Protein–RNA interactions for Protein: Q9H4Z3

PCIF1, Phosphorylated CTD-interacting factor 1, humanhuman

Predictions only

Length 704 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PCIF1Q9H4Z3 PIGX-201ENST00000296333 953 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.93■■□□□ 1.9
PCIF1Q9H4Z3 MOB2-207ENST00000614710 705 ntTSL 5 BASIC26.93■■□□□ 1.9
PCIF1Q9H4Z3 AL359504.2-201ENST00000605506 1601 ntBASIC26.93■■□□□ 1.9
PCIF1Q9H4Z3 FAM78B-201ENST00000338353 1597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.92■■□□□ 1.9
PCIF1Q9H4Z3 FLT1-202ENST00000539099 1911 ntTSL 1 (best) BASIC26.92■■□□□ 1.9
PCIF1Q9H4Z3 SNTB1-202ENST00000517992 2273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.92■■□□□ 1.9
PCIF1Q9H4Z3 LMTK3-202ENST00000600059 5113 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.92■■□□□ 1.9
PCIF1Q9H4Z3 C11orf80-204ENST00000525908 2135 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC26.92■■□□□ 1.9
PCIF1Q9H4Z3 AL157400.5-201ENST00000507624 621 ntBASIC26.92■■□□□ 1.9
PCIF1Q9H4Z3 AC142472.1-201ENST00000612013 1741 ntBASIC26.92■■□□□ 1.9
PCIF1Q9H4Z3 NAPA-201ENST00000263354 1839 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.91■■□□□ 1.9
PCIF1Q9H4Z3 C1orf122-201ENST00000373042 973 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.91■■□□□ 1.9
PCIF1Q9H4Z3 RPL27A-206ENST00000530022 878 ntTSL 1 (best) BASIC26.91■■□□□ 1.9
PCIF1Q9H4Z3 FAM107B-205ENST00000378467 2374 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.91■■□□□ 1.9
PCIF1Q9H4Z3 ZNF219-201ENST00000360947 3071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.9■■□□□ 1.9
PCIF1Q9H4Z3 PEA15-201ENST00000360472 2471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.9■■□□□ 1.9
PCIF1Q9H4Z3 PHF23-205ENST00000571362 1768 ntTSL 2 BASIC26.9■■□□□ 1.9
PCIF1Q9H4Z3 PHYH-201ENST00000263038 1577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.9■■□□□ 1.9
PCIF1Q9H4Z3 ANKS3-203ENST00000450067 2272 ntTSL 5 BASIC26.9■■□□□ 1.9
PCIF1Q9H4Z3 NXPH3-201ENST00000328741 2179 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.9■■□□□ 1.9
PCIF1Q9H4Z3 MCCD1-201ENST00000376191 955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.89■■□□□ 1.9
PCIF1Q9H4Z3 AGO3-204ENST00000397828 1035 ntTSL 2 BASIC26.89■■□□□ 1.9
PCIF1Q9H4Z3 KCNJ4-201ENST00000303592 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.89■■□□□ 1.89
PCIF1Q9H4Z3 IGFBP2-201ENST00000233809 1439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.89■■□□□ 1.89
PCIF1Q9H4Z3 C19orf47-202ENST00000392035 2126 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.89■■□□□ 1.89
PCIF1Q9H4Z3 CCDC136-202ENST00000378685 1689 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.89■■□□□ 1.89
PCIF1Q9H4Z3 TSGA13-204ENST00000456951 2046 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC26.89■■□□□ 1.89
PCIF1Q9H4Z3 BCAP31-207ENST00000458587 1810 ntTSL 1 (best) BASIC26.88■■□□□ 1.89
PCIF1Q9H4Z3 GNG10-201ENST00000374293 1491 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.88■■□□□ 1.89
PCIF1Q9H4Z3 AC092296.2-201ENST00000589470 999 ntBASIC26.88■■□□□ 1.89
PCIF1Q9H4Z3 KANSL2-215ENST00000553086 1830 ntTSL 5 BASIC26.88■■□□□ 1.89
