Protein–RNA interactions for Protein: A0A0J9YXS1

NPHP3-ACAD11, NPHP3-ACAD11 readthrough (NMD candidate) (Fragment), humanhuman

Predictions only

Length 232 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 U2AF1-204ENST00000459639 1675 ntTSL 1 (best) BASIC27.15■■□□□ 1.94
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 U2AF1L5-204ENST00000623375 1675 ntTSL 1 (best) BASIC27.15■■□□□ 1.94
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 ABL1-201ENST00000318560 5766 ntTSL 1 (best) BASIC27.15■■□□□ 1.94
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 PTPRF-216ENST00000617451 1129 ntTSL 5 BASIC27.15■■□□□ 1.94
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 AC068134.2-201ENST00000437095 576 ntTSL 3 BASIC27.14■■□□□ 1.94
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 NKIRAS2-208ENST00000462043 585 ntTSL 4 BASIC27.14■■□□□ 1.94
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 GTF2E2-201ENST00000355904 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.14■■□□□ 1.93
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 VEGFA-209ENST00000425836 1575 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.14■■□□□ 1.93
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 RNF126P1-201ENST00000567452 1320 ntBASIC27.13■■□□□ 1.93
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 TMEM150A-201ENST00000306353 1484 ntTSL 1 (best) BASIC27.13■■□□□ 1.93
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 HOXC9-201ENST00000303450 1516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.12■■□□□ 1.93
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 COMT-204ENST00000403710 1548 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC27.12■■□□□ 1.93
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 SCN1B-201ENST00000262631 1670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.12■■□□□ 1.93
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 AMH-201ENST00000221496 1821 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.12■■□□□ 1.93
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 IGFBP7-201ENST00000295666 1427 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.12■■□□□ 1.93
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 FEZ2-204ENST00000405912 1931 ntTSL 1 (best) BASIC27.12■■□□□ 1.93
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 PXMP2-201ENST00000317479 957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.11■■□□□ 1.93
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 FGF13-AS1-202ENST00000446383 584 ntTSL 3 BASIC27.11■■□□□ 1.93
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 MDFIC-208ENST00000614186 1068 ntTSL 1 (best) BASIC27.11■■□□□ 1.93
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 BCL7C-202ENST00000380317 2409 ntTSL 1 (best) BASIC27.11■■□□□ 1.93
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 CASP9-202ENST00000348549 1621 ntTSL 1 (best) BASIC27.11■■□□□ 1.93
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 LOR-201ENST00000368742 1230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.1■■□□□ 1.93
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 ZSCAN18-202ENST00000421612 1488 ntTSL 4 BASIC27.1■■□□□ 1.93
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 C2CD4D-201ENST00000454109 1757 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.09■■□□□ 1.93
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 TSPAN10-203ENST00000574882 1837 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.09■■□□□ 1.93
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 ITGB3-202ENST00000571680 1668 ntTSL 1 (best) BASIC27.09■■□□□ 1.93
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 FLVCR1-AS1-203ENST00000426161 892 ntTSL 1 (best) BASIC27.09■■□□□ 1.93
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 HES4-202ENST00000428771 1040 ntTSL 2 BASIC27.09■■□□□ 1.93
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 PRKAR1B-203ENST00000403562 1917 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.09■■□□□ 1.93
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 EPHB2-207ENST00000544305 1709 ntTSL 1 (best) BASIC27.09■■□□□ 1.93
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 AC091060.1-201ENST00000623524 1766 ntBASIC27.08■■□□□ 1.93
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 FCGRT-217ENST00000599988 660 ntTSL 5 BASIC27.08■■□□□ 1.93
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 POTEF-201ENST00000361163 1586 ntTSL 5 BASIC27.08■■□□□ 1.93
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 EVA1C-201ENST00000300255 1998 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.08■■□□□ 1.92
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 CLEC11A-201ENST00000250340 1419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.07■■□□□ 1.92
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 LINC00588-201ENST00000521663 1875 ntTSL 2 BASIC27.07■■□□□ 1.92
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 PFN2-211ENST00000489155 636 ntTSL 4 BASIC27.07■■□□□ 1.92
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 NPW-202ENST00000566435 991 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.07■■□□□ 1.92
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 BRD4-212ENST00000630599 726 ntTSL 2 BASIC27.07■■□□□ 1.92
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 SPTSSA-201ENST00000298130 2777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.07■■□□□ 1.92
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 LZTS2-201ENST00000370220 5741 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.07■■□□□ 1.92
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 PPP1R3F-205ENST00000495799 1537 ntTSL 1 (best) BASIC27.06■■□□□ 1.92
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 ANKRD16-202ENST00000380092 1646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.06■■□□□ 1.92
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 RARRES2P2-201ENST00000394842 485 ntBASIC27.06■■□□□ 1.92
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 AC007383.2-202ENST00000435627 482 ntTSL 2 BASIC27.06■■□□□ 1.92
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 C16orf52-207ENST00000569656 1257 ntTSL 5 BASIC27.06■■□□□ 1.92
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 SSTR5-201ENST00000293897 1362 ntAPPRIS P1 BASIC27.06■■□□□ 1.92
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 RAD51-210ENST00000557850 1397 ntTSL 2 BASIC27.06■■□□□ 1.92
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 GPS1-204ENST00000392358 2276 ntTSL 1 (best) BASIC27.05■■□□□ 1.92
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 SERF1A-202ENST00000354833 1889 ntTSL 1 (best) BASIC27.05■■□□□ 1.92
