Protein–RNA interactions for Protein: Q7Z6J8

UBE3D, E3 ubiquitin-protein ligase E3D, humanhuman

Predictions only

Length 389 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
UBE3DQ7Z6J8 PPAN-202ENST00000393793 1575 ntTSL 5 BASIC23.6■■□□□ 1.37
UBE3DQ7Z6J8 PHF23-205ENST00000571362 1768 ntTSL 2 BASIC23.6■■□□□ 1.37
UBE3DQ7Z6J8 KDM4C-203ENST00000401787 1406 ntTSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
UBE3DQ7Z6J8 FLJ37453-201ENST00000317122 2473 ntTSL 2 BASIC23.59■■□□□ 1.37
UBE3DQ7Z6J8 VEGFA-208ENST00000417285 1081 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
UBE3DQ7Z6J8 YBX2-201ENST00000007699 1590 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
UBE3DQ7Z6J8 C11orf80-204ENST00000525908 2135 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.59■■□□□ 1.37
UBE3DQ7Z6J8 FKBP1A-204ENST00000400137 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
UBE3DQ7Z6J8 CADPS-215ENST00000490353 2669 ntTSL 5 BASIC23.58■■□□□ 1.37
UBE3DQ7Z6J8 KCNG2-201ENST00000316249 1401 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.36
UBE3DQ7Z6J8 IRAK1-205ENST00000429936 2127 ntTSL 5 BASIC23.57■■□□□ 1.36
UBE3DQ7Z6J8 KCNJ4-201ENST00000303592 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
UBE3DQ7Z6J8 CCND3-203ENST00000372991 2085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
UBE3DQ7Z6J8 MTMR1-202ENST00000370390 2755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
UBE3DQ7Z6J8 LINC01918-201ENST00000436841 797 ntTSL 2 BASIC23.57■■□□□ 1.36
UBE3DQ7Z6J8 LDLRAD3-203ENST00000528989 1879 ntTSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
UBE3DQ7Z6J8 WDR86-204ENST00000477459 1428 ntTSL 2 BASIC23.57■■□□□ 1.36
UBE3DQ7Z6J8 KANSL2-215ENST00000553086 1830 ntTSL 5 BASIC23.56■■□□□ 1.36
UBE3DQ7Z6J8 FAM107B-205ENST00000378467 2374 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
UBE3DQ7Z6J8 RCOR3-202ENST00000367006 2525 ntTSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
UBE3DQ7Z6J8 BCAP31-207ENST00000458587 1810 ntTSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
UBE3DQ7Z6J8 DAZAP1-202ENST00000336761 2290 ntTSL 5 BASIC23.54■■□□□ 1.36
UBE3DQ7Z6J8 GATA2-AS1-202ENST00000468377 1578 ntTSL 2 BASIC23.54■■□□□ 1.36
UBE3DQ7Z6J8 AL359258.2-201ENST00000564063 1566 ntBASIC23.54■■□□□ 1.36
UBE3DQ7Z6J8 VEGFA-202ENST00000324450 954 ntTSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
UBE3DQ7Z6J8 VEGFA-203ENST00000372055 1286 ntTSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
UBE3DQ7Z6J8 HOXD-AS2-201ENST00000426965 927 ntTSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
UBE3DQ7Z6J8 VEGFA-213ENST00000482630 1146 ntTSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
UBE3DQ7Z6J8 MAP4K3-211ENST00000484274 407 ntTSL 2 BASIC23.54■■□□□ 1.36
UBE3DQ7Z6J8 MIR4449-201ENST00000578365 66 ntBASIC23.54■■□□□ 1.36
UBE3DQ7Z6J8 KCTD15-206ENST00000588881 1211 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.54■■□□□ 1.36
UBE3DQ7Z6J8 VEGFA-227ENST00000615393 984 ntTSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
UBE3DQ7Z6J8 VEGFA-228ENST00000617771 1116 ntTSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
UBE3DQ7Z6J8 VEGFA-229ENST00000621747 1116 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
UBE3DQ7Z6J8 VEGFA-230ENST00000640482 1065 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
UBE3DQ7Z6J8 VEGFA-232ENST00000640653 1170 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
UBE3DQ7Z6J8 U2AF1-201ENST00000291552 962 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
UBE3DQ7Z6J8 BAX-202ENST00000345358 793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
UBE3DQ7Z6J8 U2AF1L5-202ENST00000619610 813 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
UBE3DQ7Z6J8 AP004609.3-201ENST00000610705 1884 ntBASIC23.53■■□□□ 1.36
UBE3DQ7Z6J8 SLC35A2-207ENST00000445167 1739 ntTSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
UBE3DQ7Z6J8 FLT1-202ENST00000539099 1911 ntTSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
UBE3DQ7Z6J8 DNMT3A-206ENST00000406659 1775 ntTSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
UBE3DQ7Z6J8 PEA15-201ENST00000360472 2471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
UBE3DQ7Z6J8 TAF10-201ENST00000299424 1215 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
UBE3DQ7Z6J8 BANF1-208ENST00000533166 1135 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.52■■□□□ 1.36
UBE3DQ7Z6J8 RPARP-AS1-205ENST00000596045 431 ntTSL 3 BASIC23.52■■□□□ 1.36
UBE3DQ7Z6J8 POU3F3-201ENST00000361360 3064 ntAPPRIS P1 BASIC23.52■■□□□ 1.36
UBE3DQ7Z6J8 NXPH3-201ENST00000328741 2179 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
UBE3DQ7Z6J8 AC016595.1-201ENST00000559410 383 ntTSL 3 BASIC23.51■■□□□ 1.35
