Protein–RNA interactions for Protein: Q14050

COL9A3, Collagen alpha-3(IX) chain, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 684 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL9A3Q14050 ST7L-206ENST00000369666 1815 ntTSL 1 (best) BASIC29.43■■■□□ 2.3
COL9A3Q14050 RUNX2-211ENST00000625924 1458 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.43■■■□□ 2.3
COL9A3Q14050 CNNM2-201ENST00000369875 2059 ntTSL 1 (best) BASIC29.43■■■□□ 2.3
COL9A3Q14050 CDPF1-201ENST00000314567 1875 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.43■■■□□ 2.3
COL9A3Q14050 SPTSSA-201ENST00000298130 2777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.43■■■□□ 2.3
COL9A3Q14050 ABHD12-202ENST00000376542 1725 ntTSL 1 (best) BASIC29.42■■■□□ 2.3
COL9A3Q14050 CCDC136-206ENST00000464832 1720 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.42■■■□□ 2.3
COL9A3Q14050 AQP1-203ENST00000409899 1009 ntTSL 1 (best) BASIC29.42■■■□□ 2.3
COL9A3Q14050 GNPTG-204ENST00000527137 386 ntTSL 2 BASIC29.42■■■□□ 2.3
COL9A3Q14050 AC008813.1-201ENST00000536597 885 ntBASIC29.42■■■□□ 2.3
COL9A3Q14050 S1PR4-201ENST00000246115 1565 ntAPPRIS P1 BASIC29.42■■■□□ 2.3
COL9A3Q14050 DHFR-203ENST00000505337 1719 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.42■■■□□ 2.3
COL9A3Q14050 CRTAP-202ENST00000449224 1811 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC29.41■■■□□ 2.3
COL9A3Q14050 RHBDD2-202ENST00000318622 1878 ntTSL 2 BASIC29.41■■■□□ 2.3
COL9A3Q14050 ACOT12-204ENST00000513751 612 ntTSL 1 (best) BASIC29.41■■■□□ 2.3
COL9A3Q14050 WHAMMP3-201ENST00000611636 1609 ntBASIC29.41■■■□□ 2.3
COL9A3Q14050 AC073111.5-206ENST00000642087 859 ntAPPRIS P1 BASIC29.39■■■□□ 2.3
COL9A3Q14050 EPB41L4A-AS2-201ENST00000623705 1396 ntBASIC29.39■■■□□ 2.29
COL9A3Q14050 LMO2-201ENST00000257818 2294 ntTSL 1 (best) BASIC29.38■■■□□ 2.29
COL9A3Q14050 FAAP20-202ENST00000378546 729 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.38■■■□□ 2.29
COL9A3Q14050 MIR639-201ENST00000384974 98 ntBASIC29.38■■■□□ 2.29
COL9A3Q14050 DNMT3A-206ENST00000406659 1775 ntTSL 1 (best) BASIC29.38■■■□□ 2.29
COL9A3Q14050 PLBD2-202ENST00000545182 2321 ntTSL 2 BASIC29.37■■■□□ 2.29
COL9A3Q14050 KIF13A-207ENST00000502704 1330 ntTSL 1 (best) BASIC29.37■■■□□ 2.29
COL9A3Q14050 RNF175-201ENST00000347063 1604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.37■■■□□ 2.29
COL9A3Q14050 ATOH7-201ENST00000373673 1480 ntAPPRIS P1 BASIC29.36■■■□□ 2.29
COL9A3Q14050 VRK2-202ENST00000412104 1916 ntTSL 1 (best) BASIC29.36■■■□□ 2.29
COL9A3Q14050 C19orf47-202ENST00000392035 2126 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.36■■■□□ 2.29
COL9A3Q14050 PDK1-202ENST00000392571 1515 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.35■■■□□ 2.29
COL9A3Q14050 GATA2-AS1-202ENST00000468377 1578 ntTSL 2 BASIC29.35■■■□□ 2.29
COL9A3Q14050 YBX2-201ENST00000007699 1590 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.35■■■□□ 2.29
COL9A3Q14050 LINC01918-201ENST00000436841 797 ntTSL 2 BASIC29.35■■■□□ 2.29
COL9A3Q14050 FGF19-201ENST00000294312 2447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.35■■■□□ 2.29