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 SERF1B-201ENST00000380750 1889 ntTSL 1 (best) BASIC27.05■■□□□ 1.92
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 BARX1-202ENST00000401724 1323 ntTSL 1 (best) BASIC27.05■■□□□ 1.92
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 COQ2-201ENST00000311461 1464 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.05■■□□□ 1.92
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 PLBD2-202ENST00000545182 2321 ntTSL 2 BASIC27.05■■□□□ 1.92
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 BICDL2-203ENST00000572449 1984 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.04■■□□□ 1.92
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 AC007029.1-201ENST00000604183 313 ntBASIC27.04■■□□□ 1.92
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 REST-210ENST00000638187 1334 ntTSL 5 BASIC27.04■■□□□ 1.92
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 PKIG-205ENST00000372891 1443 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.04■■□□□ 1.92
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 LRFN4-202ENST00000393952 1550 ntTSL 5 BASIC27.04■■□□□ 1.92
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 BAMBI-201ENST00000375533 1877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.04■■□□□ 1.92
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 SSBP4-201ENST00000270061 1768 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.03■■□□□ 1.92
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 PORCN-202ENST00000355961 1848 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.03■■□□□ 1.92
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 TNFRSF4-201ENST00000379236 1068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.03■■□□□ 1.92
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 FOXF2-201ENST00000259806 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.02■■□□□ 1.92
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 SHISA5-201ENST00000296444 2369 ntTSL 1 (best) BASIC27.02■■□□□ 1.92
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 ACSS1-202ENST00000376726 2244 ntTSL 2 BASIC27.02■■□□□ 1.92
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 ERN1-208ENST00000606895 2068 ntBASIC27.02■■□□□ 1.92
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 AC092803.2-201ENST00000564287 1899 ntBASIC27.02■■□□□ 1.92
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 AGAP1-202ENST00000336665 5427 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.02■■□□□ 1.92
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 LMO2-201ENST00000257818 2294 ntTSL 1 (best) BASIC27.01■■□□□ 1.91
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 SNHG7-204ENST00000447221 2157 ntTSL 2 BASIC27.01■■□□□ 1.91
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 CTU1-201ENST00000421832 2087 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.01■■□□□ 1.91
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 VIPR2-204ENST00000421760 717 ntTSL 3 BASIC27.01■■□□□ 1.91
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 MIR3960-201ENST00000583311 91 ntBASIC27.01■■□□□ 1.91
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 SPOCK3-221ENST00000512648 1456 ntTSL 1 (best) BASIC27■■□□□ 1.91
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 OXSR1-203ENST00000446845 1908 ntTSL 5 BASIC27■■□□□ 1.91
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 ZNF821-201ENST00000313565 1874 ntTSL 1 (best) BASIC27■■□□□ 1.91
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 DEXI-202ENST00000469379 1393 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27■■□□□ 1.91
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 WBP1-202ENST00000393972 1325 ntTSL 2 BASIC27■■□□□ 1.91
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 ARHGEF7-AS2-201ENST00000425094 1239 ntTSL 1 (best) BASIC27■■□□□ 1.91
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 AC093536.1-201ENST00000569153 554 ntBASIC27■■□□□ 1.91
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 KIAA1456-206ENST00000528753 2392 ntTSL 2 BASIC27■■□□□ 1.91
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 SRP68-202ENST00000539137 2386 ntTSL 2 BASIC27■■□□□ 1.91
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 ENDOG-201ENST00000372642 1172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.99■■□□□ 1.91
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 RP9P-202ENST00000450133 1212 ntBASIC26.99■■□□□ 1.91
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 DLX2-202ENST00000466293 1852 ntTSL 2 BASIC26.99■■□□□ 1.91
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 OTUD5-202ENST00000376488 2692 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.99■■□□□ 1.91
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 ZAR1-201ENST00000327939 1460 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.99■■□□□ 1.91
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 SSTR4-201ENST00000255008 1427 ntAPPRIS P1 BASIC26.99■■□□□ 1.91
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 BTBD6-203ENST00000392554 2176 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.98■■□□□ 1.91
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 FSD1-204ENST00000597590 1634 ntTSL 5 BASIC26.98■■□□□ 1.91
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 EBF4-210ENST00000609451 2012 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC26.98■■□□□ 1.91
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 PCYT2-204ENST00000570388 1474 ntTSL 2 BASIC26.98■■□□□ 1.91
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 CLPTM1L-201ENST00000320895 2500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.97■■□□□ 1.91
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 KAZALD1-201ENST00000370200 1913 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.97■■□□□ 1.91
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 OPRD1-202ENST00000621425 1217 ntTSL 1 (best) BASIC26.97■■□□□ 1.91
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 MSRB1-206ENST00000622125 1363 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC26.97■■□□□ 1.91
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 GYG2-205ENST00000398806 1956 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.96■■□□□ 1.91
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 CPNE1-202ENST00000352393 2147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.96■■□□□ 1.91
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 BIN1-211ENST00000409400 2143 ntTSL 1 (best) BASIC26.95■■□□□ 1.91
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 17.5 ms