UBE3DQ7Z6J8 CNNM2-201ENST00000369875 2059 ntTSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
UBE3DQ7Z6J8 ST7L-206ENST00000369666 1815 ntTSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
UBE3DQ7Z6J8 FAM168B-201ENST00000389915 944 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.5■■□□□ 1.35
UBE3DQ7Z6J8 KLHL21-203ENST00000463043 667 ntTSL 5 BASIC23.5■■□□□ 1.35
UBE3DQ7Z6J8 PQLC3-201ENST00000295083 1830 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
UBE3DQ7Z6J8 KAZN-207ENST00000503743 1475 ntTSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
UBE3DQ7Z6J8 ADAMTSL5-202ENST00000395467 1533 ntTSL 5 BASIC23.49■■□□□ 1.35
UBE3DQ7Z6J8 HSD17B12-202ENST00000395700 994 ntTSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
UBE3DQ7Z6J8 MDFIC-203ENST00000423503 474 ntTSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
UBE3DQ7Z6J8 CRNDE-206ENST00000559432 587 ntTSL 3 BASIC23.49■■□□□ 1.35
UBE3DQ7Z6J8 SRP68-213ENST00000629930 165 ntTSL 5 BASIC23.49■■□□□ 1.35
UBE3DQ7Z6J8 DHFR-203ENST00000505337 1719 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.49■■□□□ 1.35
UBE3DQ7Z6J8 AC142472.1-201ENST00000612013 1741 ntBASIC23.49■■□□□ 1.35
UBE3DQ7Z6J8 SLC9A3R2-201ENST00000424542 2194 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
UBE3DQ7Z6J8 RTN2-208ENST00000590526 2357 ntTSL 5 BASIC23.48■■□□□ 1.35
UBE3DQ7Z6J8 TAZ-213ENST00000601016 1889 ntTSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
UBE3DQ7Z6J8 CAMK1D-203ENST00000615792 1725 ntTSL 5 BASIC23.47■■□□□ 1.35
UBE3DQ7Z6J8 SOD3-201ENST00000382120 1526 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
UBE3DQ7Z6J8 ZNF219-201ENST00000360947 3071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
UBE3DQ7Z6J8 TTC3-225ENST00000540756 2025 ntTSL 2 BASIC23.47■■□□□ 1.35
UBE3DQ7Z6J8 HTRA1-201ENST00000368984 2120 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
UBE3DQ7Z6J8 C19orf47-202ENST00000392035 2126 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
UBE3DQ7Z6J8 RPS2-201ENST00000343262 985 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
UBE3DQ7Z6J8 FUS-202ENST00000380244 1818 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
UBE3DQ7Z6J8 RASSF5-204ENST00000580449 1932 ntTSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
UBE3DQ7Z6J8 TSGA13-204ENST00000456951 2046 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC23.45■■□□□ 1.35
UBE3DQ7Z6J8 LCNL1-201ENST00000408973 1839 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.45■■□□□ 1.34
UBE3DQ7Z6J8 PURG-201ENST00000339382 2693 ntTSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
UBE3DQ7Z6J8 PKIG-207ENST00000372894 1191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
UBE3DQ7Z6J8 GRPEL2-204ENST00000513661 546 ntTSL 2 BASIC23.45■■□□□ 1.34
UBE3DQ7Z6J8 ARTN-203ENST00000414809 1943 ntAPPRIS P4 TSL 3 BASIC23.45■■□□□ 1.34
UBE3DQ7Z6J8 RUNDC3A-201ENST00000225441 1821 ntTSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
UBE3DQ7Z6J8 CABP1-202ENST00000316803 1658 ntTSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
UBE3DQ7Z6J8 RFLNA-205ENST00000546355 2354 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
UBE3DQ7Z6J8 DHRS13-201ENST00000378895 1921 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
UBE3DQ7Z6J8 CENPV-201ENST00000299736 1165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
UBE3DQ7Z6J8 TTC39C-209ENST00000584250 1048 ntTSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
UBE3DQ7Z6J8 FGF20-201ENST00000180166 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
UBE3DQ7Z6J8 TIMM29-201ENST00000270502 1425 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
UBE3DQ7Z6J8 ZBTB25-202ENST00000555220 1440 ntTSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
UBE3DQ7Z6J8 IZUMO4-202ENST00000395301 1021 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
UBE3DQ7Z6J8 AHSA2-201ENST00000357022 2437 ntTSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
UBE3DQ7Z6J8 FSD1-201ENST00000221856 1831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
UBE3DQ7Z6J8 OTUD5-208ENST00000610466 2487 ntTSL 5 BASIC23.42■■□□□ 1.34
UBE3DQ7Z6J8 TPT1-202ENST00000379055 948 ntTSL 2 BASIC23.42■■□□□ 1.34
UBE3DQ7Z6J8 AC060814.1-201ENST00000554326 538 ntBASIC23.42■■□□□ 1.34
UBE3DQ7Z6J8 PROCA1-201ENST00000301039 1566 ntTSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
UBE3DQ7Z6J8 STOML1-202ENST00000316911 1891 ntTSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
UBE3DQ7Z6J8 CBWD5-202ENST00000377384 1347 ntTSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
UBE3DQ7Z6J8 AC126177.7-201ENST00000547904 679 ntBASIC23.41■■□□□ 1.34
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 17 ms