Protein–RNA interactions for Protein: O60663

LMX1B, LIM homeobox transcription factor 1-beta, humanhuman

Predictions only

Length 402 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LMX1BO60663 AC022413.1-201ENST00000624602 984 ntBASIC21.36■■□□□ 1.01
LMX1BO60663 EVA1C-201ENST00000300255 1998 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
LMX1BO60663 OTUD5-201ENST00000156084 2740 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
LMX1BO60663 SRP68-202ENST00000539137 2386 ntTSL 2 BASIC21.34■■□□□ 1.01
LMX1BO60663 CTBP2-211ENST00000494626 2014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
LMX1BO60663 SPG21-201ENST00000204566 1822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
LMX1BO60663 SPATA33-209ENST00000579310 1490 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.34■■□□□ 1.01
LMX1BO60663 FOXG1-201ENST00000313071 4890 ntAPPRIS P1 BASIC21.34■■□□□ 1.01
LMX1BO60663 BAX-202ENST00000345358 793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
LMX1BO60663 TSPAN4-207ENST00000397411 1025 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.34■■□□□ 1.01
LMX1BO60663 NEURL1B-203ENST00000522853 1263 ntTSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
LMX1BO60663 SLC25A10-202ENST00000350690 1885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
LMX1BO60663 RABL6-202ENST00000357466 1820 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
LMX1BO60663 PICALM-224ENST00000630913 2261 ntTSL 5 BASIC21.34■■□□□ 1.01
LMX1BO60663 NRG2-203ENST00000340391 1944 ntTSL 5 BASIC21.33■■□□□ 1.01
LMX1BO60663 TSGA13-204ENST00000456951 2046 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC21.33■■□□□ 1.01
LMX1BO60663 MYPOP-201ENST00000322217 1890 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
LMX1BO60663 PRR5-202ENST00000336985 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
LMX1BO60663 LDLRAD3-203ENST00000528989 1879 ntTSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
LMX1BO60663 PPAN-202ENST00000393793 1575 ntTSL 5 BASIC21.33■■□□□ 1.01
LMX1BO60663 HES4-202ENST00000428771 1040 ntTSL 2 BASIC21.33■■□□□ 1.01
LMX1BO60663 R3HCC1-201ENST00000265806 1773 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1
LMX1BO60663 GTF2E2-201ENST00000355904 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1
LMX1BO60663 TMEM125-202ENST00000439858 1786 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.33■■□□□ 1
LMX1BO60663 DRAM2-211ENST00000539140 1883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
LMX1BO60663 MDFIC-208ENST00000614186 1068 ntTSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
LMX1BO60663 TRIM54-201ENST00000296098 2027 ntTSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
LMX1BO60663 EZH2-206ENST00000478654 2522 ntTSL 5 BASIC21.32■■□□□ 1
LMX1BO60663 CCND3-202ENST00000372988 2133 ntTSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
LMX1BO60663 TXNRD2-205ENST00000400525 1874 ntTSL 5 BASIC21.3■■□□□ 1
LMX1BO60663 ARPC2-202ENST00000315717 1505 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
LMX1BO60663 PDK1-202ENST00000392571 1515 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
LMX1BO60663 CDKN3-202ENST00000335183 893 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
LMX1BO60663 AC008813.1-201ENST00000536597 885 ntBASIC21.3■■□□□ 1
LMX1BO60663 LINC01896-206ENST00000575722 1256 ntTSL 2 BASIC21.3■■□□□ 1
LMX1BO60663 NTF6A-201ENST00000591175 560 ntBASIC21.3■■□□□ 1
LMX1BO60663 RPARP-AS1-205ENST00000596045 431 ntTSL 3 BASIC21.3■■□□□ 1
LMX1BO60663 CDKN3-211ENST00000611205 874 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.3■■□□□ 1
LMX1BO60663 SOWAHD-201ENST00000343905 1552 ntAPPRIS P1 BASIC21.3■■□□□ 1
LMX1BO60663 PCYT2-202ENST00000538721 1765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
LMX1BO60663 TSPAN10-203ENST00000574882 1837 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
LMX1BO60663 PINK1-201ENST00000321556 2660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
LMX1BO60663 SHISA5-201ENST00000296444 2369 ntTSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
LMX1BO60663 HAS1-205ENST00000601714 2086 ntTSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
LMX1BO60663 C2CD4D-201ENST00000454109 1757 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.29■■□□□ 1
LMX1BO60663 IGFBPL1-201ENST00000377694 1093 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.29■■□□□ 1
LMX1BO60663 C16orf74-204ENST00000602719 1002 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC21.29■■□□□ 1
LMX1BO60663 MAD2L2-201ENST00000235310 1860 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.28■■□□□ 1
LMX1BO60663 NRM-201ENST00000259953 1755 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC21.28■■□□□ 1
