Protein–RNA interactions for Protein: Q13263

TRIM28, Transcription intermediary factor 1-beta, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 835 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRIM28Q13263 C19orf12-207ENST00000592153 1504 ntTSL 1 (best) BASIC31.52■■■□□ 2.64
TRIM28Q13263 KDM4C-203ENST00000401787 1406 ntTSL 1 (best) BASIC31.51■■■□□ 2.64
TRIM28Q13263 FLVCR1-AS1-203ENST00000426161 892 ntTSL 1 (best) BASIC31.51■■■□□ 2.63
TRIM28Q13263 SNX5-219ENST00000606602 885 ntTSL 1 (best) BASIC31.51■■■□□ 2.63
TRIM28Q13263 HNRNPUL1-221ENST00000617305 1018 ntTSL 1 (best) BASIC31.51■■■□□ 2.63
TRIM28Q13263 SLC9A3-AS1-207ENST00000607286 1357 ntTSL 5 BASIC31.51■■■□□ 2.63
TRIM28Q13263 TMEM187-201ENST00000369982 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.5■■■□□ 2.63
TRIM28Q13263 GNAS-207ENST00000354359 1975 ntTSL 1 (best) BASIC31.5■■■□□ 2.63
TRIM28Q13263 GNAS-210ENST00000371085 1972 ntTSL 1 (best) BASIC31.5■■■□□ 2.63
TRIM28Q13263 PRR5-ARHGAP8-202ENST00000361473 2013 ntTSL 5 BASIC31.49■■■□□ 2.63
TRIM28Q13263 AC007029.1-201ENST00000604183 313 ntBASIC31.49■■■□□ 2.63
TRIM28Q13263 NGB-201ENST00000298352 1884 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.48■■■□□ 2.63
TRIM28Q13263 TNFSF12-201ENST00000293825 1553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.48■■■□□ 2.63
TRIM28Q13263 PROCA1-201ENST00000301039 1566 ntTSL 1 (best) BASIC31.48■■■□□ 2.63
TRIM28Q13263 VIPR2-204ENST00000421760 717 ntTSL 3 BASIC31.48■■■□□ 2.63
TRIM28Q13263 MANF-204ENST00000528157 1153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.48■■■□□ 2.63
TRIM28Q13263 SAP25-204ENST00000622764 1031 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC31.48■■■□□ 2.63
TRIM28Q13263 KRT18P60-201ENST00000312876 1297 ntBASIC31.47■■■□□ 2.63
TRIM28Q13263 AC025884.2-201ENST00000553429 711 ntBASIC31.47■■■□□ 2.63
TRIM28Q13263 REST-210ENST00000638187 1334 ntTSL 5 BASIC31.47■■■□□ 2.63
TRIM28Q13263 GNAS-211ENST00000371095 1931 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC31.46■■■□□ 2.63
TRIM28Q13263 HDGF-210ENST00000537739 2073 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.46■■■□□ 2.63
TRIM28Q13263 HIST2H3C-201ENST00000369158 1656 ntAPPRIS P1 BASIC31.46■■■□□ 2.63
TRIM28Q13263 HIST2H3A-201ENST00000403683 1656 ntAPPRIS P1 BASIC31.46■■■□□ 2.63
TRIM28Q13263 TTC36-201ENST00000302783 874 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.46■■■□□ 2.63
TRIM28Q13263 LYPD6B-204ENST00000409876 1248 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC31.46■■■□□ 2.63
TRIM28Q13263 SH3BP2-221ENST00000511747 2351 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC31.46■■■□□ 2.63
TRIM28Q13263 SMPD5-203ENST00000639008 1464 ntBASIC31.46■■■□□ 2.63
TRIM28Q13263 PI4KAP2-202ENST00000450651 2294 ntTSL 5 BASIC31.45■■■□□ 2.63
TRIM28Q13263 PTGER1-201ENST00000292513 1421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.45■■■□□ 2.63
TRIM28Q13263 SLC30A10-202ENST00000366926 1915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.45■■■□□ 2.62
TRIM28Q13263 ARPC2-201ENST00000295685 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.45■■■□□ 2.62