PCIF1Q9H4Z3 RFLNA-205ENST00000546355 2354 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.87■■□□□ 1.89
PCIF1Q9H4Z3 STOML1-202ENST00000316911 1891 ntTSL 1 (best) BASIC26.87■■□□□ 1.89
PCIF1Q9H4Z3 PTGER1-201ENST00000292513 1421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.86■■□□□ 1.89
PCIF1Q9H4Z3 CACNG7-203ENST00000391767 2688 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.86■■□□□ 1.89
PCIF1Q9H4Z3 SP8-202ENST00000418710 1618 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.86■■□□□ 1.89
PCIF1Q9H4Z3 FUS-202ENST00000380244 1818 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.86■■□□□ 1.89
PCIF1Q9H4Z3 PURG-201ENST00000339382 2693 ntTSL 1 (best) BASIC26.85■■□□□ 1.89
PCIF1Q9H4Z3 SLC25A10-202ENST00000350690 1885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.85■■□□□ 1.89
PCIF1Q9H4Z3 DHFR-203ENST00000505337 1719 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.85■■□□□ 1.89
PCIF1Q9H4Z3 FBXL6-201ENST00000331890 1785 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.85■■□□□ 1.89
PCIF1Q9H4Z3 RASSF5-204ENST00000580449 1932 ntTSL 1 (best) BASIC26.84■■□□□ 1.89
PCIF1Q9H4Z3 HTRA1-201ENST00000368984 2120 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.84■■□□□ 1.89
PCIF1Q9H4Z3 SLC9A3R2-201ENST00000424542 2194 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.84■■□□□ 1.89
PCIF1Q9H4Z3 LCNL1-201ENST00000408973 1839 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.84■■□□□ 1.89
PCIF1Q9H4Z3 TTC36-201ENST00000302783 874 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.84■■□□□ 1.89
PCIF1Q9H4Z3 MAP3K8-203ENST00000375322 932 ntTSL 2 BASIC26.84■■□□□ 1.89
PCIF1Q9H4Z3 LTC4S-205ENST00000486713 496 ntTSL 2 BASIC26.84■■□□□ 1.89
PCIF1Q9H4Z3 PBX1-202ENST00000367897 1459 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.84■■□□□ 1.89
PCIF1Q9H4Z3 AHSA2-201ENST00000357022 2437 ntTSL 1 (best) BASIC26.84■■□□□ 1.89
PCIF1Q9H4Z3 FOXO6-202ENST00000641094 1476 ntAPPRIS P1 BASIC26.83■■□□□ 1.89
PCIF1Q9H4Z3 AP000911.3-201ENST00000526377 1130 ntTSL 3 BASIC26.83■■□□□ 1.89
PCIF1Q9H4Z3 UBALD1-203ENST00000587649 707 ntTSL 3 BASIC26.83■■□□□ 1.89
PCIF1Q9H4Z3 HSD17B1P1-201ENST00000590052 955 ntBASIC26.83■■□□□ 1.89
PCIF1Q9H4Z3 OTUD5-208ENST00000610466 2487 ntTSL 5 BASIC26.83■■□□□ 1.89
PCIF1Q9H4Z3 ZDHHC3-203ENST00000342790 1336 ntTSL 5 BASIC26.83■■□□□ 1.89
PCIF1Q9H4Z3 CDC16-211ENST00000628084 2058 ntTSL 5 BASIC26.83■■□□□ 1.89
PCIF1Q9H4Z3 PLPPR3-201ENST00000359894 2387 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.82■■□□□ 1.88
PCIF1Q9H4Z3 TYMP-201ENST00000252029 1630 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.81■■□□□ 1.88
PCIF1Q9H4Z3 TYMP-203ENST00000395680 1608 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.81■■□□□ 1.88
PCIF1Q9H4Z3 TYMP-204ENST00000395681 1604 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.81■■□□□ 1.88
PCIF1Q9H4Z3 CCND3-203ENST00000372991 2085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.81■■□□□ 1.88
PCIF1Q9H4Z3 NRG2-203ENST00000340391 1944 ntTSL 5 BASIC26.8■■□□□ 1.88
PCIF1Q9H4Z3 AJAP1-201ENST00000378190 2383 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.8■■□□□ 1.88
PCIF1Q9H4Z3 VSTM2L-202ENST00000373461 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.8■■□□□ 1.88
