Protein–RNA interactions for Protein: P53420

COL4A4, Collagen alpha-4(IV) chain, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 1,690 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL4A4P53420 AP002414.2-202ENST00000590929 1450 ntBASIC26.56■■□□□ 1.84
COL4A4P53420 PROC-203ENST00000409048 1586 ntTSL 5 BASIC26.55■■□□□ 1.84
COL4A4P53420 VSTM2A-202ENST00000402613 1076 ntTSL 2 BASIC26.55■■□□□ 1.84
COL4A4P53420 AC079305.3-201ENST00000455416 218 ntTSL 5 BASIC26.55■■□□□ 1.84
COL4A4P53420 AP002893.1-201ENST00000528885 684 ntTSL 2 BASIC26.55■■□□□ 1.84
COL4A4P53420 LRP11-202ENST00000367368 1042 ntTSL 2 BASIC26.54■■□□□ 1.84
COL4A4P53420 NAXE-202ENST00000368234 901 ntTSL 1 (best) BASIC26.54■■□□□ 1.84
COL4A4P53420 PRR7-204ENST00000510492 1285 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.54■■□□□ 1.84
COL4A4P53420 RIPPLY2-202ENST00000369689 664 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.54■■□□□ 1.84
COL4A4P53420 TRAPPC5-202ENST00000426877 765 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.54■■□□□ 1.84
COL4A4P53420 PLEKHJ1-213ENST00000591099 1092 ntTSL 2 BASIC26.54■■□□□ 1.84
COL4A4P53420 GNAS-211ENST00000371095 1931 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.53■■□□□ 1.84
COL4A4P53420 RNF146-205ENST00000477776 762 ntTSL 3 BASIC26.53■■□□□ 1.84
COL4A4P53420 ZNF606-203ENST00000547121 1196 ntTSL 2 BASIC26.53■■□□□ 1.84
COL4A4P53420 FTCD-201ENST00000291670 1905 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.52■■□□□ 1.84
COL4A4P53420 KLHDC9-203ENST00000392192 1333 ntTSL 1 (best) BASIC26.52■■□□□ 1.84
COL4A4P53420 GNAS-207ENST00000354359 1975 ntTSL 1 (best) BASIC26.52■■□□□ 1.84
COL4A4P53420 GNAS-210ENST00000371085 1972 ntTSL 1 (best) BASIC26.52■■□□□ 1.84
COL4A4P53420 ANKRD9-205ENST00000560748 1413 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.52■■□□□ 1.84
COL4A4P53420 IDNK-201ENST00000376417 511 ntTSL 5 BASIC26.52■■□□□ 1.84
COL4A4P53420 IDNK-202ENST00000376419 692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.52■■□□□ 1.84
COL4A4P53420 GRAMD4P7-201ENST00000578182 1232 ntBASIC26.52■■□□□ 1.84
COL4A4P53420 SDCCAG3-201ENST00000298537 2314 ntTSL 1 (best) BASIC26.52■■□□□ 1.84
COL4A4P53420 SDHAF1-201ENST00000378887 1117 ntAPPRIS P1 BASIC26.51■■□□□ 1.83
COL4A4P53420 ARPC2-201ENST00000295685 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.51■■□□□ 1.83
COL4A4P53420 KISS1-201ENST00000367194 709 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.5■■□□□ 1.83
COL4A4P53420 PQLC3-204ENST00000441908 1784 ntTSL 2 BASIC26.5■■□□□ 1.83
COL4A4P53420 MXRA7-203ENST00000449428 1881 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.5■■□□□ 1.83
COL4A4P53420 FGF20-201ENST00000180166 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.49■■□□□ 1.83
COL4A4P53420 BMP8A-201ENST00000331593 1692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.49■■□□□ 1.83
COL4A4P53420 THAP11-201ENST00000303596 2114 ntAPPRIS P1 BASIC26.48■■□□□ 1.83
COL4A4P53420 SYT12-205ENST00000527043 1661 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.48■■□□□ 1.83
COL4A4P53420 PPP4C-214ENST00000627746 1301 ntTSL 5 BASIC26.48■■□□□ 1.83
COL4A4P53420 PHYH-201ENST00000263038 1577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.48■■□□□ 1.83