COL9A3Q14050 SLC25A23-203ENST00000334510 1424 ntTSL 1 (best) BASIC29.35■■■□□ 2.29
COL9A3Q14050 NSMCE4A-201ENST00000369017 1224 ntTSL 1 (best) BASIC29.34■■■□□ 2.29
COL9A3Q14050 MBP-237ENST00000579129 1052 ntTSL 5 BASIC29.34■■■□□ 2.29
COL9A3Q14050 OTUD5-202ENST00000376488 2692 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC29.34■■■□□ 2.29
COL9A3Q14050 U2AF1-201ENST00000291552 962 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.33■■■□□ 2.29
COL9A3Q14050 CMPK2-203ENST00000458098 1224 ntTSL 1 (best) BASIC29.33■■■□□ 2.29
COL9A3Q14050 U2AF1L5-202ENST00000619610 813 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.33■■■□□ 2.29
COL9A3Q14050 C12orf75-201ENST00000443585 1366 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.33■■■□□ 2.29
COL9A3Q14050 CIB2-202ENST00000539011 1511 ntTSL 1 (best) BASIC29.33■■■□□ 2.29
COL9A3Q14050 FSD1-201ENST00000221856 1831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.33■■■□□ 2.29
COL9A3Q14050 BTBD6-204ENST00000463376 2195 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC29.32■■■□□ 2.28
COL9A3Q14050 AP004609.3-201ENST00000610705 1884 ntBASIC29.32■■■□□ 2.28
COL9A3Q14050 PDF-201ENST00000288022 1158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.32■■■□□ 2.28
COL9A3Q14050 SOD3-201ENST00000382120 1526 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.31■■■□□ 2.28
COL9A3Q14050 HOXD-AS2-201ENST00000426965 927 ntTSL 1 (best) BASIC29.31■■■□□ 2.28
COL9A3Q14050 TAZ-213ENST00000601016 1889 ntTSL 1 (best) BASIC29.31■■■□□ 2.28
COL9A3Q14050 BCL7C-202ENST00000380317 2409 ntTSL 1 (best) BASIC29.31■■■□□ 2.28
COL9A3Q14050 KIAA1456-206ENST00000528753 2392 ntTSL 2 BASIC29.31■■■□□ 2.28
COL9A3Q14050 TSGA13-204ENST00000456951 2046 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC29.3■■■□□ 2.28
COL9A3Q14050 PQLC3-201ENST00000295083 1830 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.3■■■□□ 2.28
COL9A3Q14050 C16orf74-204ENST00000602719 1002 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC29.3■■■□□ 2.28
COL9A3Q14050 COPZ2-210ENST00000621465 895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.3■■■□□ 2.28
COL9A3Q14050 EMC10-206ENST00000598585 1610 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.3■■■□□ 2.28
COL9A3Q14050 LYPLA1-215ENST00000618914 2482 ntTSL 5 BASIC29.3■■■□□ 2.28
COL9A3Q14050 AC078883.1-202ENST00000450443 1397 ntTSL 3 BASIC29.29■■■□□ 2.28
COL9A3Q14050 PPAN-202ENST00000393793 1575 ntTSL 5 BASIC29.29■■■□□ 2.28
COL9A3Q14050 RASSF5-204ENST00000580449 1932 ntTSL 1 (best) BASIC29.29■■■□□ 2.28
COL9A3Q14050 FKBP1A-204ENST00000400137 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.28■■■□□ 2.28
COL9A3Q14050 GAL3ST3-203ENST00000527878 1599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.28■■■□□ 2.28
COL9A3Q14050 FBXL6-201ENST00000331890 1785 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.28■■■□□ 2.28
COL9A3Q14050 SLC25A10-202ENST00000350690 1885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.27■■■□□ 2.28
COL9A3Q14050 BANF1-208ENST00000533166 1135 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.27■■■□□ 2.28
COL9A3Q14050 KLC1-225ENST00000557575 2188 ntTSL 5 BASIC29.27■■■□□ 2.28