TRIM28Q13263 COL13A1-214ENST00000522165 2061 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC31.44■■■□□ 2.62
TRIM28Q13263 NKIRAS2-208ENST00000462043 585 ntTSL 4 BASIC31.44■■■□□ 2.62
TRIM28Q13263 DEXI-202ENST00000469379 1393 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC31.43■■■□□ 2.62
TRIM28Q13263 FOXA2-202ENST00000419308 2422 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC31.43■■■□□ 2.62
TRIM28Q13263 WDSUB1-205ENST00000409990 1920 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC31.43■■■□□ 2.62
TRIM28Q13263 GATA2-AS1-202ENST00000468377 1578 ntTSL 2 BASIC31.43■■■□□ 2.62
TRIM28Q13263 FAM120AOS-202ENST00000423591 1800 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC31.42■■■□□ 2.62
TRIM28Q13263 CLK2-201ENST00000355560 2120 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC31.42■■■□□ 2.62
TRIM28Q13263 C12orf75-201ENST00000443585 1366 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC31.42■■■□□ 2.62
TRIM28Q13263 FGF20-201ENST00000180166 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.41■■■□□ 2.62
TRIM28Q13263 CLEC11A-201ENST00000250340 1419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.41■■■□□ 2.62
TRIM28Q13263 TIMM29-201ENST00000270502 1425 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.41■■■□□ 2.62
TRIM28Q13263 PROC-203ENST00000409048 1586 ntTSL 5 BASIC31.41■■■□□ 2.62
TRIM28Q13263 BMP8A-201ENST00000331593 1692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.41■■■□□ 2.62
TRIM28Q13263 CCND3-205ENST00000415497 1843 ntTSL 2 BASIC31.4■■■□□ 2.62
TRIM28Q13263 C20orf24-201ENST00000342422 896 ntTSL 2 BASIC31.4■■■□□ 2.62
TRIM28Q13263 C20orf24-202ENST00000344795 1114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.4■■■□□ 2.62
TRIM28Q13263 ZSCAN1-202ENST00000391700 952 ntTSL 1 (best) BASIC31.4■■■□□ 2.62
TRIM28Q13263 RNF130-205ENST00000521389 2263 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.39■■■□□ 2.62
TRIM28Q13263 PSMG4-207ENST00000451246 824 ntTSL 3 BASIC31.39■■■□□ 2.62
TRIM28Q13263 GFER-205ENST00000569451 517 ntTSL 5 BASIC31.39■■■□□ 2.62
TRIM28Q13263 MXRA7-203ENST00000449428 1881 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC31.39■■■□□ 2.62
TRIM28Q13263 NELFB-202ENST00000634710 1887 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC31.39■■■□□ 2.62
TRIM28Q13263 RCC1L-202ENST00000614461 2419 ntTSL 1 (best) BASIC31.39■■■□□ 2.62
TRIM28Q13263 PPP1R14A-201ENST00000301242 777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.37■■■□□ 2.61
TRIM28Q13263 SETBP1-202ENST00000426838 1785 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC31.37■■■□□ 2.61
TRIM28Q13263 LRRC10B-201ENST00000378075 2219 ntAPPRIS P1 BASIC31.36■■■□□ 2.61
TRIM28Q13263 AC009831.1-201ENST00000580420 1582 ntBASIC31.35■■■□□ 2.61
TRIM28Q13263 AL033527.3-201ENST00000566366 1196 ntBASIC31.35■■■□□ 2.61
TRIM28Q13263 SDCCAG3-201ENST00000298537 2314 ntTSL 1 (best) BASIC31.34■■■□□ 2.61
TRIM28Q13263 AC004987.1-201ENST00000428627 508 ntBASIC31.34■■■□□ 2.61
TRIM28Q13263 TPRA1-202ENST00000355552 1933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.34■■■□□ 2.61
TRIM28Q13263 CBX4-201ENST00000269397 2664 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC31.33■■■□□ 2.61