COL4A4P53420 PDPK1-203ENST00000389224 2416 ntTSL 2 BASIC26.48■■□□□ 1.83
COL4A4P53420 OSCAR-202ENST00000351806 1375 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.48■■□□□ 1.83
COL4A4P53420 WDR38-202ENST00000613760 1323 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.47■■□□□ 1.83
COL4A4P53420 COMMD7-201ENST00000278980 1900 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.47■■□□□ 1.83
COL4A4P53420 PRMT5-228ENST00000627278 129 ntTSL 5 BASIC26.47■■□□□ 1.83
COL4A4P53420 PCSK6-201ENST00000331826 2309 ntTSL 5 BASIC26.47■■□□□ 1.83
COL4A4P53420 DDAH2-212ENST00000375789 1688 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.46■■□□□ 1.83
COL4A4P53420 DDAH2-213ENST00000375792 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.46■■□□□ 1.83
COL4A4P53420 MTERF3-201ENST00000287025 1409 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.46■■□□□ 1.83
COL4A4P53420 TSPAN10-204ENST00000611590 1068 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.46■■□□□ 1.83
COL4A4P53420 MEX3D-201ENST00000402693 2850 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.46■■□□□ 1.83
COL4A4P53420 EGFL8-220ENST00000395512 1312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.46■■□□□ 1.83
COL4A4P53420 C11orf91-201ENST00000379011 811 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.45■■□□□ 1.82
COL4A4P53420 TK2-216ENST00000564917 1156 ntTSL 3 BASIC26.45■■□□□ 1.82
COL4A4P53420 RASGEF1B-211ENST00000514050 537 ntTSL 2 BASIC26.44■■□□□ 1.82
COL4A4P53420 TMEM187-201ENST00000369982 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.44■■□□□ 1.82
COL4A4P53420 GSR-206ENST00000546342 1482 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.44■■□□□ 1.82
COL4A4P53420 PCMTD2-202ENST00000299468 1049 ntTSL 5 BASIC26.44■■□□□ 1.82
COL4A4P53420 TMEM191C-206ENST00000432134 1129 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.44■■□□□ 1.82
COL4A4P53420 TMEM218-215ENST00000532407 1103 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.44■■□□□ 1.82
COL4A4P53420 ZDHHC23-206ENST00000498275 2055 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.44■■□□□ 1.82
COL4A4P53420 CREM-229ENST00000474362 1030 ntTSL 2 BASIC26.43■■□□□ 1.82
COL4A4P53420 GSX1-201ENST00000302945 1663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.43■■□□□ 1.82
COL4A4P53420 GATA4-207ENST00000532059 1459 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.42■■□□□ 1.82
COL4A4P53420 FAM98C-202ENST00000343358 1006 ntTSL 1 (best) BASIC26.42■■□□□ 1.82
COL4A4P53420 HOXC-AS1-201ENST00000505700 548 ntTSL 2 BASIC26.42■■□□□ 1.82
COL4A4P53420 DTWD2-204ENST00000515439 1275 ntTSL 5 BASIC26.42■■□□□ 1.82
COL4A4P53420 Z92544.1-202ENST00000571933 1220 ntBASIC26.42■■□□□ 1.82
COL4A4P53420 VEGFA-209ENST00000425836 1575 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.42■■□□□ 1.82
COL4A4P53420 PCK2-202ENST00000396973 1830 ntTSL 1 (best) BASIC26.41■■□□□ 1.82
COL4A4P53420 MTX2-204ENST00000443241 799 ntTSL 3 BASIC26.41■■□□□ 1.82
COL4A4P53420 SSX2IP-209ENST00000603677 1149 ntTSL 1 (best) BASIC26.41■■□□□ 1.82
COL4A4P53420 CCDC194-202ENST00000636079 705 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.41■■□□□ 1.82
COL4A4P53420 TMEM9-201ENST00000367330 1959 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.41■■□□□ 1.82
