Protein–RNA interactions for Protein: Q9BRZ2

TRIM56, E3 ubiquitin-protein ligase TRIM56, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 755 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRIM56Q9BRZ2 PDK1-202ENST00000392571 1515 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
TRIM56Q9BRZ2 LACTBL1-202ENST00000618559 1500 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.86■■□□□ 1.57
TRIM56Q9BRZ2 BTBD6-203ENST00000392554 2176 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
TRIM56Q9BRZ2 EVA1C-201ENST00000300255 1998 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
TRIM56Q9BRZ2 DHRS13-203ENST00000426464 1569 ntTSL 2 BASIC24.85■■□□□ 1.57
TRIM56Q9BRZ2 TBX1-201ENST00000329705 1465 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
TRIM56Q9BRZ2 NRG2-203ENST00000340391 1944 ntTSL 5 BASIC24.85■■□□□ 1.57
TRIM56Q9BRZ2 SHISA5-201ENST00000296444 2369 ntTSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
TRIM56Q9BRZ2 TSPAN4-207ENST00000397411 1025 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.85■■□□□ 1.57
TRIM56Q9BRZ2 AC010907.1-201ENST00000441632 807 ntTSL 3 BASIC24.85■■□□□ 1.57
TRIM56Q9BRZ2 UBALD1-202ENST00000587615 799 ntTSL 2 BASIC24.85■■□□□ 1.57
TRIM56Q9BRZ2 ATP8B2-201ENST00000368487 1523 ntTSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
TRIM56Q9BRZ2 KAZALD1-201ENST00000370200 1913 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
TRIM56Q9BRZ2 HABP4-202ENST00000375251 2304 ntTSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
TRIM56Q9BRZ2 ING2-201ENST00000302327 1189 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
TRIM56Q9BRZ2 RFWD2-201ENST00000308769 2124 ntTSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
TRIM56Q9BRZ2 LAPTM4B-203ENST00000521545 915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
TRIM56Q9BRZ2 GNPTG-204ENST00000527137 386 ntTSL 2 BASIC24.84■■□□□ 1.57
TRIM56Q9BRZ2 GYG2-205ENST00000398806 1956 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
TRIM56Q9BRZ2 SERF1A-202ENST00000354833 1889 ntTSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.57
TRIM56Q9BRZ2 SERF1B-201ENST00000380750 1889 ntTSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.57
TRIM56Q9BRZ2 TAZ-205ENST00000475699 1862 ntTSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.57
TRIM56Q9BRZ2 SP5-201ENST00000375281 2033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.57
TRIM56Q9BRZ2 MEIS2-204ENST00000397620 2295 ntTSL 2 BASIC24.83■■□□□ 1.57
TRIM56Q9BRZ2 HLA-V-202ENST00000446817 847 ntBASIC24.82■■□□□ 1.56
TRIM56Q9BRZ2 R3HCC1-201ENST00000265806 1773 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
TRIM56Q9BRZ2 C8orf58-206ENST00000614574 1955 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.82■■□□□ 1.56
TRIM56Q9BRZ2 MIR219A2-201ENST00000608502 1504 ntBASIC24.81■■□□□ 1.56
TRIM56Q9BRZ2 AC020928.2-201ENST00000588717 2197 ntBASIC24.81■■□□□ 1.56
TRIM56Q9BRZ2 LAGE3-201ENST00000357360 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
TRIM56Q9BRZ2 CRELD2-203ENST00000404488 1577 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
TRIM56Q9BRZ2 GTF2E2-201ENST00000355904 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
TRIM56Q9BRZ2 DUSP8P4-201ENST00000399538 1761 ntBASIC24.8■■□□□ 1.56
TRIM56Q9BRZ2 FKBP1A-204ENST00000400137 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
TRIM56Q9BRZ2 RP9-201ENST00000297157 1121 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
TRIM56Q9BRZ2 HES6-205ENST00000409356 528 ntTSL 2 BASIC24.8■■□□□ 1.56
TRIM56Q9BRZ2 FBXL8-201ENST00000258200 1658 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
TRIM56Q9BRZ2 OTUD5-201ENST00000156084 2740 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
TRIM56Q9BRZ2 SRP68-202ENST00000539137 2386 ntTSL 2 BASIC24.8■■□□□ 1.56
TRIM56Q9BRZ2 C2CD4D-201ENST00000454109 1757 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.79■■□□□ 1.56
TRIM56Q9BRZ2 UBE2J2-202ENST00000349431 1733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
TRIM56Q9BRZ2 CAMK1D-203ENST00000615792 1725 ntTSL 5 BASIC24.78■■□□□ 1.56
TRIM56Q9BRZ2 EZH2-206ENST00000478654 2522 ntTSL 5 BASIC24.78■■□□□ 1.56
TRIM56Q9BRZ2 RNF166-209ENST00000567844 633 ntTSL 5 BASIC24.78■■□□□ 1.56
TRIM56Q9BRZ2 FOXA3-201ENST00000302177 1989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
TRIM56Q9BRZ2 DRAM2-211ENST00000539140 1883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
TRIM56Q9BRZ2 GTPBP3-202ENST00000358792 1951 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC24.77■■□□□ 1.56
TRIM56Q9BRZ2 CTXN1-201ENST00000318978 1274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
TRIM56Q9BRZ2 HS3ST6-201ENST00000454677 1273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
TRIM56Q9BRZ2 CR559946.2-201ENST00000623684 991 ntBASIC24.77■■□□□ 1.56