TRIM28Q13263 MAPK3-203ENST00000395199 1074 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC31.33■■■□□ 2.61
TRIM28Q13263 ENHO-201ENST00000399775 1082 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC31.33■■■□□ 2.61
TRIM28Q13263 AC026202.3-201ENST00000600805 1127 ntBASIC31.33■■■□□ 2.61
TRIM28Q13263 TPI1-201ENST00000229270 1763 ntTSL 1 (best) BASIC31.33■■■□□ 2.61
TRIM28Q13263 F8A1-201ENST00000610495 1713 ntAPPRIS P1 BASIC31.32■■■□□ 2.61
TRIM28Q13263 FKBP1A-204ENST00000400137 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.32■■■□□ 2.6
TRIM28Q13263 CUEDC1-201ENST00000360238 2193 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC31.32■■■□□ 2.6
TRIM28Q13263 RTN4R-201ENST00000043402 2157 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC31.32■■■□□ 2.6
TRIM28Q13263 TSPY13P-201ENST00000338964 914 ntBASIC31.32■■■□□ 2.6
TRIM28Q13263 MRPL23-202ENST00000381519 643 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC31.32■■■□□ 2.6
TRIM28Q13263 MRPL23-205ENST00000397298 736 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.32■■■□□ 2.6
TRIM28Q13263 ATP5G2P3-201ENST00000429083 425 ntBASIC31.32■■■□□ 2.6
TRIM28Q13263 ACOT1-202ENST00000557556 1271 ntTSL 1 (best) BASIC31.32■■■□□ 2.6
TRIM28Q13263 C11orf96-203ENST00000617612 1294 ntAPPRIS P1 BASIC31.32■■■□□ 2.6
TRIM28Q13263 RAD51-208ENST00000532743 1515 ntTSL 2 BASIC31.32■■■□□ 2.6
TRIM28Q13263 FAH-213ENST00000561421 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.32■■■□□ 2.6
TRIM28Q13263 QDPR-208ENST00000513615 1188 ntTSL 2 BASIC31.31■■■□□ 2.6
TRIM28Q13263 FAM222B-205ENST00000577682 549 ntTSL 4 BASIC31.31■■■□□ 2.6
TRIM28Q13263 AC133552.2-201ENST00000619106 1032 ntBASIC31.31■■■□□ 2.6
TRIM28Q13263 SV2B-203ENST00000545111 2099 ntTSL 2 BASIC31.31■■■□□ 2.6
TRIM28Q13263 TYMP-201ENST00000252029 1630 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC31.31■■■□□ 2.6
TRIM28Q13263 PFN2-211ENST00000489155 636 ntTSL 4 BASIC31.3■■■□□ 2.6
TRIM28Q13263 UBE2I-213ENST00000566587 1098 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC31.3■■■□□ 2.6
TRIM28Q13263 WBP1-202ENST00000393972 1325 ntTSL 2 BASIC31.29■■■□□ 2.6
TRIM28Q13263 PCK2-202ENST00000396973 1830 ntTSL 1 (best) BASIC31.29■■■□□ 2.6
TRIM28Q13263 MDFIC-206ENST00000448022 484 ntTSL 2 BASIC31.29■■■□□ 2.6
TRIM28Q13263 UBE2D2-205ENST00000505548 1113 ntTSL 1 (best) BASIC31.29■■■□□ 2.6
TRIM28Q13263 RAB4B-203ENST00000594800 1173 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC31.29■■■□□ 2.6
TRIM28Q13263 PQLC3-201ENST00000295083 1830 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.28■■■□□ 2.6
TRIM28Q13263 CCDC61-204ENST00000595358 1817 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC31.28■■■□□ 2.6
TRIM28Q13263 PKIG-205ENST00000372891 1443 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC31.28■■■□□ 2.6
TRIM28Q13263 RP9P-202ENST00000450133 1212 ntBASIC31.28■■■□□ 2.6
TRIM28Q13263 AL592293.1-201ENST00000502889 1188 ntBASIC31.27■■■□□ 2.6
TRIM28Q13263 MXD3-208ENST00000513063 861 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC31.27■■■□□ 2.6
TRIM28Q13263 HOMER3-207ENST00000594794 903 ntTSL 5 BASIC31.27■■■□□ 2.6
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