66 ntBASIC29.02■■■□□ 2.24
BRPF3Q9ULD4 FLT1-202ENST00000539099 1911 ntTSL 1 (best) BASIC29.02■■■□□ 2.24
BRPF3Q9ULD4 VEGFA-202ENST00000324450 954 ntTSL 1 (best) BASIC29.01■■■□□ 2.23
BRPF3Q9ULD4 VEGFA-203ENST00000372055 1286 ntTSL 1 (best) BASIC29.01■■■□□ 2.23
BRPF3Q9ULD4 VEGFA-213ENST00000482630 1146 ntTSL 1 (best) BASIC29.01■■■□□ 2.23
BRPF3Q9ULD4 MAP4K3-211ENST00000484274 407 ntTSL 2 BASIC29.01■■■□□ 2.23
BRPF3Q9ULD4 VEGFA-227ENST00000615393 984 ntTSL 1 (best) BASIC29.01■■■□□ 2.23
BRPF3Q9ULD4 VEGFA-228ENST00000617771 1116 ntTSL 1 (best) BASIC29.01■■■□□ 2.23
BRPF3Q9ULD4 VEGFA-229ENST00000621747 1116 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.01■■■□□ 2.23
BRPF3Q9ULD4 VEGFA-230ENST00000640482 1065 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.01■■■□□ 2.23
BRPF3Q9ULD4 VEGFA-232ENST00000640653 1170 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.01■■■□□ 2.23
BRPF3Q9ULD4 CNNM2-201ENST00000369875 2059 ntTSL 1 (best) BASIC29.01■■■□□ 2.23
BRPF3Q9ULD4 ATP5A1-220ENST00000593152 2258 ntTSL 2 BASIC29.01■■■□□ 2.23
BRPF3Q9ULD4 AL359258.2-201ENST00000564063 1566 ntBASIC29.01■■■□□ 2.23
BRPF3Q9ULD4 AP004609.3-201ENST00000610705 1884 ntBASIC29■■■□□ 2.23
BRPF3Q9ULD4 NXPH4-201ENST00000349394 1804 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.99■■■□□ 2.23
BRPF3Q9ULD4 ST7L-206ENST00000369666 1815 ntTSL 1 (best) BASIC28.99■■■□□ 2.23
BRPF3Q9ULD4 RAPGEF1-203ENST00000372195 6256 ntTSL 1 (best) BASIC28.99■■■□□ 2.23
BRPF3Q9ULD4 KCTD15-206ENST00000588881 1211 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.99■■■□□ 2.23
BRPF3Q9ULD4 SPIRE2-205ENST00000563972 1823 ntTSL 1 (best) BASIC28.99■■■□□ 2.23
BRPF3Q9ULD4 SRSF11-203ENST00000370951 2385 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.98■■■□□ 2.23
BRPF3Q9ULD4 SLC35A2-207ENST00000445167 1739 ntTSL 1 (best) BASIC28.98■■■□□ 2.23
BRPF3Q9ULD4 MMD-201ENST00000262065 2735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.98■■■□□ 2.23
BRPF3Q9ULD4 TAF10-201ENST00000299424 1215 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.98■■■□□ 2.23
BRPF3Q9ULD4 BAX-202ENST00000345358 793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.98■■■□□ 2.23
BRPF3Q9ULD4 AC016595.1-201ENST00000559410 383 ntTSL 3 BASIC28.98■■■□□ 2.23
BRPF3Q9ULD4 DHFR-203ENST00000505337 1719 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.97■■■□□ 2.23
BRPF3Q9ULD4 FAM124A-204ENST00000615498 2383 ntTSL 1 (best) BASIC28.97■■■□□ 2.23
BRPF3Q9ULD4 PQLC3-201ENST00000295083 1830 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.97■■■□□ 2.23
BRPF3Q9ULD4 RABL6-202ENST00000357466 1820 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.97■■■□□ 2.23
BRPF3Q9ULD4 KLHL21-203ENST00000463043 667 ntTSL 5 BASIC28.97■■■□□ 2.23
BRPF3Q9ULD4 RPARP-AS1-205ENST00000596045 431 ntTSL 3 BASIC28.97■■■□□ 2.23
BRPF3Q9ULD4 SOD3-201ENST00000382120 1526 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.97■■■□□ 2.23
BRPF3Q9ULD4 TTC3-225ENST00000540756 2025 ntTSL 2 BASIC28.97■■■□□ 2.23
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 127.6 ms