Protein–RNA interactions for Protein: P39880

CUX1, Homeobox protein cut-like 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,505 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CUX1P39880 FP236240.1-201ENST00000619537 1116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC41.48■■■■■ 4.23
CUX1P39880 TMEM150A-201ENST00000306353 1484 ntTSL 1 (best) BASIC41.48■■■■■ 4.23
CUX1P39880 ITGB3-202ENST00000571680 1668 ntTSL 1 (best) BASIC41.47■■■■■ 4.23
CUX1P39880 ANKRD53-203ENST00000441349 1797 ntTSL 5 BASIC41.47■■■■■ 4.23
CUX1P39880 CAMK1D-203ENST00000615792 1725 ntTSL 5 BASIC41.47■■■■■ 4.23
CUX1P39880 WDR38-203ENST00000618744 1270 ntTSL 1 (best) BASIC41.47■■■■■ 4.23
CUX1P39880 GAL3ST2-201ENST00000192314 1370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC41.47■■■■■ 4.23
CUX1P39880 SIRT3-201ENST00000382743 2543 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC41.47■■■■■ 4.23
CUX1P39880 NGB-201ENST00000298352 1884 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC41.46■■■■■ 4.23
CUX1P39880 ST20-MTHFS-201ENST00000479961 859 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC41.46■■■■■ 4.23
CUX1P39880 LSM7-204ENST00000587502 575 ntTSL 1 (best) BASIC41.46■■■■■ 4.23
CUX1P39880 ANKRD9-204ENST00000559651 1444 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC41.46■■■■■ 4.23
CUX1P39880 PROC-203ENST00000409048 1586 ntTSL 5 BASIC41.45■■■■■ 4.23
CUX1P39880 MTCH1-202ENST00000373627 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC41.45■■■■■ 4.23
CUX1P39880 AP001267.3-203ENST00000554407 579 ntTSL 2 BASIC41.44■■■■■ 4.23
CUX1P39880 LYPD6B-203ENST00000409642 1577 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC41.44■■■■■ 4.22
CUX1P39880 CLK2-201ENST00000355560 2120 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC41.44■■■■■ 4.22
CUX1P39880 RFFL-206ENST00000447669 2030 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC41.44■■■■■ 4.22
CUX1P39880 CCDC61-204ENST00000595358 1817 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC41.43■■■■■ 4.22
CUX1P39880 CUL4A-202ENST00000375440 2364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC41.43■■■■■ 4.22
CUX1P39880 PEMT-201ENST00000255389 1013 ntTSL 1 (best) BASIC41.43■■■■■ 4.22
CUX1P39880 SDCCAG3-201ENST00000298537 2314 ntTSL 1 (best) BASIC41.42■■■■■ 4.22
CUX1P39880 HMGA2-201ENST00000354636 1529 ntTSL 1 (best) BASIC41.42■■■■■ 4.22
CUX1P39880 CAPNS1-215ENST00000628018 1509 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC41.42■■■■■ 4.22
CUX1P39880 C11orf91-201ENST00000379011 811 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC41.42■■■■■ 4.22
CUX1P39880 TMUB1-201ENST00000297533 1353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC41.41■■■■■ 4.22
CUX1P39880 TST-201ENST00000249042 1211 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC41.41■■■■■ 4.22
CUX1P39880 MMP25-AS1-209ENST00000576250 779 ntTSL 5 BASIC41.41■■■■■ 4.22
CUX1P39880 MYL12B-203ENST00000581193 1249 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC41.41■■■■■ 4.22
CUX1P39880 SUMF1-205ENST00000458465 1102 ntTSL 2 BASIC41.4■■■■■ 4.22
CUX1P39880 MIR4787-201ENST00000607364 84 ntBASIC41.39■■■■■ 4.22