TRIM56Q9BRZ2 C12orf75-201ENST00000443585 1366 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.77■■□□□ 1.56
TRIM56Q9BRZ2 NRM-201ENST00000259953 1755 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC24.77■■□□□ 1.56
TRIM56Q9BRZ2 TSPAN10-203ENST00000574882 1837 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
TRIM56Q9BRZ2 CDC34-201ENST00000215574 1471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
TRIM56Q9BRZ2 CIB2-202ENST00000539011 1511 ntTSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
TRIM56Q9BRZ2 TMEM125-202ENST00000439858 1786 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.76■■□□□ 1.55
TRIM56Q9BRZ2 LSM6-202ENST00000502781 1352 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
TRIM56Q9BRZ2 CCM2L-201ENST00000262659 2523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
TRIM56Q9BRZ2 SLC25A23-203ENST00000334510 1424 ntTSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
TRIM56Q9BRZ2 KCNMA1-283ENST00000640523 5425 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.76■■□□□ 1.55
TRIM56Q9BRZ2 ERN1-208ENST00000606895 2068 ntBASIC24.76■■□□□ 1.55
TRIM56Q9BRZ2 CCDC136-202ENST00000378685 1689 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.75■■□□□ 1.55
TRIM56Q9BRZ2 POU2F2-208ENST00000529952 1716 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
TRIM56Q9BRZ2 POLR3H-201ENST00000337566 1330 ntTSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
TRIM56Q9BRZ2 U2AF1-204ENST00000459639 1675 ntTSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
TRIM56Q9BRZ2 U2AF1L5-204ENST00000623375 1675 ntTSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
TRIM56Q9BRZ2 VSTM2L-202ENST00000373461 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
TRIM56Q9BRZ2 DNAH9-209ENST00000579828 1986 ntTSL 2 BASIC24.74■■□□□ 1.55
TRIM56Q9BRZ2 C16orf72-201ENST00000327827 5953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
TRIM56Q9BRZ2 ZNF598-202ENST00000562103 2717 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
TRIM56Q9BRZ2 DVL1-201ENST00000378888 3239 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.74■■□□□ 1.55
TRIM56Q9BRZ2 KDM4C-203ENST00000401787 1406 ntTSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
TRIM56Q9BRZ2 ADAMTSL5-202ENST00000395467 1533 ntTSL 5 BASIC24.74■■□□□ 1.55
TRIM56Q9BRZ2 CTBP2-211ENST00000494626 2014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
TRIM56Q9BRZ2 HSF1-204ENST00000528838 2142 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
TRIM56Q9BRZ2 MORF4L1-202ENST00000379535 2274 ntTSL 2 BASIC24.73■■□□□ 1.55
TRIM56Q9BRZ2 TYMP-201ENST00000252029 1630 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
TRIM56Q9BRZ2 TYMP-203ENST00000395680 1608 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
TRIM56Q9BRZ2 TYMP-204ENST00000395681 1604 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
TRIM56Q9BRZ2 EMC10-206ENST00000598585 1610 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.73■■□□□ 1.55
TRIM56Q9BRZ2 SURF1-201ENST00000371974 1093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
TRIM56Q9BRZ2 SURF1-205ENST00000615505 991 ntTSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
TRIM56Q9BRZ2 BIN1-211ENST00000409400 2143 ntTSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
TRIM56Q9BRZ2 PRR5-202ENST00000336985 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
TRIM56Q9BRZ2 RABL6-202ENST00000357466 1820 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
TRIM56Q9BRZ2 ECHDC3-201ENST00000379215 1649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
TRIM56Q9BRZ2 AC008813.1-201ENST00000536597 885 ntBASIC24.72■■□□□ 1.55
TRIM56Q9BRZ2 CHST11-203ENST00000547956 936 ntTSL 2 BASIC24.72■■□□□ 1.55
TRIM56Q9BRZ2 AC148477.6-201ENST00000623746 465 ntBASIC24.72■■□□□ 1.55
TRIM56Q9BRZ2 PINK1-201ENST00000321556 2660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
TRIM56Q9BRZ2 PQLC3-201ENST00000295083 1830 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
TRIM56Q9BRZ2 CASP9-202ENST00000348549 1621 ntTSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
TRIM56Q9BRZ2 GADD45G-201ENST00000252506 1065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
TRIM56Q9BRZ2 PVT1-219ENST00000523427 938 ntTSL 3 BASIC24.71■■□□□ 1.55
TRIM56Q9BRZ2 MTMR1-214ENST00000542156 1227 ntTSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
TRIM56Q9BRZ2 PDCD2-209ENST00000542896 1082 ntTSL 2 BASIC24.71■■□□□ 1.55
TRIM56Q9BRZ2 SSBP4-201ENST00000270061 1768 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
TRIM56Q9BRZ2 LMTK3-201ENST00000270238 4972 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
TRIM56Q9BRZ2 TRIM54-201ENST00000296098 2027 ntTSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
TRIM56Q9BRZ2 KAZN-207ENST00000503743 1475 ntTSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.55
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 10.3 ms