COL9A3Q14050 DHRS13-201ENST00000378895 1921 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.27■■■□□ 2.28
COL9A3Q14050 CCDC136-202ENST00000378685 1689 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC29.27■■■□□ 2.28
COL9A3Q14050 LSM7-201ENST00000252622 529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.26■■■□□ 2.27
COL9A3Q14050 GRPEL2-204ENST00000513661 546 ntTSL 2 BASIC29.26■■■□□ 2.27
COL9A3Q14050 TTC39C-209ENST00000584250 1048 ntTSL 1 (best) BASIC29.26■■■□□ 2.27
COL9A3Q14050 KCNG2-201ENST00000316249 1401 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.26■■■□□ 2.27
COL9A3Q14050 GPS1-204ENST00000392358 2276 ntTSL 1 (best) BASIC29.25■■■□□ 2.27
COL9A3Q14050 SLC35A2-207ENST00000445167 1739 ntTSL 1 (best) BASIC29.25■■■□□ 2.27
COL9A3Q14050 LCNL1-201ENST00000408973 1839 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.25■■■□□ 2.27
COL9A3Q14050 PARD6A-201ENST00000219255 1248 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.25■■■□□ 2.27
COL9A3Q14050 MAP4K3-211ENST00000484274 407 ntTSL 2 BASIC29.25■■■□□ 2.27
COL9A3Q14050 RPUSD1-207ENST00000565809 1918 ntTSL 2 BASIC29.24■■■□□ 2.27
COL9A3Q14050 CLPTM1L-201ENST00000320895 2500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.24■■■□□ 2.27
COL9A3Q14050 KDM4C-203ENST00000401787 1406 ntTSL 1 (best) BASIC29.24■■■□□ 2.27
COL9A3Q14050 CPNE1-202ENST00000352393 2147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.24■■■□□ 2.27
COL9A3Q14050 RUNDC3A-201ENST00000225441 1821 ntTSL 1 (best) BASIC29.24■■■□□ 2.27
COL9A3Q14050 ZNF692-201ENST00000306601 1931 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.24■■■□□ 2.27
COL9A3Q14050 TYMP-201ENST00000252029 1630 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.23■■■□□ 2.27
COL9A3Q14050 TYMP-203ENST00000395680 1608 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.23■■■□□ 2.27
COL9A3Q14050 TYMP-204ENST00000395681 1604 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.23■■■□□ 2.27
COL9A3Q14050 ACSS1-203ENST00000432802 2438 ntTSL 2 BASIC29.23■■■□□ 2.27
COL9A3Q14050 AL359258.2-201ENST00000564063 1566 ntBASIC29.22■■■□□ 2.27
COL9A3Q14050 ARMC10-205ENST00000428183 2445 ntTSL 1 (best) BASIC29.22■■■□□ 2.27
COL9A3Q14050 PKIG-207ENST00000372894 1191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.22■■■□□ 2.27
COL9A3Q14050 ABL2-203ENST00000392043 2140 ntTSL 1 (best) BASIC29.22■■■□□ 2.27
COL9A3Q14050 CAMK1D-203ENST00000615792 1725 ntTSL 5 BASIC29.22■■■□□ 2.27
COL9A3Q14050 ARL6IP4-211ENST00000454885 1318 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.21■■■□□ 2.27
COL9A3Q14050 CDC16-211ENST00000628084 2058 ntTSL 5 BASIC29.21■■■□□ 2.27
COL9A3Q14050 KLHL21-203ENST00000463043 667 ntTSL 5 BASIC29.21■■■□□ 2.27
COL9A3Q14050 AC016595.1-201ENST00000559410 383 ntTSL 3 BASIC29.21■■■□□ 2.27
COL9A3Q14050 FUS-202ENST00000380244 1818 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.2■■■□□ 2.27
COL9A3Q14050 TSEN34-204ENST00000429671 1912 ntTSL 2 BASIC29.2■■■□□ 2.27
COL9A3Q14050 SHISA5-201ENST00000296444 2369 ntTSL 1 (best) BASIC29.2■■■□□ 2.26
COL9A3Q14050 AC142472.1-201ENST00000612013 1741 ntBASIC29.2■■■□□ 2.26
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 71.9 ms