CUX1P39880 MED22-201ENST00000343730 1437 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC41.38■■■■■ 4.22
CUX1P39880 FKBP1A-211ENST00000618612 1518 ntTSL 1 (best) BASIC41.38■■■■■ 4.21
CUX1P39880 SERTAD4-AS1-202ENST00000475406 591 ntTSL 2 BASIC41.38■■■■■ 4.21
CUX1P39880 BMP8A-201ENST00000331593 1692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC41.37■■■■■ 4.21
CUX1P39880 CHTF8-205ENST00000519520 856 ntTSL 2 BASIC41.37■■■■■ 4.21
CUX1P39880 HOMER3-203ENST00000433218 1418 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC41.37■■■■■ 4.21
CUX1P39880 GIPC1-203ENST00000393033 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC41.37■■■■■ 4.21
CUX1P39880 POU3F1-201ENST00000373012 2184 ntAPPRIS P1 BASIC41.37■■■■■ 4.21
CUX1P39880 AC026785.2-201ENST00000511821 867 ntTSL 2 BASIC41.36■■■■■ 4.21
CUX1P39880 TYMP-203ENST00000395680 1608 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC41.35■■■■■ 4.21
CUX1P39880 TYMP-204ENST00000395681 1604 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC41.35■■■■■ 4.21
CUX1P39880 PKIB-205ENST00000368452 1398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC41.34■■■■■ 4.21
CUX1P39880 BX664725.1-201ENST00000438252 379 ntBASIC41.34■■■■■ 4.21
CUX1P39880 PCK2-202ENST00000396973 1830 ntTSL 1 (best) BASIC41.34■■■■■ 4.21
CUX1P39880 CITED4-201ENST00000372638 1316 ntAPPRIS P1 BASIC41.34■■■■■ 4.21
CUX1P39880 AC103702.2-201ENST00000433510 1270 ntTSL 2 BASIC41.34■■■■■ 4.21
CUX1P39880 AC008406.3-201ENST00000620001 1374 ntBASIC41.33■■■■■ 4.21
CUX1P39880 HMX3-201ENST00000357878 1173 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC41.33■■■■■ 4.21
CUX1P39880 ST3GAL6-AS1-203ENST00000488132 769 ntTSL 3 BASIC41.33■■■■■ 4.21
CUX1P39880 KRT16P3-201ENST00000439127 1283 ntBASIC41.32■■■■■ 4.2
CUX1P39880 CCDC136-206ENST00000464832 1720 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC41.3■■■■■ 4.2
CUX1P39880 PVT1-212ENST00000521951 1535 ntTSL 1 (best) BASIC41.3■■■■■ 4.2
CUX1P39880 AC022616.5-201ENST00000518796 181 ntBASIC41.3■■■■■ 4.2
CUX1P39880 MRPS34-202ENST00000397375 1024 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC41.29■■■■■ 4.2
CUX1P39880 MIR935-201ENST00000401179 91 ntBASIC41.29■■■■■ 4.2
CUX1P39880 RPL31-208ENST00000409733 825 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC41.29■■■■■ 4.2
CUX1P39880 LRMDA-215ENST00000611255 1040 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC41.29■■■■■ 4.2
CUX1P39880 UBE2J2-202ENST00000349431 1733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC41.29■■■■■ 4.2
CUX1P39880 EIF4EBP1-201ENST00000338825 1020 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC41.28■■■■■ 4.2
CUX1P39880 KRT125P-201ENST00000546827 989 ntBASIC41.28■■■■■ 4.2
CUX1P39880 AL449106.1-201ENST00000608517 1980 ntBASIC41.28■■■■■ 4.2
CUX1P39880 RBFA-201ENST00000262197 1219 ntTSL 1 (best) BASIC41.28■■■■■ 4.2
CUX1P39880 MAGI2-AS3-201ENST00000414797 1072 ntTSL 2 BASIC41.28■■■■■ 4.2
CUX1P39880 FAM162B-201ENST00000368557 1036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC41.27■■■■■ 4.2
CUX1P39880 FAM136A-202ENST00000430566 885 ntTSL 3 BASIC41.27■■■■■ 4.2
CUX1P39880 TUBBP5-204ENST00000635438 565 ntTSL 4 BASIC41.27■■■■■ 4.2