PCIF1Q9H4Z3 FOXG1-201ENST00000313071 4890 ntAPPRIS P1 BASIC26.8■■□□□ 1.88
PCIF1Q9H4Z3 ECHDC3-201ENST00000379215 1649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.8■■□□□ 1.88
PCIF1Q9H4Z3 ZBTB10-204ENST00000455036 5458 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC26.8■■□□□ 1.88
PCIF1Q9H4Z3 NME2-205ENST00000512737 826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.8■■□□□ 1.88
PCIF1Q9H4Z3 CTF1-202ENST00000395019 1617 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.79■■□□□ 1.88
PCIF1Q9H4Z3 CCND3-205ENST00000415497 1843 ntTSL 2 BASIC26.79■■□□□ 1.88
PCIF1Q9H4Z3 RPRML-201ENST00000322329 1093 ntAPPRIS P1 BASIC26.79■■□□□ 1.88
PCIF1Q9H4Z3 ECEL1P2-201ENST00000461596 1295 ntBASIC26.79■■□□□ 1.88
PCIF1Q9H4Z3 PQLC3-204ENST00000441908 1784 ntTSL 2 BASIC26.79■■□□□ 1.88
PCIF1Q9H4Z3 AC068134.2-201ENST00000437095 576 ntTSL 3 BASIC26.78■■□□□ 1.88
PCIF1Q9H4Z3 UPF3A-209ENST00000492270 494 ntTSL 2 BASIC26.78■■□□□ 1.88
PCIF1Q9H4Z3 TAZ-213ENST00000601016 1889 ntTSL 1 (best) BASIC26.78■■□□□ 1.88
PCIF1Q9H4Z3 VRK2-202ENST00000412104 1916 ntTSL 1 (best) BASIC26.78■■□□□ 1.88
PCIF1Q9H4Z3 BTBD6-204ENST00000463376 2195 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.78■■□□□ 1.88
PCIF1Q9H4Z3 DHRS13-201ENST00000378895 1921 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.77■■□□□ 1.88
PCIF1Q9H4Z3 LAT-201ENST00000354453 1713 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.77■■□□□ 1.88
PCIF1Q9H4Z3 RAD51-208ENST00000532743 1515 ntTSL 2 BASIC26.77■■□□□ 1.88
PCIF1Q9H4Z3 SMPD5-203ENST00000639008 1464 ntBASIC26.77■■□□□ 1.88
PCIF1Q9H4Z3 RSPH1-201ENST00000291536 1430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.77■■□□□ 1.88
PCIF1Q9H4Z3 PLEKHJ1-204ENST00000586608 935 ntTSL 3 BASIC26.77■■□□□ 1.88
PCIF1Q9H4Z3 C1QTNF5-202ENST00000528368 1356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.76■■□□□ 1.87
PCIF1Q9H4Z3 KIAA2013-201ENST00000376572 2815 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.75■■□□□ 1.87
PCIF1Q9H4Z3 MXD3-201ENST00000423571 1534 ntTSL 2 BASIC26.75■■□□□ 1.87
PCIF1Q9H4Z3 HES4-202ENST00000428771 1040 ntTSL 2 BASIC26.75■■□□□ 1.87
PCIF1Q9H4Z3 MDFIC-206ENST00000448022 484 ntTSL 2 BASIC26.75■■□□□ 1.87
PCIF1Q9H4Z3 AC025884.2-201ENST00000553429 711 ntBASIC26.75■■□□□ 1.87
PCIF1Q9H4Z3 PTPRF-216ENST00000617451 1129 ntTSL 5 BASIC26.75■■□□□ 1.87
PCIF1Q9H4Z3 NXPH4-201ENST00000349394 1804 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.74■■□□□ 1.87
PCIF1Q9H4Z3 RNF126P1-201ENST00000567452 1320 ntBASIC26.74■■□□□ 1.87
PCIF1Q9H4Z3 ARL6IP4-208ENST00000439686 796 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC26.74■■□□□ 1.87
PCIF1Q9H4Z3 GATA4-209ENST00000622443 1982 ntTSL 5 BASIC26.74■■□□□ 1.87
PCIF1Q9H4Z3 MBD2-201ENST00000256429 5188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.74■■□□□ 1.87
PCIF1Q9H4Z3 TM6SF1-204ENST00000379390 1638 ntTSL 1 (best) BASIC26.73■■□□□ 1.87
PCIF1Q9H4Z3 RINL-208ENST00000598904 1846 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC26.73■■□□□ 1.87
PCIF1Q9H4Z3 R3HCC1-201ENST00000265806 1773 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.73■■□□□ 1.87
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 23.4 ms