LMX1BO60663 SLC16A11-202ENST00000447225 1779 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.28■■□□□ 1
LMX1BO60663 U2AF1-204ENST00000459639 1675 ntTSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
LMX1BO60663 U2AF1L5-204ENST00000623375 1675 ntTSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
LMX1BO60663 MRPL4-201ENST00000253099 1455 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
LMX1BO60663 RAD51-210ENST00000557850 1397 ntTSL 2 BASIC21.27■■□□□ 1
LMX1BO60663 SHD-201ENST00000543264 2577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
LMX1BO60663 SIX2-201ENST00000303077 2205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
LMX1BO60663 TAF10-201ENST00000299424 1215 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
LMX1BO60663 BOK-AS1-201ENST00000434306 643 ntTSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
LMX1BO60663 LINC01918-201ENST00000436841 797 ntTSL 2 BASIC21.27■■□□□ 1
LMX1BO60663 AC012354.3-201ENST00000623734 483 ntBASIC21.27■■□□□ 1
LMX1BO60663 DVL1-201ENST00000378888 3239 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.27■□□□□ 0.99
LMX1BO60663 SRR-201ENST00000344595 2728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■□□□□ 0.99
LMX1BO60663 TBX1-201ENST00000329705 1465 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
LMX1BO60663 BIN1-211ENST00000409400 2143 ntTSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
LMX1BO60663 SSBP4-201ENST00000270061 1768 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
LMX1BO60663 ERN1-208ENST00000606895 2068 ntBASIC21.26■□□□□ 0.99
LMX1BO60663 AC010907.1-201ENST00000441632 807 ntTSL 3 BASIC21.26■□□□□ 0.99
LMX1BO60663 TSR3-201ENST00000007390 1243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
LMX1BO60663 KIF13A-207ENST00000502704 1330 ntTSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
LMX1BO60663 ECHDC3-201ENST00000379215 1649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
LMX1BO60663 TMCO6-201ENST00000252100 1834 ntTSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
LMX1BO60663 GNPTG-204ENST00000527137 386 ntTSL 2 BASIC21.25■□□□□ 0.99
LMX1BO60663 TSPAN13-201ENST00000262067 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
LMX1BO60663 CASP9-202ENST00000348549 1621 ntTSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
LMX1BO60663 FKBP1A-204ENST00000400137 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
LMX1BO60663 ZNF598-202ENST00000562103 2717 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
LMX1BO60663 CAMK1D-203ENST00000615792 1725 ntTSL 5 BASIC21.24■□□□□ 0.99
LMX1BO60663 DHRS13-203ENST00000426464 1569 ntTSL 2 BASIC21.24■□□□□ 0.99
LMX1BO60663 FANCE-201ENST00000229769 2554 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
LMX1BO60663 PDF-201ENST00000288022 1158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
LMX1BO60663 AC005540.1-201ENST00000413911 919 ntTSL 3 BASIC21.24■□□□□ 0.99
LMX1BO60663 MDFIC-203ENST00000423503 474 ntTSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
LMX1BO60663 C9orf50-201ENST00000372478 1620 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC21.24■□□□□ 0.99
LMX1BO60663 KAT8-206ENST00000543774 1846 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.24■□□□□ 0.99
LMX1BO60663 PABPN1-202ENST00000397276 2768 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
LMX1BO60663 TBC1D10A-201ENST00000215790 2077 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
LMX1BO60663 VSTM2L-202ENST00000373461 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
LMX1BO60663 SPOCK3-221ENST00000512648 1456 ntTSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
LMX1BO60663 ZDHHC16-206ENST00000370854 1798 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
LMX1BO60663 ST6GALNAC2-201ENST00000225276 2170 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
LMX1BO60663 LIME1-206ENST00000487026 805 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.22■□□□□ 0.99
LMX1BO60663 ATG16L2-201ENST00000321297 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
LMX1BO60663 ADAMTSL5-202ENST00000395467 1533 ntTSL 5 BASIC21.22■□□□□ 0.99
LMX1BO60663 LACTBL1-202ENST00000618559 1500 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.22■□□□□ 0.99
LMX1BO60663 WIPI2-204ENST00000404704 1663 ntTSL 5 BASIC21.21■□□□□ 0.99
LMX1BO60663 CCM2L-201ENST00000262659 2523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
LMX1BO60663 PXMP2-201ENST00000317479 957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
LMX1BO60663 LAGE3-201ENST00000357360 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
LMX1BO60663 HNRNPUL1-221ENST00000617305 1018 ntTSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
LMX1BO60663 COPZ2-210ENST00000621465 895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 13.6 ms