CUX1P39880 HDGF-210ENST00000537739 2073 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC41.27■■■■■ 4.2
CUX1P39880 ABCB10P1-201ENST00000614297 2181 ntBASIC41.26■■■■■ 4.2
CUX1P39880 MIR638-201ENST00000385237 100 ntBASIC41.26■■■■■ 4.2
CUX1P39880 SYCE1-204ENST00000432597 1254 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC41.26■■■■■ 4.2
CUX1P39880 PEMT-206ENST00000435340 960 ntTSL 5 BASIC41.26■■■■■ 4.2
CUX1P39880 MEN1-204ENST00000377313 1871 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC41.25■■■■■ 4.19
CUX1P39880 MTNR1B-201ENST00000257068 1565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC41.25■■■■■ 4.19
CUX1P39880 CLEC2L-201ENST00000422142 1359 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC41.25■■■■■ 4.19
CUX1P39880 ANKRD20A11P-201ENST00000344693 1088 ntTSL 1 (best) BASIC41.25■■■■■ 4.19
CUX1P39880 HSBP1L1-201ENST00000451882 771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC41.25■■■■■ 4.19
CUX1P39880 CRTAP-202ENST00000449224 1811 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC41.25■■■■■ 4.19
CUX1P39880 R3HCC1-202ENST00000411463 1467 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC41.24■■■■■ 4.19
CUX1P39880 FTCD-201ENST00000291670 1905 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC41.24■■■■■ 4.19
CUX1P39880 AC073111.5-204ENST00000498682 1167 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC41.24■■■■■ 4.19
CUX1P39880 TXNRD2-204ENST00000400521 2115 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC41.24■■■■■ 4.19
CUX1P39880 RHOF-203ENST00000537171 1485 ntTSL 1 (best) BASIC41.24■■■■■ 4.19
CUX1P39880 KANSL1L-207ENST00000452086 2334 ntTSL 1 (best) BASIC41.24■■■■■ 4.19
CUX1P39880 VSTM2L-201ENST00000373459 831 ntTSL 3 BASIC41.23■■■■■ 4.19
CUX1P39880 ERO1A-211ENST00000629528 998 ntTSL 5 BASIC41.23■■■■■ 4.19
CUX1P39880 AGFG1-205ENST00000409979 2089 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC41.23■■■■■ 4.19
CUX1P39880 KRT18P24-201ENST00000344739 1156 ntBASIC41.23■■■■■ 4.19
CUX1P39880 FOXF2-201ENST00000259806 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC41.22■■■■■ 4.19
CUX1P39880 AC131281.2-201ENST00000520478 145 ntBASIC41.22■■■■■ 4.19
CUX1P39880 AC137630.3-201ENST00000607245 391 ntBASIC41.22■■■■■ 4.19
CUX1P39880 TPI1-201ENST00000229270 1763 ntTSL 1 (best) BASIC41.22■■■■■ 4.19
CUX1P39880 RAD21-AS1-201ENST00000521487 2010 ntTSL 1 (best) BASIC41.21■■■■■ 4.19
CUX1P39880 COL13A1-214ENST00000522165 2061 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC41.21■■■■■ 4.19
CUX1P39880 TPRG1L-202ENST00000378344 2414 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC41.2■■■■■ 4.19
CUX1P39880 AC021242.3-201ENST00000607598 1377 ntBASIC41.2■■■■■ 4.19
CUX1P39880 PPM1J-201ENST00000309276 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC41.2■■■■■ 4.19
CUX1P39880 BRI3-201ENST00000297290 780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC41.18■■■■■ 4.18
CUX1P39880 ZNF263-204ENST00000573578 1636 ntTSL 5 BASIC41.18■■■■■ 4.18
CUX1P39880 HM13-AS1-201ENST00000412178 489 ntTSL 3 BASIC41.18■■■■■ 4.18
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 18.2 ms