COL4A4P53420 RRAGC-201ENST00000373001 2732 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.41■■□□□ 1.82
COL4A4P53420 COL13A1-213ENST00000520267 2276 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.41■■□□□ 1.82
COL4A4P53420 ACTG1-210ENST00000575842 2256 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.41■■□□□ 1.82
COL4A4P53420 MT1E-201ENST00000306061 704 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.41■■□□□ 1.82
COL4A4P53420 AC010913.1-201ENST00000608612 420 ntTSL 2 BASIC26.41■■□□□ 1.82
COL4A4P53420 HOMER3-203ENST00000433218 1418 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC26.41■■□□□ 1.82
COL4A4P53420 PLSCR3-209ENST00000574401 2032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.4■■□□□ 1.82
COL4A4P53420 AC239859.2-201ENST00000444165 318 ntBASIC26.4■■□□□ 1.82
COL4A4P53420 C14orf80-211ENST00000450383 1107 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.4■■□□□ 1.82
COL4A4P53420 ZNF419-210ENST00000520540 568 ntTSL 4 BASIC26.4■■□□□ 1.82
COL4A4P53420 AC008406.3-201ENST00000620001 1374 ntBASIC26.4■■□□□ 1.82
COL4A4P53420 NKX2-5-204ENST00000521848 1027 ntTSL 2 BASIC26.39■■□□□ 1.82
COL4A4P53420 TMPO-AS1-201ENST00000546421 738 ntTSL 5 BASIC26.39■■□□□ 1.82
COL4A4P53420 KANSL1L-207ENST00000452086 2334 ntTSL 1 (best) BASIC26.39■■□□□ 1.82
COL4A4P53420 NFYB-205ENST00000551727 1727 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC26.39■■□□□ 1.81
COL4A4P53420 GALR2-201ENST00000329003 1364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.38■■□□□ 1.81
COL4A4P53420 CDH23-208ENST00000461841 2000 ntTSL 5 BASIC26.38■■□□□ 1.81
COL4A4P53420 NTN3-201ENST00000293973 1986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.38■■□□□ 1.81
COL4A4P53420 OSCAR-206ENST00000391760 629 ntTSL 2 BASIC26.38■■□□□ 1.81
COL4A4P53420 LACTB-201ENST00000261893 1972 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.38■■□□□ 1.81
COL4A4P53420 ZAR1-201ENST00000327939 1460 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.38■■□□□ 1.81
COL4A4P53420 EIF4EBP1-201ENST00000338825 1020 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.38■■□□□ 1.81
COL4A4P53420 AC018755.3-202ENST00000596210 929 ntBASIC26.38■■□□□ 1.81
COL4A4P53420 TMEM171-202ENST00000454765 1535 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.37■■□□□ 1.81
COL4A4P53420 EXOC3L4-201ENST00000380069 2293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.37■■□□□ 1.81
COL4A4P53420 FAM120AOS-202ENST00000423591 1800 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.37■■□□□ 1.81
COL4A4P53420 MAF-201ENST00000326043 2646 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.37■■□□□ 1.81
COL4A4P53420 CT47A7-201ENST00000434883 1288 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.37■■□□□ 1.81
COL4A4P53420 PXDC1-202ENST00000380283 2190 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.37■■□□□ 1.81
COL4A4P53420 CCDC61-204ENST00000595358 1817 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC26.37■■□□□ 1.81
COL4A4P53420 C11orf80-218ENST00000540737 1786 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.37■■□□□ 1.81
COL4A4P53420 ADAP1-201ENST00000265846 2363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.36■■□□□ 1.81
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 18.2 ms